| 晉 | ||
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| 朝代 | 西晉 | 東晉 |
| 首都 | 洛陽 | 建康 |
| 君主 -開國君主 -滅亡君主 | 共4位 司馬炎 司馬鄴 | 共11位 司馬睿 司馬德文 |
| 成立 | 266年 司馬炎篡魏 | 317年 於建康立國 |
| 滅亡 | 316年 劉曜陷長安 | 420年 劉裕篡晉 |
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| 黃色及灰色部分為西晉疆域、黃色部分為東晉疆域 | ||
晉朝（266年－420年）是中國歷史上的朝代之一，分為西晉（266年－316年）與東晉（317年－420年）兩個時期。西晉為晉武帝司馬炎所建立，建都洛陽；東晉為晉元帝司馬睿所建立，建都建康。兩晉的政治體制為世族政治，政治制度由漢代的三公九卿制走向隋唐的三省六部制。
司馬氏在三國時期為曹魏世族，在高平陵事變後掌握魏國政權。司馬炎篡位後於280年統一中國，由於無法解決浮華奢侈的社會問題及貪污腐敗的政治風氣，統一的局面只有短短的十幾年。晉惠帝繼位後朝廷漸亂，領有軍權的諸王後紛紛爭權，史稱八王之亂；西晉在元氣大傷後，內遷的諸民族乘機舉兵，造成五胡亂華，大量百姓與世族開始南渡，最後於316年滅亡，北方進入五胡十六國時期。
司馬睿於建康建立東晉，領土範圍在中國南方。東晉也與十六國合稱東晉十六國。中原的世族及人民陸續南遷促進南方的發展。東晉皇權低落，主要由世族掌權，由於軍權外重內輕，不少方鎮心懷野心，造成王敦之亂、蘇峻之亂及桓溫專政。此時雖然陸續有北伐以收復失土，但是朝廷擔心野心家藉此擴張勢力，進而篡位，所以大多消極支持。383年前秦出動舉國之師，意圖滅亡東晉。面對亡國之禍，東晉君臣一心，這是成立以來最團結的一次。淝水決戰後前秦崩解，謝安、謝玄等人成功的收復大批失土。然而，後期又發生朋黨相爭及桓玄篡位。由於平民負擔沉重，又發生孫恩、盧循之亂。譙縱亦據蜀地自立。最後劉裕崛起，平定諸亂，並奪得皇位，進入了南北朝時期。
東晉初期，王導等人採取鎮之以靜策略，以穩定局勢。東晉的莊園經濟的程度比西晉更重。由於農業技術提升等因素，在僑姓世族與吳姓世族密集開發下，江南獲得全面開發而繁榮興盛，中國的經濟中心也逐漸南移，使得後來有大運河的出現。此外，在手工業和商業方面也有長足進步。
晉朝雖為自漢末以來中國文化中衰之時期，但在哲學、文學、藝術、史學、科技等等方面也有新的發展。自晉朝開始，為異族蹂躪華夏之時期，也可說為異族同化於華夏之時期。在漢代以前，政治主權完全在華夏族，而他族則以被統治者而同化，漢代以後，政治主權不全在華夏族，而他族則或以征服華夏族者而同化，邊疆民族帶來的草原遊牧文化也融於中原文化。時天下大亂，士族文人多不以道義為重，因而儒學中衰。曠達之士，目擊衰亂，不甘隱避，則托為放逸，遂開清談之風。晉室之興，世亂未已，向秀之徒，益尚玄鳳。玄學與印度東傳之佛教交會，中國文化逐漸形成儒釋道融合[1]。
西晉歷史
崛起與統一
晉朝皇族的源頭為河內司馬氏，其先世在東漢時期常擔任顯職，如征西將軍司馬鈞、京兆尹司馬防等。司馬防的八個兒子司馬朗、司馬懿、司馬孚等人皆有才氣，當時被稱為「八達」。到曹魏時期，司馬懿以出色的政治及軍事才略成為魏國重臣，在抵禦諸葛亮北伐以及平定遼東公孫淵等事件中立下大功。239年魏明帝去世後，司馬懿與曹爽受遺詔共同輔政，但司馬懿被曹爽架空。249年司馬懿策動高平陵事變，重奪政權，至此司馬氏開始專政。在司馬懿去世後，其子司馬師及司馬昭逐漸鞏固司馬氏的勢力。此期間發生三次反抗司馬氏的戰爭，史稱壽春三叛，皆被平定，魏帝勢力大衰。
263年司馬昭為了建立赫赫軍功，做好篡奪準備，命鍾會、鄧艾及諸葛緒率軍伐蜀，蜀漢主將姜維阻敵於劍閣。最後鄧艾經陰平直襲涪城，進逼成都。蜀漢後主劉禪見大勢已去而投降，蜀漢滅亡，史稱魏滅蜀之戰。其後鍾會、姜維意圖叛變，但被司馬昭立即平定。司馬昭勝利後被封為晉王並將要代魏立國，但不久因中風去世。其子司馬炎繼立為晉王後於266年2月4日篡位，曹魏滅亡。司馬炎建立晉朝，是為晉武帝，定都洛陽，史稱西晉。
此時孫吳局勢混亂，吳帝孫皓不修內政又窮極奢侈，民心不附。然而270年河西鮮卑領主禿髮樹機能入侵西晉西北，匈奴劉猛也隨之出關，司馬炎暫時不能南征。此時司馬炎先做伐吳準備，他派羊祜鎮守襄陽與吳將陸抗對峙，派王濬於益州大造船艦。274年陸抗去世，次年羊祜提議伐吳，遭賈充反對而作罷。279年西北之亂始平，王濬、杜預上書司馬炎，認為是時候伐吳，賈充、荀勗等認為西北未定而反對。最後司馬炎決定於該年12月進攻吳國，史稱晉滅吳之戰。他以賈充為大都督，上游王濬唐彬軍、中游杜預胡奮王戎軍、下游王渾司馬伷軍多路並進。於280年逼近建業，孫皓見大勢已去而在同年5月1日 投降，孫吳滅亡，西晉統一天下，「三國時期」結束。
內憂外患
西晉的政治風氣日益敗壞。曹魏時提倡唯才是舉，名節逐漸式微。司馬氏執政後又誅殺異己，使得西晉開國功臣大半屬於無德無才的人物。於曹魏時期壓抑的世族在司馬懿及陳群羽翼下抬頭，當時出名的世族代表人物有琅琊王祥、滎陽鄭沖、陳國何曾、臨淮陳騫、潁川荀顗荀勗、河東衛瓘、河東裴秀、太原王渾、泰山羊祜、河內山濤、京兆杜預等。當時社會「奢侈」和「貪污」不斷，世族大多失去東漢的優良傳統，反而汲汲求利。由於奢侈和貪污密不可分，當時士大夫幾乎都收賄聚財。晉武帝雖屢屢提倡節儉，但未以身作則，徒託空言。石崇為當時首富，在金谷園建立別館，他曾與外戚王愷鬥富，晉武帝不加阻止反而幫助王愷。曹魏時期的清談，到晉代時許多士大夫紛紛效倣，形成一批置身功名利祿又求出世隱遁的士大夫。
朝政方面，由於諸臣在「平吳」與「立嗣」議題上發生爭執，使得黨派形成。羊祜與張華支持伐吳，認為必克；但司馬氏寵臣賈充、荀勗及馮紞反對，所以拖延數年。等到平吳後，賈充慚恨失計，於是怨恨張華。在立嗣上諸臣爭執更劇。當時太子司馬衷昏庸無能，武帝之弟齊王司馬攸較仁孝慧敏。大臣衛瓘、和嶠主張廢衷立攸，但遭荀顗、荀勗及馮紞極力反對。最終晉武帝仍然不能捨子立弟，遣返司馬攸回其封國，最後他憤怨而死。
軍事方面，西晉立國後，武帝分封諸王，於277年遣諸王就國，其中一些都督諸州軍事。如汝南王亮督豫州、楚王瑋督荊州。統一後，為避免東漢末期諸州割據再度發生，武帝裁撤州郡兵。分封諸王與去州郡兵是避免權臣專政及地方割據的發生，但卻使宗室權力有逐漸凌駕中央的趨勢。當時邊境的胡族遷入中原，對晉帝國呈現半包圍形勢。這些胡族時時受漢官欺壓或受漢人歧視，因此心生不滿。河西鮮卑禿髮樹機能與匈奴劉猛的內侵，使郭欽建議用武力將內遷的外族強制遷出，武帝不用。由於胡漢摩擦狀況仍未改善，當朝廷元氣大傷後，周邊胡族便爆發五胡亂華。
晉武帝十分好色，為了便於挑選宮女，於273年禁止全國婚姻；滅吳之後又將孫皓後宮的五千名宮女納入，使得當時後宮具有萬人規模。他繼承先帝基業，本非雄略之才。由於未能解決政風腐敗、黨派亂起、宗室權力擴張與外族內遷問題，種下日後八王之亂與永嘉之禍的遠因。
賈后干政與八王之亂
| 八王稱號 | |||
| 王號 | 姓名 | 王號 | 姓名 |
| 汝南王 | 司馬亮 | 楚王 | 司馬瑋 |
| 趙王 | 司馬倫 | 齊王 | 司馬冏 |
| 河間王 | 司馬顒 | 成都王 | 司馬穎 |
| 長沙王 | 司馬乂 | 東海王 | 司馬越 |
290年晉武帝去世，晉惠帝繼位，外戚楊駿輔政。史載惠帝遊於華林園聞蛤蟆聲，謂左右曰：「此鳴者為官乎？私乎？」。及天下慌亂，百姓餓死，他竟說：「何不食肉糜？」。由於惠帝不擅政事，野心勃勃的皇后賈南風便趁機干政。當時楊駿擅權，與賈后對立，汝南王司馬亮怕楊駿要害他，逃亡許昌。楊駿為了鞏固自身勢力，任命其親信掌管禁軍，此舉使宗室諸王與某些大臣不滿。291年賈后藉由楚王司馬瑋除去楊駿及其勢力，任命汝南王亮與衛瓘掌政。不久賈后利用楚王瑋與汝南王亮不合去除汝南王亮及衛瓘，再以偽詔殺楚王瑋，任命張華、裴頠及賈模等人掌政。至此賈后奪權成功。所幸張華等人同心協力，盡忠職守，政局得以穩固。
此時外族又入侵，294年匈奴郝散叛，不久平定。296年其弟劉度元以齊萬年為首，聯合西北馬蘭羌、盧水胡叛變，晉軍大敗，周處陣亡。299年齊萬年之亂平定。江統繼郭欽後亦建議將胡族強制遷離，他所著《徙戎論》提出更完整的主張，但晉室已無能為力。
由於太子司馬遹非賈后親生，賈后意圖廢除。300年太子被賈后污衊謀反，被廢。趙王司馬倫採孫秀計，挑撥賈后殺掉太子。而後趙王倫聯合齊王司馬冏以替太子報仇為由發兵去除賈后及其黨羽，趙王倫專政。於301年，趙王倫自立為帝，改元建始，惠帝退位為太上皇。三月，齊王冏、河間王司馬顒、成都王司馬穎三王聯合常山王司馬乂（後封長沙王）伐趙王倫。五月去除趙王倫及其黨羽，惠帝復位，齊王冏專政。302年成都王穎及河間王顒派軍討伐齊王冏，長沙王乂於京城洛陽響應。最後齊王冏及其黨羽被除，長沙王乂掌政，成都王穎於鄴遙控。
303年成都王穎為了去除駐守京城的長沙王乂，聯合河間王顒率軍攻擊洛陽，但被長沙王乂屢屢擊敗。304年初洛陽城缺糧，東海王司馬越勾結禁軍擒長沙王乂，開城投降。長沙王乂被河間王顒將領張方用火烤死，成都王穎迫惠帝立其為皇太弟，河間王顒為太宰，東海王越為尚書令。成都王穎勝利後，班師返鄴，政治中心北移。而後東海王越集結各方兵力，挾惠帝討伐成都王穎。最後失敗，晉惠帝被俘，東海王越逃至其封國東海（今山東郯城北），河間王顒將領張方佔領洛陽。
但不久東海王越的親弟并州刺史東瀛公司馬騰及幽州刺史王浚聯合異族烏桓、羯硃等勢力擊敗成都王穎。成都王穎挾晉惠帝逃至洛陽，投靠擁有關中及洛陽的河間王顒，最後成都王穎被廢，河間王顒改立司馬熾為皇太弟。305年東海王越在山東再次起兵，西向進攻關中。306年東海王越攻入長安。河間王顒和成都王穎敗走，最後相繼被殺。東海王越迎惠帝還洛陽，隨後晉惠帝被毒死，豫章王司馬熾繼位，是為晉懷帝，由東海王司馬越專政。八王之亂至此結束。
五胡亂華
兩漢之時，華戎雜居。至魏武帝時，以羌胡實邊助國，其勢漸成反客為主，固至晉益不可制[2]，遂有五胡之亂。詳細原因可參見本文內憂外患子條目的軍事部份。
八王之亂期間，司馬氏在地方上影響力頓減，地方勢力不斷膨脹，外族陸續叛變，成漢與前趙先後獨立。氐族李雄在益州逐漸勢大，於304年稱王，兩年後稱帝，國號成，史稱成漢。304年司馬穎遭王浚圍攻，遣匈奴領袖劉淵回并州發兵支援，劉淵乘機宣布獨立。308年劉淵稱帝，國號漢，後稱前趙。李雄與劉淵的獨立，開啟「五胡十六國時期」[3]。而後，各族陸續立國，晉室在八王之亂後面臨一場覆亡危機。
劉淵為了要擴充版圖，遣子劉聰掠奪洛陽，大將石勒及王彌掠奪關東各州。310年劉淵去世，劉聰殺新帝劉和自立為帝。同年，石勒經宛城、襄陽，掠奪江漢一帶，隔年北返。當時關東又有蝗災，洛陽缺糧，司馬越率朝中重臣及諸將東討石勒，棄懷帝於洛陽。311年晉懷帝與司馬越的矛盾爆發，密紹苟晞伐之，隨後司馬越病逝，王衍率軍歸葬封國東海。當他東行至苦縣（今河南鹿邑縣）時，遭石勒襲擊，晉軍精銳受屠盡亡，眾位大臣在投降後被殺盡。此時洛陽空虛，劉聰、王彌及石勒和兵攻破，處死太子、殺害官員百姓三萬餘人，擄走晉懷帝，史稱「永嘉之禍」。313年晉懷帝被殺，晉愍帝於長安繼立帝位，劉聰派劉曜持續攻打。316年晉愍帝投降，最後受辱被殺，至此西晉亡。
西晉亡後，在北方尚有三個忠於晉朝的地區，即并州北部劉琨、幽州段匹磾、涼州張寔。然而，并州劉琨先被石勒擊潰，投靠幽州段匹磾。段匹磾則奉東晉密令將劉琨處死，之後段匹磾也被石勒擊敗。最後，在涼州張寔去世之後，其弟張茂向前趙的劉曜稱臣。至此東晉在華北的勢力全部消滅。
東晉歷史
晉室南渡與內亂
晉元帝司馬睿原屬於東海王越一黨，鎮下邳。當時江東少受中原戰亂影響且財富充裕，但是吳人並不得志於晉室，所以有意光復吳國。吳姓世族中以義興周氏及吳興沈氏最盛，並為江東二豪，而吳郡朱、張、顧、陸四氏則居次。八王之亂後江南發生三次叛亂[4]，由於起事者出身卑寒，未受世族支持。最後該事依序由義興周氏的周玘所平定，史稱三定江南。307年八王之亂後，司馬睿聽從王導建議遷鎮到建康。南遷後王導以「鎮之以靜，群情自安」的政策穩定政權，他藉由當地名士顧榮、賀偱為引，進而獲得吳姓世族的擁護。而後大量北方世族及皇族衣冠南渡，在王導號召下共同支持司馬睿，使得江南諸州次第歸附，東晉得以偏安。
317年西晉滅亡後，司馬睿在建康重建晉廷，為晉元帝，史稱東晉。但是晉廷在穩定後大量引用僑姓世族（原北方世族），壓抑了吳姓世族。周玘等吳姓世族不滿，有意叛變，但事洩未果，周玘憂鬱而死[5]。其子周勰繼之，意圖叛變，但被其叔周札洩密而未果。而後晉室分化周、沈二氏，使其先後崩潰，並將親晉的朱、張、顧、陸四氏遞升。然而，由於僑姓世族持續侵犯江南經濟[6]並打壓南方世族入仕朝廷，使得僑吳世族在政治及經濟上的衝突仍在。加上世族對寒族歧視、與朝廷分庭抗禮；中央與方鎮對立及野心家的崛起，使得東晉一朝始終動盪不安。
因為北方外患威脅仍在，東晉朝廷賴世族及方鎮的支持以穩定局勢，這使得不少實力派世族意圖叛變，奪取政權。當時晉元帝倚重王氏，任王導丞相、王敦專政軍事，時稱「王與馬，共天下」。王敦素來桀傲，有意控制朝廷，晉元帝為了抑制王氏權勢，以劉隗、刁協、戴淵等人牽制，並防禦京師。王敦萬份怨恨，於322年發兵，攻陷建康。刁協等人被殺，史稱王敦之亂。晉元帝備受恐懼，憂憤而死，太子紹繼位，是為晉明帝。當時王敦欲篡位，移鎮姑孰（今安徽當塗縣），但於324年病危。晉明帝下令討伐，平亂成功，由於王導未附逆，所以王氏仍受晉室重用。
325年晉明帝去世，太子銜繼立，是為晉成帝。由王導及外戚庾亮輔政。當時軍事重鎮分由陶侃鎮守荊襄地區及由蘇峻及祖約等鎮守淮南地區。陶侃懷疑因為庾亮的干預而未能輔政，所以感到不滿。庾亮為了提防陶侃，任溫嶠鎮守武昌。由於蘇峻及祖約對庾亮鞏固中央的政策感到不滿，所以於327年反叛。次年蘇祖聯軍攻陷京師，脅持晉成帝，庾亮逃至尋陽（今江西九江市），史稱蘇峻之亂。此時陶侃觀望，經溫嶠力勸之下決定討伐蘇峻。而後蘇峻迎戰陣亡，329年陶溫聯軍收復京師，平亂成功。事後庾亮請罪，外調鎮蕪湖，朝廷由王導執政。334年陶侃去世，庾亮代之，仍遙控朝廷，與王導交惡。339年後王導與庾亮先後去世，由庾翼執政，掌握荊州軍權。
北伐與桓溫專政
在東晉成立後，南遷的晉人莫不希望發動北伐，收復在北方淪陷的家園。但由於世族已安居江南，南方豐富的資產使得重返北方的意願不高。而朝廷擔心野心家藉此擴大勢力，如立功還可獲得人心，達成篡位目的，所以不支持大規模北伐[7]。
東晉初期，朝廷採取以攻為守態度抵禦北方[8]。317年祖逖意圖北伐，晉元帝只有給予少量軍隊，命他相機進取。他招募流民建立軍隊，並與當地塢堡合作，最後成功收復黃河以南領土，與石勒隔河相持。但由於東晉發生內亂，朝廷又擔心他威望太高，於321年派戴淵為總督節制，以致收復河北的計畫無疾而終，祖逖憂憤而死，失地得而復失。王敦因為祖逖去世而不必顧慮，之後遂叛變。祖逖軍由其弟祖約率之，最後也隨蘇峻叛變。晉成帝時則由庾亮、庾翼兄弟主持北伐，他們以荊州為中心，意圖發動北伐。但是因為朝廷抵制，所以沒有實現。庾氏兄弟相繼去世後，荊州刺史由桓溫擔任。他嚮往劉琨、陶侃事蹟，以北伐為務。
346年晉穆帝時，桓溫討伐成漢（成漢於338年為李壽篡位，改國號為漢），次年討滅。桓溫聲威大震，世族忌妒之，執政司馬昱引殷浩抗衡之。349年石虎死，晉廷派褚裒北伐，失敗。桓溫多次希望北伐，晉廷不許，改以殷浩負責北伐。352年殷浩聯合羌將姚襄北伐前秦，被苻健擊敗。次年殷浩再度北伐，為姚襄所襲。354年晉廷只好將桓溫換上，由他掌握北伐大權。桓溫先後發動三次北伐，同年2月伐前秦，但由於苻健採堅壁清野戰術並打敗晉軍，最後桓溫缺糧而撤退。356年，桓溫討伐河南姚襄，擊潰之並收復洛陽，修謁皇陵。358年他建議遷都洛陽，但遭到世族反對作罷。等到晉哀帝及晉廢帝相繼為帝之後，桓溫已經控制朝廷。當時北方呈現前秦前燕兩強局勢，洛陽為前燕佔領。桓溫為了準備篡位，於369年討伐前燕。當時燕軍大敗，晉軍進駐枋頭（今河南浚縣附近）與燕將慕容垂對峙。最後晉軍缺糧而退，慕容垂率軍追殺，晉軍大敗。371年桓溫廢晉帝司馬奕為東海王，改立司馬昱為簡文帝。隔年簡文帝去世，晉孝武帝繼位，373年桓溫要求「九錫」，有代晉之意。大臣謝安、王坦之拖延該事，不久桓溫病死，東晉得以保存。
淝水危機
晉孝武帝時，謝安執政，桓沖為荊州刺史，防禦荊襄地區；謝玄鎮廣陵，與謝安防禦淮南地區。為了加強中央軍力，謝安任劉牢之為參謀，招募淮南江北百姓，成立北府軍。
370年前秦滅掉前燕後，前秦帝苻堅即有意滅東晉以統一天下。他於373年派兵攻下東晉梁益二州；378年派苻丕圍攻襄陽，朱序堅守，於隔年攻破，俘虜朱序；又派彭超圍攻彭城，卻被謝玄率北府兵擊敗。382年呂光平定西域後，苻堅的目標指向東晉。隔年5月桓沖率10萬軍，意圖奪回襄陽，苻堅派苻睿、慕容垂等人防禦。8月苻堅認為時機已到，率舉國之師南征東晉，兵分三路，聲勢浩大[9]。他親率步兵60萬抵達項城，派苻融為先鋒率27萬兵攻打壽陽，梁成等人屯洛澗以控制淮河。晉廷震驚，謝安力持鎮定，命謝石為前線大都督、謝玄為先鋒，與謝琰、桓伊等人率8萬北府兵北上救援。
383年10月秦軍前鋒攻陷壽陽後，苻堅趕往指揮，並派朱序向謝石諸降勸降。但朱序盡洩秦軍虛實，並建議速戰速決。11月謝玄派劉牢之率五千精兵攻破洛澗，晉軍西行，與秦軍對峙淝水。12月謝玄向苻堅建議後退決戰[10]。諸秦將認為阻敵淝水畔比較安全，但苻堅認為半渡而擊可主動對決。當秦軍後移時，晉軍渡水突擊，朱序於後軍大喊秦軍已敗。此時秦軍大亂，謝玄等人乘勝追擊，秦軍全面崩潰，苻融戰死，苻堅中箭，孤身北返，後由慕容垂護送。此役晉軍全面勝利，於東晉歷史上意義非凡，史稱淝水之戰。
戰後，謝安都督諸州軍事，準備北伐支離破碎的前秦。384年謝安命謝玄、桓石虔率軍北伐，謝玄等人自廣陵北上，攻克鄄城、廣固等地，並修建青州派（水利工程）[11]以運送糧草。此役收復山東、河南一帶，將北部邊界推至黃河以南。荊州軍也成功收復四川、襄陽一帶。謝玄繼續北上，前鋒劉牢之一度打到鄴城。但專政朝廷的司馬道子忌諱謝氏功高，朝議「以徵役既久，宜置戍而還」，令謝玄回鎮淮陰，最後北伐功敗垂成。
朋黨之亂與桓玄稱帝
司馬道子為晉孝武帝之弟，甚受信任。淝水之戰後謝安、謝玄被司馬道子排擠，最後相繼去世，朝廷逐漸混亂。北府軍後來由王恭等人統率。桓沖去世後，桓家最後由桓玄領導。390年晉孝武帝對司馬道子不滿，遂內以王珣、王雅入廷，外以王恭任兗州刺史、殷仲堪任荊州刺史；司馬道子也引王國寶及王緒抗衡，朋黨亂起。396年晉孝武帝被貴人張氏殺，太子繼立，為晉安帝，一般被評價為甚愚。398年王恭和庾楷上表彈劾王國寶並領兵討伐，殷仲堪遙援，吳姓世族也發民支持。司馬道子畏懼，只好殺王國寶、王緒求和。之後司馬道子聽從司馬尚之建議，任王愉江州刺史為外援。次年王恭聯合荊州刺史殷仲堪、廣州刺史桓玄再度舉兵。司馬道子命其子司馬元顯為都督同王愉率軍抵禦。王愉被擊敗，聯軍攻至京師。司馬元顯收買劉牢之倒戈，王恭敗死。殷仲堪與桓玄得知後退至尋陽，由桓玄任盟主，最後雙方言和。朝廷為分化殷仲堪勢力，任桓玄為江州刺史、殷仲堪為荊州刺史、其部下楊佺期為雍州刺史。399年桓玄殺殷楊二人，併其轄地。
司馬元顯擔憂北府軍不可靠，徵江東豪族佃民以建立新軍，稱為「樂屬」。這卻使「東土囂然」，引發民變，399年孫恩率眾攻陷會稽，史稱孫恩之亂。孫恩世奉五斗米道，五斗米道大受世族及平民信仰。400年孫恩擴張勢力，江東豪族[12]及五斗米道紛紛響應，江東八郡完全淪陷。401年孫恩偱海路直襲丹徒，京師震撼。劉牢之派劉裕至海鹽擊敗孫恩，孫恩乘船而退，又被劉裕擊敗。402年3月孫恩為臨海太守辛景所敗，投海而亡。餘眾由其妹夫盧循領導。
402年司馬元顯為了避免桓玄乘亂偷襲，搶先西征，任劉牢之為先鋒，司馬尚之為後部。桓玄也率軍東下，最後大破司馬尚之。劉牢之認為司馬元顯無用而倒戈，引桓軍入建康。桓玄控制朝廷，誅殺異己，先後殺司馬元顯與道子。並奪取劉牢之兵權，誅戮部分北府將領，提拔北府將領劉裕。他最初有意革新朝廷，但最後豪奢縱欲，政令無常，漸失人心。403年桓玄篡位稱帝，建國桓楚。隔年劉裕同北府舊將何無忌、劉毅舉兵，收復建康，桓玄挾晉安帝西撤江陵。不久桓玄又率軍東下，被劉毅擊敗。最後在逃往蜀地途中被馮遷所殺。而後桓振、桓謙又挾晉安帝反抗，劉裕直到405年肅清桓氏勢力，得以迎晉安帝復位，也掌控了朝廷。
劉裕篡晉
劉裕掌控朝廷後，荊州刺史劉毅忌妒，意圖舉兵。412年劉裕搶先討伐之，劉毅兵敗自殺。譙蜀為東晉叛將譙縱所建。在405年時，益州刺史毛璩率軍討伐江陵桓振，蜀軍不願遠征，便推譙縱為主叛晉。隨後攻陷成都，殺死毛璩，譙縱也自號成都王。408年晉廷派劉敬宜率軍討伐但失敗。413年劉裕派西陵太守朱齡石率軍西伐，攻佔成都。譙縱敗退自殺，譙蜀亡。
盧循為孫恩繼承人，桓玄為安撫之任為永嘉太守，但他仍不斷襲擾沿海。404年盧循由海路攻佔廣州，隔年晉廷為安撫而命他為廣州刺史。410年盧循趁劉裕北伐南燕之機，與其姐夫徐道覆分二路北伐，合潰劉毅於桑洛州（今江西九江市），乘勢攻入京師建康，史稱盧偱之亂。此時劉裕已趕回，盧循和徐道覆發生內訌，盧循久攻京師不破，撤守尋陽。10月徐道覆進攻江陵，為守將劉道規所敗。12月盧循敗於晉軍，退守廣州。411年劉裕派兵擊殺徐道覆。盧循最後於交州被交州刺史杜慧度殲滅，投水自殺，至此亂事平定。
劉裕消滅若干異己後，為了名正言順稱帝，先後發動兩次北伐。當時南燕慕容超屢屢入侵，409年劉裕率軍伐南燕。於次年攻破南燕都城廣固（今山東青州市），擒殺慕容超，南燕亡。而後因盧循叛亂，劉裕回師。後秦屢遭胡夏帝赫連勃勃入侵，國勢大衰，幼主姚泓初立。416年12月劉裕再度北伐，連克許昌、洛陽。隔年劉裕兵分兩路圍攻關中，最後攻破長安，後秦亡。但於該年冬天，留守京師的劉穆之突然去世，為免後方生變影響自己的篡晉計劃，劉裕不得不親返。他命其幼子劉義真同王鎮惡、沈田子等諸將防守長安，後來諸將內訌，胡夏帝赫連勃勃率軍攻擊[13]。417年冬劉裕命劉義真等將領率軍東歸，遭夏軍追擊，元氣大傷，至此北伐結束。關中失守後，同年劉裕殺晉安帝，立其弟德文，為晉恭帝。420年劉裕廢晉恭帝自立，建國宋，史稱南朝宋，是為宋武帝，東晉至此滅亡，開始進入「南北朝時期」。然而，此時北方仍處於五胡十六國時期，直至440年由北魏統一後方形成南北朝對峙。
疆域及行政區劃
西晉承襲曹魏領土，統一後領有孫吳疆域。疆域北至山西、河北及遼東，與南匈奴、鮮卑及高句麗相鄰；東至海；南至交州（今越南北部）；西至甘肅、雲南，與河西鮮卑、羌及氐相鄰。
西晉政區制度承襲東漢末期的制度，為州郡縣三級制。於三國曹魏時期有司、豫、兗、青、徐、冀、幽、並、雍、涼、荊、揚十二州，滅蜀漢後分益州置梁州。265年西晉代曹魏後，分雍、涼、梁三州之地設秦州，後分益州地設寧州，後分幽州地設平州。280年滅孫吳後得荊、揚、交、廣四州，並將荊、揚兩州與原曹魏荊、揚兩州合併，共十九州。秦州、寧州曾經廢止，後來復置。291年分荊、揚州地設江州，307年分荊、江州地設湘州，至此共二十一州。州以下分郡、王國。晉武帝防止野心世族篡位，制定分封制，依人口多寡封國諸王，有大國、次國、小國三種類型（詳見晉朝藩王列表）。但諸王僅得租稅，王國如同郡縣。諸王的軍權，主要來自鎮守之地。郡、王國以下為縣。縣大者置令，小者置長。至於公國、侯國，其地位同縣。
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東晉政區襲承西晉，也是實行州郡縣三級制。但是其州郡越分越多，轄區縮小。西晉末年，大量流民南渡。東晉朝廷為了安撫僑民及僑姓世族，以原籍州郡縣名寄治別處，而無實地，此即僑州郡縣。等到安定後實施土斷，使其州郡領有實地，戶籍和賦役與一般州郡縣相同。
東晉政區隨其疆域的變化而有增減。由於外族入侵與晉軍北伐，北疆時常變動；四川先後出現成漢、譙蜀等國；東南疆域大致固定。晉元帝時期，石勒入侵，北疆只剩淮南江陵一帶。成漢佔據四川，於347年被桓溫滅。桓溫發動三次北伐，一度收復山東及河南地區，後敗於前燕而止。前秦屢次入侵東晉領土，此時東晉僅剩揚、荊、江、廣、交、豫、徐、兗、益、寧七州，及兗、青、冀、司、幽、並、益等僑州，共十五州。383年淝水之戰，前秦慘敗。隔年謝玄北伐，成功收復黃河、秦嶺以南地區。之後東晉內亂，桓玄篡位，譙蜀獨立，疆域萎縮。劉裕崛起後攻滅譙蜀並發動兩次北伐，收復四川、山東、河南及關中地區。然而劉裕因故返京，將領內亂，夏人入侵，關中得而復失。此時東晉領有揚、北徐、豫、江、北青、司、荊、北雍、東益、寧、交、廣、北並、北冀、梁、徐、北兗等十七州，及幽、冀、東秦、青、並、兗、秦、雍等僑州，共二十五州。
政治體制
兩晉的政治體制為世族政治[14]。世族（又稱士族、勢族、門閥）的形成源自漢魏，主要由地方豪強、經學世家或累世為官者組成。九品中正制的誕生不僅成為維護世族政治的主要工具，也構成其一部分。220年曹魏實施九品中正制作為拔選人才的制度，以取代因戰亂而崩潰的察舉制度。魏晉時擔任審查的中正一般為二品官，但二品官幾乎為世族，使得世族獲得拔選人才的權力。由於在拔選時往往重視家世而忽略才德，最後形成「上品無寒門、下品無世族」的局面。曹魏「九品官人法」起初依才能、德行與家世為標準，將士人評為九等後來演變成以家世為重。
五胡亂華後，隨晉室南遷的北方世族稱為為「僑姓」（如琅琊王氏、陳郡謝氏等），南方世族則稱為「吳姓」。東晉時，以僑姓世族為主世族政治發展到巔峰，幾乎獨占政治權力。至於吳姓世族，東晉朝廷對其採取排斥態度，吳姓世族也不願與其積極合作，久之雙方隔閡加深。然而，隨者江南的開發，寒族及吳姓世族也逐漸抬頭。
架構方面，朝廷的決策機關與行政機關也逐漸分立。尚書省、中書省及門下省依序獨立出來，由漢代的三公九卿制走向隋唐的三省六部制。西晉承襲曹魏，中書監職權甚重，名實方面俱稱為宰相。由於地處樞近，雖然官位在尚書令之下，但權力在其之上。同時門下也自中書分到部分權力[15]，共同掌管決策，尚書則掌管行政。尚書的內部架構發展較為充分，在西晉即有省、曹、郎曹三級機構，「八座」之官。中書及門下直到東晉方擴張機構，中書省分局曹以協理奏章，門下至晉哀帝時建立門下省。後來皇帝為了提防權力漸盛的中書省，以門下省參與政治以牽制之。
兩晉的三公雖然無實權為榮譽職，但可為皇帝顧問，該職也用來安置權臣。當時一些權臣，大多以三公錄尚書事、加領中書及門下，或加領大將軍、持節都督中外諸軍事。至於監察制度，御史台成為完全獨立的部門，直接由皇帝控制。然而其主要功能為維護皇帝威嚴，並非掃蕩貪污。御史台架構完整，屬官分為監察司法的治書侍御史、維持朝殿威權的殿中侍御史和監督官吏是否瀆職的侍御史。
律令方面，由於《魏律》內容繁雜，早在司馬昭執政時即命賈充、羊祜、杜預、裴楷等人參考《漢律》及《魏律》來修編新法律。267年完成新律，次年頒行全國，此即《晉律》。因為於泰始年間頒行，又稱《泰始律》。這是魏晉南北朝時期唯一實行全中國的法典。張斐、杜預各別又為《晉律》作注本《律解》（張著）及《律本》（杜著）。經晉武帝批准後，該注與律文具有同等法律效力，所以又與《晉律》統稱「張杜律」。這種以注輔文的立法方式影響後世，如唐代的《永徽律疏》。
軍事制度
西晉的軍事制度沿襲曹魏，採用世兵制。晉武帝頒布去州郡兵及封國制，並任眾王都督諸州軍事。東晉兵制襲用世兵制，並以募兵制補充兵力。由於中央衰落，軍力外重內輕，地方方鎮較不受朝廷管轄。謝安為了鞏固中央，建立北府軍。
西晉軍隊分為中軍、外軍和州郡兵，中外軍全部兵員都來自軍戶。中軍直屬中央，編為軍、營，主要保衛京師，有事出征，兵力不下10萬人。駐防城內宮殿宿衛、宮門及京城宿衛為宿衛軍。駐防京郊，有事出征為牙門軍。中軍統帥為中軍將軍，後改為北軍中侯或中領軍。外軍為中央直轄的各州都督所統率的軍隊，都督一般由征、鎮、安、平等將軍或大將軍擔任。州郡兵是地方軍備，西晉滅孫吳後，為避免東漢末期諸州割據再度發生，裁撤州郡兵。並改置武吏，大郡100人、小郡50人，用以維持治安。但是實際上取消的州郡兵甚少。
晉武帝頒布封國制，諸王分封郡國，大國三軍5000人、次國二軍3000人、小國一軍1500人（詳見晉朝藩王列表）。並任一些王室都督諸州軍事，如汝南王亮督豫州、楚王瑋督荊州、河間王顒督關中。晉武帝任諸王都督諸州軍事是為了提升宗室力量避免權臣專政，但卻使得地方宗室掌握軍權，權力有逐漸凌駕中央的趨勢。西晉都督為持節使臣以督諸軍，持節都督分為三級，都督中外諸軍事為最高統帥，監諸軍次之，都督各州諸軍事居末，和將軍分統外軍。
東晉沿襲西晉軍事制度，但已有變化。因為皇權衰微，中軍往往有名無實，同駐京師的還有揚州都督所屬軍隊。外軍大多由世族的軍隊組成，統軍將領稱霸一方，其中荊州軍甚至超越中央。東晉多次北伐，確有助鞏固偏安之局，但如果方鎮具有野心，往往藉此篡位。關於兵源方面，因為戰亂軍戶大減，兵員改以募兵補充，或直接徵兵。其中由北方流民招募組成的北府兵，屢次擊敗強敵，在東晉後期等級如同中軍。
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