明
（西元1368----1644年，共277年）
明是我國歷史上最後一個由漢族建立的王朝，也是一個特殊的王朝。它前朝國力雄厚，經濟繁榮，海外貿易一度發達。但在中後期，卻閉關自守、日益衰敗，使中國失去了領先於世界的地位，被歐州迎頭趕上並超越。
明朝也是我國統一的多民族國家繼續發展和鞏固的時期，它加強了對一些邊疆少數民族地區的管轄。對現今中國版圖的奠定具有一定的積極作用。
明朝共16帝，其中病死的13帝；國亡自縊而死的1帝；內爭中戰敗後下落不明的1帝；被廢黜後氣死的1帝。
在明朝滅亡後，其殘餘力量先後在南方建立各自的政權，史稱南明（西元1644－1664年，共21年）。南明共6帝，被殺的3帝；被俘後自殺的2帝；死因不明的1帝。
明太祖（朱元璋）
洪武皇帝
朱元璋（西元1328-1398年），幼名重八，改名興宗，字國瑞，明朝的開國皇帝，在位31年。病死，終年71歲，葬于應天孝陵（今南京市城外鐘山南面獨龍阜玩珠峰下）。
朱元璋，濠州鐘離（今安徽省鳳陽縣）人。出生在一個貧寒的農民之家，少年時曾為地主牧童。元至正四年（西元1344年），朱元璋的家鄉遭旱蝗災害，瘟疫流行，他的父母及兄長都在這場災難中相繼死去。為了糊口，朱元璋投皇覺寺出家當和尚。但不久後的饑荒使得他不得不離開寺院外出化緣，游食於皖西、豫東三年，歷經磨難。此次外出對朱元璋的一生產生了重要的影響。
時值紅巾軍大起義爆發，紅巾風暴席捲江淮平原。至正十二年（西元1352年），朱元璋投奔了濠州郭子興的領導的紅巾軍。由於他的睿智與勇敢，很快成為了郭子興的心腹，並娶了郭子興的義女馬氏為妻。在郭子興部下期間，朱元璋不斷擴大自己的勢力，並掌握了一隻真正屬於自己的隊伍，這使得在郭子興死後，朱元璋很輕易地就擊敗了郭子興的兒子，取得了對整個隊伍的控制權。
此後，朱元璋利用劉福通在北方抗擊元軍之際，擴充隊伍，領兵南下。西元1355年被小明王韓林兒的宋政權授為左副元帥。西元1356年朱元璋攻克集慶，將集慶改名為應天府（今江蘇省南京市），並被宋政權授為江南行省平章，又自稱吳國公。並採納朱升的建議“高築牆、廣積糧、緩稱王”以應天為中心，大力發展生產，為今後的更大的戰爭打下了堅實的基礎。西元1363至1367年間，朱元璋先在鄱陽湖徹底擊潰比自己強大的陳友諒，自稱吳王。後又消滅浙江的張士誠，沉殺韓林兒，全據長江中下游，奄有大江南北。派徐達、常遇春以主力北伐中原。西元1368年正月，朱元璋在應天稱帝，定國號為大明，建年號為“洪武”，以應天為都城。同年8月，明軍攻克元大都，將元順帝趕回大漠，元滅亡。此後，朱元璋又用10幾年的時間平定了全國。
朱元璋出身貧民，因此對百姓的疾苦記憶猶新。他在位期間採取與民安息的政策，普查戶口，清丈土地，建魚鱗圖冊，興修水利，推行屯田，獎勵農耕，減免賦稅，頒佈《大明律》，使疲憊的百姓得以休養生息，有利地推動了社會生產的恢復和發展，使得國家的租稅額比元朝增加了三倍之多。
朱元璋親眼目睹了元末政治腐敗、官貪吏殘的情形。深恨貪官污吏蠢政害民。在建國之後，他大力整頓吏治，制定嚴刑峻法，對貪官污吏的懲治採取了空前絕後的嚴酷手段。當時法令規定，凡是發現有貪贓害民的官吏，百姓可以直接擒拿送至京師。若是有敢阻擋者，即行滅家滅族。凡是監守自盜倉庫錢糧等物者，若贓至六十兩銀子以上者，一律斬首示眾，並處以剝皮之刑。他把府、州、縣衙門左面的土地廟作為剝人皮的場所，稱為皮場廟。又在官府公座的兩側各懸掛一個塞滿草的人皮袋，使辦公的官員隨時提心吊膽，不敢再犯法。他還採用挑斷腳筋、剁手指、砍腳、斷手、鉤腸、割生殖器等酷刑。朱元璋稱帝三十餘年間，先後懲辦了不少貪官污吏。如僅在洪武九年（1376年），將有罪官吏發往安微風陽屯田者，即至萬餘人。在其所處理的一系列貪污案件中，最為突出的是郭桓案。郭桓官至戶部侍郎，徵收浙西秋糧貪贓枉法，洪武十八年（1385年）事發，結果被追贓糧七百萬石，六部左、右侍郎以下的官均被處死，供詞牽連到各布政司的官吏，被殺者又有數萬人，追贓還牽連到全國許多富戶，以致中產之家大抵皆破產。像這樣地使用嚴刑峻法懲治貪官污吏和如此大規模地誅殺貪官污吏，可以說從古以來所未有。朱元璋大張旗鼓地雷厲風行地重懲貪吏，這對於殺減貪風，改良吏治，起到了一定的作用。
為了朱明王朝世代永繼，朱元璋空前加強中央集權。洪武九年（西元1376年），廢除行中書省，設置布政使司、提刑按察使司、都指揮使司分管地方民、刑、兵之權；洪武十三年（西元1380年）取消中書省，廢除宰相制度，分相權於吏、戶、禮、兵、刑、工六部。設都察院監察百官，設錦衣衛等特務機構對朝臣和百姓進行監督，這一系列的措施都使皇權得到大大的加強。
朱元璋一方面大力推行中央集權制度，又實行與之相矛盾的政策，即分封諸皇子為王，使其“屏藩皇室”。朱元璋實行分封制度的目的，一是在於加強對北方蒙古的防禦，一是為了防止朝中奸臣篡奪皇位。朱元璋規定諸王可以“移文取奸臣，舉兵清君側”。同時為防止諸王跋扈難制，朱元璋又允許以後皇帝在必要時可以下令“削藩”。從而為後來的皇位之爭埋下了禍根。
朱元璋屢興大獄，濫殺功臣在歷史上也留下了重重的一筆，其中最大的兩次是胡惟庸案和藍玉案。胡惟庸是左丞相，深得朱元漳的寵信，因而權勢日盛，遂專權跋扈，不知自忌。如朝中有人命生死及官員升降等大事，往往不奏徑行。凡內外諸衙門上奏章，有不利於己者，輒匿不奏聞。一時四方鑽營之徒及功臣武夫失職者，莫不爭投門下。洪武十三年（1380年），朱元璋以擅權枉法的罪狀殺了胡惟庸，又殺御史大夫陳甯、禦史中丞塗節等數人。十年之後，到洪武二十三年（1390年），朱元璋又以胡黨為題大開殺戒。於是太師韓國公李善長被賜死，家屬七十余人被殺。同時被殺者，又有陸仲亨等列侯多人。總計先後株連蔓延被殺者共三萬餘人。藍玉是功勳卓著的大將，被封為涼國公，同樣不知自忌，侵佔民田，鞭打禦史。又北征歸來，夜扣喜峰關，關吏不即開門，遂縱兵毀關而入。洪武二十六年（1393年），藍玉被告謀反，朱元璋也將他殺了，連坐被族誅的有一萬五千人。所有勇武的元功宿將幾乎在這一案中被殺光。
在兩案之外，開國功臣死於非命的還有不少。明朝開國功臣僥倖得以善終者，惟有湯和、耿並文等寥寥數人。朱元璋如此殺戮功臣，實千古所未有。
朱元璋認為用如此嚴厲的手段鎮壓臣下，整肅吏治，是治國之初所必要的，但這只是權宜之計，不能一直使用。所以到晚年他曾下令嚴禁後人效法。
朱元璋出身貧困，稱帝后的生活還是較為樸素、節檢，不喜歡飲酒。江南行省的長官將陳友諒的一張鏤金床送給他，他發怒說：“這和孟昶的七寶溺器有何區別？”命人砸碎。他要求臣下寫摺子要文字簡潔。刑部主事茹太素上萬言書，朱元璋叫人念了6370字後還未聽到具體的建議，全是空話，頓時大怒，叫人把茹太素叫來痛打了一頓。第二天晚上，他再叫人繼續讀下去，讀到16500字以後才涉及本題，提出了五項建議，其中有四項他認為是可取的，便馬上命令施行。同時指出這摺子只要寫500多字就夠了，卻寫得這麼冗長，但又承認自己厭聽冗文而打了茹太素不對，並讚揚茹太素是忠臣。
朱元璋吸取元朝前期不立太子造成多次宮廷政變的教訓,在稱吳王時,就立了長子朱標為世子,稱帝后立為太子,聘用著名文人和朝廷重臣教導他。太子成年後,就讓他處理政事,學習治國,還常常教訓他要仁、明、勤、斷，這樣才能保住天下。但是，朱標卻溫文爾雅，儼然是個儒生。他生性忠厚，不贊同父親大殺功臣。每當朱元璋要殺功臣時，他總是要加以勸阻，要求父親以仁慈為本，顧及親戚情誼和兄弟友愛。為此父子經常發生爭執。據說一次朱元璋要懲處太子的老師宋濂，朱標哭著求情。朱元璋發怒說等你做了皇帝赦他，太子聽後惶恐不安，竟投水自殺而被左右救起。又有一次，朱標勸諫父親。朱元璋不言語，第二天故意將一條棘條扔在地上，叫朱標拿起來。朱標因為杖上有刺，不敢去拿，朱元璋說：“你是怕有刺而不敢拿，我把刺拔掉了再交給你，豈不是好。”朱標說：“上有堯舜之君，下有堯舜之民。”意思是說上有仁君，下才有良民。朱元璋聽後大怒，抓起一把椅子朝他扔了過去，嚇得朱標逃入內室，從此驚嚇成病，抑抑而死。
由於整日忙於國政，朱元璋50歲以後就感體力不支，心動過速，又常發高熱，好幻想，作怪夢，有時喜怒無常。太子一死。他又傷心過度，身體愈益衰弱，發須全變白了。他立朱標次子（朱標長子早亡），十六歲的朱允炆為皇太孫，又怕太孫駕馭不了重臣宿將，便再次誅殺功臣，將傅友德、馮勝等幾位開國元勳借故殺了。他又怕兒子們與太孫爭奪皇位，特地編了《皇明祖訓》，要子孫們遵守宗法制，並規定誰更改祖制，就以奸臣論處，格殺匆論，希望以此使大家都服從小皇帝，保持朱家王朝的平安長久。
洪武三十一年（1398年）五月，明太祖朱元璋心力交瘁，終於病倒。病勢轉危，便立遺詔說他稱帝 31年來“憂危積心，日勤不怠”。這寫出了他辛勞的一生，也寫出了他處於統治階級內部激烈鬥爭之中的心境。遺詔中命太孫朱允炆繼位，諸子各自鎮守藩國，不必赴京奔喪，以防變亂。不久病死于南京西宮。
朱元璋死後，被諡為高皇帝，廟號太祖。
朱元璋生前找了許多畫工來畫自己的像，畫得都很逼真。由於朱元璋的相貌不雅，據史書記載，朱元璋“資貌奇偉、奇骨冠頂”。就是說朱元璋有一幅非常特別的相貌，黑黑的大臉，額頭和太陽穴高高隆起，顴骨突出，大鼻子，大耳朵，粗眉毛，一對眼睛鼓鼓的，發出冷酷的光。寬闊的下巴比上額還要長，誰看了都會吃驚，都要留下難忘的印象。所以畫工畫得越逼真，他越不滿意。後來，有個畫工猜中了他的心思，他畫得面貌輪廓有些像朱皇帝，卻一臉的和氣，看上去慈祥仁愛，同時又顯得威嚴沉穩。朱元璋很滿意，命人臨摹了很多份，分賜給諸子和王公大臣。所以，朱元璋像現有兩種，一種是他的真面相，另一種是美化之筆。
明惠帝（朱允炆）
建文皇帝
明惠帝朱允炆（西元1377－？），明太祖朱元璋孫，太祖病後繼位，在位4年，京城被叔父朱棣攻破後不知所終。
朱允炆，明太祖朱元璋孫，太子朱標次子。洪武二十五年皇太子朱標病逝，朱元璋不得不重新考慮皇位的繼承問題，在此期間，他曾想到了皇四子朱棣，因為朱棣又許多地方都與自己非常相似，但向群臣諮詢的時候，大臣劉三吾提出，如立皇四子，那麼將皇二、三子立于何地？當時朱元璋已經分封了諸王，而且皇二、三、四子分別被封為了秦、晉、燕王，三人的封地都是邊境重鎮，而且手握重兵，一但由於爭儲而出現內訌，後果將非常嚴重。因此朱元璋只得將朱標的次子朱允炆立為皇太孫（朱標長子早逝）。
洪武三十一年（西元1398年）閏五月，明太祖朱元璋病逝，朱允炆正式即位，改年號為建文。從年號上不難看出，一個建文，一個洪武，二位皇帝的性格截然不同，而且朱元璋不願立皇太孫的一個重要原因就是朱允炆像他的父親一樣，過於柔弱，過於仁慈，受儒家思想的影響太嚴重，恐怕日後駕禦不住眾臣。
朱允炆即位之後，重用黃子澄、齊泰、方孝儒等文人，一反明太祖的做法，推行了一系列新政。首先是重德省刑，銳意文治，崇尚禮教。以致刑部的囚犯比往年減少了三分之二。同時又選派廷臣二十四人為採訪使，分巡天下，觀風俗，燭幽隱，興辦利民之事。其次是均免賦役。減免歷年逋租和天下荒田租稅。針對江浙賦役過重的情況，建文帝特下詔“江浙賦獨重，宜悉與減免，畝不得過一鬥。”對於佛道勢力多占良田的情況加以限制。在朝廷內，建文帝對宦官管教甚嚴，同時又詔諭地方官，一旦發現宦官奉使橫暴，虐害士民即擒送京師，加以嚴懲。這也引起了不法宦官的怨恨，在日後靖難之役中或投靠燕王朱棣，或是做為內應。
建文帝在官吏方面也進行了改革，重新更定官制，大力精簡機構，革除冗員。在建文帝在位的四年間，撤銷了九個州，三十九個縣以及一大批冗官冗吏和稅務機構，增加了中央財政收入，減輕了人民的負擔。
可以說建文帝的一系列措施，充分體現了他以仁義禮樂化民的治國思想，改革了洪武時期的不少弊政，給社會帶來了一陣清風。為無論是百姓，還是官吏都創造了一個寬鬆的環境，緩和了社會矛盾，對社會的安定產生了積極作用，一時政通人和，所以後人有“四年寬政解嚴霜”之譽。
正當建文帝行新政之際，大明王朝卻禍起蕭牆。原因是建文帝登基之後，見於各地藩王（即他的各位叔父）“擁重兵，多不法”的狀況，擔心會造成西漢時的七國之亂，採納了兵部尚書齊泰、太常卿黃子澄的建議，決定削蕃。但朱允炆在重大問題的決策上犯了一個嚴重錯誤。他並沒有先削實力最為強勁的燕王朱棣，而是從其他藩王下手，先後廢了周王朱肅、齊王朱福等五王為庶人，這樣即引起了藩王們的岌岌自危，還打草驚蛇，使得燕王加緊做出準備。當朱允炆決定向朱棣開刀時，卻為時以晚。
燕王朱棣是朱元璋第四子，洪武十三年就藩北平（今北京市），而且隨著朱棣在對蒙古作戰的過程中不斷壯大，他已經成為了皇權最大的威脅。西元 1399年7月，朱棣在作了充分準備後，以“誅齊黃、清君側”為名，用“恢復祖宗舊制”為旗號，揮師南下，爭奪帝位。史稱“靖難之役”。
建文帝部署兵力，奮力平叛。在最初的戰鬥中朝廷的兵力占絕對優勢，不過由於大將李景隆的指揮不當，明軍屢遭敗績。儘管燕軍氣勢洶洶，並曾攻下城邑，但卻旋得旋失，所以鏖戰三年，燕軍僅據北平、保定、永平三郡而已，戰爭出現僵持局面。在此期間明軍中湧現出了一批比較優秀的將領，他們的頑強抵抗給朱棣造成了極大的威脅。這時一些被建文帝處罰的不法宦官向朱棣透露了京師空虛的情報，並表示願充當燕軍內應，朱棣正確分析了形勢，只要建文帝在一天，地方軍對就會抵抗一天，而且自己就是叛王，但如果一旦攻佔南京，成為一國之君後，相信也沒有多少人反對，因為大家都是觀望的態度。於是朱棣改變以往攻城奪地的戰略，率軍直搗南京。
建文四年（西元1402年）6月，燕軍渡過長江，兵臨城下。此時的建文朝廷已經亂作了一團，很多地方將領按兵不動。齊泰、黃子澄借募兵為由，離京奔廣德、蘇州。左都督徐增壽密謀私通朱棣作為內應，被朱允炆察知，親手將他砍死。守衛金川門的谷王朱穗和大將李景隆私自開門降燕，讓燕軍殺入城內。朱允炆聞報，流淚說道：“朕未曾薄待朱穗、李景隆等人，他們竟在緊要關頭背叛於朕。”忠於建文帝的禦史連楹假意投降朱棣，挨近馬前行刺不成被朱棣所殺。朱允炆聽說後歎道：“如此忠臣，朕卻不重用，這是朕的過錯，悔之不及，朕還不如一死以殉社稷嗎。”說完拔刀就要自殺，被左右死命阻住，朱允炆無奈，又見警報迭傳，下令縱火焚毀皇宮，朱棣殺入宮中，搜尋了三天，始終沒有找到朱允炆。追問內侍，他們也不知朱允炆是死是活，只知他下令縱火後就不見了蹤影。馬皇后和大多數妃子、內侍都被燒死，內侍們怕朱棣不信，找了一具殘骸說成是建文帝的屍骨。朱棣命人從灰燼撥出殘骸，已是滿身焦爛，四肢不全，分不清男女，只得下令以天子禮殮葬。
此時朱棣的靖難之役宣告成功，自己也登上了帝位，年號永樂。正如朱棣所料，地方上幾乎沒有人反對。而在朝廷內卻是另一番情景，投降的文臣只有廿四人，其他或逃跑、或自殺卻有千人。永樂朝廷幾乎無人可用，可見建文帝在文人士大夫心目中的地位是相當高的。
建文帝的帝王之旅，四年即告結束，作為皇帝他太過仁慈，有時甚至優柔寡斷，如果讓他作臣子，相信他可以愛民如子，兩袖清風，但作皇帝不一樣，皇帝註定與鮮血分不開，他要排除異己；他要樹立皇威，如果不能做到這些，皇帝也終將被歷史淘汰，建文帝就是這樣一個悲劇人物。
關於建文帝的生死，有一種說法是；建文帝下令縱火後，自己與少數隨從從地道中逃出，乘船潛往雲南，削去頭髮，改換僧裝，自號應文，浪跡天涯。朱棣聞訊後，一直懷疑建文帝仍活在世上，可能存亡海外，將成後患，便命太監鄭和率龐大的船隊下西洋尋找，同時藉以宣揚國威，交通各國，結果仍然未找到他的蹤跡。
朱允炆史稱建文帝，南明弘光年間追崇為惠宗讓皇帝，清朝乾隆年間，被追諡為恭閔惠皇帝，所以建文帝又史稱明惠帝。
明成祖（朱 棣）
永樂皇帝
明成祖朱棣（西元1360－1424年），明太祖朱元璋第四子，攻敗侄兒建文帝后奪取帝位，在位22年，親征漠北返師途中病死，終年65歲，葬於北京昌平天壽山下的長陵（今北京十三陵）。
明成祖朱棣是歷史上爭議頗大的一位帝王，他立有不世之功，創造了明初盛世，但他好大喜功，多疑好殺，手上沾滿了鮮血。不過正如舊史家所說：“高（朱元璋）成（朱棣）肇造，享國長久，六七十年間，倉廩贍足，生齒繁殖。”因此朱棣也和朱元璋一樣，是個值個肯定的人物。
朱棣（近年來學者考證，他實為高麗人公妃所生，為爭奪皇位而自稱太祖嫡子）十一歲被父親朱元璋封為燕王，並於二十一歲就藩於北京，當時元朝的勢力雖然已經被趕到了大草原上，但還具有相當強的軍事實力，並不斷騷擾明朝的北部邊境。因此北京並不安寧，他是作為一個軍事重鎮而存在的。朱元璋將朱棣分封在北京，就是希望自己的兒子能代替功臣宿將掌握兵權，從而使明朝的政權更加穩固。可誰知就是這個四皇子，竟利用手中的兵權最終奪取了皇帝的位子，這是當初朱元璋無法預料到了。
朱棣在北京期間，在眾多忠臣猛將的指導下，迅速成長為了一位出色的軍事統帥，西元1390年，朱棣出兵攻伐元朝殘餘勢力乃兒不花而獲得全勝，得到朱元璋的嘉獎，命其節制北部邊境兵馬，使朱棣的軍事實力大大加強。並屢次統帥諸將出征，威名大振。到洪武末年已經成為北方最強大的一鎮諸侯。
明太祖朱元璋去世後，皇太孫朱允炆即位，年號建文。建文帝即位之初除了進行一系列的必要的改革之外，便在齊泰．黃子澄等人的提議下開始削番。朱棣竭力反對，當建文帝的矛頭直指自己時。朱棣也立即採取行動，殺死了朝廷派到北京的駐守大臣，並援引《皇明祖訓》中“有敢更改祖制者，以奸臣論處，”的條文，以“誅齊黃、清君側”為名，起兵靖難。由於洪武時期的功臣已經被朱元璋殺戮待盡，因此朝廷只得派一些年輕將領掛帥。但由於朝廷的兵力強大，雙方還是處在一個僵持的形勢下。而此時建文帝的軟弱就暴露了出來，由於他的一些決策錯誤，加之朱棣直導南京策略的成功，建文四年（西元1402年）6月，朱棣佔領了南京，建文帝不知所終。在群臣的“勸說”下，朱棣在南京即位，年號永樂。
朱棣即位後，為清除建文餘黨採取了血腥的政策。他首先下令清宮三日，殺死了皇宮中大部分的宮人、女官和太監。接著，大肆虐殺不肯降服的建文帝舊臣。齊泰、黃子澄先後被他活活磔死（即分裂肢體）。兵部尚書鐵鉉被捕後押到京城，見了朱棣毅然背立，抗辯不屈。朱棣大怒，命人割下他的耳鼻，煮熟後塞入他口中，問他滋味如何？鐵鉉厲聲說忠臣孝子的肉有什麼不好吃。朱棣又命人當場將他一刀一刀地割死。文學博士方孝孺穿上一身孝服，哭入宮中，被朱棣命人投入大牢。幾天後，朱棣命他為自己登極草擬詔書，方孝孺將筆扔在地上哭罵道：“要殺就殺，詔書我是絕不會寫的。”朱棣說：“即使你不怕死，難道連你的九族也不顧了嗎？”方孝孺大聲說就是滅我十族，我也不怕。說完拾起筆寫了幾個大字，朱棣一看，竟是“燕賊篡位”，氣得下令將方孝孺磔殺，同時又搜捕方孝孺的宗族親友和門生共十族873人全部殺死。對於願意降服的建文帝舊臣如楊士奇、楊榮、楊溥等人，朱棣卻又能既往不咎，量才錄用。
朱棣雖然對建文帝的削藩決定不滿，但他執政後也認為藩王勢力太盛，尾大不掉，對中央集權構成威脅，也決定削藩。朱棣憑持重兵在手，將眾藩王或遷南方，或廢為庶人，分別解除了各藩王的兵權。鞏固了中央集權。朱棣又設置了奴兒幹都指揮司，管轄黑龍江、烏蘇里江、烏弟河、庫頁島等地。使上述地區歸屬於明中央政府。
太監的勢力在永樂朝也得到了充分的發展，朱棣設置東廠加強特務統治，重用宦官開始干預明朝政事，使許多太監成為了舉足輕重的人物。這也是明朝宦官專政的禍根。朱棣派鄭和下西洋，也掃除了禁海閉關的痼疾。鄭和下西洋的目的有二，其中最重要的目的就是尋找失蹤的建文帝，因為當時有人傳說建文帝從海上逃跑了，朱棣擔心建文帝會捲土重來，就派自己的心腹太監鄭和下西洋去尋找。另一個原因就是朱棣為人好大喜功，當時中國被認為是世界中心，四海都應該來朝賀，因此他派鄭和下西洋去接各國的國王來朝賀，以襯托盛世。
同時朱棣營建北京城和建造紫禁城，重修萬里長城。當時北方還不安定，隨時都有戰爭的可能，南京距離較遠，指揮不便，因此朱棣下旨建造紫禁城，準備遷都。1416年開始修建北京宮殿，1421年正式遷都北京。並重新修築了萬里長城，我們今天所見的長城實際就是明代長城。朱棣在文治上也頗有建樹，《永樂大典》的編纂就足以證明。《永樂大典》是解縉等人組織編修的，被譽為古代類書之冠。與清代的《四庫全書〉相比，《永樂大典》更具價值，因為他對古代的書集只是做了收集、整理、分類，並沒有大的改動。而《四庫全書》卻有很多內容被編者修改了，使古籍的原貌遭到了破壞。因此《永樂大典》無愧於古代類書之冠的稱號。
永樂十年以後，朱棣開始了北征，而且隨著年齡的增長，北爭的頻率越來越快。朱棣一生共發動了五次北爭，除前兩次有所斬獲外，其餘多為勞民傷財，使得剛剛恢復的經濟又背上了沉重的包袱。不過五次漠北親征也解除了元朝復辟勢力的威脅。
西元1424年，朱棣第五次北征，雖然他已65歲，且久病風痹，但仍堅持親征於人煙稀少的荒漠中，不過此次並沒有尋找到韃靼軍的蹤影。只利返程。行至途中病情加重，7月病逝於榆木川（今內蒙古多倫縣西北），死前召見英國公張輔囑咐後事，並命傳位於太子朱高熾。
朱棣死後，被諡為孝文皇帝，廟號太宗，西元1538年，嘉靖帝將他的廟號改為成祖，歷史上又慣稱為永樂皇帝。
明仁宗（朱高熾）
洪熙皇帝
明仁宗朱高熾（西元1378－1425年），明成祖朱棣長子，成祖病逝後繼位，在位1年，病死，終年47歲。葬於獻陵（今北京十三陵）。
朱高熾，西元1395年被立為燕王世子。他生性端重沉靜，言行識度，喜好讀書。由於他的儒雅與仁愛深得皇祖朱元璋的喜愛。不過由於朱高熾喜靜厭動，體態肥胖，行動不便。總要兩個內侍攙扶才能行動，而且也總是跌跌撞撞，因此對於一生嗜武的明成祖朱棣來講，他並不喜歡這個兒子。
成祖起兵靖難，命朱高熾留守北京。朱高熾團結部下，以萬人之軍成功地阻擋了建文帝的大將李景隆的50萬大軍，保住了北京城。這一戰役對整個靖難都具有極其重要的意義，也是朱高熾在靖難中最耀眼的一筆。在此期間，建文帝遣書信給朱高熾，許以封王，爭取朱高熾歸順朝廷。朱高熾接到書信之後看也沒看，原封未動地送到成祖面前，使建文帝的反間計失敗。
此後由於他身體肥胖，不便隨軍作戰，因此成祖將他留在後方，這樣皇二子朱高煦就走上了前臺。朱高煦與成祖頗有幾分相像，而且作戰勇猛，在武將中威信很高，在戰鬥中他曾多次救成祖與危難之際，成祖也曾許願說“你大哥多病，將來皇位必將是你的”聽了這話，朱高煦的熱情更加高漲，在整個靖難中立下了非常大的功勞。
靖難成功之後，朱棣登上了皇位，但就立皇太子的問題上又出現了猶豫，朱高熾由於仁愛、儒雅，深得文臣們的擁戴，而且他是太祖皇帝親自為朱棣選擇的燕世子，是皇位的合法繼承人，在封建社會，這一點是非常重要的；而朱高煦性格頗似成祖，武勇英俊，在靖難中立下大功，而且成祖也曾親自許願將皇位傳給他，就成祖本人來講，他是希望立朱高煦的，他覺得朱高熾過於仁弱，將來會遭人脅迫。
但是最終成祖還是立了朱高熾為太子，因為明朝的內閣制度和漢族的封建社會長幼有序制度在某種程度制約著帝王。而且朱高熾作為世子的時候確實沒有什麼重大的錯誤，因此廢之無名，很重要的一點是朱高熾的長子朱瞻基敏慧異常，深得朱棣的喜愛，著名的文臣解縉曾經以“好聖孫”來說服成祖，成祖終於下定了決心，於西元1404年立朱高熾為太子。
次子朱高煦並沒有就這樣屈服，他遲遲不肯就藩，留在京城伺機行動，他先是進讒言使得立儲的第一功臣解縉遭到貶黜，幾年之後慘遭殺害，然後私養了許多武士圖謀不軌，好在楊士奇、徐皇后說服了朱棣削奪了朱高煦的部分護衛，強令他就番樂安。高煦與高熾之爭才算暫時告一段落。誰知半路又殺出個程咬金，皇三子朱高燧在成祖得病期間曾密謀殺死成祖，然後矯召即位，幸得有人告密，一場災難才沒有降臨，事後，由於朱高熾為朱高燧求情，成祖總算沒有再追究。
永樂22年7月18日，65歲的永樂皇帝在北征反京的途中病逝，英國公張輔、閣臣楊榮為了避免朱高煦、朱高燧趁機作亂，因此秘不發喪，將軍中的漆器融成一口大棺材，將成祖的遺體裝入棺材中，每日還是照例進餐、請安，只是皇帝的車簾再也沒有掀開、皇帝也在沒有說話，軍中一切如常，同時，派楊榮與太監海壽進京密報，朱高熾得知後立即派兒子朱瞻基出京迎喪，由於大臣們的精心安排，總算沒有爆發什麼叛亂，政權得以平穩過渡。
朱高熾即位後，改年號為洪熙，開始了他一系列的改革，首先朱高熾赦免了建文帝的舊臣和成祖時遭連坐流放邊境的官員家屬，並允許他們返回原處，又平反冤獄，使得許多冤案得以昭雪如建文朝忠臣方孝儒的冤案，永樂朝解縉的冤案都在這一時期得到平反。並恢復一些大臣的官爵，從而緩和了統治集團內部的矛盾。
其次朱高熾選用賢臣，削汰冗官，任命楊榮、楊士奇、楊博三人（史稱三楊）輔政。廢除了古代的宮刑，停止寶船下西洋，停止了皇家的採辦珠寶；處處以唐太宗為楷模，修明綱紀，愛民如子，他下令減免賦稅，對於受災的地區無償給以賑濟，開放一些山澤，供農民漁獵，對於流民一改往常的刑罰，採取妥善安置的做法，這一切都使得洪熙朝人民得到了充分的休養生息，生產力得到了空前的發展，明朝進入了一個穩定、強盛的時期，也是史稱“仁宣之治”的開端。
在思想上，他崇尚儒學，褒獎忠孝，他統治期間儒家思想得到了充分的發展，仁宗還在京城思善門外建弘文館，常與儒臣終日談論經史。仁宗非常善於納諫，曾經給楊士奇等人一枚小印，鼓勵他們進諫，因此洪熙朝政治非常清明，朝臣可以各抒己見，皇帝可以擇善而行。朱高熾在後宮之中也不戀女色，除皇后張氏之外，僅譚妃一人。張皇后非常賢慧，與朱高熾相敬相受；譚妃也是一位賢內助。在朱高熾死後自縊殉節，被諡為昭容恭禧順妃。
朱高熾對科舉制度也做出了重要的貢獻，當時由於南方人聰明而且刻苦，進士之中多為南方人，但北方人天性純樸，忠貞，也是皇家不可或缺的支柱，但北方人文采出眾的較少，為了保證北方人可以考中進士，朱高熾規定了取中比例“南六十、北四十”這一制度一直被沿用至清朝。
西元1425年（洪熙元年）5月29日。朱高熾由於心臟病突發猝死于宮內欽安殿。死後被諡為孝昭皇帝，廟號仁宗。
有人曾提出仁宗在位不到一年，因此對於他的貢獻提出了質疑，但是殊不知成祖在位期間有大部分時間都在北征，朝中的政務一直是交給朱高熾來掌管，因此他又充分的時間來推行自己政策，為自己即位打下了良好的基礎，如果加上這段時間，朱高熾對明朝做出的貢獻就毋庸置疑了。明仁宗朱高熾一代仁君的稱號當之無魂。
明宣宗（朱瞻基）
宣德皇帝
明宣宗朱瞻基（西元1398－1435年），仁宗朱高熾長子，仁宗死後繼位，在位10年，病死，葬于景陵（今北京市十三陵）。
明宣宗朱瞻基出生於洪武三十一年，在朱瞻基出生的那天晚上，他的皇祖當時還是燕王的朱棣曾經作了一個夢，他夢見太祖皇帝將一個大圭賜給了他，大圭上鐫著 “傳之子孫，永世其昌”八個大字。在古代，大圭象徵著權力，朱元璋將大圭賜給他，正說明要將江山送給他。朱棣醒來以後正在回憶夢中的情景，忽然有人報告說孫子朱瞻基降生了。朱棣馬上意識到難道夢中的情景正映證在孫子的身上？他馬上跑去看孫子，只見小瞻基長得非常像自己，而且臉上一團英氣，朱棣看後非常高興，這件事對朱棣下決心發動靖難也有很大的作用。
朱瞻基於西元1411年被明成祖朱棣立為皇太孫。並親自挑選當時的著名文臣擔任朱瞻基的老師，並多次指示，皇孫是個可造之才，你們一定要盡心竭力，同時朱棣也不忘親自教導，永樂中期以後的遠征漠北，朱棣總是將朱瞻基代在身邊，讓他了如何解帶兵打仗，鍛煉他的勇氣，這對後來朱瞻基的親征有非常大的幫助，每次遠征歸來經過農家，朱棣都要帶朱瞻基到農家看看，讓皇孫瞭解農家的艱辛，讓他以後作一位愛民的好皇帝，朱棣對朱瞻基的精心教導對朱瞻以後成為著名的守成之君，有著極其重要的意義。
很大程度上朱高熾被立為太子是沾了兒子的光，因此父子倆就成為了朱高煦等人的眼中釘，青年的朱瞻基也被捲入了這場爭鬥，但是憑著祖父對他的喜愛，憑著他的勇氣與睿智，他總是能夠幫助父親化險為夷，最終使朱高熾登上了皇帝的寶座。誰知父親的皇位還沒有座熱，十個月之後就暴病去世了。
當時朱瞻基正在南京，當日他動身北歸，曾聽說他的皇叔、漢王朱高煦要在半途截殺他，然後自立為帝。左右都勸他整頓兵馬以作防範。朱瞻基說：“君父在上，誰敢如此膽大妄為？”依然輕身出發，日夜兼程趕到北京，當時朱高煦還沒有派人設伏，他沒有料到朱瞻基會來的如此之早。回到北京之後，他一方面妥善處理了父皇的後事，一方面加緊北京城的戒備，防止有人伺機作亂，然後從容登基，改年號為宣德，開始了他的帝王生涯。
朱瞻基登基之後，擺在他面前最大的問題就是太祖皇帝留下的外藩的問題。這個問題在建文、永樂、洪熙三朝都沒有得到根本解決，朱瞻基即位之後，馬上著手整頓軍務，準備迎接來自強藩的挑戰。他的皇叔朱高煦在靖難之役中就戰功赫赫，很會帶兵，永樂朝被封樂安之後，就從沒有放棄武力奪取政權的野心，終於機會來了，仁宗病逝，宣宗即位，國家動盪，皇帝年輕，正是造反得好時機，於是經過精心的準備後也像他的父親一樣扯起了“清君側”的大旗，矛頭直指五朝老臣夏原吉。早已準備就緒的宣宗皇帝在大臣楊榮的建議下禦架親征，在聲勢上一下就壓倒了叛軍，以前同意與朱高煦共同起兵的幾路兵馬也都按兵不動，明軍很快包圍了樂安城，見大勢已去，朱高煦只得棄城投降，這次戰役以明軍的大獲全勝，生擒朱高煦而告終。群臣都勸朱瞻基將朱高煦正法，朱瞻基念其是藩王網開一面，沒有殺他，而是將他廢為庶人，軟禁在西安門內逍遙城。
得勝之師回到北京後，朱瞻基馬上傳召給另外一個皇叔朱高燧，暗示他交出兵權（當時的親王都有自己的軍隊，稱作衛），朱高燧並沒有反抗，乖乖地交出了三衛兵馬，就這樣明初近半個世紀的藩王問題在宣德朝終於得到了解決。
宣宗朝文有“三楊”（楊士奇、楊榮、楊浦）、蹇義、夏原吉；武有英國公張輔，地方上又有像于謙、周忱這樣的巡撫，真是人才濟濟，這使得當時政治清明，社會安定，百姓安居樂業，經濟得到空前的發展，出現了即文景之治、貞觀之治、開元盛世之後的著名的“仁宣之治”的盛世局面。這也是明朝二百七十餘年間的極盛時期。
安南問題也是宣德朝的一個重要問題。早在永樂時期，由於安南內部的爭鬥，使得安南原來的統治者絕嗣，安南一片混亂，成祖派大將張輔率兵平叛，並在安南正式建衙，並派人管理，但是由於一些貪官污吏的壓榨，加之歷史淵源，安南幾乎沒有斷過兵燹，這使得明初的財政背上了沉重的負擔。到了朱瞻基即位，安南問題日趨嚴重，朝廷軍隊不斷在安南遭遇敗績，在這種情況下，宣宗毅然決定議和，放棄對安南佔領。這在當時曾經引起了不小的爭議，從長遠來看，此舉減輕了人民負擔，節省了大批人力財力，也利於安南與中國各族人民的交往。
作為太平天子的朱瞻基從小就喜歡鬥蟋蟀，即位之後他曾經讓各地採辦上等蟋蟀來京，地方官員為了取悅宣宗，都變本加厲地下達任務，一度給百姓造成了很大的負擔，朱瞻基也被百姓們稱為“蟋蟀天子”，前些年還專門有這麼一個動畫片是專門敍述這段歷史的。
宣宗朝的廢後風波也是他的一個污點，這將在英宗的文章中詳細介紹，總之，瑕不掩玉，宣德皇帝朱瞻基可算是一位稱職的皇帝，他對明王朝的貢獻是不可磨滅的，他被史家稱為太平天子、歷史上著名的守成之君，這些稱號對於宣宗來講都並不誇張，
西元1435年正月，朱瞻基染上不明之症，病危之時命左右起草遺詔，由太子繼位，所有軍國大事均須稟告太后方能決定。不久死于乾德宮。一代明主就這樣撒手人寰，終年三十八歲。他的英年早逝怎能不令人慨歎。
朱瞻基死後，被諡為孝章皇帝，廟號宣宗，史又稱宣德帝。
明英宗（朱祁鎮）
正統皇帝
明英宗朱祁鎮（西元1427－1464年），明宣宗朱瞻基長子。宣宗死後繼位。他兩次登基，在位共22年，病死，終年38歲，葬於裕陵（今北京市十三陵）。
明英宗朱祁鎮，宣宗皇帝的長子，他的一生充滿了傳奇色彩，宣德年間，宣宗朱瞻基的正宮胡皇后舉止得體，賢良溫淑，是一位不可多得好皇后，宣宗還有一位貴妃，姓孫，這位孫貴妃深的宣宗皇帝的喜愛，唯一遺憾是沒有得到皇后的寶座，於是孫貴妃絞盡腦汁總想擠掉胡皇后而自立，機會終於來了，宣宗皇帝的子嗣一直不旺，胡皇后沒能為宣宗生下一個皇子，孫貴妃雖然也沒能生子，但他想出了一條偷梁換棟的計策，他派人在宮中四處打探看哪位宮女被皇帝臨幸後懷有了身孕，於是將找到的宮女藏在秘室之中，與外界隔絕，派專人送飯、照看。然後買通御醫，對外號稱懷孕，並偽裝了許多懷孕的跡象，由於當時孫貴妃深的皇帝的寵愛，因此無人敢透露半點風聲，就這樣十月懷胎，宮女順利產下一子，孫貴妃馬上派人將孩子抱到身邊，秘密處死了宮女，然後派人立即通知宣宗，自己也裝出一幅產後非常虛弱的樣子。就這樣這個小男嬰就成了孫皇后的親生兒子，而這個小孩就是後來的大明英宗朱祁鎮。孫貴妃也因此得以正位後宮，胡皇后被迫讓位。由於宣宗皇帝一手導演了廢後的鬧劇，因此在他的一生英明中點上了一個很大的污點。
這樣一個宮女的孩子，在七歲時就登上了皇帝的寶座，年號正統，開始了他傳奇的一生。朱祁鎮繼位初期，由三楊及張輔等人輔政，國家比較安定，社會經濟也有所發展。但他年幼貪玩，寵信太監王振，隨著皇太后和仁宣朝重臣“三楊”的相繼去世與引退，後宮宦官勢力急劇上升，著名的大太監王振就是正統朝宦官專政的代表人物，英宗對他言聽計從，他也依仗皇帝的威嚴排除異己，樹立朋黨。大臣下獄者不絕，正統朝的政治日趨腐敗，土地兼併日益嚴重，激起了葉宗留、鄧茂七等起義。
而當時的元朝餘部（即北元）在漠北的勢力已經一分為二，瓦剌與韃靼，兩個部落互相征伐，到了英宗時期，瓦剌強大了起來，並不斷騷擾明朝的北邊，瓦剌部當時的實權掌握在太師也先的手裏，他經常派人以向朝廷進貢為名，騙取賞賜，因為當時明朝對進貢國家的使者，無論貢品如何，總要有非常豐厚的賞賜，而且是按人頭派發。也先也是看中了這一點，派出的使臣不斷增加，最後竟加到3000多人。王振對此忍無可忍，下令減少賞賜，也先以此為名對明朝發動戰爭。英宗年少氣盛，想禦架親征，王振也想耀武揚威，名留青史，於是極力攛掇英宗親征，但是由於當時明庭的主力都在外地作戰，一時難以調回，因此朝中大臣都勸阻英宗不要親征，但最後還是沒有改變英宗的態度，於是從京師附近臨時拼湊了50萬大軍，在英宗的指揮下浩浩蕩蕩開始親征。由於連天大雨，加之糧餉接濟不上，軍隊的士氣非常低下。行到大同附近，看見被也先殺的屍橫遍野明軍屍體，英宗和王振都動搖了，於是決定撤軍。但是王振的老家在蔚州，離大同非常進，於是他決定大軍繞道蔚州撤退，王振的提議立即遭到群臣的反對，認為這樣會耽誤撤退的時機，但是王振那裏聽的進去，加上英宗也希望給王振衣錦還鄉的機會，於是大軍開始朝蔚州方向移動。這時，王振又心血來潮，怕大軍經過會踩壞家鄉的莊稼，自己就會背上駡名，於是建議按原路撤軍，就這樣寶貴的時間被耽誤了。當大軍行到懷來附近時，由於錙重還沒有趕到，於是王振下令原地駐紮等待。如果這時英宗能夠進懷來城駐守，那麼歷史將被改寫，不過歷史就是歷史，沒有那麼多的假設，就在懷來城外的土木堡（今河北省懷來縣以東20裏處），明軍被也先軍趕上，並包圍。也先切斷了明軍的水源，明軍被困死地。也先假意議和，趁明軍不備，發動總攻。明軍全軍覆沒，英宗被俘，王振被明將樊忠殺死，英國公張輔、兵部尚書鄺野等大臣戰死。這就是著名的土木之變。英宗也開始了他一年的北狩生活。
英宗被俘後，也先也覺得非常難辦，是殺是留無法決定，好在也先的弟弟伯顏帖木兒認為英宗奇貨可居，勸也先留下英宗，他的提議得到了也先的認同，英宗也得以保全了性命。英宗被俘的最初一段時間，也先總是帶著英宗到處招搖撞騙，但都遭到了明朝邊將的回絕，不久之後孫皇后與朝廷重臣立成王朱祁鈺為帝，年號景泰，這樣朝廷上下都安定了下來，同時皇帝也明發詔諭，不許私自與也先聯繫。這樣，也先想靠英宗大撈一把的計畫失敗了，於是氣急敗壞的也先率領瓦剌精銳騎兵浩浩蕩蕩殺奔北京，明朝方面早已做好了準備，北京軍民在兵部尚書于謙的帶領下給也先軍以沉重的打擊，也先率隊敗回蒙古。
與明朝的戰爭不僅使也先損兵折將，而且使他失去了明朝的賞賜以及與明朝交易的機會，當時的瓦剌是一個遊牧部落，如果失去了明朝的生活必需品，部落民眾的生活將是非常艱苦的，北京大敗之後，也先開始著手與明朝講和並宣稱“迎使朝來，大架西去”，可是當時景泰帝已經座穩地位，不想派人迎回英宗，但是在眾大臣的不斷建議下，只得派遣使者先去探聽情報，第二次派往瓦剌的使者名叫楊善，他變賣家產買了許多奇珍異寶，並靠著他的巧舌如簧，硬是在沒有聖旨的情況下迎回了英宗，英宗皇帝終於結束了他一年的北狩，回到了北京。
英宗回到北京，並沒有受到應有的禮遇，短暫的儀式之後英宗被軟禁在南內，開始了他7年的軟禁生活。即便如此，景泰帝還是不放心，他將南宮的大門上鎖並灌鉛，加派錦衣衛看守，食物由一個小洞遞入，就是這點食物有時還被克扣，英宗原配錢皇后不得不自己做一些女紅，派人帶出去變賣了以補家用。景泰帝為了避免有人與英宗聯繫，還派人將南宮的樹木全部伐光。英宗就在驚恐與饑餓中度過了7年的軟禁生活。
西元1457年（即景泰8年）正月，景泰帝得了重病，但是儲嗣的問題還沒有確定下來，眾大臣決定在第二天上朝時進諫，請求皇帝早建儲君。誰知就在這天夜裏爆發了震驚華夏的“奪門之變”，原來五清侯石亨，徐有貞，宦官曹吉祥等人密謀幫助英宗復辟，希望成功後能夠飛黃騰達。事有湊巧，當時北邊傳來了瓦剌騷擾邊境的戰報，於是石亨借機以保護京城安全為名調兵進城，這時忽然天上烏雲密佈，伸手不見五指，眾人以為遭到天譴，都非常害怕，徐有貞站出來勸大家不要退縮，眾人繼續前進，並很順利地進入了皇城，直奔南宮，石亨派人撞開了宮門，並請英宗登輦，這時烏雲突然散盡，月明星稀，眾人的士氣空前高漲，簇擁著英宗直奔大內。守門的軍卒本想阻攔，這時英宗站了出來，表明了自己的身份，守門的兵卒傻了眼，眾人兵不血刃進入了皇宮，朝皇帝舉行朝會的奉先殿而來，並將英宗扶上了寶座。這時已是天色微亮，眾朝臣已經等在午門外準備朝見，聽到鐘鼓齊鳴，眾人按序走入奉獻殿，可眼前的一切使他們目瞪口呆，寶座上的皇帝已經不是景泰帝了，而是8年前的正統皇帝，正在眾人猶豫之際，徐有貞站出來大喊“上皇復辟了”，眾朝臣見此，只好跪倒山呼萬歲，英宗就這樣又重新取得了皇位。景泰帝正在後宮梳洗，聽到這個消息後險些癱倒在地，心知一切都已經完了。
英宗復辟後，改元天順，景泰帝在一個月後病死，以親王禮葬在了北京西山。在石亨和曹吉祥的極力勸說下，英宗以謀逆罪冤殺了北京保衛戰的功臣于謙、大學士王文等。這是英宗即土木堡之變後的人生又一大污點。
但是天順朝的政治比起正統朝來，要清明的多，英宗任用了李賢、王翱等賢臣，先後平定了石、曹之亂，社會還是向前發展的，英宗也應算是一代仁君，他釋放了從永樂朝就開始被囚禁的“建庶人”（建文帝的兒子），恢復宣德朝胡皇后的稱號，下旨停止帝王死後嬪妃的殉葬，使得明朝帝王以活人殉葬的殘酷習俗得以結束。他的這些舉措被史學界稱為“盛德事可法後世者矣”。
西元1464年（天順八年）正月，朱祁鎮病逝于文華殿，享年38歲。朱祁鎮就這樣走完了他複雜的人生道路。
明代宗（朱祁鈺）
景泰皇帝
明代宗朱祁鈺（西元1428－1457年），明宣宗朱瞻基次子，明英宗朱祁鎮弟，明英宗被瓦刺兵俘去之後繼位，在位8年，病中因英宗復辟被廢黜軟禁而氣死，終年30歲。葬于北京市郊的金山口，明朝諸王的墓地。
明代宗朱祁鈺，土木之變明英宗被瓦刺兵俘去後奉命監國。面臨瓦刺對京城威脅的情況下，于同年9月即皇帝位，遙尊英宗為太上皇，立英宗的長子朱見浚為太子。第二年改年號為“景泰”。
朱祁鈺的一生命運多劫。他的生母，本是漢王府邸的一位侍女，這位漢王就是著名的永樂皇帝的二子朱高煦，在明宣宗宣德年間，宣宗皇帝對叔父漢王朱高煦用兵，禦架親征生擒朱高煦父子，並將漢王宮的女眷充入後宮為奴。在返京途中，宣宗皇帝邂逅了漢宮侍女吳氏，並深深被吳氏的美貌與聰靈所打動，於是吳氏得以陪伴宣宗皇帝直到回京。回京後，由於封建禮教的阻撓，身為罪人的吳氏是不能被封為嬪妃的，於是宣宗皇帝將她安排在了一個緊貼宮牆的大宅院中，並時常臨幸，終於，吳氏珠胎暗接，為宣宗生下了次子，取名朱祁鈺，這就是後來的景泰帝。吳氏也因此被封為賢妃，但繼續住在宮外。宣德八年，宣宗病重，派人將朱祁鈺母子召進宮，並託付自己的母后張太后善待朱祁鈺母子，托孤之後，一代明君架鶴西去，由於時逢皇帝的大喪，無人顧及吳氏母子的身世，他們就這樣被大家接受了。張太后也並沒有食言，不久就封朱祁鈺為成王，並為他們母子修建了王府，供他們母子居住。
本來朱祁鈺母子可以平靜地度過一生，但是土木堡的狼煙改變了他們的生活，先是朱祁鈺奉命在明英宗禦架親征期間擔任監國，後來由於英宗被俘，太子朱見浚（即後來的明憲宗）才兩歲，國無長君，成王朱祁鈺就被推上了前臺，在皇太后的受意下朱祁鈺繼承了皇位。
早在朱祁鈺擔任監國的時候，就爆發了關於“南遷”的爭論，翰林院侍講徐呈（即後來參與奪門之變的徐有貞）根據天象的變化首先提出了南遷，並得到一些膽小的大臣的支援，但是由於祖宗的宗廟，陵寢都在北京，兵部侍郎于謙當即否決了他的提議，並得到了朱祁鈺的支持，朱祁鈺非常欣賞於謙的能力與魄力，於謙也很欣賞眼前這位年輕人的當機立斷，兩人在自己的內心深處都產生了對對方的傾慕。緊接著發生的午門血案，更加深了兩人的這種感情。英宗皇帝寵信宦官王振，搞的整個朝廷烏煙瘴氣，大臣凡是有不利於王振者，非死即貶，群臣的心中早已醞釀著一股洪流，終於，英宗被俘，王振被殺，群臣的怨氣得以傾吐，眾大臣跪在午門哭諫，要求成王懲治王振的黨羽，這時王振的死黨錦衣衛指揮馬順出來阻擋，當即被憤怒的群臣打死，成王見狀唯恐發生嘩變，準備逃走，這時於謙站了出來，他拉住成王的衣袖，對成王解釋群臣並不是沖著成王來的，只要成王能夠懲治王振的黨羽，群臣願意輔佐成王供圖大業。於是，朱祁鈺下令將宮內的兩個王振的死黨帶出來，交給群臣，這兩人也被群臣當場打死，由此可見王振積怨之深。
朱祁鈺在位期間，許多被王振排擠的忠志之士得以重歸廟堂，吏制為之一新，他升兵部侍郎于謙為兵部尚書組織京城保衛戰。通州的糧食被搶運進京，京城以及京城周圍的防禦工事都被加固，於謙還親自遍練了新軍，並放出了石亨參加戰鬥。同時景泰帝下明詔，各邊守將不得私自與也先接觸，這樣，也先妄圖利用英宗騙取明朝財物，城池的計畫失敗，於是氣急敗壞的也先率軍鋪天蓋地向京城湧來。由於于謙戰前準備非常充分，北京軍民的空前團結，領兵將帥作戰勇猛，終於在北京城外給瓦剌軍以沉重打擊，也先不得已退回草原。風雨飄搖的明政權終於在這一戰之後穩定了下來。
景泰朝的政治與正統朝相比應該說是比較清明的，但是朱祁鈺在處理英宗與太子的問題上犯了重大的錯誤，這也導致了他後來悲劇性的結局。朱祁鈺在座穩帝位之後，就犯了宋高宗的毛病，不願迎接上皇回京，生怕會影響自己的地位，並因此與朝臣發生了一些齷齪之事，這時又是於謙站了出來，他保證上皇歸來不會影響皇帝的位子，希望皇帝能遣使去迎接上皇，景泰帝終於被說服，但是他只是派出使者打探消息，並沒有提出迎接，誰知派去的使臣楊善隨機應變，竟將上皇迎回，生米煮成熟飯，景泰帝也只好接受了這個事實，但即便如此在迎接的禮儀上，朱祁鈺也減了又減，將英宗迎回了北京，並軟禁在南內。在處理英宗回歸的問題上，景泰帝表現的心胸過於狹窄，這也是他一生最大的污點。
英宗回京之後，朱祁鈺派人嚴加看管，果然如於謙所說英宗的回歸沒有影響到朱祁鈺的帝位。但朱祁鈺並不滿足，他不僅自己要做皇帝，而且希望自己兒子朱見濟能夠取代英宗的太子朱見浚成為皇位的合法繼承人，於是他一手導演了賄賂朝臣的鬧劇，朱祁鈺授意太監去賄賂當時的重要大臣，希望他們在重建儲君的問題上能站在自己這邊，朝臣門不願公開反對朱祁鈺，只好對此事睜一隻眼閉一隻眼。就這樣，太子朱見浚被廢為沂王，朱祁鈺的親子朱見濟被立為太子。誰知，天背人願，朱見濟早夭，景泰帝也因此在精神上受到了沉重的打擊，不過好在朱祁鈺還在壯年，子嗣的問題對他來講還不用非常發愁。轉眼已是景泰八年，朱祁鈺突然得了重病，建儲的問題又成了熱點問題被擺上了朝堂，可眾大臣的意見也並不統一，有的主張複立沂王朱見浚，有的主張立襄王，突然內宮傳來朱祁鈺病體好轉的消息，於是眾大臣準備第二天上朝與朱祁鈺商議，但是朱祁鈺由於大病初愈，第二天早上起床後不久就又睡著了，這一覺即改變了朱祁鈺的一生，也改變了大明王朝的命運，更改變了歷史車輪的走向。群臣沒有等到朱祁鈺，於是相約明天早朝再來，誰知就在這天夜裏，爆發了著名的奪門之變，英宗復辟。第二天，朱祁鈺被廢為親王，軟禁于西內，不久氣死于永安宮，他為自己營建的陵墓壽陵，被英宗下令拆毀。于謙、王文被殺，明朝歷史上朱祁鈺的統治時期就這樣宣告結束。
朱祁鈺死後，於西元1475年才恢復帝號，被諡為景帝，廟號代宗。
明代宗朱祁鈺支援于謙反對南遷，取得北京保衛戰的勝利，重用正統朝被迫害的忠直大臣，挽狂瀾於即倒，並對明朝戰後的恢復做出了貢獻，但對待迎回英宗的問題上他顯得過於小氣，同時在太子問題上他又顯得得寸進尺，最後他的一生以悲劇告終。
明憲宗（朱見深）
成化皇帝
明憲宗朱見深（西元1447－1487年），明英宗朱祁鎮長子，英宗病死後繼位，在位23年。因愛妃病歿愁悶成病而死，終年41歲。葬於茂陵（今北京市十三陵）。
明憲宗朱見深，原名朱見浚，於西元1449年英宗北征時奉皇太后之命，被立為皇太子。誰知命運與他開了個玩笑，他的叔叔明代宗即位後，隨著政局的逐漸穩定，就開始考慮如何廢掉他，而用自己的兒子取而代之。經過一番精心的謀劃，朱見浚被廢為沂王。但是上天好像只垂青於他，此後不久先是被立為太子的朱見濟早夭，然後是著名的“奪門之變”，這樣不僅他的父親奪回了皇位，他的太子之位也失而復得，他父親改元天順，也將他改名朱見深。但由於幼年卷在皇位之爭的漩渦中，精神壓力非常之大，因此留下了口吃的毛病。天順八年，英宗皇帝去世，朱見深繼承了皇位，成為了明朝第八位皇帝，第二年改年號為“成化”。
憲宗即位後，平反了於謙冤獄，恢復了於謙之子的官職。又不顧明代宗曾廢掉自己的太子之位，以德報怨，恢復代宗帝號，重修代宗陵寢，博得了朝野的一片稱頌之聲。朱見深任用李賢為相，閣臣之中還有彭時、商輅等人，可謂是人才濟濟，朝政也比較清明。
由於名相的輔佐，加之上述的一系列措施，朱見深在即為之初還是以明君的形象出現的，但只是曇花一現。隨著明朝土地兼併的嚴重，官吏對百姓的壓榨，許多農民流離失所，並且這種情況不斷惡化。百姓終於忍無可忍，荊襄爆發了劉千斤起義，廣西爆發了少數民族起義，雖然這些起義都歸於失敗，但已經為明朝的政治敲響了警鐘。更值得一提的是廣西的少數民族起義雖然被鎮壓了，但是它的影響卻非常“深遠”。因為成化朝最顯眼的兩位人物都出自這次戰鬥的俘虜，其一就是一手遮天的大太監汪直，另一個就是孝宗皇帝的生母紀氏（見明孝宗朱佑樘）。
大太監汪直本是廣西少數民族，由於起義的失敗，起義軍的成年男子被殺，小孩與女人被送往宮中為奴，汪直就這樣進宮做了太監。由於他善於鑽營，而且又攀附上了當時宮中的實權派萬貴妃，因此官運亨通。成化十三年，憲宗皇帝設立了著名的特務機構“西廠”，使得明朝的廠衛制度達到頂峰，而汪直就掌握著西廠的實際指揮權。汪直也憑藉特務機構不斷排除異己，樹立親信，朝廷被他搞得烏煙瘴氣。汪直還多次作為監軍隨軍出戰，所到之處官吏都小心侍奉，加緊搜刮百姓，購買大量珍寶取悅汪直，可以說汪直所到之處，就像鬧了一場蝗災。由於汪直的倒行逆施引起了朝野的交相彈頦，憲宗皇帝也因此對他失去了興趣，在汪直的最後一次監軍過程中索性將他留在了邊關，之後又將他貶到了南京，大太監汪直漸漸在歷史中消失了。
汪直走後，朝廷並沒有安定下來，憲宗皇帝開始寵信佛道，任用奸佞。大批賢能之士或貶逐或罷官或去世，中難有直臣容身。許多社會無賴，騙子得以混進宮中，而朝廷的重要官吏也腐敗到了極點，當時百姓就有“紙糊三閣老、泥塑六尚書”的說法，將這些朝廷的蛀蟲貶得一錢不值，這些大臣不但貪贓枉法，而且為了取悅憲宗經常以房中術進獻，明朝政治出現了前所未有的混亂。其政治昏暗，奸臣當道，西廠橫行不法，王室奢侈而官吏貪污盤剝，加上連年的水、旱災，人民處於饑寒交迫、水深火熱之中。
朱見深最令人捉摸不透的就是他竟喜歡一個比自己大17歲的宮女，而且終其一生都沒有改變。這位宮女就是萬貴妃。她的出現造成了明朝第一個外戚亂正的局面，他的親戚在她的庇護下到處搶佔民田，而且許多官吏也通過賄賂她而得到了提升，不過萬氏對於朝廷的控制比其他對內宮的控制就可謂小巫見大巫了。他緊緊籠絡住成化皇帝，使得後宮無人敢觸犯她的勢力。成化皇帝的正宮皇后吳氏，就是由於與萬貴妃發生口角，並動手打了萬氏，被打入了冷宮。新皇后王氏也只好曲意逢迎，才得以報住了皇后的位子。由於萬貴妃的親生子的早夭，為避免失寵，他開始控制被皇帝臨幸的宮女，一旦發現宮女懷有身孕，不是強迫打胎，就是致死。險些使朱見深斷了子嗣。
成化二十三年萬貴妃暴亡，朱見深也因悲傷過度於數月後去世，為太子朱佑樘留下了一個千瘡百孔的江山。
朱見深死後的廟號為憲宗。
明孝宗（朱祐樘）
弘治皇帝
明孝宗朱祐樘（西元1470－1505年），憲宗朱見深第三子，憲宗病死後繼位，在位18年，病死，終年35歲。葬於泰陵（今北京十三陵）。
孝宗朱祐樘的童年非常坎坷不幸。他的生母紀氏是廣西紀姓土司的女兒，紀姓叛亂平息後，少女紀氏被俘入宮中，派充到內廷書室看護藏書。一次憲宗偶爾經過，見紀氏美貌聰敏，就留宿了一夜。事後，紀氏懷孕。寵冠後宮的萬貴紀知道後，命令一宮女為紀氏墮胎。該宮女心生惻隱，不忍下毒手，便謊報說紀氏是“病痞”，並未懷孕。萬貴妃仍不放心，下令將紀氏貶居冷宮。紀氏是在萬貴妃的陰影下，於冷宮中偷偷生下了朱祐樘，萬貴妃得知後又派門監張敏去溺死新皇子，但張敏卻冒著性命危險，幫助紀氏將嬰兒秘密藏起來，每日用米粉哺養。被萬貴妃排擠廢掉的吳皇后也説明哺養嬰兒。萬貴妃曾數次搜查，都未找到。就這樣朱祐樘一直被偷偷地養到六歲。
一天，張敏為憲宗梳頭時，憲宗歎息說：“我眼看就要老了，還沒有兒子。”張敏連忙伏地說：“萬歲已經有兒子了。”憲宗大吃一驚，忙追問究竟，張敏才說出了真情。憲宗聽了大喜，立即命令去接皇子。當憲宗第一次見到自已那因為長期幽禁，胎髮尚未剪、拖至地面的瘦弱的兒子。不禁淚流滿面。當天召集眾臣，說出真相。次日，頒詔天下，立朱祐樘為太子，並封紀氏為淑妃。但隨之紀氏卻在宮中暴亡，門監張敏也吞金自殺。顯然，紀妃與張敏之死皆與萬貴妃的迫害有直接關係。憲宗的母親周太后擔心萬貴妃會對太子下毒手，就親自將孫子抱養在自己的仁壽官內，才使太子安全地生活在宮中。
有一次，萬貴妃請太子去吃飯，周太后叮囑道：“你去之後，千萬不要吃東西。”因此太子赴宴時果然不沾任何食品，只稱自己已經飽了。當宮人捧上湯羹時，年幼的太子說：“我懷疑此中有毒。”萬貴妃既驚且怒。嚷道：“這孩才幾歲就如此，他日必加害於我！”此後，她一改對憲宗後宮生活的控制，憲宗在妃嬪中走動不再受限制，妃嬪們有孕也能順利出生，皇子漸漸多起來。萬貴妃想以此要脅皇帝另立儲君，廢掉皇太子的地位。憲宗對萬貴妃一向言聽計從，便有了更換太子之意，朝中眾臣極力反對。而此時泰山一帶突然出現地震，占卜者指地震的原因是上天警示如改立太子，必將引起動亂，憲宗心中恐懼，於是下令不准再議廢太子之事。
成化二十三年(1487)春，萬貴妃病死，憲宗也因悲傷過度於八月去世。太子朱祐樘於九月壬寅日繼位。第二年改年號為“弘治”，是為明孝宗。
事實上，憲宗留給兒子孝宗的，不僅是一個紊亂的朝政，而且是一個千瘡百孔的國家。對於這些情況，孝宗在宮中為太子時已經是有所瞭解的。他即位之初，就著手改革弊政。起初他的精力主要放在了朝廷要員的人事安排上，待到這些問題基本解決之後，他便開始注重於對內憂外患的治理。
由於成化時期，憲宗皇帝寵信佛道，致使許多佞幸小人混入朝中，李孜省就是其中的代表人物，他以方術、房中術進獻皇帝得到寵倖，然後與太監梁芳狼狽為奸禍亂朝政，打擊忠臣，扶植朋黨，是當時朝廷中的第一大害。孝宗即位之後立即逮捕了兩人，使文武百官彈冠相慶。接著，孝宗皇帝開始整頓吏制，將成化朝通過賄賂，溜鬚拍馬發跡的官員一律撤換，改革首先從內閣開始，罷免了以外戚萬安為首的“紙糊三閣老”。同時，孝宗大量起用正直賢能之士。象王恕、懷恩、馬文升等在成化朝由於直言被貶的官吏；徐溥、劉健、謝遷、李東陽等賢臣。為於謙建旌功祠，使得無論是朝中還是宮中都為之一新，時稱朝序清寧。
在萬安的被逐罷之前，人們並不十分瞭解孝宗其人。只知道他是一個出生於冷宮的一個身份卑賤的宮人之子，後來雖得到憲宗承認，但一直受嫉于萬貴妃，甚至到成化末年，還有廢立之危。因此，當這個十七歲的青年登極為帝的時候，除去得到一些正直大臣們的擁護之外，恐怕多少還有些同情，他的皇子生活實在太坎坷了。但是人們很快就不得不對這位年輕皇帝刮目相看，斥佞用賢的弘治初政，給成化後期混亂的朝廷打了一針興奮劑，使明朝有了中興的希望。
而這位皇帝又出奇地寬和善良，即使對當初迫害其生母的萬貴妃家人，也表現了極大的寬容。對萬貴妃本人，也沒有聽從臣下的建議對她削溢議罪。這一切都出於一個孝字，孝敬父皇，維持傳統，以寬仁忠孝為主，他死後被定廟號為孝宗，也正因為此。
孝宗在內政治道上最主要的措施是大力興修水利，發展農業，繁榮經濟。弘治二年（1489年）五月，開封黃河決口，孝宗命戶部左侍郎白昂領5萬人修治。弘治五年（1492年），蘇松河道淤塞，氾濫成災。孝宗命工部侍郎徐貫主持治理，歷時近三年方告完成。從此，蘇松消除了水患，再度成為魚米之鄉。
由於幼年生活的坎坷，孝宗一直身弱多病。但孝宗卻勤於政事，不僅早朝每天必到，而且重開了午朝，使得大臣有更多的機會協助皇帝辦理政務。同時，他又重開了經筵侍講，向群臣諮詢治國知道。孝宗還開闢了文華殿議政，其作用是在早朝與午朝之餘的時間，與內閣共同切磋治國之道，商議政事。孝宗皇帝的勤政終於得到了回報，弘治朝吏治清明，任賢使能，抑制官宦，勤於務政，宣導節約，與民休息，是明代歷史上少有的經濟繁榮、人民安居樂業的和平時期。被史家稱為 “弘治中興”。
孝宗是中國歷史上一位罕見的對女色一生淡泊的皇帝，他不僅沒有寵妃，而且沒有冊立過一個妃嬪，只是與皇后張氏過著民間恩愛夫妻式的生活。
孝宗統治的後期，他對佛道產生了極大的興趣。由於孝宗多難的童年使得他的身體一直不好，他希望通過佛道之術能改變自己的身體狀況。因此一些奸佞之輩再次混入宮中，再次禍亂朝政。宦官李廣就是其中之一，深得孝宗的龐信。後來李廣畏罪自殺，孝宗以為李廣家中有天書，命人搜尋，卻搜出了李廣貪污、受賄的帳本，孝宗這才醒悟。李廣事件喚醒了那個沉睡多年的勵精圖治的孝宗皇帝，他開始了生命中第二個，也是最後一個勤政時期。重新遠佞臣而重用劉大夏、戴珊等賢臣。
弘治十八年（1505年）五月初七，三十六歲的孝宗與世長辭。他在彌留之際召劉健、李東陽、謝遷等入乾清宮接受顧命，命傳位於太子朱厚照，並叮囑諸卿說：“太子人很聰明，但是年齡還小，又好逸樂，諸卿要好好輔佐他，使他擔當起大任，朕死也瞑目了。最後給太子朱厚照的最後囑咐是“任用賢臣”。
後世史家給予明孝宗給很高的評價，認為他力挽危局，清寧朝序，恭儉有制，勤政愛民，為中興明主，其功績不亞于太祖、成祖。在個人品德方面，更勝於太成。
明武宗（朱厚照）
正德皇帝
明武宗朱厚照（西元1491－1521年），明孝宗朱祐樘長子，孝宗病死後繼位。在位16年，荒淫過度而病死，終年30歲。葬于康陵（今北京市十三陵）。
明武宗朱厚照，生母為張惶後。兩歲被立為皇太子。由於孝宗一生只寵愛張惶後，而張惶後只為孝宗生了兩個兒子，次子又早夭，因此武宗自小就被視為掌上明珠，而且少年的武宗非常聰明，老師教他的東西總是能很快學會，按理說他應該成為一個很好的皇帝，但就是因為周圍的太監，毀了這個年輕的孩子。
東宮的隨侍太監中，有八個太監號稱八虎，他們以劉瑾為首，為了巴結日後的新皇帝，每天都進一些奇特的玩具，還經常組織各式各樣的演出，各種體育活動，當時的東宮被人們戲稱為百戲場，試想年幼的武宗如何能抵禦這些東西的誘惑，於是就沉溺於其中，而且終其一生沒有自拔，學業和政事當然也就荒廢了。
孝宗去世後，十五歲的武宗即位，改明年為正德元年，開始了他的帝王生涯。但這並沒有把他從玩樂中拉出來，而是在劉瑾的引導下，玩得越來越離譜。先是在宮中模仿街市的樣子建了許多店鋪，讓太監扮做老闆，百姓，武宗則扮做富商，在其中取樂。後來又覺得不過癮，於是又模仿妓院，讓許多宮女扮做粉頭，武宗挨家進去聽曲、淫樂，後宮搞的烏煙瘴氣，可急壞了當朝的大臣們，由於弘治時期政治還算清明，給武宗留下了一套非常剛正廉潔的大臣班子，這些人不顧身家性命，聯名上書請求嚴懲八虎，武宗剛剛即位，還缺乏駕馭群臣的能力，見到如此聲勢浩大的進諫，有些支援不住，想與群臣妥協，除掉八虎，但就在千鈞一髮之際，老謀深算的劉瑾在皇帝面前聲淚俱下地哭訴使武宗心又軟了下來，第二天他懲治了首先進諫的大臣，內閣成員謝遷、劉健以告老還鄉相威脅，但是被武宗欣然批准，群臣失去了領頭人，只好坐罷。就這樣，一場反對八虎的運動，以八虎的最終勝利而告終。
八虎在戰勝了群臣之後，氣焰更加囂張，擅權跋扈。劉瑾又建立了豹房，裏面藏有許多樂戶、美女供武宗日夜作樂，武宗玩得更加肆無忌憚，劉瑾也靠著武宗的寵倖權傾朝野，但是他忽略了太監內部的爭權奪勢，最終，大太監劉瑾死于了另一個太監張永之手。劉瑾死後，後宮並沒有安定下來，又出了佞臣強尼、江彬。
西元1514年正月，乾清宮因玩燈而失火，武宗正去豹房，回顧火光沖天，竟然戲笑著說好一柵大焰火。他不滿足於在京城玩樂，希望有更廣闊的天空，於是他至國政於不顧，帶著江彬等人到處巡花問柳，他經常在夜間闖入百姓家逼令女子作陪，遇到中意的，還要帶回宮去，使得百姓怨聲載道。有個永平知府叫毛思義的，貼出安民告示說今後凡是沒有官府文書，誰敢妄稱皇上駕到，藉故擾害百姓的，一律嚴懲不貸。這竟觸怒了武宗，下令將毛思義逮捕下獄。一次武宗來到一個小店，看上了老闆的妹妹鳳兒，於是就納鳳兒為妃，並封鳳兒的哥哥做官。誰知鳳兒福薄，在反京途中就死了，武宗非常悲痛。但不久之後，他又看上了一個樂工（當時的職業演員）劉氏，於是又納劉氏為妃，而且對劉氏寵愛至極，後宮都將劉氏稱為劉娘娘。
有一次，武宗化名為總督軍務威武大將軍總兵官朱壽，到宣府、大同、延綏去巡查西北部邊境。在巡查的過程中正值韃靼小王子帶領五萬大軍南下騷擾。他心血來潮,親自帶兵趕到應州去迎戰。這時，小王子已經退走，他卻督軍窮追，與小王子的小股部隊接仗，殺死了對方十六個士兵，己方卻死傷了數百人，武宗還認為打了大勝伏，命令金鼓齊鳴，凱旋回京，神氣活現地對百官說：“朕在前線親自斬殺了一敵兵，卿等知道嗎？”又命令吏部加封朱壽為太師。又命禮部派遣朱壽前往京郊和山東巡查。遍觀中國歷史，放著皇帝不做而原做將軍的恐怕只有武宗一人。群臣見武宗如此胡鬧，太失體統，聯名100多人上奏勸諫。武宗惱羞成怒，下令一一按名逮捕，或杖死，或降職，或罷官，或罰長跪，製造了一起冤案。
由於朝政的荒廢，大量百姓流離失所，一場動亂正在醞釀之中，而這場動亂的發起者不是百姓，而是出自明朝皇室。這個人就是甯王朱宸濠，他妄圖效仿永樂帝，趁武宗荒於政事，秘密準備叛亂，並於正德十四年扯旗造反。武宗皇帝並未因此而著急，這正好給了他一個南巡的機會，於是他又打起了威武大將軍朱壽的旗號，率兵出征，可誰知行到半路禦使王守仁已經平定了叛亂。這個消息絲毫沒有降低武宗的興致，他又一手導演了一墓鬧劇，他將朱宸濠重新釋放，由自己親自在將他抓獲，然後大擺慶宮宴，慶祝自己平叛的勝利。之後他就逗留江南肆意玩樂，一天，武宗親自駕著漁船在江上打魚，玩得興起，不慎跌入江中，差一點被溺死，左右將他救起，由於當時已經是九月天氣，江水寒冷，加之武宗已經被女色掏空了身體，自此開始生病，這一病就再也沒有好起來。武宗匆匆回到京城之後仍不收斂，照舊縱情荒淫，身體日益虛虧，雖然太醫們盡心治療，可還是沒有挽回武宗的生命，數月之後，武宗病死于豹房，結束了他荒唐的一生。
由於武宗沒有子嗣，皇位不得不落於皇室旁系之手，孝宗一脈從此結束。
明世宗（朱厚驄）
嘉靖皇帝
明世宗朱厚驄（西元1507－1566年），明憲宗朱見深孫，明武宗朱厚照堂弟，武宗病死無子，由他繼位。在位45年，因服丹藥而病死，終年60歲，葬於永陵（今北京十三陵）。
明世宗朱厚驄，興獻王朱祐杬長子。武宗於西元1521年3月病死後，由於武宗沒有留下子嗣，又是單傳，因此皇太后和內閣首輔楊廷和決定，由最近支的皇室，武宗的堂弟朱厚驄弟繼承皇位，第二年改年號為嘉靖。
嘉靖帝繼位之初，下詔廢除了武宗時的弊政，誅殺了佞臣強尼、江彬等，使朝政為之一新，不過不久以後就爆發了“大議禮之爭”，也是明朝最著名的政治事件。早在嘉靖皇帝由藩邸進京的時候，未即位的嘉靖皇帝與朝臣們就迎接的禮儀發生了爭執，結果以朝臣的妥協告終，緊接著，嘉靖皇帝的生母進京，又發生了類似的事情，最後朝臣又做了讓步。這兩件事可是說是議禮之爭的導火索，從嘉靖皇帝主觀來講，他從外藩即皇帝位，對朝廷的舊臣並不十分信任，而且他不希望以過繼給孝宗皇帝當養子的身份來入繼大統，因此他要求追封自己的親生父親為皇帝，這一點標榜尊崇先師孔子禮教的大臣們是無法同意的，眾大臣表現的空前團結，反對的奏章壓的世宗喘不過氣來，就在世宗準備讓步的時候，一個叫張璁的人站了出來，幫了嘉靖皇帝一個忙，他寫了一篇文章，為嘉靖皇帝追封自己的父母找了許多理論依據，而且引經據典批駁了群臣的觀點，嘉靖皇帝看後深受鼓舞，張璁也得以加官進爵，成為議禮派的首領（當時的反對大臣們稱為護禮派）。朝中出現了議禮派與護禮派的對立，由於嘉靖皇帝的支持，議禮派的隊伍也在不斷擴大，雙方的鬥爭也日趨激烈，經過幾回合的你來我往，終於爆發了“血濺左順門”事件。由於議禮派逐漸佔據上風，護禮派群臣決定集體向皇帝進諫，於是包括九卿二十三人，翰林二十人，給事中二十一人，禦使三十人等共二百余人的龐大隊伍，集體跪在左順門外，哭聲，喊聲震天，嘉靖皇帝派人將為首的幾為大臣押入監獄，群臣情緒更加激憤，左順門前出現騷動，世宗皇帝殺心頓起，將一百三十四人逮捕，八十六人待罪，一時間錦衣衛從四面八方圍來，左順門前血跡斑斑。左順門事件以皇帝的勝利，護禮諸臣的失敗告終，嘉靖帝終於如願地將父親追尊為睿宗，並將神主入太廟，躋在武宗朱厚照之上。這次事件致使許多正直的大臣或死或引退，而佞臣卻乘機竊取了朝政大權，使弊政重興。通過這件事，嘉靖皇帝不僅實現了追封自己父親為皇帝的願望，而且樹立了新皇的威信，開始了他的專制統治。
嘉靖皇帝非常崇信道教，好神仙老道之術，一心求長生不老，他到處搜羅方士，秘方，許多人因此而一步登天，一些文人也因為給嘉靖皇帝撰寫青詞（道教儀式中向上天禱告的詞文）而入閣成為宰相，當時民間就有“青詞宰相”的說法。嚴嵩就是其中的代表人物，他善於寫青詞，善於揣測皇帝的心思，因此儘管嘉靖皇帝對嚴嵩的貪贓枉法了然於心，可就是不捨得處理他，由嚴嵩主持朝政，自己則深居皇宮專心于成仙修道。在他在位的45年間，他竟然有20多年不上朝理事，由嚴嵩擅權達17年之久。嚴嵩立朋黨，除異己，造成兵備廢弛，財政拮据。倭寇擾掠東南沿海，蒙古韃靼貴族大舉入掠京畿，農民起義頻繁，社會危機日益加深。
明中葉，蒙古韃靼部興起，統一了蒙古各部。至俺答汗時勢力強盛。屢次率軍騷擾內地，當時明朝邊將為保官升職，將諸邊軍糧大半賄賂了當朝嚴嵩。以致軍士饑疲，無力抵抗蒙古韃靼部的騷擾。同時駐在邊關的兵卒一方面忍受不了將領們克扣軍糧，另一方面厭惡了頻繁的戰鬥，因此經常爆發邊卒的叛亂。攪的明朝的北邊幾乎沒有安寧過。特別是嘉靖二十九年（西元1550年），韃靼部俺答汗率軍長驅直入北京郊區，燒殺搶掠數日，滿意而去，吏稱“庚戌之亂”。
在東南沿海，由於嘉靖帝的昏憒和權臣的誤國，使得海防十分空虛，一些重要地段的士兵僅有原額的三分之一，戰船十存一、二。致使日本海盜大舉進犯。僅嘉靖三十一年（1552年）以後的三四年間，江浙軍民被倭寇殺害的就有數十萬人。所以，嘉靖在位的四十多年間，是東南沿海倭患最為嚴重的時期。雖然最後東南沿海的抗倭鬥爭取得了決定性的勝利，湧現了像戚繼光、於大猷等著名抗倭將領，也不能抵消嘉靖的過失。
而在北京深宮之內，卻暴發了“壬寅宮變”。原因是嘉靖皇帝一心求長生不老，方士們告訴嘉靖皇帝用每天早上的露水煉丹效果很好，可以長生，於是，嘉靖皇帝組織了許多宮女清早為他去采露，采露工作非常辛苦，宮女們實在忍受不了，決定殺死嘉靖皇帝。西元1542年12月21日深夜，以楊金英為首的宮女們趁嘉靖皇帝熟睡之時，潛入他的寢室，眾人按住嘉靖皇帝，用繩子勒住他的脖子，眼看就要大功告成，由於緊張宮女將繩子系成了死扣，怎麼也收不緊，這時被一個婢女發現，跑出去報告皇后，皇后馬上領人來救架，嘉靖皇帝大難不死，宮女們全部被捕，幾天後被淩遲處死。
由於嘉靖皇帝一心求長不老術，國家興衰得失，他全不管。有個淳安知縣海瑞，剛被升任戶部主事，他見嘉靖帝如此行徑，就買好了自己的棺木，訣別妻兒，遣散家僮，寫了《直言天下第一事疏》，上疏死諫，嘉靖執迷不悟，仍將海端逮捕入獄。
由於長期服用丹藥，嘉靖皇帝不光身體越來越差，而且脾氣越來越壞，許多大臣動輒被殺頭或廷杖，人人自危。嘉靖皇帝為了修煉，又大肆建造宮殿，國庫極度空虛。嘉靖四十五年十二月，這位醮齋皇帝走完了他的人生道路，將皇位傳給了他的第三個兒子裕王朱載垕。
明穆宗（朱載垕）
隆慶皇帝
明穆宗朱載垕（西元1537－1572年），明世宗朱厚驄第三子，世宗病死後繼位。在位6年，病死，終年36歲。葬於昭陵（今北京市十三陵）。
朱載垕生於嘉靖十六年(1537年)，因生母杜康妃失寵，又非長子，很少得到父愛。嘉靖三十二年（1553年），剛滿16歲的朱載垕就出居裕王邸，開始了獨立生活。在裕王邸13年的生活，使朱載垕較多地接觸到社會生活各方面，瞭解到明王朝的各種矛盾和危機，特別是嚴嵩專政，朝綱頹廢，官吏腐敗，“南倭北虜”之患，民不聊生之苦，內憂外患使他關心朝局，對他登極後處理政務有著較大的影響。
嘉靖四十五年（1566年）十二月，明世宗嘉靖皇帝病死，朱載垕於同月壬子日繼位，第二年改年號為“隆慶”。
朱載垕即位後，倚靠高拱、陳以勤、張居正等大臣的鼎力相助，實行革弊施新的政策。一改世宗時的弊政，使朝政為之一振。革弊即平反冤獄，嘉靖一朝因諫言而獲罪的諸臣“存者召用，沒者恤錄”。其中就有海瑞獲釋出獄，恢復官職。同時嚴懲方士，罷除齋醮，停止因齋醮而開徵的加派及部分織造、採買。施新，即整治吏治。隆慶帝加強對官吏的考察，即使一般不予考察的王府官員也在考察之列。對於廉政官員給予獎賞和提拔，對於一般貪官罷免官職，而對於有巨贓跡著的大貪則重治其罪。與此同時，隆慶帝又蠲免救濟，減少了百姓災後的痛苦。抑止土地兼併，一方面限田，制定了勳戚宗室依世次遞減制度，另方面清田，清查詭寄、花分錢糧和皇室勳戚田莊。
朱載垕在位期間發生了“庚戌之變”，這是蒙古的又一次較大規模的入侵。蒙古騎兵從山西方向，土蠻部隊從盧龍、灤河方向進逼北京，隆慶皇帝急調邊兵放棄防地，入衛京師。不過蒙古人並沒有進攻北京，只是大肆擄掠了一番而歸，不過此次事件也著實嚇了隆慶皇帝一跳，從此他更加關心北部邊防，採納了內閣大學士高拱、張居正的建議，與蒙古俺答汗議和，封他為順義王，並在邊界開設馬市，互通有無，從而加強了漢蒙兩族人民的團結。他又調戚繼光、王崇古、譚綸加強長城沿線防禦，同時開展互市貿易，使北方漢、蒙人民有了安定的生活環境。北部邊境出現了歷史上少有的和平安寧景象，自此以後再也沒有爆發蒙古大規模入侵的事件。隆慶時期這些作為都是超過前朝的。
隆慶帝還採取恤商與開關政策，減輕商人的負擔。明朝曾多次頒佈禁止百姓私自下海的命令，而隆慶帝頒佈大開關禁，使明朝對外政策發生重大變化，海外貿易也出現了新局面。
在隆慶帝在位期間，幾乎沒有爆發什麼重大的變故，隆慶帝得以穩坐皇位六年。這與他的性情是分不開的，由於在作皇子期間處處小心謹慎，很少張狂，從小就養成了貞靜、仁義的性情。同時隆慶朝人才濟濟，文有徐階、張居正、高拱、楊博，武有譚綸、戚繼光、李成梁。這些人之所以出名，還要歸功於隆慶皇帝給了他們發展的空間，反觀歷史，成化朝也曾人才濟濟，但由於皇帝的限制，他們終究沒有在歷史上寫下光輝的一筆。朱載垕的一大優點就是用人不疑，放手讓他的臣子去發揮才能，使得隆慶朝和萬歷朝前十年成了明王朝回光反照的時期，這一時期社會比較穩定，經濟比嘉靖朝有了重大的改觀，可以說朱載垕在使明王朝向最後一個繁榮時期發展的過程中，起了重要的過渡作用。
當然，人不是完美無缺的，朱載垕也有自己的缺點，他只召見過兩次閣臣、朝會，經筵也經常不發表意見，同時他貪色，整天在後宮裏忙來忙去，被人比作後宮中辛勤的小蜜蜂，這不能不說是他人生的一大污點。
西元1572年閏三月，朱載垕得病，休養了二個月後又上朝視事，卻又突然頭暈目眩，支援不住而回宮，他自知病情不輕，急召高拱、張居正及高儀三人接受顧命，吩咐由太子繼位後病逝。
朱載垕死後，被諡為莊宗，廟號為穆宗。
明神宗（朱翊鈞）
萬曆皇帝
明神宗朱翊鈞（西元1563－1620年），明穆宗朱載垕第三子。穆宗死後繼位，在位48年，病死，終年58歲，葬於定陵（今北京市十三陵）。
明神宗朱翊鈞生於嘉靖四十二年（1563年），生母李氏本是宮中一宮女，後被當時還是裕王的朱載垕看中，隆慶元年（1567年）被封為貴妃。
朱翊鈞自幼就聰慧過人，讀經史則過目不忘，6歲時，他見穆宗在宮內騎馬賓士，便上前擋道諫阻說：“父王為天下之主，單身匹馬的在宮中賓士，倘若有一個疏忽，那可不得了。”穆宗皇帝聽後深受感動，當即下馬，立他為太子，自此更加喜愛這個孩子了。
隆慶六年（1572年）五月二十六日，明穆宗病逝于乾清宮，六月初十日，年僅十歲的朱翊鈞即皇帝位，第二年改年號為“萬曆”。
穆宗皇帝去世時，為神宗留下了非常好的底子，朝中賢臣當國。大學士張居正，高拱，高儀都是正直之士，極善謀略。內宮安定祥和，穆宗正宮陳皇后與神宗生母李太后相處十分融洽，權傾朝廷內外的大太監馮保也是賢明之人，他是張居正的主要支持者。
萬曆元年（1573）到萬曆十年（1582），是明神宗人生的輝煌時期。在此期間，他任用張居正為內閣首輔，進行變法改革。張居正首先在政治上推行考成法，裁撤冗官冗員，整頓郵傳和銓政。進而又向經濟方面推廣，他通過清丈全國土地，抑制豪強地主，改革賦役制度，推行一條鞭法，減輕農民負擔。在軍事上，加強武備整飭，平定西南騷亂，重用抗倭名將戚繼光總理薊、昌、保三鎮，使邊境晏然。一系列的措施緩和了社會矛盾，挽救了財政危機。使得萬曆年間的前十年，政治清明，經濟飛速發展，使瀕於崩潰的明王朝獲得了短暫的復蘇和繁榮。
神宗不僅對張居正委以重任，而且尊禮有加。言必稱張先生，從不直呼其名。張居正非常注重對小皇帝的教育，親自指導萬曆帝讀書，為他安排周詳的課程，選拔有素養的大臣主持教學。小皇帝也與他建立了深厚的師生之情。冬天上課的時候，神宗總是囑咐太監將厚厚的毛毯放在張居正的腳下，以免凍著他的腳，張居正生病後，神宗更是親自為他熬藥，張居正為了感激皇帝的知遇之恩，事必躬親，霄旰瀝膽，將一個大明王朝治理的井井有條。
明神宗從思想到行動上，全力支持張居正，合力進行改革，推行新政。但是自萬曆十年，張居正去世之後，神宗開始獨掌政權，卻自毀新政，反過來扼殺了這場頗有生氣的改革，從此走上了衰敗之路。
隨著年齡的增長，神宗對昔日威柄震主的張居正日益不滿，張居正變法期間失勢的守舊派大臣乘機反撲，彈劾張居正和他的支持者馮寶，加上馮、張二人以前對神宗約束過嚴，使神宗此時反感驟升。萬曆十年十二月，神宗以馮保欺君蠹國之罪，免其東廠提督之職，抄沒其家產，隨之將張居正重用的人統統罷免，同時為從前反對張居正的人一一恢復名譽或官職。不久後又詔奪了張居正所封官職，諡號。張居正沒有逃脫家產被查抄，家人被蹢戍的厄運。
全面否張居正改革，也是神宗本人由勤變懶、全面廢棄勵精圖治的標誌。從此以後，明神宗已完全變成了另一個人。昔日少年天子的氣派與風采，已經不復存在。取而代之的是長年深居禁宮，他嗜酒、戀色、貪財、尚氣的私欲，大肆發作。神宗以采木、燒造、織造、採辦為名搜刮民財。萬曆十九年（1591年），僅景德鎮禦窯廠燒造的瓷器就達23萬多件。他派遣宦官為礦監稅使，四處搜括人民，使百姓怨聲再道，造成民變頻繁。
萬曆二十年(1592)二月，寧夏副總兵官哱拜起兵反叛；五月，日本發動侵朝戰爭；同時西南又發生播州楊應龍叛亂。明神宗被迫三路出征，史稱“萬曆三大征”。三征歷時十餘年雖然獲得全勝，但卻喪師數十萬，耗銀千萬兩，兵連禍結，國庫空虛，百姓遭難。
神宗生活奢侈，揮金如土，大興土木，營建宮苑。他廢除經筵，朝夕宴飲，甚至郊廟祭祀都委人代行，終日沉湎酒色之中，使得朝政大壞，整個統治階級糜爛不堪，貪污成風，黨爭不息，各種矛盾急劇發展。
就在明神宗隱居深宮，怠於臨政，萬事不理之際，東北的後金卻迅速崛起，滿洲建州左衛指揮努爾哈赤以30年時間統一了滿洲女真各部落，並于萬曆四十四年（1616年）建立了後金政權，形成了與明王朝相對立的地方政權。萬曆四十六年（1618年），努爾哈赤以“七大恨”告天，率先向明王朝進攻。自此明朝遼東的形勢也隨之每況愈下。明神宗為了應付遼東戰事的軍費，先後三次下令加派全國田賦，時稱“遼餉”。加派非但無濟於事，反而使民不聊生，階級矛盾激化，明王朝滅亡的危機已然形成，明神宗自己也因此情緒低落，愁眉不展。
神宗晚年又出現了國本之爭，先前一宮女為神宗生下了長子朱常洛，後來神宗的寵妃鄭貴妃又為其生下了朱常洵。神宗在鄭貴妃的慫恿下，總想借機立朱常洵為太子，卻遭到了朝中眾臣（主要是東林黨人）的極力反對，當時太子又叫國本，因此，皇帝與大臣間的這次鬥爭又稱為國本之爭。國本之爭是繼嘉靖朝“大議禮之爭”後的又一次大規模的皇帝與大臣的衝突，不過這次的勝利者是眾大臣，最終朱常洛當上了太子，而鄭貴妃的兒子朱常洵被封為福王(後被李自成農民軍所殺)。使東林黨人和福王系之間有了間隙，為日後留下了一絲禍患。（詳見南明弘光帝）
萬曆48年（西元1620年）7月，神宗得病，他支撐著登殿召見英國公張維賢等人，叮囑他們用心輔佐太子朱常洛，8月丙申日病逝，葬在他生前耗銀八百萬兩修建的“壽宮”定陵。死後的廟號為神宗。史又稱萬曆皇帝。
明神宗走完了他矛盾的一生，在他的繼位的前十年奮發圖強，在張居正的輔佐下，使明王朝的經濟得到了空前的繁榮，在江南地區已經出現了資本主義萌芽；中間十年由勤變懶，最後近三十年萬事不理。但卻始終魁柄獨持，從這一點說，他絕不是一個庸人之輩。但他又缺乏明太祖、明成祖那樣的雄才大略。加上他沉溺酒色、財貨的心理病態，非但未能使明朝中興。相反卻把明朝推向絕境。因此後人評論“明之亡，實亡于神宗。
明光宗（朱常洛）
泰昌皇帝
明光宗朱常洛（西元1585－1620年），明神宗朱翊鈞長子。神宗死後繼位，在位僅1個月，因荒淫無度致病後服紅丸而死，終年36歲，葬于慶陵（今北京市十三陵）。
明光宗朱常洛是明代傳奇色彩最濃的一位皇帝，明宮三大疑案都與他有關。他在位僅一個月，是明朝在位最短的一位皇帝。
朱常洛生於萬曆十年（1582年），生母恭妃王氏原為慈聖皇太后的宮女。他的身世和父親明神宗差不多，都是父皇偶然臨幸宮女而生。不過雖然都是臨幸，明穆宗要比明神宗負責任。明神宗認為這個皇子的出生是他的一件醜事。這一觀念持續了三十九年，直到明神宗去世。因此朱常洛一生得不到父愛。
明神宗寵愛鄭貴妃，更是將鄭貴妃的兒子福王朱常洵（後被李自成的農民軍所殺）視若掌上明珠。因此神宗便有廢長立幼的想法。他先是違反了古制冊封鄭氏為貴妃，而沒有冊封長子的母親。不久又提出了三王並封的主意，將眾皇子都封為王以降低長子的地位，為朝臣所阻沒有成功。在朱常洛和朱常洵兩人擇一而立的問題上，因雙方爭奪激烈，拖延了10餘年，直至萬曆二十九年（1601年），在朝臣的極力諫爭和慈聖皇太后的支持下，朱常洛才被冊立為皇太子。這一事件，史稱為“國本之爭”。
朱常洛當上太子後，朝內党爭和宮闈糾紛始終都在威脅著他太子的地位。好在朱常洛各方面的表現中規中距，讓明神宗無話可說。
就在太子之位漸漸穩定的時候，宮中卻發生了“梃擊案”。萬曆四十三年（1615年），薊州（今天津市薊縣）男子張差持梃闖入太子居住的慈慶宮，準備行刺，被宮門太監抓住後，他先是裝瘋，後又供認是鄭貴妃手下的太監龐保、劉成所指使並引入太子寢宮。時人懷疑是鄭貴妃為了要讓其子登上太子位子而欲謀害朱常洛，朝議沸騰。神宗和太子都不願追究，僅以瘋癲奸徒的罪名殺了張差，杖死了龐保、劉成。將此案草草了結。不過究竟此案是否為鄭貴妃指使，沒有定論。此案成為了明宮三大案之一。
西元1620年(萬曆48年)8月明神宗病逝，朱常洛於同月丙午日繼位。改年號為“泰昌”。
朱常洛繼位後，進行了一系列革除弊政的改革。他發內帑犒勞邊關將士，雖然杯水車薪，卻也是萬歷朝很難見到的。他罷除了萬歷朝的礦稅，這種稅收曾一度使民不聊生，民變迭起。同時又撥亂反正，將由於進諫而得罪皇帝的言官全都釋放，官復原職。面對萬曆中後期官員嚴重不足的情況，朱常洛重振綱紀，提拔了一批新的官吏，補足了缺額，使朝政有了些起色。
但朱常洛每日回宮後卻沉於酒色，縱欲淫樂，加上即位之初政務繁忙及身體贏弱，不到一月就病倒了。經內醫崔文升診視，服用了瀉藥。泰昌帝一日一夜竟腹瀉達43次，病情日趨惡化，不敢再用。此時，鴻臚寺丞李可灼進獻兩粒紅丸，泰昌帝用了第一粒，氣喘減緩，食欲大開，病情稍見好轉，接著再服第二粒後，泰昌帝昏昏睡去，於第二天清晨駕崩。由於皇帝服用紅丸斃命，紅丸到底是什麼藥，是否有毒，崔文升為什麼要向皇帝進瀉藥，這些都已無法弄清。有人說這紅丸是用女子經血和參茸糅合而成，初服精神自然為之一振，但他荒淫過度，不堪猛補，所以死去；有人則因鄭貴妃請封皇太后而不許，懷疑是她指使李可灼下的毒。這件事史稱紅丸案，此案最後不了了之，成為明宮又一大案。
朱常洛做皇帝僅一個月，史稱“一月天子”。此時萬曆帝屍棺尚未埋葬，泰昌帝地宮也不可能在短期內速成。無奈之下，就在原北京昌平景泰陵的廢址上重建新陵，天啟元年（1621年）三月重新修繕，八月完工，九月入葬，名為慶陵。
朱常洛死後的廟號為光宗。
明熹宗（朱由校）
天啟皇帝
明熹宗朱由校（西元1605－1627年），明光宗朱常洛長子，光宗病死後繼位，在位7年，因嬉樂過度成病，服用“仙藥”而死，終年23歲，葬於德陵（今北京市十三陵）。
朱由校，在其父光宗于西元1620年9月病死後，撫養朱由校的李選侍和心腹宦官魏進忠（後改名為魏忠賢）想利用他年幼的機會把持朝政，便入據乾清宮。朝臣楊鏈、左光鬥等東林黨人則不讓李選侍與朱由校同居一宮，迫使她遷居噦鸞宮，然後於9月庚辰日奉朱由校繼位。第二年改年號為“天啟”。這一事件史稱“移宮案”。
熹宗即位之初，東林黨勢力較大，公正盈朝。楊漣、左光鬥、趙南星、高攀龍，許多正直之士在朝中擔任重要職務，方從哲等奸臣已逐漸被排擠出去，吏制稍顯清明。由於楊漣等人在幫助熹宗即位時多加盡力，因此，熹宗對這些東林黨人也是非常信任，言聽計從。
但在後宮之中，兩顆毒瘤正在悄悄的生長。這兩個毒瘤就是魏忠賢與客氏。魏忠賢大字不識，卻善於鑽營，很快攀上了大太監王安的關係，地位直線上升，客氏是熹宗皇帝的乳母，其奸詐而貪權，客魏兩人很快結成了同盟，成為了後宮不可一世的力量。王安等太監在後宮逐漸被排擠，客魏權利覆蓋了整個後宮。但魏忠賢並不滿足，決心成為權傾朝野，名副其實的大太監。
一方面，魏忠賢引誘熹宗玩樂，使熹宗整日沉浸在木工活之中，熹宗曾製成一座乾清宮的模型和蹴圓堂模型五間，都小巧玲瓏，十分精緻。但他卻因此將國家大事拋在腦後不顧，成了名副其實的木匠皇帝；另一方面，魏忠賢與朝堂上的一些文臣如崔呈秀之流相勾結，排擠東林黨人，逐漸掌握了內閣、六部。魏忠賢常常趁熹宗在專心製作木器時啟奏，他總厭煩地說：“朕知道了，你去照章辦理就是了。”魏忠賢據此濫行賜賞，大施刑罰，造成空前的宦官專政。凡正直的大臣，都被以東林黨的罪名慘遭橫禍，東林黨人被貶、被殺不計其數，其中最著名的當屬楊漣、左光鬥為首的東林六君子，他們為了能夠搬倒魏黨，作了很多努力，也是魏忠賢最痛恨的人，他們有的已經告老，有的還在任上，均被魏忠賢先後投入監獄，嘗盡了人間酷刑，最後慘遭殺害，卻始終沒有向閹党曲膝，不僅為一代文人的表率，也被百姓傳為佳話。
魏忠賢不僅殘酷地排除異己，而且加深了對百姓的盤剝，使得民不聊生，政治極度黑暗，這時，國內爆發了明末農民大起義，山海關外，後金政權步步進逼，使明王朝面臨末日。
其時，國內各種社會矛盾激化。主要憂患來自遼東後金對明王朝的威脅。熹宗聽信讒言，不辨是非，即位後罷免“有膽知兵”的遼東經略熊廷弼，致使後金攻陷瀋陽、遼陽，遼東局勢日趨嚴峻。天啟元年(1621年)三月，為穩定遼東，不得不再次起用熊廷弼為遼東經略。熊廷弼根據遼東實際情況，制定了三方佈置策。而掌握遼東實際兵權的巡撫王化貞，卻不顧當時敵強我弱、容易被各個擊破的危險，力主分兵把守，全面進攻。熹宗優柔寡斷，沒有主見，不對經、撫之爭作出合理決斷，以致後金軍採取各個擊破的策略，攻陷廣甯及其周圍40餘城。在閹党策劃下，熹宗殺了堅持正確方略的熊廷弼，忠臣良將孫承宗、袁崇煥亦遭猜忌，被革職，遼東戰局陷於重重危機。
就在整個大明王朝風雨飄搖的時候，一手製造了客魏專政的熹宗皇帝還在後宮玩樂，在盛夏季節，他喜歡穿上冬裝，模仿明太祖雪夜戎裝巡遊，有時扮成宋太祖上臺演戲，遊山玩水。因嬉樂過度，釀成了一身的疾病，面無血色，虛弱乏力。
西元1627年，熹宗在宮中西苑乘船遊玩時，不小心跌入水中，雖被人救起，但落下了病根，多方醫治無效，尚書霍維華進獻一種“仙藥”，名叫靈露飲，說服後能立竿見影，健身長壽。熹宗依言飲用，果然清甜可口，便日日服用。飲用幾個月後，竟得了臌脹病，逐漸渾身水腫，臥床不起，他召弟弟朱由檢入臥房，命他繼位，8月乙卯日病死。終其一生，在位七年，“婦寺竊權，濫賞淫刑，忠良慘禍，億兆離心，雖欲不亡，何可得哉？”
朱由校死後葬於北京昌平德陵。廟號為熹宗，又稱為天啟皇帝。
明思宗（朱由檢）
崇禎皇帝
明思宗，名朱由檢(西元1611～1644年)，明光宗朱常洛第5子，明熹宗朱由校弟。熹宗死後繼位。在位17年，李自成起義軍攻破北京後自縊，終年34歲，葬於思陵(今北京市十三陵)。
朱由檢，於西元1622年封為信王。熹宗於西元1627年8月死後，由於沒有子嗣，他受遺命于同月丁巳日繼承皇位。第二年改年號為“崇禎”。
朱由檢繼位伊始，就是大力清除閹黨。天啟七年十一月，朱由檢抓準時機剷除了魏忠賢的羽翼，使魏忠賢處於孤立無援的境地，然後一紙詔書，貶魏忠賢鳳陽守陵，旋之下令逮治。在其自縊而死後，下令磔屍於河間。此後，將閹黨二百六十餘人，或處死，或遣戍，或禁錮終身，使氣焰囂張的閹黨受到致命打擊。崇禎皇帝談笑間剷除了魏忠賢集團，曾一度使明室有了中興的可能。
當時的明王朝外有後金連連攻逼，內有農民起義的烽火愈燃愈熾，而朝臣中門戶之爭不絕，疆場上則將驕兵惰。面對危機四伏的政局，朱由檢殷殷求治。每逢經筵，恭聽闡釋經典，毫無倦意，召對廷臣，探求治國方策。勤於政務，事必躬親。同時，他平反冤獄，起複天啟年間被罷黜官員。全面考核官員，禁朋黨，力戒廷臣交結宦官。整飭邊政，以袁崇煥為兵部尚書，賜尚方劍，託付其收復全遼重任。與前兩朝相較，朝政有了明顯改觀。
朱由檢求治心切，很想有所作為。但因矛盾叢集、積弊深重，無法在短期內使政局根本好轉。朱由檢性剛愎自用，急躁多疑，又急於求成，因此在朝政中屢鑄大錯。在與後金戰爭的緊要關頭，朱由檢中了皇太極的反間計，冤殺袁崇煥，使遼東防衛幾近崩潰。他又增加賦稅，增調重兵全力防範雄居東北的後金政權和鎮壓李自成、張獻忠領導的農民軍。
因對外廷大臣不滿，朱由檢在清除魏忠賢為首的閹黨後，又重用另一批宦官。給予宦官行使監軍和提督京營大權。大批宦官被派往地方重鎮，淩駕於地方督撫之上。甚至派宦官總理戶、工二部，而將戶、工部尚書擱置一旁，致使宦官權力日益膨脹，統治集團矛盾日益加劇。無奈中，他不斷反省，四下罪己詔，減膳撤樂，但終無法挽救明王朝於危亡。
崇禎十七年(1644年)，明王朝面臨沒頂之災。明軍在與農民起義軍和清軍的兩線戰鬥中，屢戰屢敗，已完全喪失戰鬥力。三月十七日，農民起義軍圍攻京城。十八日晚，朱由檢與貼身太監王承恩登上煤山(也稱萬壽山，今北京市景山)，遠望著城外和彰義門一帶的連天烽火，只是哀聲長歎，徘徊無語。回宮後寫下詔書，命成國公朱純臣統領諸軍和輔助太子朱慈良。又命周皇后、袁貴妃和3個兒子入宮，簡單叮囑了兒子們幾句，命太監將他們分別送往外戚家避藏。他又哭著對周皇后說：“你是國母，理應殉國。”周皇后也哭著說：“妾跟從你18年，陛下沒有聽過妾一句話，以致有今日。現在陛下命妾死，妾怎麼敢不死?”說完解帶自縊而亡。朱由檢轉身對袁貴妃說：“你也隨皇后去吧!”袁貴妃哭著拜別，也自縊。朱由忙又召來15歲的長公主，流著淚說：“你為什麼要降生到帝王家來啊!”說完左袖遮臉，右手拔出刀來砍中了她的左臂，接著又砍傷她的右肩，她昏死了過去。朱由檢又砍死了妃嬪數人，並命令左右去催張皇后自盡。張皇后隔簾對朱由檢拜了幾拜，自縊身亡。十九日淩晨，李白成起義軍從彰義門殺入北京城。朱由檢咬破手指寫了一道給李白成的血書，說自己所以有今天，都是被臣下所誤，現在死了也無臉到地下見祖宗，只有取下皇冠，披發遮面，任你們分割屍身，只是不要去傷害百姓。他將血書藏入衣襟，登上煤山，自縊于壽皇亭。王承恩也在對面樹上吊死。
明朝滅亡。
李白成進城後，將他的屍體抬到東華門，搜出身上的血書，葬在昌平州。當地平民又將他合葬在田貴妃墓中。清軍入關後．將他移葬思陵，諡為懷宗，後改諡莊烈帝。南明政權諡他為思宗烈皇帝，後又改諡為毅宗，史又稱崇禎皇帝。
2008年4月25日星期五
明思宗
萬曆三十八年十二月二十四日（公元1611年2月10日），在東華門內慈寧宮的一間靜室裡，帝王之家又一顆龍種降生了，他是當朝神宗皇帝朱翊鈞之孫，皇太子朱常洛的第五子，名叫朱由檢。
朱由檢的母親姓劉，被封為淑女；因生得妖嬈，甚得太子的愛幸。劉淑女生由檢之際，亦感到無上的榮光，因為這畢竟是她為皇家做的一次貢獻。不料，劉淑女生下小由檢不久，孩子即被抱離身邊，東宮的恩顧也逐漸淡薄。後因遭到李選侍（西李）的打擊，淑女被太子貶斥，憂憤而死。這時的小由檢才五歲，住進勖勤宮，由多年未曾生養的李選侍（東李）撫育，並得到東宮老太監王安的護佑，使他這個沒娘的幼子也不感到怎樣委屈。但是，勖勤宮之外的世界，給小由檢的感受就不一樣了。
這一時期裡，後宮的矛盾異常尖銳，從萬曆四十三年（1615年）五月初四開始，在五年的時間裡，接連發生梃擊、紅丸、移宮三大宮廷訟案，始終圍繞萬曆皇帝的寵妃鄭氏和太子朱常洛爭權奪勢的問題，許多朝臣都被捲了進去。直至萬曆四十八年九月初六，朱由檢的哥哥朱由校即位，圍繞三案的宮廷角逐還未結束。這時朱由檢才十歲。
在這一系列激烈的內鬥中，朱由檢和他的父兄有着同一的休戚，特別是其兄朱由校，生母王氏死於李選侍（西李）的凌毆之下，這跟由檢之母劉氏的遭辱、冤死又何其相似！由檢初承其父之命，托付東李撫育，後因東李生女，改命西李撫育。西李辱過由檢之母，她給予由檢的，也自然是苦藥一劑。由此可以肯定地說在朱由檢眼裡，鄭貴妃、李選侍（西李）是一股「凶焰」，是很可怕的。不過還好，「凶焰」到底沒有佔上風。追究「三案」的結果，竟然令急欲奪儲的鄭貴妃、西李等垮台，朱由檢的哥哥朱由校登上了九五之尊，改年號為天啟。天啟二年九月二十二日，朱由檢被他哥哥封為信王。但年幼的朱由檢怎麼也不明白，此後為何又出了個魏忠賢，而且較鄭貴妃等人更暴戾。
魏忠賢黨內網羅有後宮的太監王體乾、田爾耕，有熹宗的奶娘奉聖夫人客氏，還有兵部尚書崔呈秀等人，連朝中的一些著名的大臣都趨附於他們。魏忠賢黨在天啟朝做下的罪惡，就其要者有：行凶後宮，坑害嬪妃；收受賄賂，賣官鬻爵；插手邊事，陷害忠良；窮治冤獄，屠殺知識分子；建造生祠，企圖為篡位製造輿論。。這許多事，朱由檢是不知道的，但對於宮妃們的酷烈（例如餓死裕妃張氏、陰謀製造中宮大獄又使張后墮胎、打死胡貴人等），就在最初他也有所耳聞，特別是魏忠賢一黨為了拔掉天啟初的太監掌班人王安這根眼中釘，竟然喪盡天良地衊造了罪名，害死這位曾為三朝效忠的老僕，朱由檢對此十分傷情，因為他想到從他懂事以來，王安就曾是他的實際保護人，他那孩提時期的一言一動，王安都從心眼兒給以關懷。為這一慈祥老僕的慘死，他更恨那魏忠賢一班人！
而魏忠賢這一伙對朱由檢感覺如何？在他們倒行逆施之時，見這位一天天長大的少年，當面冷言相對，發語難探虛實，性情深沉，頗有心計，也不能不產生一種畏懼的心理。魏忠賢早想把他打發掉了事，苦於沒有良計。到了天啟六年，朱由檢年已十六歲，客氏想到了一個調虎離山之計，要魏忠賢為信王完婚，完婚後出居信邸，就可以拔掉這根眼中釘了。魏忠賢以為此計甚妙，很快派人到大興縣物色到一位庶民周奎之女，向朱由校請了信王的婚事。朱由校對此沒有不允之理，命以前不久空下的惠王府為信王府，於是定下了朱由檢的婚期和遷居。
周奎女年方「二八」，三月二十八日子時生。這年閏六月，欽天監奏信王婚禮的規模，擇十一月二十五日卯時由檢搬移惠王府，擬十二月初十午時尚冠，十六日向周家發冊納采，二十二日王府安床，次年（天啟七年）正月二十七日為王妃開面，二月初三卯時迎親。此後的事情，就都照這個計劃進行了。應該說，這是客魏二人在無可奈何的情況下，對朱由檢的一個擺佈，朱由檢自然是不滿的。但成婚的那天，朱由檢見妃子品貌端正，天生雅麗，更兼性情温柔敦厚，內心十分歡喜。從那以後，王、妃得協魚水之歡，一位民家姣好的女子，第一次安慰了朱由檢這位宮廷青年孤苦伶仃的心，這在當時算是他從人生中得到的一點甜美吧！
朱由檢成婚半年後，突然接到哥哥病重的消息，朝中特許他進宮探視。就在這時，朱由校當着諸臣的面，囑咐弟弟好自為之，並囑諸臣將其弟輔佐成堯舜之君。這主要是由於朱由校無子，他只能傳位給由檢。第二天，亦即天啟七年八月二十二日，吃喝玩樂了一輩子的朱由校，也就紅足艷跑地死去了。
此時已屆傍晚，熹宗遺體就停在乾清宮西暖閣（熹宗平時所居之所），旁邊有掌班太監魏忠賢和司禮監秉筆王體乾陪伴。
起初，魏、王兩人不辦熹宗的喪事，卻秘密將崔呈秀找來。他們屏退了一切人，湊攏在一起，緊張、激烈地議論着遺囑傳位給皇弟的問題。不言而喻，他們不擬遵遺囑，因為魏忠賢想篡位以自代，可是崔呈秀反對。這並非因為崔呈秀居魏黨的黨外，實際上他才是魏黨的鐵桿。他之所以不同意，是因為他了解宮內宮外集有義兵，一旦貿然奪位，是要失敗的。魏忠賢這才死心，着手準備熹宗的喪事。最初，他們擬將梓宮置於西暖閣，讓受遺詔的皇太弟居廊廡，因遭到閣臣的反對，才不得不將梓宮置於仁智殿（歷來為停梓宮之處），新皇帝御文華殿受朝，爾後御居交泰殿，前皇后孫氏遷慈慶宮。一切準備停當，單等舉行朝見。
再說可憐的朱由檢，對上述安排不得而知。他自從由信邸乘輿來大內，就被安排在乾清門邊的陋屋，等待着入臨。他忐忑不安地四下看看，心裡明白，一過這高門的門檻，就是大內的核心了。但他覺得一切東西都被隔絕得那麼遙遠。四周是那麼靜，靜得簡直叫人害怕。一會兒傳飯了。有兩名小太監送來一個食盒，請他進晚餐。他猛然想起父皇光宗被毒死，以及哥哥不可名狀的情形，頓感不寒而栗。他問來人，這食品是從哪裡來的，來人稱是御膳坊製作，他仍懷疑這是太監家中的食物，硬是叫來人將食盒抬回。爾後，他從袖中取出自帶的點心，稀裡糊塗地吞咽了一陣。外人不知，這點心本是周妃的慧心，臨出信邸，周妃特別向他進言：切記勿用太監的茶食。
天漸漸黑下來，朱由檢獨自秉燭夜坐。一太監帶劍從門邊過，他立即將太監叫住，說要看看那把寶劍；看後他將劍放在几上，對太監說，他要用一百兩紋銀買下。太監也願留個紀念，而且售價也不低，就樂樂和和地答應了。入夜，每聽到更夫的報更聲和巡夜的巡邏聲，他都要遙問一聲「勞苦」，或命他們去光祿寺領酒食，因而得到役夫們回報的歡聲。除此之外，再無一位官員來到，在這座高大的平台上，只有那把亮鋥鋥的寶劍，陪伴他靜坐於這暗夜。
第二天，他要入內看望哥哥，把門的太監見他尚未改換喪服，不讓他進入。無奈，他只好求告小太監取一套喪服來。喪服穿戴整齊後，他剛要啟行，不料又一太監前來禀告，他此刻仍不能入內，因為上頭還沒有確定該穿哪一等喪服。朱由檢急得跺腳捶心，竟哭着向守門的太監求情，才得進宮見到哥哥的最後一面。爾後，他僅被安排在乾清宮的廊廡暫憩。這期間，司禮監、錦衣衛準備了登極的儀注（禮儀規定）等，第三天亦即天啟七年（1627年） 八月二十五日一早，朱由檢就被太監引至中極殿，登上了皇帝的寶座，朝見了文武群臣。
回頭再說朱由檢入臨那一夜，周妃在信邸，既不知夫君的吉凶禍福，心中更像有一團亂麻，怎麼也理不出個頭緒來。她獨自一人沒完沒了地問卜、禱告。說來也奇，每一次卜卦，她得的都是「上上之吉」。她想，這可能嗎？如此亂亂紛紛，無禍就是福嘛，能有什麼吉祥呢？她不着邊際地猜想，糊里糊塗地混過了三天的沉滯之期。忽然，平地一聲驚雷，她接到一個天外飛來的喜報：信王要登極了！開始她並不信，後來她被接到了坤寧宮，夢一般地來到這新天地，使其掌后宮，母儀家天下，才相信這眼前的現實。
朱由檢登極後的一件要事，是增補本朝的閣員。這是執掌朝政最要緊的官職，專門負責起草「票擬」、呈遞奏報等要事。不用說，先朝的閣員還不能去掉，所以在朱由檢登極時，原東閣大學士黃立極、施鳳來、張瑞圖、李國木普還在位。為了穩定當時的局勢，朱由檢不僅將他們繼續留任，而且給以晉爵、增蔭，但同時又發出增補閣員的聖諭，命令吏部先醞釀提名。吏部很快提了十一人的名單，供他考慮。他認為一次不能補進十一人，就用古代占卜選官的方式，選取了錢龍錫、楊景辰、來宗道、李標、周道登、劉鴻訓六名閣員，加上原來的四員，一共是十員，皆為禮部尚書兼東閣大學士。
與增閣員同期進行的是廷議改年號。禮部初擬「永昌」、「紹慶」、「咸寧」、「崇貞」四稱，朱由檢從龍案上提御筆，立即將「貞」字加了個「示」字偏旁，批點用「崇禎」，就這樣確定了朱明王朝第十六帝的第十七個年號，定次年為崇禎元年（1628年）。從這時起，朱由檢即成了朱明王朝都於北京的最後一任皇帝，《明史》稱莊烈帝，《國榷》稱思宗，《綱鑒》稱懷宗，都是指這位淑世之君，俗稱崇禎皇帝。
人在幸福的時刻，容易想到悲酸的往事，年輕的朱由檢登上皇帝的寶座，不由自主地想到他的生母，就於此間追尊母親為孝純皇太后，遷葬慶陵。與此同時，他又尊熹宗的張后為懿安皇后；孝純皇太后之母這時還在世，年已七十五歲，進宮見了自己的外孫，並被外孫尊為瀛國太夫人，其侄劉文炳封新樂侯；周后父周奎授左都督，晉嘉定伯；封懿安皇后之父張國紀為太康伯。
朱由檢從一位老太妃口中得知，當年有一位姓傅的淑女，與劉淑女比宮而居，又是同桑梓，彼此很熟悉。後來，傅淑女在天啟間得到了晉升，還談起過劉淑女當年的不幸。為此，朱由檢召見了老宮妃，請她詳述了孝純皇太后當年的儀表和她被貶出宮時的情況。她說劉淑女長得很像當時的某某妃。據此，朱由檢命畫工着意刻畫，畫工焚膏油以繼晷。兩天後，皇太后畫像製成，朱由檢命宮中準備法駕（專指皇帝所乘輿輦），自至午門跪迎。法駕載聖像至后宮，呼老宮婢前往識別，有的人說像，有的人說不像，反而像某某妃。朱由檢聽了淚如泉湧，六宮粉黛也無不飲泣。應該說，這時的朱由檢仍感無限的壓抑。開始擺脫這壓抑，自認可以揚眉吐氣了，是從他舉行過崇禎元年（1628年）的賀正旦大禮以後。
初登極時，因有大行皇帝的梓宮在，只能行朝見禮，有朝而無賀；四個月後的崇禎元年賀正旦就不同了，朱由檢要在這時接受八方的朝賀。這天，氣度恢宏的皇極殿大殿，陳設宏大。在那兩壁斗栱之間，繪有真武神像，四根巨大的盤龍金柱，直矗殿宇，好像要跟雕梁畫棟爭輝。殿中的扆位高高虎踞，座旁列鎮器、羽扇，座前設垂簾，簾下鋪毡。扆位東手有寶案，東手門外有表案，丹墀（專指皇帝宮殿中的台階）中道左右還有藩屬之國進貢的方物等。鼓樂之設，文樓上為定時鼓，殿中東西為中和韻樂，皇極門內東西設大樂。
這天一大早，錦衣衛、金吾衛的儀仗、軍仗等都在殿內外預定的位置上排列整齊。只聽第一通鼓響，百官都穿着嶄新的服裝，齊集午門外候班。第二通鼓響，引導官引百官和進表人等，依次由左右掖門入宮，肅立在丹墀之上。這時，只見欽天監、錦衣衛、鴻臚寺、光祿寺等衙門的官員都來到殿內外各自的位置。一聽第三通鼓響，全部司典的官員齊集中極殿外。悠悠揚揚的鐘聲響起來了，迎接那袞冕煌煌的朱由檢升座皇極殿──朝賀開始了。
這時再看那大殿上，導駕官、尚寶官、翰林官、侍衛官及中書官等都在各自的位置上立定。只聽樂聲暫停，鳴鞭放炮。報時已畢，宣贊排班，班齊行禮，同時大樂奏起，群臣四拜、起立。大樂再停，進表，宣表，致詞，宣制，最後還要百官搢笏，齊向皇帝鞠躬，三舞蹈，山呼「萬歲萬萬歲」。直到宣贊官向各官宣布從懷中取出笏板，最後一次俯伏、作樂、四拜時，各官才起立，鴻臚寺卿至御前跪奏禮畢，鳴鞭，作樂，朱由檢起立，尚寶官捧寶，導駕官前導，步態款款地行到中極殿，樂聲才止，他也就退朝回宮了。（見《天府廣記》第183頁《春明夢餘錄》）
興高采烈的朱由檢當時回到了東暖閣，興猶未盡。他想起了「一人輯瑞，萬國朝宗」那句古語，覺得萬國之輻輳，皇威之震遠，也真的叫人飄飄然。他見那案邊紙筆齊備，略一凝思，蘸筆題了「敬天法祖」四個大字，接着又題了「人心惟危，道心惟微；唯精唯一，允執厥中」十六個大字，命太監送翰林院摹刻。（見《日下舊聞考》第526頁）
朱由檢執政之初，最大的政治障礙在魏忠賢一夥，要想真正得到國家政權，他心知必先鏟除這一障礙。還在他登極後的第三天，即天啟七年（1627年）八月二十七日，他就給魏忠賢、王體乾這些大太監下了個命令，要他們脫去朝臣的朝服，換上太監的裝束，也不必列朝班。許多朝臣都在心裡暗暗稱讚：這決定太英明了！（見《明季稗史初編．烈皇小識》第1頁）
魏忠賢自己也明白，這是皇帝給他的一個下馬威，必須謹慎從事。可是，宮內的一切就緒後，他又開始活躍起來。一天晚上，他竟向皇帝進了四個美人，要一起送進交泰寢殿。交泰殿坐落在乾清宮和坤寧宮之間，黃瓦四角攢尖頂，內設錦屏與華幔，珍奇古玩配置其間，華麗而幽深。當時魏忠賢將四美人送到這裡，打算陪朱由檢燕寢，不料剛入殿堂，卻被朱由檢發現了一個秘密。原來，她們一入殿堂，身上就發出一股撲鼻的異香。朱由檢問四美人：這是怎麼回事？四美都不語。朱由檢命人搜她們的身，發現每人身上各佩一粒香丸，大如玉米粒，用手一捻，其香愈烈。朱由檢問此物從何處來？她們只好如實回答：入宮前客氏所發，名曰「迷魂香」，人一觸及，魂即為之醉迷。朱由檢聽此，暗暗吃驚，立命四美人將香丸擲去。他內心深知，從前的後宮處處禍水，其根源在鄭妃，其逆流在客、魏。而鄭貴妃此時已銷聲匿跡，唯有客、魏還在活動，如果不能及早鏟除，定遺患於無窮。
他下令決心，首先令奉聖夫人客氏出宮。客氏接到他的聖旨，知已不可挽回，即於第二天清晨進入仁智殿，止於熹宗的梓宮前，從一個黃色的小包裹裡取出熹宗的胎髮、脫換的第一顆乳牙以及多年來她為他修剪下的指甲等等，一拼投入火中焚化，哭奠了一回，就出宮歸宅了。朱由檢立命太監搜查她在宮中的住處，查出了八名懷孕的少女，那都是她出入掖庭（妃嬪所居之地）攜帶的侍媵，本是想在天啟末學呂不韋進孕婦的。朱由檢知這一醜事勃進大怒，馬上將客氏逮到浣衣局，亂棒打死，其子侯國興也伏誅。
幾天後，朱由檢駕御皇極門決事，有一位嘉興縣貢生錢嘉徵冒死前來啟奏，揭露魏忠賢的並帝、蔑后、弄兵、無君、濫爵、冒功、建祠、通賄等十大罪。魏忠賢當時還想抵賴，怎奈朱由檢憤恨已極，就命御史當眾宣布奏疏，嚇得魏忠賢魂不附體。
根據這一奏劾，朱由檢想當場就給他定出個罪名。不料這時有個吏部主事出面求情，說什麼魏忠賢好比秦時的趙高，漢時的王莽、董卓，晉時的桓温，以及宋時的秦檜、童貫、賈似道等人，萬剮不足以盡其辜；但念他的先朝的遺奴，請貸以不死，勒令回籍。朱由檢見他說得有理，一時動了惻隱之心，就將這疏下發部議，但魏忠賢必須交出司禮監和東廠的大印，奪去從前封贈的公、侯、伯等爵號，暫發仁智殿守靈。
這年的十至十一月，也正是朱由檢差派吏、戶、工三部查收魏忠賢田宅、誥券的時候，又有許多大臣交章論劾，紛紛揭露魏忠賢指使同夥崔呈秀禍害後宮、坑陷忠良、濁亂朝政等罪惡，朱由檢就勢發下御批：將崔呈秀交九卿會勘，魏忠賢由內官押赴鳳陽看守皇陵。這時，仍有同黨出面說情，朱由檢拍案大喝道：「替魏忠賢請宥，乃宦官奸臣相勾結之又一例！來人！」當庭來了四名殿御史，朱由檢喝令：「將說情者重責一百大棍，發往南京！」（見《明季北略》第82頁）
魏忠賢這時才感到鐵案鑄成，因而打點了寶珠四十車，良馬一千匹，所養的死士八百人，於天啟七年十一月初自北京啟程，朝鳯陽府進發。有地方通政使見他這副行頭，氣憤不過，就寫了一道奏章，說魏忠賢「在路擁兵」，乞早誅滅。奏章遞到朝廷，朱由檢立刻傳旨兵部：速差緹騎（禁衛吏役）前去扭解，所有跟隨群奸，着即擒拿，「毋得縱容遺患」。魏忠賢行至河間府阜城縣得知朝廷的旨下，想自己再無生念，就在這天晚上（十一月初七）和幾個心腹一同自盡。
朱由檢得知魏忠賢已死，立即降旨沒收他的家產，全部歸內府所有；並命燒毀東廠的一切刑具。這期間，九卿又會勘過崔呈秀的罪行，那些鼓吹為魏忠賢建生祠、刻削軍餉收入私囊、任用娼家的妻弟為都司、熹宗晏駕前陰謀倡亂等不法事，都被同官們揭露出來。朱由檢就勢將崔呈秀削職。崔呈秀一氣回到家中，悶飲燒酒，邊飲邊恨恨連聲，竟將手中的杯子捻得粉碎。這一夜，崔呈秀已感到毫無出路，也學着魏忠賢上吊自殺了。就這樣，朱由檢不動聲色地除掉了魏黨中的幾名首逆。
客、魏、崔既除，朱由檢確覺內心歡快，此後不久，他就舒心暢意地舉行了崇禎元年的朝賀大典。不料，就在他舉行慶典之際，有兩名內丁在五鳳樓下拾到一黃包，二人不敢開看，就上送到了後宮。朱由檢回宮後見到這包裹甚為驚愕，但他沒有聲張，就將包裹封藏起來。
四天後的正月初五，朱由檢升座皇極門決事，當即有大臣出班啟奏：如今正是方隅未化、正氣未申之時，應該一反往昔的痛事，盡毀生祠，大修書院。朱由檢心想，此為何說？自從我登極以來，屢旨起廢，虛公酌用，怎麼能說「正氣未申」呢？至於說興修天下的書院，確是應該嗎？不！生祠甫輟，書院繼興，豈不又滋紛擾嗎？他認為繼續將魏黨的逆案窮追到底才是正理。就這樣，他一面否定了這意見，一面對吏部發下聖諭：速將從前被降罷和受迫害的大臣從公酌議，有遭非法禁斃的，該褒獎的就給以褒獎，該封蔭的就給以封蔭。同時，對那些被牽連的官員凡能夠復官的，都給以復官起用，凡應該糾正的都給以糾正，不要長期耽擱和傷害人心。
為了徹查魏忠賢一案，朱由檢還先後授予曹師稷、顏繼祖、宗鳴、瞿式耜、鍾炌等為給事中，吳煥、葉成章、任贊化等為御史，專門負責彈劾魏黨黨羽的事情。此後不久的二月十五日，吏部又根據元月初五的聖諭，整理了一份「冤陷諸臣疏」，請為八十三名受害者恢復原官，並加封號。二月十六日，又有一諫官奏疏，請給那些東林黨案中受害的人封蔭，有些活着的人還應給以起用。朱由檢對這些奏疏都表示同意。
幾乎就在這平冤起廢的同時，大規模的降罷開始了。朱由檢罷免了阻撓起復的幾名吏部官吏，又罷免了戶部曾為魏忠賢大造生祠的人士，還將協助魏忠賢大興東林黨大案的太監投進了監獄。
這後的一天，朱由檢又召新補的閣員韓爌、李標、錢龍錫以及其他朝臣於乾清宮，要給所有參與魏黨活動的人定罪。他的看法是魏忠賢一個人在後宮，如果沒有外廷的逢迎，是不會發展到這一地步。因而他特命韓爌、李標、錢龍錫專門負責這件事，務求斬草除根。
根據這一旨意，韓爌等三人列了一個四五十人的名單呈上，朱由檢看了很不滿意，讓他們再去搜集。他們就又在名單上加上了幾十人，朱由檢仍覺不能一網打盡，就將他們召進後宮，打開了那個黃包，對他們說：「這是元旦那天從五鳯樓上掉下來的，內盛為何物，一向無人知。如今可以告訴你們，這是一套紅簿冊，記的全是內璫的實跡。今拿給你們作為參考，可將名單分類列出。」（見《國榷》第5468頁）
韓爌等三人知道，對皇帝的指令只能照辦。幾天後，他們再將逆案和附逆人名單奏上，朱由檢立刻在平台召見了他們。朱由檢問韓爌：「魏忠賢時立的四閣臣為什麼不在其中？」韓爌回答：「因為找不到事實根據。」朱由檢續說：「張瑞圖多次為魏忠賢生祠題額，來宗道祭崔呈秀之母，極盡吹棒，這不都是證據嗎？況且，這些人多喜諂媚，結交近臣，就不能不使黨結朋生。」接着，朱由檢又對召見時在座的人狠狠地教訓了一頓。他說：「人臣做事，應守正道，處以公心；暗中勾結，巧營別竇，應視為非法。」「凡有操守和風節的人，行事皆可上為主和，下為民曉；看看那些結黨營私的人，哪一個做到了這點？」（見《國榷》第5471頁）
這以後，朱由檢又將紅簿所載而未被韓爌等人列入的六十九人名單發付到各部院，命令有關衙門酌定。後於崇禎二年三月十九日，朱由檢親發了一道聖諭，將魏忠賢及其一切黨羽、爪牙、故舊私交等人全部歸入逆案，其中包括首逆同謀六人，結交近侍十九人，結交近侍次等十一人，逆孽軍犯三十五人，諂附擁戴軍犯十五人，結交近侍又次等一百二十八人，共二百一十四人。這裡有先朝內閣重臣黃立極、施鳳來、張瑞圖、李國木普等，還有魏黨的鷹犬如田爾耕、許顯純等。其中有的人已被罷官，有的人已被處死。總之，這次大案搜羅甚廣，即使是脅從也都被搜羅了進去。朝野一時人人自危，廟堂之上遂感乏人，其勢好比張網捕魚，網過密則連小魚蝦米也一同被捕，河湖從此無魚類了。
但朱由檢曾用過一個幹才，那就是守遼名將袁崇煥。袁崇煥於萬曆四十七年（1619年）中進士，因為懂軍事，於天啟二年被提升為兵部主事，跟隨殿閣大學士孫承忠巡邊，能單騎出山海關，報告關外形勢，人稱袁大膽。從那時起，他胸中儲有抗清方略，因而被提升為兵備副使（整飭兵備的道員）兼右參政（布政使手下參與地方政事的重要官員）。這段時間，他曾向當局建策，修築錦州、松山（今屬遼寧錦西，明時對清作戰的重要據點）、大小凌河等地的城守之具，將防線向失地推進二百多華里。
天啟六年八月，袁崇煥擊斃努爾哈赤後，朝廷理應嘉獎，但當時的朝廷已被魏忠賢所把持，魏忠賢對袁崇煥反咬一口，說他「不救錦州為暮氣」（見《明史》第6712頁），罷了他的官；他一生氣跑回老家東莞賦閑去了。這時的山海關外復地又失。
朱由檢登極後，關外多次告警，一時無人替皇帝分憂。這年的十一月，廷臣推袁崇煥治遼東，朱由檢升袁崇煥為右都御使（都察院長官）兼管兵部左侍郎事。至崇禎元年四月，朱由檢又升他為兵部尚書，督師薊遼（作為薊、遼最高軍事長官），兼督登、萊、天津軍務，並命他作速來京。
崇禎元年七月，袁崇煥從老家東莞來到北京，朱由檢在平台召見了他，稱讚他說：「卿能萬里赴召，忠勇可嘉。」接着問他平遼有何方略，他說：「方略還待條奏，但是臣請陛下相信，臣用五年，即可定遼。」朱由檢一聽五年定遼滿心高興，當面許下了「平遼後不失封侯之賞，子孫也少不得封蔭」的諾言。（見《明季稗史初編．烈皇小識》第14頁，《明史》第6713頁）但是，五年平遼談何容易！
袁崇煥只憑年輕氣盛，就將此語脫口而出，有見識的大臣倒替他汗顏，那是誰？就是大學士錢龍錫。趁皇帝入建極殿小憩之機，錢龍錫將袁崇煥拉到一邊，點化他五年平遼並非易事，必須朝中事事配合。袁崇煥立即醒悟過來，當朱由檢二次出御時，他着重提了多方協作和勿生疑心的問題。他要求戶部着力措辦軍糧，使之充於軍用，還要求工部監造仔細，絕不能讓兵器脆薄不堪。此外，還要求兵部、吏部給以協助，為保前線的需要，一定推薦得當的文武官員。對這些合理的要求，朱由檢都給當面答覆，並當面點了各部全力照辦。最後袁崇煥爽直地說：「以臣之力，制服全遼而有餘，調解眾口則不足。這番出官，即成萬里，忌功妒能，豈是無人！只求皇上閑話勿信。（見《明季稗史初編．烈皇小識》第14頁）」朱由檢認為這都是忠言，因而都給了滿意的回答；然而他沒有察覺到，袁崇煥正是進了這些忠言，才得罪了滿朝大臣的。
這天朱由檢感到很高興，召對後，還在乾清宮賜酒飯。第二天，袁崇煥還向朱由檢進呈了守遼的具體方略，其大意是：恢復之計，不外他在頭幾年提出的「以遼人守遼土，以遼土養遼人」，守為主，戰出奇，和為計的方針（見《明史》第6713頁）。至於用人之道，在朝廷則應堅守任而勿貳，信而不疑；在軍中，可驚可疑者殊多，不必摘一言一行之微瑕。朱由檢對袁崇煥的這些擔心，當時都給以積極鼓勵，令其勿憂。臨行前，還贈給他尚方寶劍一口，令其便宜從事，以示不疑。至於贈送的蠎玉、銀幣（帛）等，當時都被袁崇煥退給了皇宮。
袁崇煥於崇禎元年到寧遠（今遼寧興城縣），正趕上那裡的軍兵為缺餉的事鼓噪。袁崇煥一面向朝廷申請糧餉，一面彈壓了領頭鬧事的幾個人。此後不久，永平（今河北盧龍縣）軍兵又為同樣的事鼓噪，而且聲言：如不在十月初三將糧餉送到，他們就要發動兵變。袁崇煥對此一籌莫展，只好再向朝廷請餉。
朱由檢接到袁崇煥的第二次請餉疏，已是十月初二，他召對群臣於文華殿，沒好氣地問新上任的兵部尚書應該怎辦。不料兵部尚書卻說：「我新上任不久，對這事還不了解，讓袁崇煥再等等吧。」朱由檢一聽這話，不由得怒從心頭起，拍案罵道：「爾等為何昏庸到如此地步，軍餉就是今天發送，也已救不了軍中烈火了，更何況你還讓他再等等？」被他這一罵，朝堂氣氛緊張起來，長時間沒人敢出聲。停了一會兒，不知怎的卻緩和了下來，他用一種懷疑的口吻問大臣：「前不久已解了一次糧餉給袁崇煥，說是軍中鼓噪；為何這次又鬧起來？」
一旁站着個乖剌的大臣，名叫周延儒，這時他僅是個禮部右侍郎，在堂下見皇帝鋒芒轉向，趁機順風使舵，不無添油加醋地說：「陛下慮得是。況且軍中一鼓噪就發餉，這樣下去後果如何？以微臣之見，作為軍中的大將，還應提倡『羅雀掘鼠』才是。」
朱由檢對周延儒的比喻很感興趣，因而很同意他的觀點。（見《國榷》第5457頁，《明史》第7926頁，《烈皇小識》第17、19頁）這次召對的結果，朱由檢發現了一個得意的大臣──周延儒，同時對袁崇煥的能力和表現產生了懷疑。但對於遼地的事情，他還是認為應該補餉，於是命所司在這個月內向駐遼軍再補發一次軍餉。袁崇煥拿了這份餉銀來到永平，恩威並用，也就稍稍穩定了軍中的情緒。
這件事使袁崇煥認識到朝廷和遼軍之間，肯定有剋扣、私分糧餉的人。因而，他的第一步工作必須將轉發糧餉的事控制起來。他向朝廷建議，要在寧遠設立一個東江轉餉司，以管理遼東的糧餉。不料朝廷還沒有表態，畏縮皮島而只求軍餉、不用朝命、徒掛平遼將軍印的毛文龍卻拼命反對起來。毛文龍趁機向朝廷請島餉，那意思像是告袁崇煥的狀：前兩次發的糧餉他未收到。朱由檢接到這一奏疏，就又向皮島發了餉銀四萬兩，並命袁崇煥賫送。
崇禎二年的五月，袁崇煥帶着四萬兩餉銀和一口尚方寶劍，到達皮島，一面犒賞守軍，一面對毛文龍觀察、了解。至六月初五，他用計將毛文龍召到雙島（在今遼寧金縣西南一百四十五里處），當面歷數了毛文龍的殺民冒功、買通內奸、暗與清兵私通、以餉銀向清兵換取金復海蓋失地等問題，將其斬首。
七月的一天，朱由檢在乾清宮接到袁崇煥誅殺毛文龍的奏疏，甚為驚詫，後見疏中揭毛控扼海運、通敵建虜、冒餉欺君等十二大罪，確覺毛的可惡，也就准了袁崇煥的奏疏，並進袁為太子太保，發優詔給以褒獎。
這樣又過了兩三個月。至十月二十三日，朱由檢在文華殿忽然接到軍情密報：清兵之警急於京畿。原來，這股清兵是在幾個降將的引導下得到蒙古諸部的配合，自總理薊遼軍務的劉策轄區喜峰口、馬蘭谷、松棚一路殺來的，其軍着黑裝，看去如萬朵黑雲，攜風而馳。崇禎二年十一月初三，清兵破遵化，十五日至垻口，二十日接近都城，劉策以及京營提督李鳳翔等皆從壁上觀。巡撫王元雅死於亂軍，薊鎮總兵朱國棟自縊。山海關總兵趙率救前來增援，途遇清兵而戰死。
朱由檢對這形勢很着急，立命各路勤王；即有督師袁崇煥帶同手下大將祖大壽等趕來，與清兵血戰於京郊，牽制其發展，這才給城內爭取了時間。不料十天後的十二月初一，忽有太監來昭仁殿，向朱由檢透露外面的傳言：袁崇煥殺毛文龍，是為了跟清兵單獨議和。這次邊警就是袁崇煥約清兵來入寇的；還說什麼，他已答應讓皇太極來做皇帝（見《國榷》第5503、5505頁，《烈皇小識》第31頁）。可以肯定地說，這些都是子虛烏有的事。就說「通使議和」，其事出於天啟六年八月，努爾哈赤攻打寧遠，被當時還是遼東巡撫的袁崇煥之軍殺傷，不久死去。袁崇煥為了了解清兵內部的虛實，就憑借建州為大明封地的關係，派遣使者前往吊唁。努爾哈赤之子皇太極也將假戲真唱，向袁崇煥遣使以為回報。袁崇煥還寫了封書信，讓使者帶回，信中帶有「言和修好」的語言（見《清史稿》第21、22頁）。這是皇太極的一個緩兵之計，他要利用這個機會兵渡鴨綠江，東征朝鮮。
袁崇煥也是個緩兵之計，派遣得力將領修建錦州、中左、大凌三城，以增強防衛的能力。但基於當時複雜的時局，袁崇煥沒有上報給朝廷這事。沒料到，這時有人利用這件事造謠生事。生性多疑的朱由檢一聽這話還了得，立即召袁崇煥、祖大壽於平台（在三大殿後、雲台門前），先是好言勸慰了祖大壽一番，少不得那類「千里赴援，忠心可感」的言詞，勉勵他繼續努力，「勿負朕望」；而對袁崇煥，卻當場斥責他的虛應五年平遼、實為欺君的「罪過」，立即將他抓進詔獄（專關按詔令拘捕的犯人），準備擇日宣判。
第二天，他升座皇極門，又以都城防守潦草為由，將工部、營繕司等衙門的好幾個官員下獄和杖責。大臣們合詞解救，他更憤怒地說：「目下與敵人只隔了一堵牆，宗廟社稷都靠這堵牆來遮護的。如果這堵牆一倒，宗廟社稷就全無依靠。難道說還不該嚴肅處理這件事嗎？（見《烈皇小識》第31頁）」不聽。結果，有的人當場被打死，沒死的算撿了個便宜，後來都讓他們用銀子贖了罪。
再說朱由檢將袁崇煥逮捕，祖大壽不服，一氣之下將隊伍帶離京城而去。多虧孫承宗了解祖大壽的心理，知召祖大壽非袁崇煥不可，於是建議朱由檢令袁崇煥於獄中修書，往招祖大壽。
這時，朱由檢選拔了袁崇煥手下的另一個勇將滿桂為薊遼總督，統轄宣府、昌平兩鎮，同時又起用了一些舊臣和罪帥。滿桂於崇禎二年十二月十六日誓師而南，消息早有人透露給敵兵，故於十八日在良鄉遇敵伏而被殺。
十二月二十二日，朱由檢將周延儒升為禮部尚書兼東閣大學士，並在文華殿召見以他為首的閣員們。朱由檢本打算討論一下應急的方略，怎奈這班人總在鼓動嚴懲袁崇煥，對於如何退敵之事偏偏不置一詞，只在朱由檢重覆主要議題時，他們才提了個釋放罪臣的建議，令其到前線去效力。
這一時期的朱由檢深為形勢而擔憂。他知道秦晉兩地災害連年，百姓大飢，流民不斷起義，現又有在京郊敗散的官軍往從，一時難以平定。山海關外的建州部，多年來一直威脅着京畿的安全，派往那裡的封疆大吏沒有一個能做到不辱君命，如今的袁崇煥又成為罪臣，還有誰可堪任使呢？
看看臨近崇禎三年的元旦，天氣晦暗。朱由檢對朝賀也不感興趣。翌日，他又任命了兩名總兵官分守山海、雁門兩關，列營防御。這中間，他還於二月初十冊立了剛滿一歲的長子慈烺為太子（慈烺生於崇禎二年二月初四），並頒詔書曰：「朕惟自古帝王，嗣大曆服，長治久安，莫不着重建儲，所以定宗祧，隆國本，凝天眷而繫人心也。（見《國榷》第5518頁）」由此也透露了他在此時此刻的心境。
這樣堅持了三個月，他才在三月初，在乾清宮接到了一個輕鬆的消息：悍勇的清兵終於東撤了。正好在這時有個四川石砫女帥秦良玉帶着一隊洞兵前來勤王。朱由檢很高興，就在平台召見了她，賜給她彩幣和羊酒，製詩旌表曰：「蜀錦征袍手製成，桃花馬上請長纓。世間不少奇男子，誰肯沙場萬里行？（見《日下舊聞考》第552頁）」朱由檢此詩，可說是有意對那些男兒的諷刺。
這之後，朱由檢過了段清靜的日子，逾期一月的「春講」於三月十二日在文華殿開講了。講經期間，經常賜酒飯，常常賞錢，這活動一直進行了將近三個月，至六月初二才結束。
六月十一日，即春講結束後的第九天，一直主張處理袁崇煥的御史史 攛掇着閣員周延儒、温體仁等，擬了一個「票擬」（擬請皇帝批示的草稿），敦促朱由檢結束袁崇煥一案。朱由檢接文在手，略微思量了一兀它的可行性；就是這思量也只有一瞬，就在他的頭腦中還原了凌厲的皇威：該殺，亂臣賊子都該殺！不殺一便不能儆百！於是，他隨手批示，定於崇禎三年八月十七日處袁。
這天，朱由檢出御平台，召集滿朝文武聽宣。他以他那說一不二的金口玉牙，親將袁崇煥定成了「欺隱」、「縱敵」的罪名，決定將袁凌遲處死於市，其妻子、兄弟流放到兩千里以外的荒遠，其餘十六歲以上的家屬一律斬首，十五歲以下的發給「功名」人家為奴（見《國榷》第5544頁，《明季北略》第119頁）。崇禎的這一舉措完全屬於屈殺大將、自毀長城。他不辨善惡，沒有認識到袁崇煥為國家立過汗馬功勞。
朱由檢是個積極施治的皇帝，與他的父兄全然不同。但他又是個剛愎自用的帝君，與他的父兄也不一樣。由於他的剛愎，有時他能像快刀斬亂麻一樣處理一些纏手的事，懲治魏忠賢及其黨羽就是一例（後世讚他「英斷」），但他的剛愎畢竟是個痼疾，從來不許人提不同意見，就是對定案中的錯誤也不容反對，這就使他在錯誤的道路上越來越遠，直至冤殺了袁崇煥，這更嚴重減弱臣子們對他的效忠之心。
還在逮捕袁崇煥期間，朱由檢不止一次地告誡他的臣子：切忌勇於私鬥，務求清正廉明；切忌怠惰、放縱，心有三尺法在。（見《國榷》第5546頁）可是他的臣子卻總將這些勸誡當作耳邊風，特別在樹黨私鬥的問題上。袁崇煥被殺後，周延儒和温體仁等為了排斥異己，硬說朝中有個「袁崇煥黨」，大學士錢龍錫和右中允黃道周為其同謀，因而連章彈劾。朱由檢對這事不能持正，把錢、黃罷官流放。
錢龍錫被流放後，温體仁和周延儒兩學士間又互相攻伐。開始，温體仁一派揭露了吏部尚書王永光參與錦衣衛賣官鬻權的事，朱由檢命温體仁草擬了一道詔旨，將王永光罷官。緊接着，周延儒一派又上疏揭露大學士錢象坤、戶部尚書梁廷楝、巡撫劉可訓通同作弊、賣官鬻爵的事。朱由檢亦將錢、梁罷官，劉削籍。温體仁派對錢、梁、劉之敗不甘心，因而又上章揭露周延儒主試受賄的問題，他們說新科會元吳偉業攜資攜妓而來，德行虧損；狀元陳於泰文章太差，大不協於眾口。這「兩元」都是行賄於周延儒買得的。新科狀元陳於泰在周延儒的支持下，也反唇相譏，說什麼攻擊人的人這樣出言「定有不可告人的穢行，借傾人以自救」（見《烈皇小識》第46頁）。這場鬧劇把朱由檢給搞糊塗了，為了不偏袒哪一方，他把兩方面的奏疏都壓下來，暫不做處理，卻只給廷臣下達增補閣員的命令，關照有司慎重從事。
那麼，這次會推屬意何人？大臣們在經筵上發現，皇帝似乎對少詹事（掌太子府事的官）姚希孟頗有好感，因而會推一開始，許多人都主張推薦姚希孟。不料，閣員閔洪學堅決不同意，他的理由是姚希孟在今科的科場中有涉嫌，不可入閣。然而所謂涉嫌，也不過在科場中說了幾句恭維周延儒的話。周延儒得知這件事，有些過意不去，就在下半年經筵開講時，建議皇帝將少詹公特題升遷為正詹，不久又將他補為閣員。反對派借此攻擊周延儒為「拉攏」，以動搖他的相位；他的追隨者說這就像蚍蜉撼大樹一樣。
後來，刑科給事中陳贊化引用遊客（專為游說的人）李元功通賄周延儒一事，兩次彈劾周延儒，朱由檢才在崇禎六年三月二十日派員專查。一查，發現周延儒的確由李元功牽線，接受過奸商徐一清的萬金賄賂，讓徐一清偷漏鹽稅，因而破壞了國家鹽政。這樣，周延儒的統治才開始動搖起來。說起來温、周的相契與相離是很滑稽的。開始，温體仁與周延儒深相結，周延儒拉幫他上進。後來温體仁看看能奪他的地位，就利用太監王坤劾周延儒，引起宮廷內部的爭論。
朱由檢初時對王坤的劾奏不以為意，後見問題牽涉到自己，就將「羲皇上人」一語提出來窮追。王坤堅持說周延儒編造了這句所謂皇上曾發的狂言，後來又在中外散布，有意褻瀆聖意。實則此語發明權是王坤，並不是周延儒。但周延儒到此已有口難辯，就在崇禎六年六月二十日被罷免，不久，温體仁也就取代了周延儒的首輔地位。這就是朱由檢那些明爭暗鬥的文臣。而這一時期的邊將又如何呢？
還在周、温摩擦之際，內亂的波面就進一步擴大了。從崇禎四年末到崇禎五年初，朱由檢連接山、陝、河南的警報。他知道，在這些地區最早是三邊的王嘉胤、張獻忠，稍後有高迎祥、李自成，現都在無可阻攔地回旋在山、陝、河南的大片土地上，成了他維持統治的一個心患。
朱由檢最初命兵部左侍郎楊鶴總督三邊，後來楊鶴因主撫誤事，遭到逮捕，流放袁州（今江西萍鄉），死於戍所。這之後，朱由檢以洪承疇總督三邊，令其會同地方軍圍剿高迎祥和張獻忠。怎奈，這時的起義軍越剿越多，陝西、山西、河南、河北、湖北、四川等地，幾乎到處都燃起了造反的烽煙。
這時在陝西有一個延綏巡撫陳奇瑜，靠重兵取勝於延長縣，穩定了延水兩岸，威名震關、陝。他先將高迎祥壓迫至商、洛、興平的大山間，後至崇禎七年六月，又將李自成趕進了漢中地區的車廂峽。但是，陳奇瑜缺乏政治眼光，相信了李自成的詐降，將免死牌發給了他，使他安全地出了車廂峽，軍發蒲城縣，接着又圍困了郃陽，將軍兵撒在豫、陝間，連營百餘里，勢難抵御了。
這敗報傳進皇宮後院，朱由檢正坐文華殿，臉色立見慘白，即命有司削去陳奇瑜的官職，讓他戴罪立功，後即下獄論戍，並將三邊總督洪承疇進為兵部尚書，命他總督河南、山、陝、湖廣、保定等處軍務，總督三邊如故。
朱由檢在文華殿憂患重重。這份心思還沒有撂下，忽又接到守孝在家的楊嗣昌的奏折，他打開一看，原來是說土、火、金三星將聚尾分，主於永平、遼海間有兵警。楊嗣昌身為山永巡撫，會占卜，識天象。自從其父楊鶴死戍所後，他迎歸靈柩，守孝在家，忽一日卜得朝中有事，覺得不能不告，於是寫了上述的奏折。朱由檢見楊嗣昌來告也真信。他心想，也許避避災就好了吧？於是決定自崇禎八年十月初三始，退出乾清宮，居住武英殿（神宗前曾作為齋居和召見之所；後改在文華殿召見，此殿常閑），撤樂，減膳；並命百官俱宿公署，閣臣俱宿朝房。就這樣，不久前還作為命婦朝中宮（時在崇禎五年和七年的三月二十八日，共兩次）的熱鬧場，到這時又變做皇帝的「齋宮」了，往日那些浮華都被去掉，只讓那些宋時的書畫陪伴着他。
這天，朱由檢在這裡，思過不能自已，下了一道罪己詔，把「邊虜三入，流寇七年，師徒暴露，黎庶顛連」的根源，都歸結到他一身，並說，為了表示他對風餐露宿、勞苦飢寒的行間吏士的感念，他要從現在起避居武英殿，與行間將士共苦之，直至寇平之日。
這一時期，朱由檢除命洪承疇總督豫、晉、陝等處軍務外，還命湖廣巡撫盧象升總理直隸、山東、四川等處軍務，統領關、遼之兵，賜尚方劍，專制中原。結果是張獻忠圍廬州，攻合州，後又攻向河南去了。而李自成卻從漢中入河南，後又奔漢南，並在羅家山（在今湖北宜昌）大敗官軍，爾後攻取了延綏，並在他的故鄉延安衣錦夜遊，炫耀鄉里，威名震山陝。
朱由檢在武英殿得知這一消息，自然氣憤，立即將陝西巡撫削籍，以孫傳庭代之。不料這個心事還沒按下，那頭邊務又生牽掛。薊遼守軍來報，清兵又攻至居庸關了。朱由檢急令內中軍嚴守邊關要路，並命新任兵部右侍郎往守昌平。三天後，朱由檢坐武英殿，有奏報進：提督天壽山（在今昌平縣十三陵地區）的太監於被任命的當日即前往，而守昌平的侍郎至今未到任。他深為歎息地說：「內臣委任即日就道，而侍郎升官三日未出，這，怎麼能怪朕用內臣呢！（見《烈皇小識》第90頁）」於是下令奪了新任侍郎的官職。
正當朱由檢為這事生氣的時候，忽從內地傳來捷報：陝西巡撫孫傳庭已擒高迎祥，將獻此俘於闕下。朱由檢一聽這消息，心中好不暢快！他立刻吩咐太監：「快快打掃午門城樓！」就在這天，司禮監派人在午門樓的前楹正中設置了御座。第二天一早，朱由檢派勳臣祝告於太廟。爾後，各官都穿上了朝服，刑部堂上官及獻俘官着吉服，於御道外東西侍立。朱由檢穿的是常服，隨着一片鐘聲，由戎裝的太監們護衛，來到午門樓正中的黃幄之下。當場有鴻臚寺卿招呼報捷，獻俘官登樓宣奏畢，只聽宣敕官招呼一聲「拿俘來」，將校立刻將高迎祥推至午門樓下。這高迎祥五尺多的身軀，此時閉着雙眼，臉上無血色，命跪也跪，似乎不覺。刑部官員近御座前請求施刑，朱由檢立即引朱筆批為斬刑。只見樓下的劊子手們「嘩」地一下押高迎祥而出，群臣同時向朱由檢稱賀。爾後，朱由檢就起駕乘輿回宮了。齋居武英殿的日子就此結束。朱由檢想，大事從此可成了。哪知，高迎祥死後，其部掌在李自成手中，攻城戰野，殺富濟貧，其軍也越來越壯。
按下這事暫且不表。再說建州部皇太極於崇禎九年改年號為崇德，改國號為大清，軍權由多爾袞掌握。這年的二月，多爾袞兵薄大同馬蓮口；四月二十日，又薄大同宣府；六月二十六日，入喜峰口；從七月初至八月底，京郊的居庸關、昌平、良鄉、香河、順義、寶坻等相繼被圍或被破；天壽山的德陵還化為灰燼。昌平之軍已向清兵投降，都城戒嚴，斗米值錢三百串。朱由檢為此急得手足無措，看看進入九月，他覺得京城不夠牢靠，就把在鄖西追剿張獻忠的盧象升調了回來。
盧象升到來，清兵已撤。有人看見，清兵過建昌（在今遼寧西南大凌河上游，與河北接界）時，竟將所掠女子艷裝乘載，還將樹木削斫見白，寫上「各官免送」的諷刺語句。評家認為，邊事積窳如此，也就不能不使天下易主了。（見《國榷》5757頁）
朱由檢這時重用的大吏為楊嗣昌。崇禎九年秋，他將楊嗣昌起為兵部尚書，第二年三月楊嗣昌孝滿赴京，向他談出了一片「治國安邦」的大道理，其中夾帶了許多文史典籍的有趣故事。他聽得着了迷，連稱「恨用卿晚」（見《明史》6510頁）！
就在這段時間，楊嗣昌為朱由檢籌劃了個「四正六隅」分剿專防、分防協剿的十面張網的策略。但這樣就需增兵十二萬，增餉二百八十萬兩。怎去解決這個問題？楊嗣昌又提了個措餉的策略，每年可從輸糧中加銀一百九十萬兩，從核實田土中加銀四十萬兩，另從郵驛裁省中也要得銀二十萬兩。
朱由檢覺得這是些好主意，於是下了道聖諭給萬民，曰：「流寇延蔓，生民涂炭，不集兵無以滅寇，不增賦無以餉兵。勉以廷議，暫累吾民一年，除此腹心大患。（見《明史》6510頁）」但這樣算起來還不能足數，他又將后宮歷朝所存的許多銅器打掃出來，一古腦都送到寶源局去造錢，其中包括從夏商周三代直到明宣德年間的大量珍貴文物。有一位商人來到化銅爐前，看見那些精絕的古物甚為可惜，想用兩倍於器物的銅量替換下來，未獲批准，只好眼睜睜地看着那些古物慘遭廢毀。就這樣，朱由檢湊足了所需的銀錢，自覺有可以資軍滅賊的硬貨了，於是令楊嗣昌將崇禎十年十二月至十一年二月定為滅賊之期。
實際上這是一廂情願，到期仍然「賊氛尚熾」，朱由檢只好命楊嗣昌檢查一下行間的功罪。楊嗣昌趁機上了一道推卸的奏疏，指責洪承疇無功即有罪，削了他的宮保尚書銜，令其以侍郎行事，責期滅賊；獨以親信熊文燦勞苦有功，給以升賞。不料就在這時，從京畿飛來十萬火急：崇禎十一年九月末，清兵邀約蒙古插部，分入牆子嶺、青山口，三日夜入內地，轉鋒攻掠南下。京城立時緊張起來。
十月初一，朱由檢急令京城嚴守，並調前鋒祖大壽回京入援，留山永、薊州兩巡撫守防地，再令宣大總督盧象升派員守易州，盧象升本人進京陛見。朱由檢當眾詢問盧象升的防守策略，盧象升立刻向他講述了自己的戰守計劃。他誇盧象升有一股英雄氣，命其出宮與楊嗣昌商議。
朱由檢為何讓盧象升與楊嗣昌「商議」呢？原來，盧象升對清兵是主戰的，而楊嗣昌卻主撫，這與朱由檢的想法有所不同。此前不久，在廷議戰守之策時，楊嗣昌還提了個對清議款的主張。楊嗣昌說：「孟子曰：『爭地以戰，殺人盈野；爭城以戰，殺人盈城，此所謂率土地而食人肉，罪不容於死。』」朱由檢對此不以為然。朱由檢說：「這些都是孟軻針對列國兵爭的情況，跟今天不一樣。如今建虜僅以我域內一州之地謀立新君，且不知厭；今雖不能伸九伐之皇威，何至出國人之下策！今後此論不必再提了。（見《烈皇小識》第112頁）」楊嗣昌當時討了個沒趣兒，廷議也不歡而散。朱由檢讓盧象升找楊嗣昌談，實際上是讓他看看楊在廷議後的態度。當然，人們可以想像得出，楊嗣昌的態度是不可能在幾天之內改變的，所以當盧、楊相見之後，盧竟抽出寶劍指問楊的私下議和。楊嗣昌屈從於五步之威，只好退讓，但從此也就安排了盧象升的死地。
當時，盧象升治軍於昌平，留三萬兵守要害，另外挑選能戰的精卒分四路狙擊敵兵。不料監軍高起潛卻暗中執行楊嗣昌的命令，堅決反對盧象升的計劃，並跟他分軍。十月十五日夜，盧象升帶上他分得的不足二萬兵，直向南郊挺進；後又被高起潛奪去一萬五千兵，只剩下五千兵苦鬥在井陘縣北的賈莊，缺衣少食，孤立無援，與大隊圍攻的清兵展開一場血戰。他身中兩箭兩刃，仍然大呼向前，遭致敵兵亂刃戮死。
盧象升死後，楊嗣昌和高起潛聯合編造了一個謊言，說盧象升「臨敵退避、怯懦，戰後不知去向」。這就使這一忠勇的事跡，反在皇帝心間留下惡名。只在四年後，楊嗣昌已死，才有一個知府出來證實，說盧象升確實經過英勇的搏鬥，在戰場上被亂刃戮死，所穿麻衣浸透了血跡。清兵撤退後，即有軍民設祭哭奠，說明盧象升絕非退避、怯懦。（見《明史》第6763至6765頁，《明季北略》第2426頁）朱由檢得知這一實情，才為盧象升恢復尚書的官銜，追謚為「忠烈」，但那已是寒透了天下人心的時候。
清兵在京畿喧囂了一陣，似乎已銷聲匿跡。朱由檢命楊嗣昌參與一切軍事。楊嗣昌將着眼點放在鎮壓農民起義軍上，提議讓洪承疇改督薊遼軍務，孫傳庭總督漕運、山東、河北軍務，大兵集於山、陝、鄂、豫滅寇。一切人事安排停當，他即請朱由檢下達限期剿寇的命令，真正擺開了他那個「十面張網」的部署，說讓朱由檢專候佳音。
與此同時，朱由檢還按照楊嗣昌的意見，下令訓練邊兵。楊嗣昌提出練兵七十三萬，他一口答應了下來。然而民流餉絀，餉從哪裡來？當然只有加派。從這時開始，練餉的名目就新生出來了。當初朱由檢增收剿餉，現在又增練餉七十三萬兩，使先後增賦達一千六百七十萬兩。民不聊生，餓殍遍野，朱由檢面臨的形勢更加嚴峻了。至崇禎十二年八月，朱由檢得知「十面張網」不靈，張獻忠降而復叛，勞軍費餉極為嚴重，萬分憤怒。楊嗣昌又將事情推了個乾淨，暗讓熊文燦代他受過，說這全是熊文燦誤事造成的。朱由檢據此將熊文燦逮捕，第二年十月斬首於市。
與逮熊文燦同時，朱由檢又命楊嗣昌到前線督師戡亂。崇禎十二年九月初一，他召楊嗣昌於平台，感謝他為朝廷分憂，就中說些鼓勵的話。第二天，朱由檢又命太監給楊嗣昌送去賞銀一百兩、大紅紵絲四表裡、鬥牛衣一件，還有賞功銀四萬兩、銀牌一千五百塊、帛一千匹。九月初四，他在平台後殿為楊嗣昌設宴，親自給楊嗣昌斟了三杯御酒。楊嗣昌接杯在手，感激涕零。他即席為楊賦七絕一首云：「鹽梅今暫作乾城，上將威嚴細柳營。一掃寇氛從此靖，還朝教養遂民生。」書用黃色金龍蠟箋，後一行書上了「賜督師輔臣嗣昌」，又一行署上了「崇禎十二年九月」，印用「表正萬邦之寶」（見《日下舊聞考》第522頁）。楊嗣昌接此詩跪在平地，涕淚橫流。
兩天後楊嗣昌起身了，也學了一下大將亞夫的作風，晝夜兼程，於九月二十九日趕到襄陽，統率了熊文燦的全部軍隊，十月初一大誓三軍於襄陽。至崇禎十三年二月，這支軍隊確也在湖北、四川等地取得了一些戰果。
此時，朱由檢在乾清宮，想到了鹽梅臣忍受着風霜苦，為皇家在戰鬥，內心越生感激之情，於是派太監向楊嗣昌部發銀一萬兩犒師，賜楊嗣昌一人鬥牛衣、良馬、金鞍各二數。使者剛出國門，楊嗣昌的報捷使者又到，說張獻忠將在四川束手就擒。朱由檢聞言大喜，再發銀五萬兩，帛一千匹犒師，並為楊嗣昌加太子少保銜。
殊不知，他這次對楊嗣昌更過獎了。楊嗣昌這時正聚集川、陝、湖廣諸路軍將，與羅汝才、張獻忠周旋。官軍兵馬多居山谷，忍受炎暑瘴毒，病、死很多。後來張、羅提出投降，希望楊嗣昌到四川接收隊伍。楊於崇禎十三年八月泛舟西上，不料張、羅卻大反四川，氣得楊嗣昌要以萬金、萬戶侯的代價換取張獻忠的人頭。這話放出的第二天，楊忽在自己的營內發現張獻忠的告示：「有人斬得楊嗣昌的人頭，賞銀三錢，但不封侯。」楊嗣昌知營內有張獻忠的人，日夜不安。
從崇禎十四年正月初至二月中，楊嗣昌與張獻忠一直周旋在四川、湖北間。至二月二十一日晚，張獻忠用二十八騎誆開襄陽城門，取得了襄陽，襄王被殺於王府。時在夷陵的楊嗣昌得知這一消息，癱軟在地，半天才甦醒。其後不久他到達荊州的沙市，又接到洛陽被李自成攻陷的噩耗，報告說，福王於城破時遇害，王妃與王子不知逃往何處，洛陽珠寶盡為李自成所得。楊嗣昌知道這回他活不成了，因為福王是諸藩之首，又在洛陽聚寶無數，皇帝無論如何也饒不了他督師的失誤，他就在三月初一吊死在沙市。
朱由檢得知這一消息，自然對失地折將表示憤怒，但想到楊嗣昌辛苦勞碌，一朝畢命，確也可憐，也就不再追究他的過錯了，並命有司給予祭奠，歸其喪於武陵。
楊嗣昌死後，朱由檢將楊重用的丁啟睿（這時他已是兵部右侍郎兼右僉都御史，代替鄭崇儉總督三邊軍務）提升為兵部尚書，改稱督師，代替楊嗣昌總督陝西、湖廣、河南、四川、山西及江南、江北各軍，賜給他尚方寶劍、委任狀和印綬。怎料到這一委重也更委錯了人。這時，正是李自成圍困開封的時候，丁啟睿畏敵不敢前，卻只在光山（在河南光山縣）、固始間和張獻忠周旋，坐令傅宗龍戰死於項城縣，致使南陽丟失，唐王被殺。後來，從崇禎十五年的四月至七月，李自成又一次攻開封，朱由檢多次催丁啟睿往援，丁啟睿才將大軍會隻於朱仙鎮。李自成大軍上百萬，丁啟睿各軍不敢戰。丁啟睿同來援的保定總督楊文岳撤退奔汝寧，被李自成一口氣追趕了四百里。丁啟睿拼命地奔逃，竟將皇帝賜給他的敕命、大印和尚方寶劍跑丟了（見《明史》第6741頁）。就在這時（崇禎十五年八、九月），李自成率軍攻進了開封。
朱由檢在昭仁殿聽到這一消息，又氣又恨，但也無法，命令吏部革去丁啟睿各職，候人替代！但選誰替代呢？他屈指算了一下，已沒有稱職的人選了。這時的朱由檢才痛切地感到落花流水春已去，剩有舊殘山！
朱由檢是個信奉天主教的人，其傳師為德國人湯若望。湯若望作為德國傳教士，於天啟年間來中國，經由上海人徐光啟的引薦，被當時的皇帝朱由校封為翰林官，就令他協助徐光啟修曆法、治水利，同時也研究火藥技術。到了崇禎一朝，新皇帝朱由檢不僅納他為臣子，令他照操舊業，而且接受了他的宗教點化，把自己變成了一名天主教的信徒。後來，朱由檢也敬佛，但他對上帝的信仰卻一直篤誠。
這期間，他曾帶后妃到齋宮做法事，還曾在宮中召天將。有一次久召天將而不至，其後有人傳言：天將都已降生人間，已無天將應召了。聽此言他感到很淒涼。後來，山、陝大亂，清兵犯邊，他又在宮中拜天帝，求問天下事；天帝降乩：大明氣數已盡。對此，他又感到內心驚怕。他認識到要想真正救危解困，還得將朝臣奉若神明。
然而，這他時期的朝臣起了很大變化。自從温體仁取代了周延儒，做了當朝的首輔，成天只知結黨營私，於邊警內亂不出一謀；後因與太監曹化淳等角力，於崇禎十年六月被朱由檢罷免。直至崇禎十四年二月，鄭三俊、劉宗周、黃道周等人也得罪，輔臣缺員，有人又向他推薦了周延儒，因而他就將周延儒再起為禮部尚書。
周延儒是崇禎十四年九月自老家宜興到京的。當時，朱由檢特地為他在中極殿開了一次宴會，並於此間起他為首輔，加少師兼太子太師銜，進中極殿大學士。周延儒被召回後，為了好好表現一下，就將温體仁時期的事全翻過來，做些開釋罪臣等善事，安排了從前曾被降、罷的鄭三俊、劉宗周、范景文、倪元璐、李邦華等人，布滿六部九卿，因而得了個「賢名」。對這一變化，朱由檢心裡也感到高興，於是趁崇禎十五年正月元旦的朝拜完了，即命太監將周延儒等輔臣叫上金殿。朱由檢命他們分東西兩班，立在老師的位置上。爾後，他降尊屈駕走下寶座，來到輔臣面前，向兩邊各拜了一揖，說：「自古聖帝明王，皆崇師道。卿等皆朕師。經言：『修身也，尊賢也，敬大臣也，體群臣也』，朕今此禮，原不為過。」（見《國榷》第5913頁，《烈皇小識》第151頁）周延儒等聽了，立刻跪伏謝：「臣等不敢。」朱由檢見他們又跪，越加謙和地說：「正該，正該，先生們請起來。」他們這才立起身來。
接着，朱由檢又對他們嚴肅地說：「自古君臣志同道合，天下未有不平治者；為今之計，職掌在部院，主持在朕躬，調和在卿等，願各勉之。」（見《烈皇小識》第151頁）周延儒等人聽了，又一齊跪下道：「臣願竭盡駑力。」朱由檢就再一次請他們起來說話。
這事之後，朝野人士都知道，如今的皇帝尊「賢」之禮行大了。因為他的文武大臣並沒有做出值得他尊敬的事情來，有的簡直該遭到他的詛咒，他的薊遼督師洪承疇在遼東降清就是一例。洪承疇是上年八月經過血戰被俘後降清的。當時，朱由檢得到報告是「洪承疇戰死」；根據這一報告，朱由檢還在十五年六月下令給洪承疇以「表節」，並命人在京郊立個洪承疇的祠堂，希望這一典型能在人的心目中樹立個榜樣。怎料其後不久，他得知洪承疇降清的實情，頓覺自己受到諷刺，因而深恨輔臣們的失察。
「切莫讓這一深恨爆發出來呀」──大概，這是輔臣們當時的心理吧？反正當朱由檢為此而憤恨的時候，有人即出面給他以安慰。同時，他們還給他策劃了一個議和的辦法，謀求清兵暫停進攻。處於當時的緊張形勢，他只做個默許，兵部陳新甲即派人到沈陽，答應以一百萬兩現銀做交換，求清兵暫不攻關內；如果九月末現銀寄不到，清即可發兵。兵部將這一報告遞到朝廷，朱由檢反而徵求周延儒的意見，周延儒卻始終緘口不言。至期，退兵現銀提交不到，大清立刻發兵關內。
當此之際，京郊御敵毫無準備，只能坐視攻洪承疇的清兵從洪的防地松山（今遼寧錦縣西南）杏山（今遼寧錦縣西南）步步緊逼，到了十月初十，從下層傳來清兵進口的消息。至十三日一早，忽有薊州難民踉蹌而來，通州告急。清兵已有大隊南下，祖大壽也殺卒降清了。
朱由檢見此邊報大怒，立刻將大臣召到文華殿，抱怨道：「邊將不足恃，邊撫無可依，更恨那郵牒無聞，塘報不發！」說着，「呼」地一下站起：「速將陳新甲治罪！連同兩撫一鎮，逮治，誅殺！」兩撫（指巡撫），一個叫馬成名、一個叫潘永圖；一鎮（指總兵），名唐鉞，就這樣與陳新甲先後被殺。
此時已過午，早就該散朝了，衛儀官、唱贊官都要散，朱由檢將他們都趕走，說，從現在起他不退朝了，他要坐在這大堂之上，專等吏民獻計獻策；有來獻策的人，既不論資格高低，也不必通禀和阻攔，直出直入可也！
哪裡有什麼懷揣韜略的人來呢？只有一個叫董心葵的京中名士，據載是周延儒的舊相識，前來發些老生常談，朱由檢表示無限感激。其後，又有一個從錦州逃回的敗兵，給他講了些錦州方面的情況，他這才知道遼東已無望，只賴山海關一道防線了。他感到，長時間的空廓寂寥，充塞在這文華大殿；大殿愁滿，昏昏暗暗！
從這天開始，北京城的九門全部緊閉，城中之民像坐處瓮中一般。文臣武將分坐各門理事，晝夜羽書不斷，一夜之間竟有二十六個地方失陷。值得慶幸的是，清兵的這次行動只在京郊騷擾了一陣，即從涿州奔山東了，坐在深宮大內的朱由檢也從此鬆了口氣。但他立即向兵部發出兩道命令，命在九門之上安炮，這炮就叫「紅衣大炮」，為湯若望監造。安炮後，朱由檢又命在西華門邊準備十五匹騾馬，以供不時之需。就這樣，他擔驚受怕地捱過了年底，看看臨近崇禎十六年元旦，他打算好好慶賀一番，也好衝衝這晦氣的時艱。他命令司禮監準備慶典的禮儀，錦衣衛安排內外的秩序，六部九卿各司其職，宮妃嬪娥盛服為慶。
元旦正日來到了，鐘磬還是那麼響，鼓樂還是那麼奏，衛儀還是那麼擺，聖駕還是那麼迎，一切都像往年的慶典一樣，乾清宮出，中極殿憩，皇極殿禮。只是今年的十三省方岳無一至者，貢案之上了無一物，此番「輯瑞」已不可能，朱由檢感到心意不愜，就草草行了禮回宮了。春鬧無言。
北京的冬天很快過去，春天悄悄來臨，可是住在皇宮裡的人是分辨不出的。看看到了三月初幾，有外地的鏢局平安抵京，五百多名外轉的官員及其家屬也給憑出城了。這消息傳進了皇宮，朱由檢心裡添了幾分快活。一天，朱由檢召大臣於文華殿，討論當前的形勢。周延儒不無討好地說：「清兵的足跡，猶如京中的白雪，春風一蕩，就無踪可尋了。」朱由檢一聽這「無踪可尋」四字，倒覺着害怕；所有在場的人也都認為這話不吉利。果然，到了四月初三，警報突然飛來，說清兵在山東劫掠了無數的金銀財寶和良家子女，於三月初一養馬於莒州，現又從莒州殺奔京郊。朱由檢立命再閉九門，置備御策。
四月初五，朱由檢在平台召見周延儒、陳演、蔣德璟三位大臣，聲色俱厲地說：「今天把你們請來，是因為我要告訴你們，我要親自出征。」三人聽了這幾句話，立刻都撩袍端笏跪在御前，同稱：「皇上息怒，臣願代皇上一行。」只見朱由檢坐在御座，把臉轉向一邊，連朝他們看一眼都不願。他們討了個沒趣，就只好起身歸班了。這樣呆立好一會，周延儒忽然意識到，皇帝還是想讓他去督師，於是又出班跪下道：「臣實願為皇上分憂，懇請恩准。」果然，朱由檢這時轉過臉來，朝周延儒冷笑了一聲，以輕蔑的口吻對他說：「先生如果真的願去，朕可以告訴先生，朕在宮中看過奇門遁甲，此刻，就是此刻，一出朝門，即向東行，一直向東，切勿西轉！」（見《明季北略》第345頁）原來，周延儒的寓所在西，朱由檢借此以為諷刺。
那麼朱由檢為何非要周延儒督師不可呢？第一，幾個月來邊事緊急，周延儒卻從未遞上一個實報，這起碼也是個「失察」，今讓他去冒冒這風霜之苦，也聊且算是小小的懲罰。第二，不派周去又派誰去呢？他想，周延儒二次復相，在外官看來很有些名聲，或可在一定程度上能對那些驕兵悍將產生一點震攝之力吧？考慮到這兩方面原因，朱由檢就將當朝的首輔派了出去。
四月六日當晚，周延儒將大軍開到通州。因為害怕清兵勢大，他就和隨征四臣以及勤王四鎮等駐進了通州城。他們天天借酒壯膽，先是四鎮向周延儒拜師，並有四臣為他設宴，傳食勸酒，叫笑震席。接着又是周延儒請客，先請勤王四鎮，所謂「祝凱歌」；爾後請隨征四臣，所謂「祝紀錄」。不僅酗酒，而且搜刮、宣淫。有一位在野的士人當時寫了一首諷刺詩，諷刺這件事：「虜畏炎熇歸思催，黃金紅粉盡駝回。出關一月無消息，昨日元戎報捷來。」（見《明季北略》第341頁）。讀來入木三分。
一個月後的五月初六，周延儒聽說清兵已東歸，高興得不得了，就向朱由檢遞了個「玉宇澄清」的捷報，準備奏凱。朱由檢也知清兵已退，就命周延儒在五月初十整鞭還朝了。一回朝，周延儒自知後果嚴重，欲行金蟬脫殼之計，從此告假長休；不料朱由檢拒不批准。
周延儒還朝的第二天，朱由檢本應賞給他酒食，但沒有；這就使他的那些走卒們認清了這樣一個事實：「皇帝的恩顧已不存在了！」的確，朱由檢對周延儒已有懷疑。他及時給禮部、吏部和兵部下了命令，讓這些部門調查一下周延儒視師時的表現。很快，於五月二十日，各部報上了周延儒在視師時的怠惰和荒淫，氣得朱由檢暴跳如雷，立命傳諭大小九卿，定於申刻在平台候旨。這道命令一下，一個個官兒們全都來到；這時的周延儒已癱軟在內閣，也由兩個小太監扶掖，前來聽裁。申刻已到，只見太監從乾清宮內把朱由檢引出，還沒坐穩，他就怒容滿面地說道：「首輔周延儒奸、貪、詐、偽，大負朕躬，着令府部從公議處！」各府部根據皇帝的旨意，聚在西掖右府公議，最後定了個「欺君誤國」的罪名，請求從輕發落：命其歸家。
崇禎十六年六月一日晨，朱由檢送周延儒於前門處的棋盤街，並贈給他白銀一百兩做路費，以表示保全優禮的意思。不料，周延儒一走，許多人加勁地彈劾他為臣奸佞。有奏疏說，他平時受賄行私，這次視師更接受山東總督和兵備的金銀鞍賄賂，賣了清兵撤退的路徑。揭發的人都是親眼見或親手辦，可以相信它的真實性。朱由檢一聽火冒三丈，即於七月二十五日再召群臣於平台，要當場問出個真贓實據。怎奈，有兩個關鍵的人抵死不招，並且別生枝節，致使大臣們當堂互咬起來。朱由檢喝令一聲「打」，立即有殿衛士搶上前，將一個給事中的紗帽打裂在地。朱由檢此時憤怒已極，「呼」地一下站起，雙手一掀，將御案掀翻，恨恨連聲地回宮了。（見《國榷》第5984頁，《明季北略》第347頁）
這夜，朱由檢在交泰殿怎麼也睡不着，他翻來覆去地想着周延儒可惡。第二天，他駕御文華殿，即命吏部將周延儒的職銜全部削掉，並命緹騎到宜興去逮捕他。十月初八周延儒被捕到，至十二月初七的凌晨，即被勒死在順城門外的二廟。
人在困苦的時候，往往要從快樂中尋找解脫，皇帝朱由檢也不能例外。近來諸事不順，為給自己調解一下心境，他一踅腳來到承乾宮。他邊走邊尋思，怎不見田妃出宮接駕？猛然間想起：田妃已不在人間了！
在太監的引導下，他邁步走進院井，登堂入室，無處不見物是而人非。此刻，在他眼前清晰出現了崇禎十五年夏月的情景：田妃身體有病，皇帝心裡很着急。那天，皇帝正往神殿行香，求神保佑，不料回來後她就咽氣了，連一句最後的訣別都沒來得及說……（見《烈皇小識》第153頁）
隨着宮女的引導，他進入從前的居室，只見那絲羅的帳幔靜靜垂下，各式擺設因無人關顧而顯得格外淒涼。他從梳妝台上拿起一枝插髻的宮花，在無緒的把玩中，覺得它紅得實在可憐。說也奇怪，從這朵宮花上，不知怎的又化出另一個女子的形象，他看得很清晰，那美麗的身影，含情的秋波……那是田妃的妹妹呀！他記得，還在今年的春間，田妃身體不適，其妹來宮內探望。正巧皇帝行幸到此，她來不及躲避，就被這皇帝攝進眼簾了。皇帝見這位內妹，實在比可愛的田妃還美，不免蕩漾了聖心，將她叫向前來，順手將賜給貴妃的宮花插在內妹的髻上，一面口中嚷道：「這是我家的人啦！」
內妹羞得滿面緋紅，就像三月的桃花，那樣溢芳流彩，那樣攝人心魂，直叫皇帝愛憐不盡。皇帝當面囑咐貴妃讓小妹常來。可是從那以後，他一直沒有再來問訊。今天，他來到這座寂靜的宮室，看見那枝精製的宮花，想起了曾被他「內定」的意中人又是惜香，又是念姝，早已把不住心猿意馬，就在這宮內給內官監下令，速將田女選進宮來。（見《烈皇小識》第153頁）
這事若在往年算得了什麼；如今時局動蕩，建虜的悍兵剛剛退去，李自成的大軍正以迅猛之勢自陝西向山西發展，國勢如累卵，誰還有心思去辦婚禮呢！為此有人出面勸道，選美的事等明春形勢好一些再辦吧。皇帝無奈，只好將那份渴慕的心思暫時壓下，就定在來春將田女選進宮來。可是他不知道，上帝留給他的時間表內，已沒有這個機會了。
時令漸漸接近年末，朱由檢為了要提高一下自己的興趣，決定像往年一樣，慶祝崇禎十七年的元旦。這天，朱由檢很早就駕御中極殿了，他着龍袍，頂皇冠，端坐在殿堂的扆位前。可是，過了很長時間，殿上除幾名太監外，就只有執金吾（負責京師治安的長官）駱養性一人在。朱由檢有些坐不穩了。駱養性建議打開東西長安門，再將鐘敲響些。於是，東西長安門敞開，長鳴的鐘聲傳播於外，召喚着大臣們快來列班。可是，等了一陣仍無人到，朱由檢已感到不耐煩了。他靈機一動，心想為何不可先拜太廟，爾後再接受賀禮呢？這樣想過之後，就命太監準備去了。太監首先準備了鑾輿和仗馬，朱由檢剛要登輿，太監說還需訓練一下臨時湊起來的頭馬。這時他看見那些文武大臣正陸陸續續來到，就對司禮監太監說：「算了，算了，還是先受賀吧！」說着，他又返身回到大殿，臉色很不好看。
再說那些文武官員，一個個從東西長安門分入，自知誤班，竟不敢經過中門打個照面。當年的京師，文臣都住西城，上朝時走的是長安西門，登殿列班於東；武臣都住東城，上朝時走的是東門，登殿列班於西。今天眾臣既然都不敢過中門，那麼文臣只有從螭頭下傴僂而入西側武班，武臣也只好從螭頭下蹲俯而入東側文班。百官山呼已畢，皇帝起駕拜廟，眾臣散朝回家。從第二天起，京師就傳開了「元旦文武亂朝班」的笑話。
這時，從城外傳來李自成佔山陝，僭稱大順國，改今年為永昌元年，並拜宋獻策為軍師，牛金星為丞相，更定吏、戶、禮、兵、刑、工六政府的消息。然而，城內的氣氛卻與這形勢不合拍。這時的京城，一年一度的慶元宵正在籌備，從正月初八開始，每當晚上，內自西海子，外至各街巷，處處張燈結綵，煙花爆竹。九門長夜不閉，宵鼓闐闐震天。從城外來走親的人兒，常有男女以昏定（夜間問安）為名，趁着皎潔的月色，笑鬧過門，絡繹不絕。
正月十一日，朱由檢朝見於文華殿，有兵部尚書張縉彥出班啟奏：「昨接李自成使者投來的『偽詔』，聲稱大順兵將於三月十日開到，與我明兵決戰。請旨定奪。」說着，將所得「偽詔」呈上。
朱由檢看那「偽詔」多作大不敬之辭，並有「於三月望日暫到順天會館交割」等語，知其焰勢大張，不無恐懼地說：「賊勢如此猖獗，閫外無人承任，朕將如之何！」「朕非亡國之君，卻事事生有亡國之象。我祖宗櫛風沐雨而有天下，一旦失之，何面目見之於地下！」說着，淚下。忽然，他用袍袖搌了搌雙眼，像是下定決心地說：「朕願督師親決一戰，身死沙場無所憾！」
內中有一位大臣李建泰，乃去年十一月提升的東閣大學士，其家在山西，藏富巨萬，光是妻妾就養了五十人。今見皇帝這副模樣，他近前奏道：「主憂如此，臣敢不竭駑力。臣本山西曲沃人，頗知鄉中事，今願以私財前去募軍，來京勤王，請允速行。」朱由檢一聽，自然感激：「卿若肯行，朕當仿傚推轂之禮，親餞城郊，不敢輕待。（見《國榷》第6019頁，《烈皇小識》第173頁，《明季北略》第420頁）」就這樣，這次召見算是定下了一個應急之策。可誰知，從那以後半個月過去了，李建泰一直未行。朱由檢實在等得不耐煩了，就在正月二十五日坐昭仁殿，將龍案一拍，發令敦促李建泰：明天啟行。
再說李建泰口稱去募軍，為何要逗留這麼多天？原來，他的心思本不在勤王上，他是當時數一數二的富豪，早就害怕李自成打到山西，搶了他的財產和婦女，很想拉起一個隊伍保護好自己的家院。半個月來，他一共拼湊了五百名壯士，一見朱由檢發火，不得不啟行，就在二十六日一早來到乾清宮，請求皇帝示下。朱由檢見他來到，當然反愠作喜，真誠獎諭了一番，並說，他要在正陽門排宴，「特為愛卿親餞。」
這天巳時（上午十時左右）時分，朱由檢駕御正陽門樓，宴餞李建泰，在座的有內閣、五府、部、院的掌印官等，列席十九桌，文東武西相對，朱由檢居正前，面向群臣，群臣中第一席就是李建泰。
這天朱由檢在席上用的是金台爵，上嵌大寶石，乃歷來的盛典重器。群臣則一色都用金杯。宴席開始，細樂隨風，飄出樓外，竟使人誤認這樓中正舉行盛世的慶典。朱由檢當時親斟了三杯御酒，令侍者遞給李建泰，連同三金杯也賞出了。宴席完了，朱由檢命太監給李建泰披紅、戴花，並贈敕命符劍。未時（約為下午兩時左右）以後，只聽三聲炮響，李建泰這五百名護院家丁才拔隊起行。這裡君臣靜候佳音。
不料兩天後，朱由檢聽說李自成統眾四十萬，從禹門渡黃河，攻陷了絳州、曲沃、臨晉、河津、蒲州、平陽，原輔臣韓爌被殺，平陽知府迎降，巡道官逃跑，總兵官退避，太原告急，李建泰已阻於京郊。這時候，有許多人給朱由檢出主意，動員他南遷，但都被他否決。稍後，又有人建議專命太子南巡，他一概怒斥他們不是忠臣義士，不能為朝廷分憂，乃謀若此。就此他表示：「國君死社稷，此乃正理。（見《明季北略》第434頁）」
進入三月之後，近畿形勢急轉直下，城內人心惶惶，朱由檢天天召對問策，不在文華殿，就在中左門的平台。那些大臣也膩了，表現極為怠慢。他見狀，因長歎息曰：「朕非亡國之君，諸臣盡亡國之臣爾！」（見《明季北略》第437頁）這時，他又以簡慢逗留罪將大學士陳演、蔣德璟罷免。他見舉朝無人，沒有一次不是哭着回宮的。
在後宮，他哭着做了一次人事安排：命司禮監秉筆太監王承恩提督京城內外，薊遼總督王永吉節制各鎮兵將，一切調度機宜、進退將吏、賞罰功罪等，全憑他們便宜行事。軍情進一步緊迫時，他又命吏、兵二部撥發空箚五百張，軍前應用；發給城軍半年之糧，九門守者每人一百個大錢。就在這節骨眼，有廷臣又一次勸他南遷，他大發雷霆：「爾等平日專營門戶，不肯為朝廷出力，今日死守，何爾又言？」接着面諭兵部：「都城守備有餘，援兵四集，何難刻期滅賊？敢有訛言惑眾及私發家眷出城者，擒治。各衙門詞訟，暫時停止，監獄各犯應釋者，速行省放。（見《明季北略》第447頁）」
令下之後，為了籠絡人心，他還在三月十一日仿傚漢武帝的「輪台罪己詔」，下了一道詔書，把他這十七年來的統治，「上幹天地之和，下叢室家之怨」，「任大臣而不法，用小臣而不廉」，都說成是自己統馭中的過錯。因此，他借以詔告天下，他要「深省夙愆」，「恪循實事」，行不忍之政以收人心，蠲額外之科以養民力，希望流亡之徒來歸，豪俊之士用力。（見《國榷》第6025頁）然而，朱由檢這個皇帝從來好負人，亟則可以引咎自責，緩則復又變顏翻臉，他的這個「罪己詔」，怎麼可能產生「輪台詔」那樣的威力呢！充其量不過是一劑太平藥罷了。
罪己詔頒後，他又令兵部加強城防。四天後的三月十五日，他忽又接到兵部的一封密報：李自成從柳溝抵達居庸關，總兵唐通和太監杜之秩迎降，另一總兵馬岱逃到山海關與王永吉同謀，都和吳三桂降清去了。他知天險不可恃，急發三大營兵給李國楨，命其全權指揮作戰；其他文武勳臣乃至科道官等，也都被派坐各門值班。
單說這李國楨，平生練了套好口才，崇禎末年皇帝召對，他指陳兵事，大談戎政，口若懸河。然而，其技也不過如此，他本來並沒有特別的能耐。朱由檢給了他三大營兵，他一窩蜂似的都扎在齊化門外，責成太監王相芝指揮，他自己在城樓上，獨作「壁上觀」。朱由檢呢？他這時反覺鎮定起來，大有視死如歸的氣概。
三月十六日一早，他駕御中極殿，還想在這裡進行考選。他從容不迫地向考選的官吏們提出了裕餉、安人的問題，當場有滋陽（今山東袞州）知縣近前對問：「裕餉不在搜刮……」沒等知縣答完，忽有密報遞入，朱由檢拆開一看，已知大敵當前，但仍很鎮定地把答問聽完：「裕餉不在搜刮，在節慎；安人繫於聖心，聖心安則人心安。」朱由檢聽了他的話點點頭，站起身就走了。那些等待考選的官兒還以為候一候他就會再來呢，在殿下呆立了一陣，太監出來告訴他們：「散了吧，敵兵臨近了。」他們這才散去。（見《國榷》第6041頁，《烈皇小識》第178頁）
朱由檢當時由中極殿回宮，在昭仁殿兀然獨坐，心事如潮。他想到偌大一片神州沃土，沒有一塊寧靜之處，虜、盜交攻，生靈塗炭；他想到偌大一片祖宗基業，沒有一件可保之物，一場浩劫，將化為烏有！驕兵悍將誤了我，奸黨佞幸害了我，他們是我的罪人啊！他心胸激憤、淒愴怛悼、淚痕不乾地坐到了三月十七日早朝。
這時的朝堂已不像個朝堂的樣子了，往日那種立班嚴肅的氣氛早已飛散，一個個都是淚流滿面。忽有太監曹化淳站出來提議，立刻起用魏黨成員。曹太監好像覺得給皇帝獻了一條良計，而朱由檢對這建議卻根本不理，只顧低頭在御案上寫他那行不成文的文字。身邊的太監看得分明，那是「文武官個個可殺，百姓不可殺」十二個草字（見《明季北略》卷20第450頁）。寫完，他自己看了一眼，就用墨筆抹去。這次早朝就這樣無言而止。
這時的九門已經十分危急，特別在西直門，勳戚大臣坐視民人雜進，竟不以為意。看看到了午牌時分，五六十匹鐵騎彎弓貫矢突至，大呼「讓路」。守卒已知李自成大隊到了，呼啦一下全退下來。李自成分兵攻打平則門、彰義門等。他們黃衣黃甲，看去如黃雲蔽野，威武非常。他們一路來時，繳獲了許多戰利品，官軍那些戰守之具如火器、大炮、蒺藜、鹿角等，一時間都為他們所有。他們反炮攻城，隆隆震地，都下驚心。
且說朱由檢撥給李國楨的三大營兵，見這勢頭，哪一個不怕！特別是那些城上的軍士們，大多是貴近官宦的勢力人家為了冒領軍糧軍餉，花一點小錢僱來的，就是這樣的兵卒，外城兩個垛口用一個，內城五個垛口用一個，卻都是一些不堪役使者，個個慣常於沉緬歌呼，誰來統治都覺得無所謂。李自成大兵未到，他們不知有敵寇；李自成大兵忽然攻城，他們呼號亂走，不住叫鬧。城上城下炮火交發（多是未裝鉛子的空炮），火光際天，如萬雷響徹，天地震懾。漸漸地守城官軍感到不支了，一說撤，嘩地一下就撤下來，已是潰不成軍，風吹雲散了。
再說這時的皇宮，人心惶惶，莫知所措。朱由檢在皇極殿，有二三十人圍在御案前。但見襄城伯李國楨匹馬馳至，汗水沾衣，冠帶不整，進殿伏地哭道：「守城軍不用命，鞭一人起，一人復臥如故，現在三大營已潰不成軍，李自成踹門啦！」
朱由檢一聽，將御案猛擊一掌：「都是你們這些人誤了我，天地不容！」說着大聲哭起來，一時之間，文臣武將及大小太監哭作一團，他就在這哭聲中回昭仁殿了。（見《明季北略》第451頁）他在昭仁殿給太監下令：「全部走出後宮，都去守城！」此令一下，大小太監不拘年齡，只要是能走會動的，一律都被趕上皇城，共得五千閹人。爾後，他又從內庫刮出二十萬兩白銀，一下都賞給了上城的太監。（見《明季北略》第451頁）
三月十八日一早，朱由檢在乾清宮昭仁殿，聚集了大小臣工一夥人，又派人將駙馬都尉鞏永固找了來，跟他研究派家丁護送太子南行的事。鞏永固說：「臣到這時，哪還有家丁？就算身邊有幾個貼己，又怎能擋得了凶焰高漲的賊寇！」朱由檢聽了，不禁對天長歎，淚如泉湧。哭了一陣，他又題了一個朱批給內閣：「命令成國公朱純臣提督內外諸軍事，夾輔東宮。」喚來個小太監，將朱批送出。（見《明季北略》第453頁）
這時天色漸漸地暗下來，朱由檢越覺得心亂如麻。大約已近初更時分，一個小太監跑來報告：內城將陷！朱由檢忽又神經失常地狂喊亂叫：「大營兵安在？李國楨安在？」小太監邊跑邊告訴他：「大營兵散了，李國楨死了（被皇帝斥責後自縊而死），皇上快快逃走！」話還沒有說完，就已經跑出宮外，說什麼也呼叫不回來。
他看看身邊還有個管事的太監王承恩在，就命他派人將周后、袁妃召了來，同時命人傳進一壺御酒。他一連痛飲數杯，慨然歎道：「苦了天下的生民了！」雖悲但卻温和地告訴一后一妃：「大勢去啦！」他命人將太子慈烺（皇帝長子，周后所生，年已十六）、定王慈炯（皇帝第三子，田妃所生，年已十三）和永王慈炤（皇帝第四子，田妃所生）分別送到外戚周、田二氏家。宮人聽說這一聲，與后妃一齊哭了起來。朱由檢一揮手，大聲喝道：「還不快快各自為計！」
皇后頓首泣曰：「妾事陛下十有八年，卒不聽一語（意指南遷），致有今日。」說完，温和而又哀戚地撫慰太子和二王與父皇拜別，叮囑再三，喚來了機靈一點的太監，命將太子、二王領到外家。爾後，她返身回到了坤寧宮，一根黃綾吊死了。
朱由檢知皇后已死，又喚來了長平公主，名徽娖，如花似玉一般，這年已十五歲。公主來到，號哭不已，皇帝長歎數聲道：「你怎麼偏偏生在我家！」說着，左手掩面，右手揮劍，朝公主砍去；公主以手迎擋，「哎喲」一聲被砍殘了左臂，立時昏厥於地。這在這時，昭仁公主也哭着跑進了殿內，他隨手一劍將昭仁砍死。之後，他又跑到西宮，急催袁妃自盡，袁妃結繩無法，落地摔昏，他朝袁妃砍了三劍，手也軟了。就此召來其餘幾個御幸的嬪妃，也都親手殺死了她們。後又派宮人催逼熹宗的后妃們尋死。可憐許多美人，都如得了南柯一夢，一個個魂歸冥府。唯有那千嬌百媚的張皇后，叫她死她不願死，用一件青衣蓋住頭面，走進了成國公朱純臣的家。這是朱由檢所不知道的。（見《明季北略》第455頁）
處理了這一切，朱由檢返回乾清宮，和王承恩邊談邊飲了很久。時已近三更，兩人換上平民的裝束（崇禎初年，朱由檢微服出巡時就用過這身衣服），各騎一匹駿馬，朱由檢手提三眼槍，雜在臨時拼湊來的四十名內丁中間，簇擁着同出東華門。
他們首先來到朝陽門，托言王太監奉旨出城。守門的人讓他們等天明時驗看過了再行。扈從們操器械要奪門，守門人朝他們打了一空炮，迫使他們不得不退回。王承恩知道，成國公朱純臣的家就在齊化門附近，因而一夥人奔到朱純臣府門，不料守門人卻推說：「公爺宴飲未回，不令納客。」不給開門。朱由檢長長地歎了一口氣，又和這夥人來到安定門，門閘堅不可舉。天將破曉，他們繞至後載門，來到英宗復辟前曾住的南宮，並由此登上了萬歲山。在山上徘徊了一個時辰，瞭望皇城內外的烽火，不久又返回了乾清宮。
其時已近五鼓，朱由檢和王承恩兩人來到皇極殿，看看無人，同撞大鐘召集百官，仍無一人來到。無奈，兩人只得遣散了內丁，越過三大殿，旁過乾清宮，進入御花園，啟開玄武門（即今故宮後門），再登萬歲山，稍憩壽皇亭──亦即煤山的紅閣。
壽皇亭為天啟時建，專供魏忠賢陪伴熹宗觀看內操之用。朱由檢坐亭上，有人說他這時想起了明初隨朱允炆出走的程濟（見《明季北略》第455頁：「時上逡巡久之，歎曰：『吾待士亦不薄，今日至此，群臣何無一人相從，如先朝靖難時有程濟其人者乎？』」）──這就屬於編造之詞了。因為，自從他走出玄武門後，除了王承恩外，沒有第二個人跟隨。而他當時就在亭下一棵海棠樹側枝上吊死，王承恩也同時吊死在他的對面。當人們確知他們的死訊，那已是李自成進宮之後了。
三月十九日清晨，陰雲四合，細雨濛濛。太監王相芝打開了廣渠門，率內兵一千人迎接了李自成軍；與此同時，太監曹化淳打開了彰義門，成國公朱純臣打開了齊化門，兵部尚書張縉彥打開了正陽門，而宮內的端門、午門、皇極門則為曹化淳之弟曹二公所開。他們這些人事先都與李自成軍取得了聯繫，此時作為內應，迎接李自成軍。
李自成進宮知皇后已死，詢問皇帝與太子的所在，一時不得而知。於是告示臣民：有獻皇帝者，賞萬金，封伯爵；匿者夷族。
至三月二十一日，李自成坐武英殿理事，忽有小卒來報：已找到明朝皇帝的屍體，現在煤山海棠樹上懸掛。李自成立刻命人取下，以禮相待。人們這才知道，朱由檢當時穿了件白領藍袍，下穿白紬褲，一足着綾襪、紅方紬，一足為跣。袖中留有一份遺書，李自成取來觀看，其上寫道：「朕自登極十有七年，逆賊直逼京師，雖朕薄德匪躬，上幹天咎，然皆諸臣誤朕也。朕死無面目見祖宗於地下，去朕冠冕，以髮覆面，任賊分裂朕屍，無傷百姓一人。」其後又一行小字：「百官俱赴東宮行在。」（見《明季北略》第464頁）可見他至此仍抱恢復的志向。
李自成在殿上歎息了一回，選擇三月二十三日這天，以丹漆梓宮殯皇帝，黝漆梓宮殯皇后，並都給他們穿上帝后的衣服。李自成還特地設了個祭壇，親自到壇拜祭，垂淚而返。至四月初三啟棺出殯，李自成派員騎馬護送，到昌平天壽山田妃的墳上安葬，亦即思陵。送葬這天，不少降臣都來祭拜。這裡有原督輔李建泰、成國公朱純臣、東閣大學士魏藻德、陳演、兵部尚書張縉彥等重臣，當然還有那些守門、監軍的太監們。
朱由檢的事情也就到此為止了。至於他的對手李自成，後於四月二十九日登極於武英殿，第二天即被清兵、吳三桂趕出了北京，退到湖北九宮山被當地武裝打死。朱由檢的三個兒子，太子和定王最初由太監獻給了李自成，後又由李自成轉手給清軍，得從清軍營中逃逸，其後不知去向。有的史料說太子被南都殺死在紹興，定王落水而死，但不能成定論。永王最初藏在民間，後聞長平公主未死，輾轉嫁給原定的老中書周元振之子為妻，他前去投奔，反被周家獻給了清廷，因而遇害。其後不久長平公主也死。唯有一個袁貴妃，當時雖受三劍，只是昏死，醒後也被救出，由太監獻給清廷，清廷將她發到後宮所管的衙門，給宅居住，得以贍養終身。到這時，崇禎皇帝朱由檢的一支人丁已徹底滅絕。後雖有逃到南京的福王朱由崧建立的弘光小朝廷，逃到福建的唐王朱聿鍵建立的隆武小朝廷，逃到兩廣的桂王朱由榔建立的永曆小朝廷等等，但都被清軍逐一攻滅。其間朱由榔歷時最久，前後與清兵相抗十五年，但最終亦被吳三桂擒殺。
後有許多文人作詩歎那明末皇帝的慘死，其間不無哀悼之意。有一位姜曰廣，在天啟、崇禎時都做過官，但都因觸犯權貴而遭罷。後來他在老家南昌起兵反清，兵敗後自投花園水池而死，留下了一首詠嘆崇禎皇帝的古詩：有君美好且宣通，志軼唐虞爭比隆。智辯驚臣謝莫及，宵旰不遑急治功。逢天癉怒日多故，奸相踵繼熒聖聰。因循養亂難救藥，賊氛直逼大明宮。臣甘婢媵死賊手，君死社稷獨正終。慷慨乘龍歸帝所，亘天正氣化長虹。……（見《明季南略》第393頁）
與此相類似的還有張煌言的絕命詩：義幟縱橫二十年，豈知閏統屬于闐。桐江只擊嚴光鼎，震澤難回范蠡船。生比鴻毛猶負國，死留碧血欲支天。忠貞自是人臣事，何必千秋青史傳。（見《張蒼水集》）
這詩是對恢復無望的哀歎。原來，詩作者張煌言是從崇禎末到南明、清初的一個傑出人物，起軍抗清二十年，與鄭成功、李自成舊部等都聯過兵。在與鄭成功聯兵時間，他曾一度收復了蕪湖周圍的四府、三州、二十四縣。後至康熙三年（1664年），他見死灰難以復燃，就遣散了部旅，親率心腹十幾人到浙江普陀落伽山落髮為僧，著書立說。因遭叛徒出賣而被捕，臨刑前寫了四首絕命詩，今僅錄其一，亦可見他用蘸飽了濃情的筆，傾注進半生抗清的熱情，寫出了胸間凜然的正氣。但他怎麼也認識不到，他在二十年間所舉的旗，正是逆潮流而動，其抱負不可能伸展；這也正像那個崇禎皇帝，到頭來還是做了時代的犧牲品。
朱由檢的母親姓劉，被封為淑女；因生得妖嬈，甚得太子的愛幸。劉淑女生由檢之際，亦感到無上的榮光，因為這畢竟是她為皇家做的一次貢獻。不料，劉淑女生下小由檢不久，孩子即被抱離身邊，東宮的恩顧也逐漸淡薄。後因遭到李選侍（西李）的打擊，淑女被太子貶斥，憂憤而死。這時的小由檢才五歲，住進勖勤宮，由多年未曾生養的李選侍（東李）撫育，並得到東宮老太監王安的護佑，使他這個沒娘的幼子也不感到怎樣委屈。但是，勖勤宮之外的世界，給小由檢的感受就不一樣了。
這一時期裡，後宮的矛盾異常尖銳，從萬曆四十三年（1615年）五月初四開始，在五年的時間裡，接連發生梃擊、紅丸、移宮三大宮廷訟案，始終圍繞萬曆皇帝的寵妃鄭氏和太子朱常洛爭權奪勢的問題，許多朝臣都被捲了進去。直至萬曆四十八年九月初六，朱由檢的哥哥朱由校即位，圍繞三案的宮廷角逐還未結束。這時朱由檢才十歲。
在這一系列激烈的內鬥中，朱由檢和他的父兄有着同一的休戚，特別是其兄朱由校，生母王氏死於李選侍（西李）的凌毆之下，這跟由檢之母劉氏的遭辱、冤死又何其相似！由檢初承其父之命，托付東李撫育，後因東李生女，改命西李撫育。西李辱過由檢之母，她給予由檢的，也自然是苦藥一劑。由此可以肯定地說在朱由檢眼裡，鄭貴妃、李選侍（西李）是一股「凶焰」，是很可怕的。不過還好，「凶焰」到底沒有佔上風。追究「三案」的結果，竟然令急欲奪儲的鄭貴妃、西李等垮台，朱由檢的哥哥朱由校登上了九五之尊，改年號為天啟。天啟二年九月二十二日，朱由檢被他哥哥封為信王。但年幼的朱由檢怎麼也不明白，此後為何又出了個魏忠賢，而且較鄭貴妃等人更暴戾。
魏忠賢黨內網羅有後宮的太監王體乾、田爾耕，有熹宗的奶娘奉聖夫人客氏，還有兵部尚書崔呈秀等人，連朝中的一些著名的大臣都趨附於他們。魏忠賢黨在天啟朝做下的罪惡，就其要者有：行凶後宮，坑害嬪妃；收受賄賂，賣官鬻爵；插手邊事，陷害忠良；窮治冤獄，屠殺知識分子；建造生祠，企圖為篡位製造輿論。。這許多事，朱由檢是不知道的，但對於宮妃們的酷烈（例如餓死裕妃張氏、陰謀製造中宮大獄又使張后墮胎、打死胡貴人等），就在最初他也有所耳聞，特別是魏忠賢一黨為了拔掉天啟初的太監掌班人王安這根眼中釘，竟然喪盡天良地衊造了罪名，害死這位曾為三朝效忠的老僕，朱由檢對此十分傷情，因為他想到從他懂事以來，王安就曾是他的實際保護人，他那孩提時期的一言一動，王安都從心眼兒給以關懷。為這一慈祥老僕的慘死，他更恨那魏忠賢一班人！
而魏忠賢這一伙對朱由檢感覺如何？在他們倒行逆施之時，見這位一天天長大的少年，當面冷言相對，發語難探虛實，性情深沉，頗有心計，也不能不產生一種畏懼的心理。魏忠賢早想把他打發掉了事，苦於沒有良計。到了天啟六年，朱由檢年已十六歲，客氏想到了一個調虎離山之計，要魏忠賢為信王完婚，完婚後出居信邸，就可以拔掉這根眼中釘了。魏忠賢以為此計甚妙，很快派人到大興縣物色到一位庶民周奎之女，向朱由校請了信王的婚事。朱由校對此沒有不允之理，命以前不久空下的惠王府為信王府，於是定下了朱由檢的婚期和遷居。
周奎女年方「二八」，三月二十八日子時生。這年閏六月，欽天監奏信王婚禮的規模，擇十一月二十五日卯時由檢搬移惠王府，擬十二月初十午時尚冠，十六日向周家發冊納采，二十二日王府安床，次年（天啟七年）正月二十七日為王妃開面，二月初三卯時迎親。此後的事情，就都照這個計劃進行了。應該說，這是客魏二人在無可奈何的情況下，對朱由檢的一個擺佈，朱由檢自然是不滿的。但成婚的那天，朱由檢見妃子品貌端正，天生雅麗，更兼性情温柔敦厚，內心十分歡喜。從那以後，王、妃得協魚水之歡，一位民家姣好的女子，第一次安慰了朱由檢這位宮廷青年孤苦伶仃的心，這在當時算是他從人生中得到的一點甜美吧！
朱由檢成婚半年後，突然接到哥哥病重的消息，朝中特許他進宮探視。就在這時，朱由校當着諸臣的面，囑咐弟弟好自為之，並囑諸臣將其弟輔佐成堯舜之君。這主要是由於朱由校無子，他只能傳位給由檢。第二天，亦即天啟七年八月二十二日，吃喝玩樂了一輩子的朱由校，也就紅足艷跑地死去了。
此時已屆傍晚，熹宗遺體就停在乾清宮西暖閣（熹宗平時所居之所），旁邊有掌班太監魏忠賢和司禮監秉筆王體乾陪伴。
起初，魏、王兩人不辦熹宗的喪事，卻秘密將崔呈秀找來。他們屏退了一切人，湊攏在一起，緊張、激烈地議論着遺囑傳位給皇弟的問題。不言而喻，他們不擬遵遺囑，因為魏忠賢想篡位以自代，可是崔呈秀反對。這並非因為崔呈秀居魏黨的黨外，實際上他才是魏黨的鐵桿。他之所以不同意，是因為他了解宮內宮外集有義兵，一旦貿然奪位，是要失敗的。魏忠賢這才死心，着手準備熹宗的喪事。最初，他們擬將梓宮置於西暖閣，讓受遺詔的皇太弟居廊廡，因遭到閣臣的反對，才不得不將梓宮置於仁智殿（歷來為停梓宮之處），新皇帝御文華殿受朝，爾後御居交泰殿，前皇后孫氏遷慈慶宮。一切準備停當，單等舉行朝見。
再說可憐的朱由檢，對上述安排不得而知。他自從由信邸乘輿來大內，就被安排在乾清門邊的陋屋，等待着入臨。他忐忑不安地四下看看，心裡明白，一過這高門的門檻，就是大內的核心了。但他覺得一切東西都被隔絕得那麼遙遠。四周是那麼靜，靜得簡直叫人害怕。一會兒傳飯了。有兩名小太監送來一個食盒，請他進晚餐。他猛然想起父皇光宗被毒死，以及哥哥不可名狀的情形，頓感不寒而栗。他問來人，這食品是從哪裡來的，來人稱是御膳坊製作，他仍懷疑這是太監家中的食物，硬是叫來人將食盒抬回。爾後，他從袖中取出自帶的點心，稀裡糊塗地吞咽了一陣。外人不知，這點心本是周妃的慧心，臨出信邸，周妃特別向他進言：切記勿用太監的茶食。
天漸漸黑下來，朱由檢獨自秉燭夜坐。一太監帶劍從門邊過，他立即將太監叫住，說要看看那把寶劍；看後他將劍放在几上，對太監說，他要用一百兩紋銀買下。太監也願留個紀念，而且售價也不低，就樂樂和和地答應了。入夜，每聽到更夫的報更聲和巡夜的巡邏聲，他都要遙問一聲「勞苦」，或命他們去光祿寺領酒食，因而得到役夫們回報的歡聲。除此之外，再無一位官員來到，在這座高大的平台上，只有那把亮鋥鋥的寶劍，陪伴他靜坐於這暗夜。
第二天，他要入內看望哥哥，把門的太監見他尚未改換喪服，不讓他進入。無奈，他只好求告小太監取一套喪服來。喪服穿戴整齊後，他剛要啟行，不料又一太監前來禀告，他此刻仍不能入內，因為上頭還沒有確定該穿哪一等喪服。朱由檢急得跺腳捶心，竟哭着向守門的太監求情，才得進宮見到哥哥的最後一面。爾後，他僅被安排在乾清宮的廊廡暫憩。這期間，司禮監、錦衣衛準備了登極的儀注（禮儀規定）等，第三天亦即天啟七年（1627年） 八月二十五日一早，朱由檢就被太監引至中極殿，登上了皇帝的寶座，朝見了文武群臣。
回頭再說朱由檢入臨那一夜，周妃在信邸，既不知夫君的吉凶禍福，心中更像有一團亂麻，怎麼也理不出個頭緒來。她獨自一人沒完沒了地問卜、禱告。說來也奇，每一次卜卦，她得的都是「上上之吉」。她想，這可能嗎？如此亂亂紛紛，無禍就是福嘛，能有什麼吉祥呢？她不着邊際地猜想，糊里糊塗地混過了三天的沉滯之期。忽然，平地一聲驚雷，她接到一個天外飛來的喜報：信王要登極了！開始她並不信，後來她被接到了坤寧宮，夢一般地來到這新天地，使其掌后宮，母儀家天下，才相信這眼前的現實。
朱由檢登極後的一件要事，是增補本朝的閣員。這是執掌朝政最要緊的官職，專門負責起草「票擬」、呈遞奏報等要事。不用說，先朝的閣員還不能去掉，所以在朱由檢登極時，原東閣大學士黃立極、施鳳來、張瑞圖、李國木普還在位。為了穩定當時的局勢，朱由檢不僅將他們繼續留任，而且給以晉爵、增蔭，但同時又發出增補閣員的聖諭，命令吏部先醞釀提名。吏部很快提了十一人的名單，供他考慮。他認為一次不能補進十一人，就用古代占卜選官的方式，選取了錢龍錫、楊景辰、來宗道、李標、周道登、劉鴻訓六名閣員，加上原來的四員，一共是十員，皆為禮部尚書兼東閣大學士。
與增閣員同期進行的是廷議改年號。禮部初擬「永昌」、「紹慶」、「咸寧」、「崇貞」四稱，朱由檢從龍案上提御筆，立即將「貞」字加了個「示」字偏旁，批點用「崇禎」，就這樣確定了朱明王朝第十六帝的第十七個年號，定次年為崇禎元年（1628年）。從這時起，朱由檢即成了朱明王朝都於北京的最後一任皇帝，《明史》稱莊烈帝，《國榷》稱思宗，《綱鑒》稱懷宗，都是指這位淑世之君，俗稱崇禎皇帝。
人在幸福的時刻，容易想到悲酸的往事，年輕的朱由檢登上皇帝的寶座，不由自主地想到他的生母，就於此間追尊母親為孝純皇太后，遷葬慶陵。與此同時，他又尊熹宗的張后為懿安皇后；孝純皇太后之母這時還在世，年已七十五歲，進宮見了自己的外孫，並被外孫尊為瀛國太夫人，其侄劉文炳封新樂侯；周后父周奎授左都督，晉嘉定伯；封懿安皇后之父張國紀為太康伯。
朱由檢從一位老太妃口中得知，當年有一位姓傅的淑女，與劉淑女比宮而居，又是同桑梓，彼此很熟悉。後來，傅淑女在天啟間得到了晉升，還談起過劉淑女當年的不幸。為此，朱由檢召見了老宮妃，請她詳述了孝純皇太后當年的儀表和她被貶出宮時的情況。她說劉淑女長得很像當時的某某妃。據此，朱由檢命畫工着意刻畫，畫工焚膏油以繼晷。兩天後，皇太后畫像製成，朱由檢命宮中準備法駕（專指皇帝所乘輿輦），自至午門跪迎。法駕載聖像至后宮，呼老宮婢前往識別，有的人說像，有的人說不像，反而像某某妃。朱由檢聽了淚如泉湧，六宮粉黛也無不飲泣。應該說，這時的朱由檢仍感無限的壓抑。開始擺脫這壓抑，自認可以揚眉吐氣了，是從他舉行過崇禎元年（1628年）的賀正旦大禮以後。
初登極時，因有大行皇帝的梓宮在，只能行朝見禮，有朝而無賀；四個月後的崇禎元年賀正旦就不同了，朱由檢要在這時接受八方的朝賀。這天，氣度恢宏的皇極殿大殿，陳設宏大。在那兩壁斗栱之間，繪有真武神像，四根巨大的盤龍金柱，直矗殿宇，好像要跟雕梁畫棟爭輝。殿中的扆位高高虎踞，座旁列鎮器、羽扇，座前設垂簾，簾下鋪毡。扆位東手有寶案，東手門外有表案，丹墀（專指皇帝宮殿中的台階）中道左右還有藩屬之國進貢的方物等。鼓樂之設，文樓上為定時鼓，殿中東西為中和韻樂，皇極門內東西設大樂。
這天一大早，錦衣衛、金吾衛的儀仗、軍仗等都在殿內外預定的位置上排列整齊。只聽第一通鼓響，百官都穿着嶄新的服裝，齊集午門外候班。第二通鼓響，引導官引百官和進表人等，依次由左右掖門入宮，肅立在丹墀之上。這時，只見欽天監、錦衣衛、鴻臚寺、光祿寺等衙門的官員都來到殿內外各自的位置。一聽第三通鼓響，全部司典的官員齊集中極殿外。悠悠揚揚的鐘聲響起來了，迎接那袞冕煌煌的朱由檢升座皇極殿──朝賀開始了。
這時再看那大殿上，導駕官、尚寶官、翰林官、侍衛官及中書官等都在各自的位置上立定。只聽樂聲暫停，鳴鞭放炮。報時已畢，宣贊排班，班齊行禮，同時大樂奏起，群臣四拜、起立。大樂再停，進表，宣表，致詞，宣制，最後還要百官搢笏，齊向皇帝鞠躬，三舞蹈，山呼「萬歲萬萬歲」。直到宣贊官向各官宣布從懷中取出笏板，最後一次俯伏、作樂、四拜時，各官才起立，鴻臚寺卿至御前跪奏禮畢，鳴鞭，作樂，朱由檢起立，尚寶官捧寶，導駕官前導，步態款款地行到中極殿，樂聲才止，他也就退朝回宮了。（見《天府廣記》第183頁《春明夢餘錄》）
興高采烈的朱由檢當時回到了東暖閣，興猶未盡。他想起了「一人輯瑞，萬國朝宗」那句古語，覺得萬國之輻輳，皇威之震遠，也真的叫人飄飄然。他見那案邊紙筆齊備，略一凝思，蘸筆題了「敬天法祖」四個大字，接着又題了「人心惟危，道心惟微；唯精唯一，允執厥中」十六個大字，命太監送翰林院摹刻。（見《日下舊聞考》第526頁）
朱由檢執政之初，最大的政治障礙在魏忠賢一夥，要想真正得到國家政權，他心知必先鏟除這一障礙。還在他登極後的第三天，即天啟七年（1627年）八月二十七日，他就給魏忠賢、王體乾這些大太監下了個命令，要他們脫去朝臣的朝服，換上太監的裝束，也不必列朝班。許多朝臣都在心裡暗暗稱讚：這決定太英明了！（見《明季稗史初編．烈皇小識》第1頁）
魏忠賢自己也明白，這是皇帝給他的一個下馬威，必須謹慎從事。可是，宮內的一切就緒後，他又開始活躍起來。一天晚上，他竟向皇帝進了四個美人，要一起送進交泰寢殿。交泰殿坐落在乾清宮和坤寧宮之間，黃瓦四角攢尖頂，內設錦屏與華幔，珍奇古玩配置其間，華麗而幽深。當時魏忠賢將四美人送到這裡，打算陪朱由檢燕寢，不料剛入殿堂，卻被朱由檢發現了一個秘密。原來，她們一入殿堂，身上就發出一股撲鼻的異香。朱由檢問四美人：這是怎麼回事？四美都不語。朱由檢命人搜她們的身，發現每人身上各佩一粒香丸，大如玉米粒，用手一捻，其香愈烈。朱由檢問此物從何處來？她們只好如實回答：入宮前客氏所發，名曰「迷魂香」，人一觸及，魂即為之醉迷。朱由檢聽此，暗暗吃驚，立命四美人將香丸擲去。他內心深知，從前的後宮處處禍水，其根源在鄭妃，其逆流在客、魏。而鄭貴妃此時已銷聲匿跡，唯有客、魏還在活動，如果不能及早鏟除，定遺患於無窮。
他下令決心，首先令奉聖夫人客氏出宮。客氏接到他的聖旨，知已不可挽回，即於第二天清晨進入仁智殿，止於熹宗的梓宮前，從一個黃色的小包裹裡取出熹宗的胎髮、脫換的第一顆乳牙以及多年來她為他修剪下的指甲等等，一拼投入火中焚化，哭奠了一回，就出宮歸宅了。朱由檢立命太監搜查她在宮中的住處，查出了八名懷孕的少女，那都是她出入掖庭（妃嬪所居之地）攜帶的侍媵，本是想在天啟末學呂不韋進孕婦的。朱由檢知這一醜事勃進大怒，馬上將客氏逮到浣衣局，亂棒打死，其子侯國興也伏誅。
幾天後，朱由檢駕御皇極門決事，有一位嘉興縣貢生錢嘉徵冒死前來啟奏，揭露魏忠賢的並帝、蔑后、弄兵、無君、濫爵、冒功、建祠、通賄等十大罪。魏忠賢當時還想抵賴，怎奈朱由檢憤恨已極，就命御史當眾宣布奏疏，嚇得魏忠賢魂不附體。
根據這一奏劾，朱由檢想當場就給他定出個罪名。不料這時有個吏部主事出面求情，說什麼魏忠賢好比秦時的趙高，漢時的王莽、董卓，晉時的桓温，以及宋時的秦檜、童貫、賈似道等人，萬剮不足以盡其辜；但念他的先朝的遺奴，請貸以不死，勒令回籍。朱由檢見他說得有理，一時動了惻隱之心，就將這疏下發部議，但魏忠賢必須交出司禮監和東廠的大印，奪去從前封贈的公、侯、伯等爵號，暫發仁智殿守靈。
這年的十至十一月，也正是朱由檢差派吏、戶、工三部查收魏忠賢田宅、誥券的時候，又有許多大臣交章論劾，紛紛揭露魏忠賢指使同夥崔呈秀禍害後宮、坑陷忠良、濁亂朝政等罪惡，朱由檢就勢發下御批：將崔呈秀交九卿會勘，魏忠賢由內官押赴鳳陽看守皇陵。這時，仍有同黨出面說情，朱由檢拍案大喝道：「替魏忠賢請宥，乃宦官奸臣相勾結之又一例！來人！」當庭來了四名殿御史，朱由檢喝令：「將說情者重責一百大棍，發往南京！」（見《明季北略》第82頁）
魏忠賢這時才感到鐵案鑄成，因而打點了寶珠四十車，良馬一千匹，所養的死士八百人，於天啟七年十一月初自北京啟程，朝鳯陽府進發。有地方通政使見他這副行頭，氣憤不過，就寫了一道奏章，說魏忠賢「在路擁兵」，乞早誅滅。奏章遞到朝廷，朱由檢立刻傳旨兵部：速差緹騎（禁衛吏役）前去扭解，所有跟隨群奸，着即擒拿，「毋得縱容遺患」。魏忠賢行至河間府阜城縣得知朝廷的旨下，想自己再無生念，就在這天晚上（十一月初七）和幾個心腹一同自盡。
朱由檢得知魏忠賢已死，立即降旨沒收他的家產，全部歸內府所有；並命燒毀東廠的一切刑具。這期間，九卿又會勘過崔呈秀的罪行，那些鼓吹為魏忠賢建生祠、刻削軍餉收入私囊、任用娼家的妻弟為都司、熹宗晏駕前陰謀倡亂等不法事，都被同官們揭露出來。朱由檢就勢將崔呈秀削職。崔呈秀一氣回到家中，悶飲燒酒，邊飲邊恨恨連聲，竟將手中的杯子捻得粉碎。這一夜，崔呈秀已感到毫無出路，也學着魏忠賢上吊自殺了。就這樣，朱由檢不動聲色地除掉了魏黨中的幾名首逆。
客、魏、崔既除，朱由檢確覺內心歡快，此後不久，他就舒心暢意地舉行了崇禎元年的朝賀大典。不料，就在他舉行慶典之際，有兩名內丁在五鳳樓下拾到一黃包，二人不敢開看，就上送到了後宮。朱由檢回宮後見到這包裹甚為驚愕，但他沒有聲張，就將包裹封藏起來。
四天後的正月初五，朱由檢升座皇極門決事，當即有大臣出班啟奏：如今正是方隅未化、正氣未申之時，應該一反往昔的痛事，盡毀生祠，大修書院。朱由檢心想，此為何說？自從我登極以來，屢旨起廢，虛公酌用，怎麼能說「正氣未申」呢？至於說興修天下的書院，確是應該嗎？不！生祠甫輟，書院繼興，豈不又滋紛擾嗎？他認為繼續將魏黨的逆案窮追到底才是正理。就這樣，他一面否定了這意見，一面對吏部發下聖諭：速將從前被降罷和受迫害的大臣從公酌議，有遭非法禁斃的，該褒獎的就給以褒獎，該封蔭的就給以封蔭。同時，對那些被牽連的官員凡能夠復官的，都給以復官起用，凡應該糾正的都給以糾正，不要長期耽擱和傷害人心。
為了徹查魏忠賢一案，朱由檢還先後授予曹師稷、顏繼祖、宗鳴、瞿式耜、鍾炌等為給事中，吳煥、葉成章、任贊化等為御史，專門負責彈劾魏黨黨羽的事情。此後不久的二月十五日，吏部又根據元月初五的聖諭，整理了一份「冤陷諸臣疏」，請為八十三名受害者恢復原官，並加封號。二月十六日，又有一諫官奏疏，請給那些東林黨案中受害的人封蔭，有些活着的人還應給以起用。朱由檢對這些奏疏都表示同意。
幾乎就在這平冤起廢的同時，大規模的降罷開始了。朱由檢罷免了阻撓起復的幾名吏部官吏，又罷免了戶部曾為魏忠賢大造生祠的人士，還將協助魏忠賢大興東林黨大案的太監投進了監獄。
這後的一天，朱由檢又召新補的閣員韓爌、李標、錢龍錫以及其他朝臣於乾清宮，要給所有參與魏黨活動的人定罪。他的看法是魏忠賢一個人在後宮，如果沒有外廷的逢迎，是不會發展到這一地步。因而他特命韓爌、李標、錢龍錫專門負責這件事，務求斬草除根。
根據這一旨意，韓爌等三人列了一個四五十人的名單呈上，朱由檢看了很不滿意，讓他們再去搜集。他們就又在名單上加上了幾十人，朱由檢仍覺不能一網打盡，就將他們召進後宮，打開了那個黃包，對他們說：「這是元旦那天從五鳯樓上掉下來的，內盛為何物，一向無人知。如今可以告訴你們，這是一套紅簿冊，記的全是內璫的實跡。今拿給你們作為參考，可將名單分類列出。」（見《國榷》第5468頁）
韓爌等三人知道，對皇帝的指令只能照辦。幾天後，他們再將逆案和附逆人名單奏上，朱由檢立刻在平台召見了他們。朱由檢問韓爌：「魏忠賢時立的四閣臣為什麼不在其中？」韓爌回答：「因為找不到事實根據。」朱由檢續說：「張瑞圖多次為魏忠賢生祠題額，來宗道祭崔呈秀之母，極盡吹棒，這不都是證據嗎？況且，這些人多喜諂媚，結交近臣，就不能不使黨結朋生。」接着，朱由檢又對召見時在座的人狠狠地教訓了一頓。他說：「人臣做事，應守正道，處以公心；暗中勾結，巧營別竇，應視為非法。」「凡有操守和風節的人，行事皆可上為主和，下為民曉；看看那些結黨營私的人，哪一個做到了這點？」（見《國榷》第5471頁）
這以後，朱由檢又將紅簿所載而未被韓爌等人列入的六十九人名單發付到各部院，命令有關衙門酌定。後於崇禎二年三月十九日，朱由檢親發了一道聖諭，將魏忠賢及其一切黨羽、爪牙、故舊私交等人全部歸入逆案，其中包括首逆同謀六人，結交近侍十九人，結交近侍次等十一人，逆孽軍犯三十五人，諂附擁戴軍犯十五人，結交近侍又次等一百二十八人，共二百一十四人。這裡有先朝內閣重臣黃立極、施鳳來、張瑞圖、李國木普等，還有魏黨的鷹犬如田爾耕、許顯純等。其中有的人已被罷官，有的人已被處死。總之，這次大案搜羅甚廣，即使是脅從也都被搜羅了進去。朝野一時人人自危，廟堂之上遂感乏人，其勢好比張網捕魚，網過密則連小魚蝦米也一同被捕，河湖從此無魚類了。
但朱由檢曾用過一個幹才，那就是守遼名將袁崇煥。袁崇煥於萬曆四十七年（1619年）中進士，因為懂軍事，於天啟二年被提升為兵部主事，跟隨殿閣大學士孫承忠巡邊，能單騎出山海關，報告關外形勢，人稱袁大膽。從那時起，他胸中儲有抗清方略，因而被提升為兵備副使（整飭兵備的道員）兼右參政（布政使手下參與地方政事的重要官員）。這段時間，他曾向當局建策，修築錦州、松山（今屬遼寧錦西，明時對清作戰的重要據點）、大小凌河等地的城守之具，將防線向失地推進二百多華里。
天啟六年八月，袁崇煥擊斃努爾哈赤後，朝廷理應嘉獎，但當時的朝廷已被魏忠賢所把持，魏忠賢對袁崇煥反咬一口，說他「不救錦州為暮氣」（見《明史》第6712頁），罷了他的官；他一生氣跑回老家東莞賦閑去了。這時的山海關外復地又失。
朱由檢登極後，關外多次告警，一時無人替皇帝分憂。這年的十一月，廷臣推袁崇煥治遼東，朱由檢升袁崇煥為右都御使（都察院長官）兼管兵部左侍郎事。至崇禎元年四月，朱由檢又升他為兵部尚書，督師薊遼（作為薊、遼最高軍事長官），兼督登、萊、天津軍務，並命他作速來京。
崇禎元年七月，袁崇煥從老家東莞來到北京，朱由檢在平台召見了他，稱讚他說：「卿能萬里赴召，忠勇可嘉。」接着問他平遼有何方略，他說：「方略還待條奏，但是臣請陛下相信，臣用五年，即可定遼。」朱由檢一聽五年定遼滿心高興，當面許下了「平遼後不失封侯之賞，子孫也少不得封蔭」的諾言。（見《明季稗史初編．烈皇小識》第14頁，《明史》第6713頁）但是，五年平遼談何容易！
袁崇煥只憑年輕氣盛，就將此語脫口而出，有見識的大臣倒替他汗顏，那是誰？就是大學士錢龍錫。趁皇帝入建極殿小憩之機，錢龍錫將袁崇煥拉到一邊，點化他五年平遼並非易事，必須朝中事事配合。袁崇煥立即醒悟過來，當朱由檢二次出御時，他着重提了多方協作和勿生疑心的問題。他要求戶部着力措辦軍糧，使之充於軍用，還要求工部監造仔細，絕不能讓兵器脆薄不堪。此外，還要求兵部、吏部給以協助，為保前線的需要，一定推薦得當的文武官員。對這些合理的要求，朱由檢都給當面答覆，並當面點了各部全力照辦。最後袁崇煥爽直地說：「以臣之力，制服全遼而有餘，調解眾口則不足。這番出官，即成萬里，忌功妒能，豈是無人！只求皇上閑話勿信。（見《明季稗史初編．烈皇小識》第14頁）」朱由檢認為這都是忠言，因而都給了滿意的回答；然而他沒有察覺到，袁崇煥正是進了這些忠言，才得罪了滿朝大臣的。
這天朱由檢感到很高興，召對後，還在乾清宮賜酒飯。第二天，袁崇煥還向朱由檢進呈了守遼的具體方略，其大意是：恢復之計，不外他在頭幾年提出的「以遼人守遼土，以遼土養遼人」，守為主，戰出奇，和為計的方針（見《明史》第6713頁）。至於用人之道，在朝廷則應堅守任而勿貳，信而不疑；在軍中，可驚可疑者殊多，不必摘一言一行之微瑕。朱由檢對袁崇煥的這些擔心，當時都給以積極鼓勵，令其勿憂。臨行前，還贈給他尚方寶劍一口，令其便宜從事，以示不疑。至於贈送的蠎玉、銀幣（帛）等，當時都被袁崇煥退給了皇宮。
袁崇煥於崇禎元年到寧遠（今遼寧興城縣），正趕上那裡的軍兵為缺餉的事鼓噪。袁崇煥一面向朝廷申請糧餉，一面彈壓了領頭鬧事的幾個人。此後不久，永平（今河北盧龍縣）軍兵又為同樣的事鼓噪，而且聲言：如不在十月初三將糧餉送到，他們就要發動兵變。袁崇煥對此一籌莫展，只好再向朝廷請餉。
朱由檢接到袁崇煥的第二次請餉疏，已是十月初二，他召對群臣於文華殿，沒好氣地問新上任的兵部尚書應該怎辦。不料兵部尚書卻說：「我新上任不久，對這事還不了解，讓袁崇煥再等等吧。」朱由檢一聽這話，不由得怒從心頭起，拍案罵道：「爾等為何昏庸到如此地步，軍餉就是今天發送，也已救不了軍中烈火了，更何況你還讓他再等等？」被他這一罵，朝堂氣氛緊張起來，長時間沒人敢出聲。停了一會兒，不知怎的卻緩和了下來，他用一種懷疑的口吻問大臣：「前不久已解了一次糧餉給袁崇煥，說是軍中鼓噪；為何這次又鬧起來？」
一旁站着個乖剌的大臣，名叫周延儒，這時他僅是個禮部右侍郎，在堂下見皇帝鋒芒轉向，趁機順風使舵，不無添油加醋地說：「陛下慮得是。況且軍中一鼓噪就發餉，這樣下去後果如何？以微臣之見，作為軍中的大將，還應提倡『羅雀掘鼠』才是。」
朱由檢對周延儒的比喻很感興趣，因而很同意他的觀點。（見《國榷》第5457頁，《明史》第7926頁，《烈皇小識》第17、19頁）這次召對的結果，朱由檢發現了一個得意的大臣──周延儒，同時對袁崇煥的能力和表現產生了懷疑。但對於遼地的事情，他還是認為應該補餉，於是命所司在這個月內向駐遼軍再補發一次軍餉。袁崇煥拿了這份餉銀來到永平，恩威並用，也就稍稍穩定了軍中的情緒。
這件事使袁崇煥認識到朝廷和遼軍之間，肯定有剋扣、私分糧餉的人。因而，他的第一步工作必須將轉發糧餉的事控制起來。他向朝廷建議，要在寧遠設立一個東江轉餉司，以管理遼東的糧餉。不料朝廷還沒有表態，畏縮皮島而只求軍餉、不用朝命、徒掛平遼將軍印的毛文龍卻拼命反對起來。毛文龍趁機向朝廷請島餉，那意思像是告袁崇煥的狀：前兩次發的糧餉他未收到。朱由檢接到這一奏疏，就又向皮島發了餉銀四萬兩，並命袁崇煥賫送。
崇禎二年的五月，袁崇煥帶着四萬兩餉銀和一口尚方寶劍，到達皮島，一面犒賞守軍，一面對毛文龍觀察、了解。至六月初五，他用計將毛文龍召到雙島（在今遼寧金縣西南一百四十五里處），當面歷數了毛文龍的殺民冒功、買通內奸、暗與清兵私通、以餉銀向清兵換取金復海蓋失地等問題，將其斬首。
七月的一天，朱由檢在乾清宮接到袁崇煥誅殺毛文龍的奏疏，甚為驚詫，後見疏中揭毛控扼海運、通敵建虜、冒餉欺君等十二大罪，確覺毛的可惡，也就准了袁崇煥的奏疏，並進袁為太子太保，發優詔給以褒獎。
這樣又過了兩三個月。至十月二十三日，朱由檢在文華殿忽然接到軍情密報：清兵之警急於京畿。原來，這股清兵是在幾個降將的引導下得到蒙古諸部的配合，自總理薊遼軍務的劉策轄區喜峰口、馬蘭谷、松棚一路殺來的，其軍着黑裝，看去如萬朵黑雲，攜風而馳。崇禎二年十一月初三，清兵破遵化，十五日至垻口，二十日接近都城，劉策以及京營提督李鳳翔等皆從壁上觀。巡撫王元雅死於亂軍，薊鎮總兵朱國棟自縊。山海關總兵趙率救前來增援，途遇清兵而戰死。
朱由檢對這形勢很着急，立命各路勤王；即有督師袁崇煥帶同手下大將祖大壽等趕來，與清兵血戰於京郊，牽制其發展，這才給城內爭取了時間。不料十天後的十二月初一，忽有太監來昭仁殿，向朱由檢透露外面的傳言：袁崇煥殺毛文龍，是為了跟清兵單獨議和。這次邊警就是袁崇煥約清兵來入寇的；還說什麼，他已答應讓皇太極來做皇帝（見《國榷》第5503、5505頁，《烈皇小識》第31頁）。可以肯定地說，這些都是子虛烏有的事。就說「通使議和」，其事出於天啟六年八月，努爾哈赤攻打寧遠，被當時還是遼東巡撫的袁崇煥之軍殺傷，不久死去。袁崇煥為了了解清兵內部的虛實，就憑借建州為大明封地的關係，派遣使者前往吊唁。努爾哈赤之子皇太極也將假戲真唱，向袁崇煥遣使以為回報。袁崇煥還寫了封書信，讓使者帶回，信中帶有「言和修好」的語言（見《清史稿》第21、22頁）。這是皇太極的一個緩兵之計，他要利用這個機會兵渡鴨綠江，東征朝鮮。
袁崇煥也是個緩兵之計，派遣得力將領修建錦州、中左、大凌三城，以增強防衛的能力。但基於當時複雜的時局，袁崇煥沒有上報給朝廷這事。沒料到，這時有人利用這件事造謠生事。生性多疑的朱由檢一聽這話還了得，立即召袁崇煥、祖大壽於平台（在三大殿後、雲台門前），先是好言勸慰了祖大壽一番，少不得那類「千里赴援，忠心可感」的言詞，勉勵他繼續努力，「勿負朕望」；而對袁崇煥，卻當場斥責他的虛應五年平遼、實為欺君的「罪過」，立即將他抓進詔獄（專關按詔令拘捕的犯人），準備擇日宣判。
第二天，他升座皇極門，又以都城防守潦草為由，將工部、營繕司等衙門的好幾個官員下獄和杖責。大臣們合詞解救，他更憤怒地說：「目下與敵人只隔了一堵牆，宗廟社稷都靠這堵牆來遮護的。如果這堵牆一倒，宗廟社稷就全無依靠。難道說還不該嚴肅處理這件事嗎？（見《烈皇小識》第31頁）」不聽。結果，有的人當場被打死，沒死的算撿了個便宜，後來都讓他們用銀子贖了罪。
再說朱由檢將袁崇煥逮捕，祖大壽不服，一氣之下將隊伍帶離京城而去。多虧孫承宗了解祖大壽的心理，知召祖大壽非袁崇煥不可，於是建議朱由檢令袁崇煥於獄中修書，往招祖大壽。
這時，朱由檢選拔了袁崇煥手下的另一個勇將滿桂為薊遼總督，統轄宣府、昌平兩鎮，同時又起用了一些舊臣和罪帥。滿桂於崇禎二年十二月十六日誓師而南，消息早有人透露給敵兵，故於十八日在良鄉遇敵伏而被殺。
十二月二十二日，朱由檢將周延儒升為禮部尚書兼東閣大學士，並在文華殿召見以他為首的閣員們。朱由檢本打算討論一下應急的方略，怎奈這班人總在鼓動嚴懲袁崇煥，對於如何退敵之事偏偏不置一詞，只在朱由檢重覆主要議題時，他們才提了個釋放罪臣的建議，令其到前線去效力。
這一時期的朱由檢深為形勢而擔憂。他知道秦晉兩地災害連年，百姓大飢，流民不斷起義，現又有在京郊敗散的官軍往從，一時難以平定。山海關外的建州部，多年來一直威脅着京畿的安全，派往那裡的封疆大吏沒有一個能做到不辱君命，如今的袁崇煥又成為罪臣，還有誰可堪任使呢？
看看臨近崇禎三年的元旦，天氣晦暗。朱由檢對朝賀也不感興趣。翌日，他又任命了兩名總兵官分守山海、雁門兩關，列營防御。這中間，他還於二月初十冊立了剛滿一歲的長子慈烺為太子（慈烺生於崇禎二年二月初四），並頒詔書曰：「朕惟自古帝王，嗣大曆服，長治久安，莫不着重建儲，所以定宗祧，隆國本，凝天眷而繫人心也。（見《國榷》第5518頁）」由此也透露了他在此時此刻的心境。
這樣堅持了三個月，他才在三月初，在乾清宮接到了一個輕鬆的消息：悍勇的清兵終於東撤了。正好在這時有個四川石砫女帥秦良玉帶着一隊洞兵前來勤王。朱由檢很高興，就在平台召見了她，賜給她彩幣和羊酒，製詩旌表曰：「蜀錦征袍手製成，桃花馬上請長纓。世間不少奇男子，誰肯沙場萬里行？（見《日下舊聞考》第552頁）」朱由檢此詩，可說是有意對那些男兒的諷刺。
這之後，朱由檢過了段清靜的日子，逾期一月的「春講」於三月十二日在文華殿開講了。講經期間，經常賜酒飯，常常賞錢，這活動一直進行了將近三個月，至六月初二才結束。
六月十一日，即春講結束後的第九天，一直主張處理袁崇煥的御史史 攛掇着閣員周延儒、温體仁等，擬了一個「票擬」（擬請皇帝批示的草稿），敦促朱由檢結束袁崇煥一案。朱由檢接文在手，略微思量了一兀它的可行性；就是這思量也只有一瞬，就在他的頭腦中還原了凌厲的皇威：該殺，亂臣賊子都該殺！不殺一便不能儆百！於是，他隨手批示，定於崇禎三年八月十七日處袁。
這天，朱由檢出御平台，召集滿朝文武聽宣。他以他那說一不二的金口玉牙，親將袁崇煥定成了「欺隱」、「縱敵」的罪名，決定將袁凌遲處死於市，其妻子、兄弟流放到兩千里以外的荒遠，其餘十六歲以上的家屬一律斬首，十五歲以下的發給「功名」人家為奴（見《國榷》第5544頁，《明季北略》第119頁）。崇禎的這一舉措完全屬於屈殺大將、自毀長城。他不辨善惡，沒有認識到袁崇煥為國家立過汗馬功勞。
朱由檢是個積極施治的皇帝，與他的父兄全然不同。但他又是個剛愎自用的帝君，與他的父兄也不一樣。由於他的剛愎，有時他能像快刀斬亂麻一樣處理一些纏手的事，懲治魏忠賢及其黨羽就是一例（後世讚他「英斷」），但他的剛愎畢竟是個痼疾，從來不許人提不同意見，就是對定案中的錯誤也不容反對，這就使他在錯誤的道路上越來越遠，直至冤殺了袁崇煥，這更嚴重減弱臣子們對他的效忠之心。
還在逮捕袁崇煥期間，朱由檢不止一次地告誡他的臣子：切忌勇於私鬥，務求清正廉明；切忌怠惰、放縱，心有三尺法在。（見《國榷》第5546頁）可是他的臣子卻總將這些勸誡當作耳邊風，特別在樹黨私鬥的問題上。袁崇煥被殺後，周延儒和温體仁等為了排斥異己，硬說朝中有個「袁崇煥黨」，大學士錢龍錫和右中允黃道周為其同謀，因而連章彈劾。朱由檢對這事不能持正，把錢、黃罷官流放。
錢龍錫被流放後，温體仁和周延儒兩學士間又互相攻伐。開始，温體仁一派揭露了吏部尚書王永光參與錦衣衛賣官鬻權的事，朱由檢命温體仁草擬了一道詔旨，將王永光罷官。緊接着，周延儒一派又上疏揭露大學士錢象坤、戶部尚書梁廷楝、巡撫劉可訓通同作弊、賣官鬻爵的事。朱由檢亦將錢、梁罷官，劉削籍。温體仁派對錢、梁、劉之敗不甘心，因而又上章揭露周延儒主試受賄的問題，他們說新科會元吳偉業攜資攜妓而來，德行虧損；狀元陳於泰文章太差，大不協於眾口。這「兩元」都是行賄於周延儒買得的。新科狀元陳於泰在周延儒的支持下，也反唇相譏，說什麼攻擊人的人這樣出言「定有不可告人的穢行，借傾人以自救」（見《烈皇小識》第46頁）。這場鬧劇把朱由檢給搞糊塗了，為了不偏袒哪一方，他把兩方面的奏疏都壓下來，暫不做處理，卻只給廷臣下達增補閣員的命令，關照有司慎重從事。
那麼，這次會推屬意何人？大臣們在經筵上發現，皇帝似乎對少詹事（掌太子府事的官）姚希孟頗有好感，因而會推一開始，許多人都主張推薦姚希孟。不料，閣員閔洪學堅決不同意，他的理由是姚希孟在今科的科場中有涉嫌，不可入閣。然而所謂涉嫌，也不過在科場中說了幾句恭維周延儒的話。周延儒得知這件事，有些過意不去，就在下半年經筵開講時，建議皇帝將少詹公特題升遷為正詹，不久又將他補為閣員。反對派借此攻擊周延儒為「拉攏」，以動搖他的相位；他的追隨者說這就像蚍蜉撼大樹一樣。
後來，刑科給事中陳贊化引用遊客（專為游說的人）李元功通賄周延儒一事，兩次彈劾周延儒，朱由檢才在崇禎六年三月二十日派員專查。一查，發現周延儒的確由李元功牽線，接受過奸商徐一清的萬金賄賂，讓徐一清偷漏鹽稅，因而破壞了國家鹽政。這樣，周延儒的統治才開始動搖起來。說起來温、周的相契與相離是很滑稽的。開始，温體仁與周延儒深相結，周延儒拉幫他上進。後來温體仁看看能奪他的地位，就利用太監王坤劾周延儒，引起宮廷內部的爭論。
朱由檢初時對王坤的劾奏不以為意，後見問題牽涉到自己，就將「羲皇上人」一語提出來窮追。王坤堅持說周延儒編造了這句所謂皇上曾發的狂言，後來又在中外散布，有意褻瀆聖意。實則此語發明權是王坤，並不是周延儒。但周延儒到此已有口難辯，就在崇禎六年六月二十日被罷免，不久，温體仁也就取代了周延儒的首輔地位。這就是朱由檢那些明爭暗鬥的文臣。而這一時期的邊將又如何呢？
還在周、温摩擦之際，內亂的波面就進一步擴大了。從崇禎四年末到崇禎五年初，朱由檢連接山、陝、河南的警報。他知道，在這些地區最早是三邊的王嘉胤、張獻忠，稍後有高迎祥、李自成，現都在無可阻攔地回旋在山、陝、河南的大片土地上，成了他維持統治的一個心患。
朱由檢最初命兵部左侍郎楊鶴總督三邊，後來楊鶴因主撫誤事，遭到逮捕，流放袁州（今江西萍鄉），死於戍所。這之後，朱由檢以洪承疇總督三邊，令其會同地方軍圍剿高迎祥和張獻忠。怎奈，這時的起義軍越剿越多，陝西、山西、河南、河北、湖北、四川等地，幾乎到處都燃起了造反的烽煙。
這時在陝西有一個延綏巡撫陳奇瑜，靠重兵取勝於延長縣，穩定了延水兩岸，威名震關、陝。他先將高迎祥壓迫至商、洛、興平的大山間，後至崇禎七年六月，又將李自成趕進了漢中地區的車廂峽。但是，陳奇瑜缺乏政治眼光，相信了李自成的詐降，將免死牌發給了他，使他安全地出了車廂峽，軍發蒲城縣，接着又圍困了郃陽，將軍兵撒在豫、陝間，連營百餘里，勢難抵御了。
這敗報傳進皇宮後院，朱由檢正坐文華殿，臉色立見慘白，即命有司削去陳奇瑜的官職，讓他戴罪立功，後即下獄論戍，並將三邊總督洪承疇進為兵部尚書，命他總督河南、山、陝、湖廣、保定等處軍務，總督三邊如故。
朱由檢在文華殿憂患重重。這份心思還沒有撂下，忽又接到守孝在家的楊嗣昌的奏折，他打開一看，原來是說土、火、金三星將聚尾分，主於永平、遼海間有兵警。楊嗣昌身為山永巡撫，會占卜，識天象。自從其父楊鶴死戍所後，他迎歸靈柩，守孝在家，忽一日卜得朝中有事，覺得不能不告，於是寫了上述的奏折。朱由檢見楊嗣昌來告也真信。他心想，也許避避災就好了吧？於是決定自崇禎八年十月初三始，退出乾清宮，居住武英殿（神宗前曾作為齋居和召見之所；後改在文華殿召見，此殿常閑），撤樂，減膳；並命百官俱宿公署，閣臣俱宿朝房。就這樣，不久前還作為命婦朝中宮（時在崇禎五年和七年的三月二十八日，共兩次）的熱鬧場，到這時又變做皇帝的「齋宮」了，往日那些浮華都被去掉，只讓那些宋時的書畫陪伴着他。
這天，朱由檢在這裡，思過不能自已，下了一道罪己詔，把「邊虜三入，流寇七年，師徒暴露，黎庶顛連」的根源，都歸結到他一身，並說，為了表示他對風餐露宿、勞苦飢寒的行間吏士的感念，他要從現在起避居武英殿，與行間將士共苦之，直至寇平之日。
這一時期，朱由檢除命洪承疇總督豫、晉、陝等處軍務外，還命湖廣巡撫盧象升總理直隸、山東、四川等處軍務，統領關、遼之兵，賜尚方劍，專制中原。結果是張獻忠圍廬州，攻合州，後又攻向河南去了。而李自成卻從漢中入河南，後又奔漢南，並在羅家山（在今湖北宜昌）大敗官軍，爾後攻取了延綏，並在他的故鄉延安衣錦夜遊，炫耀鄉里，威名震山陝。
朱由檢在武英殿得知這一消息，自然氣憤，立即將陝西巡撫削籍，以孫傳庭代之。不料這個心事還沒按下，那頭邊務又生牽掛。薊遼守軍來報，清兵又攻至居庸關了。朱由檢急令內中軍嚴守邊關要路，並命新任兵部右侍郎往守昌平。三天後，朱由檢坐武英殿，有奏報進：提督天壽山（在今昌平縣十三陵地區）的太監於被任命的當日即前往，而守昌平的侍郎至今未到任。他深為歎息地說：「內臣委任即日就道，而侍郎升官三日未出，這，怎麼能怪朕用內臣呢！（見《烈皇小識》第90頁）」於是下令奪了新任侍郎的官職。
正當朱由檢為這事生氣的時候，忽從內地傳來捷報：陝西巡撫孫傳庭已擒高迎祥，將獻此俘於闕下。朱由檢一聽這消息，心中好不暢快！他立刻吩咐太監：「快快打掃午門城樓！」就在這天，司禮監派人在午門樓的前楹正中設置了御座。第二天一早，朱由檢派勳臣祝告於太廟。爾後，各官都穿上了朝服，刑部堂上官及獻俘官着吉服，於御道外東西侍立。朱由檢穿的是常服，隨着一片鐘聲，由戎裝的太監們護衛，來到午門樓正中的黃幄之下。當場有鴻臚寺卿招呼報捷，獻俘官登樓宣奏畢，只聽宣敕官招呼一聲「拿俘來」，將校立刻將高迎祥推至午門樓下。這高迎祥五尺多的身軀，此時閉着雙眼，臉上無血色，命跪也跪，似乎不覺。刑部官員近御座前請求施刑，朱由檢立即引朱筆批為斬刑。只見樓下的劊子手們「嘩」地一下押高迎祥而出，群臣同時向朱由檢稱賀。爾後，朱由檢就起駕乘輿回宮了。齋居武英殿的日子就此結束。朱由檢想，大事從此可成了。哪知，高迎祥死後，其部掌在李自成手中，攻城戰野，殺富濟貧，其軍也越來越壯。
按下這事暫且不表。再說建州部皇太極於崇禎九年改年號為崇德，改國號為大清，軍權由多爾袞掌握。這年的二月，多爾袞兵薄大同馬蓮口；四月二十日，又薄大同宣府；六月二十六日，入喜峰口；從七月初至八月底，京郊的居庸關、昌平、良鄉、香河、順義、寶坻等相繼被圍或被破；天壽山的德陵還化為灰燼。昌平之軍已向清兵投降，都城戒嚴，斗米值錢三百串。朱由檢為此急得手足無措，看看進入九月，他覺得京城不夠牢靠，就把在鄖西追剿張獻忠的盧象升調了回來。
盧象升到來，清兵已撤。有人看見，清兵過建昌（在今遼寧西南大凌河上游，與河北接界）時，竟將所掠女子艷裝乘載，還將樹木削斫見白，寫上「各官免送」的諷刺語句。評家認為，邊事積窳如此，也就不能不使天下易主了。（見《國榷》5757頁）
朱由檢這時重用的大吏為楊嗣昌。崇禎九年秋，他將楊嗣昌起為兵部尚書，第二年三月楊嗣昌孝滿赴京，向他談出了一片「治國安邦」的大道理，其中夾帶了許多文史典籍的有趣故事。他聽得着了迷，連稱「恨用卿晚」（見《明史》6510頁）！
就在這段時間，楊嗣昌為朱由檢籌劃了個「四正六隅」分剿專防、分防協剿的十面張網的策略。但這樣就需增兵十二萬，增餉二百八十萬兩。怎去解決這個問題？楊嗣昌又提了個措餉的策略，每年可從輸糧中加銀一百九十萬兩，從核實田土中加銀四十萬兩，另從郵驛裁省中也要得銀二十萬兩。
朱由檢覺得這是些好主意，於是下了道聖諭給萬民，曰：「流寇延蔓，生民涂炭，不集兵無以滅寇，不增賦無以餉兵。勉以廷議，暫累吾民一年，除此腹心大患。（見《明史》6510頁）」但這樣算起來還不能足數，他又將后宮歷朝所存的許多銅器打掃出來，一古腦都送到寶源局去造錢，其中包括從夏商周三代直到明宣德年間的大量珍貴文物。有一位商人來到化銅爐前，看見那些精絕的古物甚為可惜，想用兩倍於器物的銅量替換下來，未獲批准，只好眼睜睜地看着那些古物慘遭廢毀。就這樣，朱由檢湊足了所需的銀錢，自覺有可以資軍滅賊的硬貨了，於是令楊嗣昌將崇禎十年十二月至十一年二月定為滅賊之期。
實際上這是一廂情願，到期仍然「賊氛尚熾」，朱由檢只好命楊嗣昌檢查一下行間的功罪。楊嗣昌趁機上了一道推卸的奏疏，指責洪承疇無功即有罪，削了他的宮保尚書銜，令其以侍郎行事，責期滅賊；獨以親信熊文燦勞苦有功，給以升賞。不料就在這時，從京畿飛來十萬火急：崇禎十一年九月末，清兵邀約蒙古插部，分入牆子嶺、青山口，三日夜入內地，轉鋒攻掠南下。京城立時緊張起來。
十月初一，朱由檢急令京城嚴守，並調前鋒祖大壽回京入援，留山永、薊州兩巡撫守防地，再令宣大總督盧象升派員守易州，盧象升本人進京陛見。朱由檢當眾詢問盧象升的防守策略，盧象升立刻向他講述了自己的戰守計劃。他誇盧象升有一股英雄氣，命其出宮與楊嗣昌商議。
朱由檢為何讓盧象升與楊嗣昌「商議」呢？原來，盧象升對清兵是主戰的，而楊嗣昌卻主撫，這與朱由檢的想法有所不同。此前不久，在廷議戰守之策時，楊嗣昌還提了個對清議款的主張。楊嗣昌說：「孟子曰：『爭地以戰，殺人盈野；爭城以戰，殺人盈城，此所謂率土地而食人肉，罪不容於死。』」朱由檢對此不以為然。朱由檢說：「這些都是孟軻針對列國兵爭的情況，跟今天不一樣。如今建虜僅以我域內一州之地謀立新君，且不知厭；今雖不能伸九伐之皇威，何至出國人之下策！今後此論不必再提了。（見《烈皇小識》第112頁）」楊嗣昌當時討了個沒趣兒，廷議也不歡而散。朱由檢讓盧象升找楊嗣昌談，實際上是讓他看看楊在廷議後的態度。當然，人們可以想像得出，楊嗣昌的態度是不可能在幾天之內改變的，所以當盧、楊相見之後，盧竟抽出寶劍指問楊的私下議和。楊嗣昌屈從於五步之威，只好退讓，但從此也就安排了盧象升的死地。
當時，盧象升治軍於昌平，留三萬兵守要害，另外挑選能戰的精卒分四路狙擊敵兵。不料監軍高起潛卻暗中執行楊嗣昌的命令，堅決反對盧象升的計劃，並跟他分軍。十月十五日夜，盧象升帶上他分得的不足二萬兵，直向南郊挺進；後又被高起潛奪去一萬五千兵，只剩下五千兵苦鬥在井陘縣北的賈莊，缺衣少食，孤立無援，與大隊圍攻的清兵展開一場血戰。他身中兩箭兩刃，仍然大呼向前，遭致敵兵亂刃戮死。
盧象升死後，楊嗣昌和高起潛聯合編造了一個謊言，說盧象升「臨敵退避、怯懦，戰後不知去向」。這就使這一忠勇的事跡，反在皇帝心間留下惡名。只在四年後，楊嗣昌已死，才有一個知府出來證實，說盧象升確實經過英勇的搏鬥，在戰場上被亂刃戮死，所穿麻衣浸透了血跡。清兵撤退後，即有軍民設祭哭奠，說明盧象升絕非退避、怯懦。（見《明史》第6763至6765頁，《明季北略》第2426頁）朱由檢得知這一實情，才為盧象升恢復尚書的官銜，追謚為「忠烈」，但那已是寒透了天下人心的時候。
清兵在京畿喧囂了一陣，似乎已銷聲匿跡。朱由檢命楊嗣昌參與一切軍事。楊嗣昌將着眼點放在鎮壓農民起義軍上，提議讓洪承疇改督薊遼軍務，孫傳庭總督漕運、山東、河北軍務，大兵集於山、陝、鄂、豫滅寇。一切人事安排停當，他即請朱由檢下達限期剿寇的命令，真正擺開了他那個「十面張網」的部署，說讓朱由檢專候佳音。
與此同時，朱由檢還按照楊嗣昌的意見，下令訓練邊兵。楊嗣昌提出練兵七十三萬，他一口答應了下來。然而民流餉絀，餉從哪裡來？當然只有加派。從這時開始，練餉的名目就新生出來了。當初朱由檢增收剿餉，現在又增練餉七十三萬兩，使先後增賦達一千六百七十萬兩。民不聊生，餓殍遍野，朱由檢面臨的形勢更加嚴峻了。至崇禎十二年八月，朱由檢得知「十面張網」不靈，張獻忠降而復叛，勞軍費餉極為嚴重，萬分憤怒。楊嗣昌又將事情推了個乾淨，暗讓熊文燦代他受過，說這全是熊文燦誤事造成的。朱由檢據此將熊文燦逮捕，第二年十月斬首於市。
與逮熊文燦同時，朱由檢又命楊嗣昌到前線督師戡亂。崇禎十二年九月初一，他召楊嗣昌於平台，感謝他為朝廷分憂，就中說些鼓勵的話。第二天，朱由檢又命太監給楊嗣昌送去賞銀一百兩、大紅紵絲四表裡、鬥牛衣一件，還有賞功銀四萬兩、銀牌一千五百塊、帛一千匹。九月初四，他在平台後殿為楊嗣昌設宴，親自給楊嗣昌斟了三杯御酒。楊嗣昌接杯在手，感激涕零。他即席為楊賦七絕一首云：「鹽梅今暫作乾城，上將威嚴細柳營。一掃寇氛從此靖，還朝教養遂民生。」書用黃色金龍蠟箋，後一行書上了「賜督師輔臣嗣昌」，又一行署上了「崇禎十二年九月」，印用「表正萬邦之寶」（見《日下舊聞考》第522頁）。楊嗣昌接此詩跪在平地，涕淚橫流。
兩天後楊嗣昌起身了，也學了一下大將亞夫的作風，晝夜兼程，於九月二十九日趕到襄陽，統率了熊文燦的全部軍隊，十月初一大誓三軍於襄陽。至崇禎十三年二月，這支軍隊確也在湖北、四川等地取得了一些戰果。
此時，朱由檢在乾清宮，想到了鹽梅臣忍受着風霜苦，為皇家在戰鬥，內心越生感激之情，於是派太監向楊嗣昌部發銀一萬兩犒師，賜楊嗣昌一人鬥牛衣、良馬、金鞍各二數。使者剛出國門，楊嗣昌的報捷使者又到，說張獻忠將在四川束手就擒。朱由檢聞言大喜，再發銀五萬兩，帛一千匹犒師，並為楊嗣昌加太子少保銜。
殊不知，他這次對楊嗣昌更過獎了。楊嗣昌這時正聚集川、陝、湖廣諸路軍將，與羅汝才、張獻忠周旋。官軍兵馬多居山谷，忍受炎暑瘴毒，病、死很多。後來張、羅提出投降，希望楊嗣昌到四川接收隊伍。楊於崇禎十三年八月泛舟西上，不料張、羅卻大反四川，氣得楊嗣昌要以萬金、萬戶侯的代價換取張獻忠的人頭。這話放出的第二天，楊忽在自己的營內發現張獻忠的告示：「有人斬得楊嗣昌的人頭，賞銀三錢，但不封侯。」楊嗣昌知營內有張獻忠的人，日夜不安。
從崇禎十四年正月初至二月中，楊嗣昌與張獻忠一直周旋在四川、湖北間。至二月二十一日晚，張獻忠用二十八騎誆開襄陽城門，取得了襄陽，襄王被殺於王府。時在夷陵的楊嗣昌得知這一消息，癱軟在地，半天才甦醒。其後不久他到達荊州的沙市，又接到洛陽被李自成攻陷的噩耗，報告說，福王於城破時遇害，王妃與王子不知逃往何處，洛陽珠寶盡為李自成所得。楊嗣昌知道這回他活不成了，因為福王是諸藩之首，又在洛陽聚寶無數，皇帝無論如何也饒不了他督師的失誤，他就在三月初一吊死在沙市。
朱由檢得知這一消息，自然對失地折將表示憤怒，但想到楊嗣昌辛苦勞碌，一朝畢命，確也可憐，也就不再追究他的過錯了，並命有司給予祭奠，歸其喪於武陵。
楊嗣昌死後，朱由檢將楊重用的丁啟睿（這時他已是兵部右侍郎兼右僉都御史，代替鄭崇儉總督三邊軍務）提升為兵部尚書，改稱督師，代替楊嗣昌總督陝西、湖廣、河南、四川、山西及江南、江北各軍，賜給他尚方寶劍、委任狀和印綬。怎料到這一委重也更委錯了人。這時，正是李自成圍困開封的時候，丁啟睿畏敵不敢前，卻只在光山（在河南光山縣）、固始間和張獻忠周旋，坐令傅宗龍戰死於項城縣，致使南陽丟失，唐王被殺。後來，從崇禎十五年的四月至七月，李自成又一次攻開封，朱由檢多次催丁啟睿往援，丁啟睿才將大軍會隻於朱仙鎮。李自成大軍上百萬，丁啟睿各軍不敢戰。丁啟睿同來援的保定總督楊文岳撤退奔汝寧，被李自成一口氣追趕了四百里。丁啟睿拼命地奔逃，竟將皇帝賜給他的敕命、大印和尚方寶劍跑丟了（見《明史》第6741頁）。就在這時（崇禎十五年八、九月），李自成率軍攻進了開封。
朱由檢在昭仁殿聽到這一消息，又氣又恨，但也無法，命令吏部革去丁啟睿各職，候人替代！但選誰替代呢？他屈指算了一下，已沒有稱職的人選了。這時的朱由檢才痛切地感到落花流水春已去，剩有舊殘山！
朱由檢是個信奉天主教的人，其傳師為德國人湯若望。湯若望作為德國傳教士，於天啟年間來中國，經由上海人徐光啟的引薦，被當時的皇帝朱由校封為翰林官，就令他協助徐光啟修曆法、治水利，同時也研究火藥技術。到了崇禎一朝，新皇帝朱由檢不僅納他為臣子，令他照操舊業，而且接受了他的宗教點化，把自己變成了一名天主教的信徒。後來，朱由檢也敬佛，但他對上帝的信仰卻一直篤誠。
這期間，他曾帶后妃到齋宮做法事，還曾在宮中召天將。有一次久召天將而不至，其後有人傳言：天將都已降生人間，已無天將應召了。聽此言他感到很淒涼。後來，山、陝大亂，清兵犯邊，他又在宮中拜天帝，求問天下事；天帝降乩：大明氣數已盡。對此，他又感到內心驚怕。他認識到要想真正救危解困，還得將朝臣奉若神明。
然而，這他時期的朝臣起了很大變化。自從温體仁取代了周延儒，做了當朝的首輔，成天只知結黨營私，於邊警內亂不出一謀；後因與太監曹化淳等角力，於崇禎十年六月被朱由檢罷免。直至崇禎十四年二月，鄭三俊、劉宗周、黃道周等人也得罪，輔臣缺員，有人又向他推薦了周延儒，因而他就將周延儒再起為禮部尚書。
周延儒是崇禎十四年九月自老家宜興到京的。當時，朱由檢特地為他在中極殿開了一次宴會，並於此間起他為首輔，加少師兼太子太師銜，進中極殿大學士。周延儒被召回後，為了好好表現一下，就將温體仁時期的事全翻過來，做些開釋罪臣等善事，安排了從前曾被降、罷的鄭三俊、劉宗周、范景文、倪元璐、李邦華等人，布滿六部九卿，因而得了個「賢名」。對這一變化，朱由檢心裡也感到高興，於是趁崇禎十五年正月元旦的朝拜完了，即命太監將周延儒等輔臣叫上金殿。朱由檢命他們分東西兩班，立在老師的位置上。爾後，他降尊屈駕走下寶座，來到輔臣面前，向兩邊各拜了一揖，說：「自古聖帝明王，皆崇師道。卿等皆朕師。經言：『修身也，尊賢也，敬大臣也，體群臣也』，朕今此禮，原不為過。」（見《國榷》第5913頁，《烈皇小識》第151頁）周延儒等聽了，立刻跪伏謝：「臣等不敢。」朱由檢見他們又跪，越加謙和地說：「正該，正該，先生們請起來。」他們這才立起身來。
接着，朱由檢又對他們嚴肅地說：「自古君臣志同道合，天下未有不平治者；為今之計，職掌在部院，主持在朕躬，調和在卿等，願各勉之。」（見《烈皇小識》第151頁）周延儒等人聽了，又一齊跪下道：「臣願竭盡駑力。」朱由檢就再一次請他們起來說話。
這事之後，朝野人士都知道，如今的皇帝尊「賢」之禮行大了。因為他的文武大臣並沒有做出值得他尊敬的事情來，有的簡直該遭到他的詛咒，他的薊遼督師洪承疇在遼東降清就是一例。洪承疇是上年八月經過血戰被俘後降清的。當時，朱由檢得到報告是「洪承疇戰死」；根據這一報告，朱由檢還在十五年六月下令給洪承疇以「表節」，並命人在京郊立個洪承疇的祠堂，希望這一典型能在人的心目中樹立個榜樣。怎料其後不久，他得知洪承疇降清的實情，頓覺自己受到諷刺，因而深恨輔臣們的失察。
「切莫讓這一深恨爆發出來呀」──大概，這是輔臣們當時的心理吧？反正當朱由檢為此而憤恨的時候，有人即出面給他以安慰。同時，他們還給他策劃了一個議和的辦法，謀求清兵暫停進攻。處於當時的緊張形勢，他只做個默許，兵部陳新甲即派人到沈陽，答應以一百萬兩現銀做交換，求清兵暫不攻關內；如果九月末現銀寄不到，清即可發兵。兵部將這一報告遞到朝廷，朱由檢反而徵求周延儒的意見，周延儒卻始終緘口不言。至期，退兵現銀提交不到，大清立刻發兵關內。
當此之際，京郊御敵毫無準備，只能坐視攻洪承疇的清兵從洪的防地松山（今遼寧錦縣西南）杏山（今遼寧錦縣西南）步步緊逼，到了十月初十，從下層傳來清兵進口的消息。至十三日一早，忽有薊州難民踉蹌而來，通州告急。清兵已有大隊南下，祖大壽也殺卒降清了。
朱由檢見此邊報大怒，立刻將大臣召到文華殿，抱怨道：「邊將不足恃，邊撫無可依，更恨那郵牒無聞，塘報不發！」說着，「呼」地一下站起：「速將陳新甲治罪！連同兩撫一鎮，逮治，誅殺！」兩撫（指巡撫），一個叫馬成名、一個叫潘永圖；一鎮（指總兵），名唐鉞，就這樣與陳新甲先後被殺。
此時已過午，早就該散朝了，衛儀官、唱贊官都要散，朱由檢將他們都趕走，說，從現在起他不退朝了，他要坐在這大堂之上，專等吏民獻計獻策；有來獻策的人，既不論資格高低，也不必通禀和阻攔，直出直入可也！
哪裡有什麼懷揣韜略的人來呢？只有一個叫董心葵的京中名士，據載是周延儒的舊相識，前來發些老生常談，朱由檢表示無限感激。其後，又有一個從錦州逃回的敗兵，給他講了些錦州方面的情況，他這才知道遼東已無望，只賴山海關一道防線了。他感到，長時間的空廓寂寥，充塞在這文華大殿；大殿愁滿，昏昏暗暗！
從這天開始，北京城的九門全部緊閉，城中之民像坐處瓮中一般。文臣武將分坐各門理事，晝夜羽書不斷，一夜之間竟有二十六個地方失陷。值得慶幸的是，清兵的這次行動只在京郊騷擾了一陣，即從涿州奔山東了，坐在深宮大內的朱由檢也從此鬆了口氣。但他立即向兵部發出兩道命令，命在九門之上安炮，這炮就叫「紅衣大炮」，為湯若望監造。安炮後，朱由檢又命在西華門邊準備十五匹騾馬，以供不時之需。就這樣，他擔驚受怕地捱過了年底，看看臨近崇禎十六年元旦，他打算好好慶賀一番，也好衝衝這晦氣的時艱。他命令司禮監準備慶典的禮儀，錦衣衛安排內外的秩序，六部九卿各司其職，宮妃嬪娥盛服為慶。
元旦正日來到了，鐘磬還是那麼響，鼓樂還是那麼奏，衛儀還是那麼擺，聖駕還是那麼迎，一切都像往年的慶典一樣，乾清宮出，中極殿憩，皇極殿禮。只是今年的十三省方岳無一至者，貢案之上了無一物，此番「輯瑞」已不可能，朱由檢感到心意不愜，就草草行了禮回宮了。春鬧無言。
北京的冬天很快過去，春天悄悄來臨，可是住在皇宮裡的人是分辨不出的。看看到了三月初幾，有外地的鏢局平安抵京，五百多名外轉的官員及其家屬也給憑出城了。這消息傳進了皇宮，朱由檢心裡添了幾分快活。一天，朱由檢召大臣於文華殿，討論當前的形勢。周延儒不無討好地說：「清兵的足跡，猶如京中的白雪，春風一蕩，就無踪可尋了。」朱由檢一聽這「無踪可尋」四字，倒覺着害怕；所有在場的人也都認為這話不吉利。果然，到了四月初三，警報突然飛來，說清兵在山東劫掠了無數的金銀財寶和良家子女，於三月初一養馬於莒州，現又從莒州殺奔京郊。朱由檢立命再閉九門，置備御策。
四月初五，朱由檢在平台召見周延儒、陳演、蔣德璟三位大臣，聲色俱厲地說：「今天把你們請來，是因為我要告訴你們，我要親自出征。」三人聽了這幾句話，立刻都撩袍端笏跪在御前，同稱：「皇上息怒，臣願代皇上一行。」只見朱由檢坐在御座，把臉轉向一邊，連朝他們看一眼都不願。他們討了個沒趣，就只好起身歸班了。這樣呆立好一會，周延儒忽然意識到，皇帝還是想讓他去督師，於是又出班跪下道：「臣實願為皇上分憂，懇請恩准。」果然，朱由檢這時轉過臉來，朝周延儒冷笑了一聲，以輕蔑的口吻對他說：「先生如果真的願去，朕可以告訴先生，朕在宮中看過奇門遁甲，此刻，就是此刻，一出朝門，即向東行，一直向東，切勿西轉！」（見《明季北略》第345頁）原來，周延儒的寓所在西，朱由檢借此以為諷刺。
那麼朱由檢為何非要周延儒督師不可呢？第一，幾個月來邊事緊急，周延儒卻從未遞上一個實報，這起碼也是個「失察」，今讓他去冒冒這風霜之苦，也聊且算是小小的懲罰。第二，不派周去又派誰去呢？他想，周延儒二次復相，在外官看來很有些名聲，或可在一定程度上能對那些驕兵悍將產生一點震攝之力吧？考慮到這兩方面原因，朱由檢就將當朝的首輔派了出去。
四月六日當晚，周延儒將大軍開到通州。因為害怕清兵勢大，他就和隨征四臣以及勤王四鎮等駐進了通州城。他們天天借酒壯膽，先是四鎮向周延儒拜師，並有四臣為他設宴，傳食勸酒，叫笑震席。接着又是周延儒請客，先請勤王四鎮，所謂「祝凱歌」；爾後請隨征四臣，所謂「祝紀錄」。不僅酗酒，而且搜刮、宣淫。有一位在野的士人當時寫了一首諷刺詩，諷刺這件事：「虜畏炎熇歸思催，黃金紅粉盡駝回。出關一月無消息，昨日元戎報捷來。」（見《明季北略》第341頁）。讀來入木三分。
一個月後的五月初六，周延儒聽說清兵已東歸，高興得不得了，就向朱由檢遞了個「玉宇澄清」的捷報，準備奏凱。朱由檢也知清兵已退，就命周延儒在五月初十整鞭還朝了。一回朝，周延儒自知後果嚴重，欲行金蟬脫殼之計，從此告假長休；不料朱由檢拒不批准。
周延儒還朝的第二天，朱由檢本應賞給他酒食，但沒有；這就使他的那些走卒們認清了這樣一個事實：「皇帝的恩顧已不存在了！」的確，朱由檢對周延儒已有懷疑。他及時給禮部、吏部和兵部下了命令，讓這些部門調查一下周延儒視師時的表現。很快，於五月二十日，各部報上了周延儒在視師時的怠惰和荒淫，氣得朱由檢暴跳如雷，立命傳諭大小九卿，定於申刻在平台候旨。這道命令一下，一個個官兒們全都來到；這時的周延儒已癱軟在內閣，也由兩個小太監扶掖，前來聽裁。申刻已到，只見太監從乾清宮內把朱由檢引出，還沒坐穩，他就怒容滿面地說道：「首輔周延儒奸、貪、詐、偽，大負朕躬，着令府部從公議處！」各府部根據皇帝的旨意，聚在西掖右府公議，最後定了個「欺君誤國」的罪名，請求從輕發落：命其歸家。
崇禎十六年六月一日晨，朱由檢送周延儒於前門處的棋盤街，並贈給他白銀一百兩做路費，以表示保全優禮的意思。不料，周延儒一走，許多人加勁地彈劾他為臣奸佞。有奏疏說，他平時受賄行私，這次視師更接受山東總督和兵備的金銀鞍賄賂，賣了清兵撤退的路徑。揭發的人都是親眼見或親手辦，可以相信它的真實性。朱由檢一聽火冒三丈，即於七月二十五日再召群臣於平台，要當場問出個真贓實據。怎奈，有兩個關鍵的人抵死不招，並且別生枝節，致使大臣們當堂互咬起來。朱由檢喝令一聲「打」，立即有殿衛士搶上前，將一個給事中的紗帽打裂在地。朱由檢此時憤怒已極，「呼」地一下站起，雙手一掀，將御案掀翻，恨恨連聲地回宮了。（見《國榷》第5984頁，《明季北略》第347頁）
這夜，朱由檢在交泰殿怎麼也睡不着，他翻來覆去地想着周延儒可惡。第二天，他駕御文華殿，即命吏部將周延儒的職銜全部削掉，並命緹騎到宜興去逮捕他。十月初八周延儒被捕到，至十二月初七的凌晨，即被勒死在順城門外的二廟。
人在困苦的時候，往往要從快樂中尋找解脫，皇帝朱由檢也不能例外。近來諸事不順，為給自己調解一下心境，他一踅腳來到承乾宮。他邊走邊尋思，怎不見田妃出宮接駕？猛然間想起：田妃已不在人間了！
在太監的引導下，他邁步走進院井，登堂入室，無處不見物是而人非。此刻，在他眼前清晰出現了崇禎十五年夏月的情景：田妃身體有病，皇帝心裡很着急。那天，皇帝正往神殿行香，求神保佑，不料回來後她就咽氣了，連一句最後的訣別都沒來得及說……（見《烈皇小識》第153頁）
隨着宮女的引導，他進入從前的居室，只見那絲羅的帳幔靜靜垂下，各式擺設因無人關顧而顯得格外淒涼。他從梳妝台上拿起一枝插髻的宮花，在無緒的把玩中，覺得它紅得實在可憐。說也奇怪，從這朵宮花上，不知怎的又化出另一個女子的形象，他看得很清晰，那美麗的身影，含情的秋波……那是田妃的妹妹呀！他記得，還在今年的春間，田妃身體不適，其妹來宮內探望。正巧皇帝行幸到此，她來不及躲避，就被這皇帝攝進眼簾了。皇帝見這位內妹，實在比可愛的田妃還美，不免蕩漾了聖心，將她叫向前來，順手將賜給貴妃的宮花插在內妹的髻上，一面口中嚷道：「這是我家的人啦！」
內妹羞得滿面緋紅，就像三月的桃花，那樣溢芳流彩，那樣攝人心魂，直叫皇帝愛憐不盡。皇帝當面囑咐貴妃讓小妹常來。可是從那以後，他一直沒有再來問訊。今天，他來到這座寂靜的宮室，看見那枝精製的宮花，想起了曾被他「內定」的意中人又是惜香，又是念姝，早已把不住心猿意馬，就在這宮內給內官監下令，速將田女選進宮來。（見《烈皇小識》第153頁）
這事若在往年算得了什麼；如今時局動蕩，建虜的悍兵剛剛退去，李自成的大軍正以迅猛之勢自陝西向山西發展，國勢如累卵，誰還有心思去辦婚禮呢！為此有人出面勸道，選美的事等明春形勢好一些再辦吧。皇帝無奈，只好將那份渴慕的心思暫時壓下，就定在來春將田女選進宮來。可是他不知道，上帝留給他的時間表內，已沒有這個機會了。
時令漸漸接近年末，朱由檢為了要提高一下自己的興趣，決定像往年一樣，慶祝崇禎十七年的元旦。這天，朱由檢很早就駕御中極殿了，他着龍袍，頂皇冠，端坐在殿堂的扆位前。可是，過了很長時間，殿上除幾名太監外，就只有執金吾（負責京師治安的長官）駱養性一人在。朱由檢有些坐不穩了。駱養性建議打開東西長安門，再將鐘敲響些。於是，東西長安門敞開，長鳴的鐘聲傳播於外，召喚着大臣們快來列班。可是，等了一陣仍無人到，朱由檢已感到不耐煩了。他靈機一動，心想為何不可先拜太廟，爾後再接受賀禮呢？這樣想過之後，就命太監準備去了。太監首先準備了鑾輿和仗馬，朱由檢剛要登輿，太監說還需訓練一下臨時湊起來的頭馬。這時他看見那些文武大臣正陸陸續續來到，就對司禮監太監說：「算了，算了，還是先受賀吧！」說着，他又返身回到大殿，臉色很不好看。
再說那些文武官員，一個個從東西長安門分入，自知誤班，竟不敢經過中門打個照面。當年的京師，文臣都住西城，上朝時走的是長安西門，登殿列班於東；武臣都住東城，上朝時走的是東門，登殿列班於西。今天眾臣既然都不敢過中門，那麼文臣只有從螭頭下傴僂而入西側武班，武臣也只好從螭頭下蹲俯而入東側文班。百官山呼已畢，皇帝起駕拜廟，眾臣散朝回家。從第二天起，京師就傳開了「元旦文武亂朝班」的笑話。
這時，從城外傳來李自成佔山陝，僭稱大順國，改今年為永昌元年，並拜宋獻策為軍師，牛金星為丞相，更定吏、戶、禮、兵、刑、工六政府的消息。然而，城內的氣氛卻與這形勢不合拍。這時的京城，一年一度的慶元宵正在籌備，從正月初八開始，每當晚上，內自西海子，外至各街巷，處處張燈結綵，煙花爆竹。九門長夜不閉，宵鼓闐闐震天。從城外來走親的人兒，常有男女以昏定（夜間問安）為名，趁着皎潔的月色，笑鬧過門，絡繹不絕。
正月十一日，朱由檢朝見於文華殿，有兵部尚書張縉彥出班啟奏：「昨接李自成使者投來的『偽詔』，聲稱大順兵將於三月十日開到，與我明兵決戰。請旨定奪。」說着，將所得「偽詔」呈上。
朱由檢看那「偽詔」多作大不敬之辭，並有「於三月望日暫到順天會館交割」等語，知其焰勢大張，不無恐懼地說：「賊勢如此猖獗，閫外無人承任，朕將如之何！」「朕非亡國之君，卻事事生有亡國之象。我祖宗櫛風沐雨而有天下，一旦失之，何面目見之於地下！」說着，淚下。忽然，他用袍袖搌了搌雙眼，像是下定決心地說：「朕願督師親決一戰，身死沙場無所憾！」
內中有一位大臣李建泰，乃去年十一月提升的東閣大學士，其家在山西，藏富巨萬，光是妻妾就養了五十人。今見皇帝這副模樣，他近前奏道：「主憂如此，臣敢不竭駑力。臣本山西曲沃人，頗知鄉中事，今願以私財前去募軍，來京勤王，請允速行。」朱由檢一聽，自然感激：「卿若肯行，朕當仿傚推轂之禮，親餞城郊，不敢輕待。（見《國榷》第6019頁，《烈皇小識》第173頁，《明季北略》第420頁）」就這樣，這次召見算是定下了一個應急之策。可誰知，從那以後半個月過去了，李建泰一直未行。朱由檢實在等得不耐煩了，就在正月二十五日坐昭仁殿，將龍案一拍，發令敦促李建泰：明天啟行。
再說李建泰口稱去募軍，為何要逗留這麼多天？原來，他的心思本不在勤王上，他是當時數一數二的富豪，早就害怕李自成打到山西，搶了他的財產和婦女，很想拉起一個隊伍保護好自己的家院。半個月來，他一共拼湊了五百名壯士，一見朱由檢發火，不得不啟行，就在二十六日一早來到乾清宮，請求皇帝示下。朱由檢見他來到，當然反愠作喜，真誠獎諭了一番，並說，他要在正陽門排宴，「特為愛卿親餞。」
這天巳時（上午十時左右）時分，朱由檢駕御正陽門樓，宴餞李建泰，在座的有內閣、五府、部、院的掌印官等，列席十九桌，文東武西相對，朱由檢居正前，面向群臣，群臣中第一席就是李建泰。
這天朱由檢在席上用的是金台爵，上嵌大寶石，乃歷來的盛典重器。群臣則一色都用金杯。宴席開始，細樂隨風，飄出樓外，竟使人誤認這樓中正舉行盛世的慶典。朱由檢當時親斟了三杯御酒，令侍者遞給李建泰，連同三金杯也賞出了。宴席完了，朱由檢命太監給李建泰披紅、戴花，並贈敕命符劍。未時（約為下午兩時左右）以後，只聽三聲炮響，李建泰這五百名護院家丁才拔隊起行。這裡君臣靜候佳音。
不料兩天後，朱由檢聽說李自成統眾四十萬，從禹門渡黃河，攻陷了絳州、曲沃、臨晉、河津、蒲州、平陽，原輔臣韓爌被殺，平陽知府迎降，巡道官逃跑，總兵官退避，太原告急，李建泰已阻於京郊。這時候，有許多人給朱由檢出主意，動員他南遷，但都被他否決。稍後，又有人建議專命太子南巡，他一概怒斥他們不是忠臣義士，不能為朝廷分憂，乃謀若此。就此他表示：「國君死社稷，此乃正理。（見《明季北略》第434頁）」
進入三月之後，近畿形勢急轉直下，城內人心惶惶，朱由檢天天召對問策，不在文華殿，就在中左門的平台。那些大臣也膩了，表現極為怠慢。他見狀，因長歎息曰：「朕非亡國之君，諸臣盡亡國之臣爾！」（見《明季北略》第437頁）這時，他又以簡慢逗留罪將大學士陳演、蔣德璟罷免。他見舉朝無人，沒有一次不是哭着回宮的。
在後宮，他哭着做了一次人事安排：命司禮監秉筆太監王承恩提督京城內外，薊遼總督王永吉節制各鎮兵將，一切調度機宜、進退將吏、賞罰功罪等，全憑他們便宜行事。軍情進一步緊迫時，他又命吏、兵二部撥發空箚五百張，軍前應用；發給城軍半年之糧，九門守者每人一百個大錢。就在這節骨眼，有廷臣又一次勸他南遷，他大發雷霆：「爾等平日專營門戶，不肯為朝廷出力，今日死守，何爾又言？」接着面諭兵部：「都城守備有餘，援兵四集，何難刻期滅賊？敢有訛言惑眾及私發家眷出城者，擒治。各衙門詞訟，暫時停止，監獄各犯應釋者，速行省放。（見《明季北略》第447頁）」
令下之後，為了籠絡人心，他還在三月十一日仿傚漢武帝的「輪台罪己詔」，下了一道詔書，把他這十七年來的統治，「上幹天地之和，下叢室家之怨」，「任大臣而不法，用小臣而不廉」，都說成是自己統馭中的過錯。因此，他借以詔告天下，他要「深省夙愆」，「恪循實事」，行不忍之政以收人心，蠲額外之科以養民力，希望流亡之徒來歸，豪俊之士用力。（見《國榷》第6025頁）然而，朱由檢這個皇帝從來好負人，亟則可以引咎自責，緩則復又變顏翻臉，他的這個「罪己詔」，怎麼可能產生「輪台詔」那樣的威力呢！充其量不過是一劑太平藥罷了。
罪己詔頒後，他又令兵部加強城防。四天後的三月十五日，他忽又接到兵部的一封密報：李自成從柳溝抵達居庸關，總兵唐通和太監杜之秩迎降，另一總兵馬岱逃到山海關與王永吉同謀，都和吳三桂降清去了。他知天險不可恃，急發三大營兵給李國楨，命其全權指揮作戰；其他文武勳臣乃至科道官等，也都被派坐各門值班。
單說這李國楨，平生練了套好口才，崇禎末年皇帝召對，他指陳兵事，大談戎政，口若懸河。然而，其技也不過如此，他本來並沒有特別的能耐。朱由檢給了他三大營兵，他一窩蜂似的都扎在齊化門外，責成太監王相芝指揮，他自己在城樓上，獨作「壁上觀」。朱由檢呢？他這時反覺鎮定起來，大有視死如歸的氣概。
三月十六日一早，他駕御中極殿，還想在這裡進行考選。他從容不迫地向考選的官吏們提出了裕餉、安人的問題，當場有滋陽（今山東袞州）知縣近前對問：「裕餉不在搜刮……」沒等知縣答完，忽有密報遞入，朱由檢拆開一看，已知大敵當前，但仍很鎮定地把答問聽完：「裕餉不在搜刮，在節慎；安人繫於聖心，聖心安則人心安。」朱由檢聽了他的話點點頭，站起身就走了。那些等待考選的官兒還以為候一候他就會再來呢，在殿下呆立了一陣，太監出來告訴他們：「散了吧，敵兵臨近了。」他們這才散去。（見《國榷》第6041頁，《烈皇小識》第178頁）
朱由檢當時由中極殿回宮，在昭仁殿兀然獨坐，心事如潮。他想到偌大一片神州沃土，沒有一塊寧靜之處，虜、盜交攻，生靈塗炭；他想到偌大一片祖宗基業，沒有一件可保之物，一場浩劫，將化為烏有！驕兵悍將誤了我，奸黨佞幸害了我，他們是我的罪人啊！他心胸激憤、淒愴怛悼、淚痕不乾地坐到了三月十七日早朝。
這時的朝堂已不像個朝堂的樣子了，往日那種立班嚴肅的氣氛早已飛散，一個個都是淚流滿面。忽有太監曹化淳站出來提議，立刻起用魏黨成員。曹太監好像覺得給皇帝獻了一條良計，而朱由檢對這建議卻根本不理，只顧低頭在御案上寫他那行不成文的文字。身邊的太監看得分明，那是「文武官個個可殺，百姓不可殺」十二個草字（見《明季北略》卷20第450頁）。寫完，他自己看了一眼，就用墨筆抹去。這次早朝就這樣無言而止。
這時的九門已經十分危急，特別在西直門，勳戚大臣坐視民人雜進，竟不以為意。看看到了午牌時分，五六十匹鐵騎彎弓貫矢突至，大呼「讓路」。守卒已知李自成大隊到了，呼啦一下全退下來。李自成分兵攻打平則門、彰義門等。他們黃衣黃甲，看去如黃雲蔽野，威武非常。他們一路來時，繳獲了許多戰利品，官軍那些戰守之具如火器、大炮、蒺藜、鹿角等，一時間都為他們所有。他們反炮攻城，隆隆震地，都下驚心。
且說朱由檢撥給李國楨的三大營兵，見這勢頭，哪一個不怕！特別是那些城上的軍士們，大多是貴近官宦的勢力人家為了冒領軍糧軍餉，花一點小錢僱來的，就是這樣的兵卒，外城兩個垛口用一個，內城五個垛口用一個，卻都是一些不堪役使者，個個慣常於沉緬歌呼，誰來統治都覺得無所謂。李自成大兵未到，他們不知有敵寇；李自成大兵忽然攻城，他們呼號亂走，不住叫鬧。城上城下炮火交發（多是未裝鉛子的空炮），火光際天，如萬雷響徹，天地震懾。漸漸地守城官軍感到不支了，一說撤，嘩地一下就撤下來，已是潰不成軍，風吹雲散了。
再說這時的皇宮，人心惶惶，莫知所措。朱由檢在皇極殿，有二三十人圍在御案前。但見襄城伯李國楨匹馬馳至，汗水沾衣，冠帶不整，進殿伏地哭道：「守城軍不用命，鞭一人起，一人復臥如故，現在三大營已潰不成軍，李自成踹門啦！」
朱由檢一聽，將御案猛擊一掌：「都是你們這些人誤了我，天地不容！」說着大聲哭起來，一時之間，文臣武將及大小太監哭作一團，他就在這哭聲中回昭仁殿了。（見《明季北略》第451頁）他在昭仁殿給太監下令：「全部走出後宮，都去守城！」此令一下，大小太監不拘年齡，只要是能走會動的，一律都被趕上皇城，共得五千閹人。爾後，他又從內庫刮出二十萬兩白銀，一下都賞給了上城的太監。（見《明季北略》第451頁）
三月十八日一早，朱由檢在乾清宮昭仁殿，聚集了大小臣工一夥人，又派人將駙馬都尉鞏永固找了來，跟他研究派家丁護送太子南行的事。鞏永固說：「臣到這時，哪還有家丁？就算身邊有幾個貼己，又怎能擋得了凶焰高漲的賊寇！」朱由檢聽了，不禁對天長歎，淚如泉湧。哭了一陣，他又題了一個朱批給內閣：「命令成國公朱純臣提督內外諸軍事，夾輔東宮。」喚來個小太監，將朱批送出。（見《明季北略》第453頁）
這時天色漸漸地暗下來，朱由檢越覺得心亂如麻。大約已近初更時分，一個小太監跑來報告：內城將陷！朱由檢忽又神經失常地狂喊亂叫：「大營兵安在？李國楨安在？」小太監邊跑邊告訴他：「大營兵散了，李國楨死了（被皇帝斥責後自縊而死），皇上快快逃走！」話還沒有說完，就已經跑出宮外，說什麼也呼叫不回來。
他看看身邊還有個管事的太監王承恩在，就命他派人將周后、袁妃召了來，同時命人傳進一壺御酒。他一連痛飲數杯，慨然歎道：「苦了天下的生民了！」雖悲但卻温和地告訴一后一妃：「大勢去啦！」他命人將太子慈烺（皇帝長子，周后所生，年已十六）、定王慈炯（皇帝第三子，田妃所生，年已十三）和永王慈炤（皇帝第四子，田妃所生）分別送到外戚周、田二氏家。宮人聽說這一聲，與后妃一齊哭了起來。朱由檢一揮手，大聲喝道：「還不快快各自為計！」
皇后頓首泣曰：「妾事陛下十有八年，卒不聽一語（意指南遷），致有今日。」說完，温和而又哀戚地撫慰太子和二王與父皇拜別，叮囑再三，喚來了機靈一點的太監，命將太子、二王領到外家。爾後，她返身回到了坤寧宮，一根黃綾吊死了。
朱由檢知皇后已死，又喚來了長平公主，名徽娖，如花似玉一般，這年已十五歲。公主來到，號哭不已，皇帝長歎數聲道：「你怎麼偏偏生在我家！」說着，左手掩面，右手揮劍，朝公主砍去；公主以手迎擋，「哎喲」一聲被砍殘了左臂，立時昏厥於地。這在這時，昭仁公主也哭着跑進了殿內，他隨手一劍將昭仁砍死。之後，他又跑到西宮，急催袁妃自盡，袁妃結繩無法，落地摔昏，他朝袁妃砍了三劍，手也軟了。就此召來其餘幾個御幸的嬪妃，也都親手殺死了她們。後又派宮人催逼熹宗的后妃們尋死。可憐許多美人，都如得了南柯一夢，一個個魂歸冥府。唯有那千嬌百媚的張皇后，叫她死她不願死，用一件青衣蓋住頭面，走進了成國公朱純臣的家。這是朱由檢所不知道的。（見《明季北略》第455頁）
處理了這一切，朱由檢返回乾清宮，和王承恩邊談邊飲了很久。時已近三更，兩人換上平民的裝束（崇禎初年，朱由檢微服出巡時就用過這身衣服），各騎一匹駿馬，朱由檢手提三眼槍，雜在臨時拼湊來的四十名內丁中間，簇擁着同出東華門。
他們首先來到朝陽門，托言王太監奉旨出城。守門的人讓他們等天明時驗看過了再行。扈從們操器械要奪門，守門人朝他們打了一空炮，迫使他們不得不退回。王承恩知道，成國公朱純臣的家就在齊化門附近，因而一夥人奔到朱純臣府門，不料守門人卻推說：「公爺宴飲未回，不令納客。」不給開門。朱由檢長長地歎了一口氣，又和這夥人來到安定門，門閘堅不可舉。天將破曉，他們繞至後載門，來到英宗復辟前曾住的南宮，並由此登上了萬歲山。在山上徘徊了一個時辰，瞭望皇城內外的烽火，不久又返回了乾清宮。
其時已近五鼓，朱由檢和王承恩兩人來到皇極殿，看看無人，同撞大鐘召集百官，仍無一人來到。無奈，兩人只得遣散了內丁，越過三大殿，旁過乾清宮，進入御花園，啟開玄武門（即今故宮後門），再登萬歲山，稍憩壽皇亭──亦即煤山的紅閣。
壽皇亭為天啟時建，專供魏忠賢陪伴熹宗觀看內操之用。朱由檢坐亭上，有人說他這時想起了明初隨朱允炆出走的程濟（見《明季北略》第455頁：「時上逡巡久之，歎曰：『吾待士亦不薄，今日至此，群臣何無一人相從，如先朝靖難時有程濟其人者乎？』」）──這就屬於編造之詞了。因為，自從他走出玄武門後，除了王承恩外，沒有第二個人跟隨。而他當時就在亭下一棵海棠樹側枝上吊死，王承恩也同時吊死在他的對面。當人們確知他們的死訊，那已是李自成進宮之後了。
三月十九日清晨，陰雲四合，細雨濛濛。太監王相芝打開了廣渠門，率內兵一千人迎接了李自成軍；與此同時，太監曹化淳打開了彰義門，成國公朱純臣打開了齊化門，兵部尚書張縉彥打開了正陽門，而宮內的端門、午門、皇極門則為曹化淳之弟曹二公所開。他們這些人事先都與李自成軍取得了聯繫，此時作為內應，迎接李自成軍。
李自成進宮知皇后已死，詢問皇帝與太子的所在，一時不得而知。於是告示臣民：有獻皇帝者，賞萬金，封伯爵；匿者夷族。
至三月二十一日，李自成坐武英殿理事，忽有小卒來報：已找到明朝皇帝的屍體，現在煤山海棠樹上懸掛。李自成立刻命人取下，以禮相待。人們這才知道，朱由檢當時穿了件白領藍袍，下穿白紬褲，一足着綾襪、紅方紬，一足為跣。袖中留有一份遺書，李自成取來觀看，其上寫道：「朕自登極十有七年，逆賊直逼京師，雖朕薄德匪躬，上幹天咎，然皆諸臣誤朕也。朕死無面目見祖宗於地下，去朕冠冕，以髮覆面，任賊分裂朕屍，無傷百姓一人。」其後又一行小字：「百官俱赴東宮行在。」（見《明季北略》第464頁）可見他至此仍抱恢復的志向。
李自成在殿上歎息了一回，選擇三月二十三日這天，以丹漆梓宮殯皇帝，黝漆梓宮殯皇后，並都給他們穿上帝后的衣服。李自成還特地設了個祭壇，親自到壇拜祭，垂淚而返。至四月初三啟棺出殯，李自成派員騎馬護送，到昌平天壽山田妃的墳上安葬，亦即思陵。送葬這天，不少降臣都來祭拜。這裡有原督輔李建泰、成國公朱純臣、東閣大學士魏藻德、陳演、兵部尚書張縉彥等重臣，當然還有那些守門、監軍的太監們。
朱由檢的事情也就到此為止了。至於他的對手李自成，後於四月二十九日登極於武英殿，第二天即被清兵、吳三桂趕出了北京，退到湖北九宮山被當地武裝打死。朱由檢的三個兒子，太子和定王最初由太監獻給了李自成，後又由李自成轉手給清軍，得從清軍營中逃逸，其後不知去向。有的史料說太子被南都殺死在紹興，定王落水而死，但不能成定論。永王最初藏在民間，後聞長平公主未死，輾轉嫁給原定的老中書周元振之子為妻，他前去投奔，反被周家獻給了清廷，因而遇害。其後不久長平公主也死。唯有一個袁貴妃，當時雖受三劍，只是昏死，醒後也被救出，由太監獻給清廷，清廷將她發到後宮所管的衙門，給宅居住，得以贍養終身。到這時，崇禎皇帝朱由檢的一支人丁已徹底滅絕。後雖有逃到南京的福王朱由崧建立的弘光小朝廷，逃到福建的唐王朱聿鍵建立的隆武小朝廷，逃到兩廣的桂王朱由榔建立的永曆小朝廷等等，但都被清軍逐一攻滅。其間朱由榔歷時最久，前後與清兵相抗十五年，但最終亦被吳三桂擒殺。
後有許多文人作詩歎那明末皇帝的慘死，其間不無哀悼之意。有一位姜曰廣，在天啟、崇禎時都做過官，但都因觸犯權貴而遭罷。後來他在老家南昌起兵反清，兵敗後自投花園水池而死，留下了一首詠嘆崇禎皇帝的古詩：有君美好且宣通，志軼唐虞爭比隆。智辯驚臣謝莫及，宵旰不遑急治功。逢天癉怒日多故，奸相踵繼熒聖聰。因循養亂難救藥，賊氛直逼大明宮。臣甘婢媵死賊手，君死社稷獨正終。慷慨乘龍歸帝所，亘天正氣化長虹。……（見《明季南略》第393頁）
與此相類似的還有張煌言的絕命詩：義幟縱橫二十年，豈知閏統屬于闐。桐江只擊嚴光鼎，震澤難回范蠡船。生比鴻毛猶負國，死留碧血欲支天。忠貞自是人臣事，何必千秋青史傳。（見《張蒼水集》）
這詩是對恢復無望的哀歎。原來，詩作者張煌言是從崇禎末到南明、清初的一個傑出人物，起軍抗清二十年，與鄭成功、李自成舊部等都聯過兵。在與鄭成功聯兵時間，他曾一度收復了蕪湖周圍的四府、三州、二十四縣。後至康熙三年（1664年），他見死灰難以復燃，就遣散了部旅，親率心腹十幾人到浙江普陀落伽山落髮為僧，著書立說。因遭叛徒出賣而被捕，臨刑前寫了四首絕命詩，今僅錄其一，亦可見他用蘸飽了濃情的筆，傾注進半生抗清的熱情，寫出了胸間凜然的正氣。但他怎麼也認識不到，他在二十年間所舉的旗，正是逆潮流而動，其抱負不可能伸展；這也正像那個崇禎皇帝，到頭來還是做了時代的犧牲品。
2006年3月25日星期六
明清皇帝簡史
洪武皇帝
朱元璋出生于濠州（今安徽鳳陽）鐘离東鄉。幼名重八，後正式起名元璋，字國瑞。幼時家境貧困，投于皇覺寺為僧。其時正值元末農民起義風起雲湧之時。至正十二年(1352年)投奔郭子興。不久，返回故里招兵買馬，自成一軍。至正十五年（1355年）韓林兒亳州稱帝，朱元璋被委為左副元帥。第二年三月，率軍攻克集慶（今江蘇南京），改集慶路為應天府，廢除元朝苛政，安定民心。又采納儒士朱升「高築牆、廣積糧、緩稱王」之建議，發展生產，增強實力。龍鳳八年(1363年)，擊敗勁敵陳友諒。第二年正月自立為吳王。龍鳳十一年（1366年）在聲討張士誠檄文中，咒罵紅巾軍「妖言既行，凶謀遂逞」。同年十二月，預謀殺害了韓林兒，次年改年號為吳元年。在次第消滅張士誠、方國珍等割據勢力後，實行南征。相繼征服福建、廣東、廣西。吳元年（1367年）命將北伐中原。在討元檄文中提出「驅逐韃虜，恢復中華，立綱陳紀，救濟斯民。」年底，北伐軍佔據山東。洪武元年（1368年）朱元璋于應天稱帝，國號大明。同年八月，明軍攻克大都（今北京），元朝滅亡。其後逐步統一全國。洪武十一年（1378年）確定以應天為京師，實行一系列加強中央集權、恢復發展社會經濟的措施。實行分封制，將兒孫派駐各戰略要地為王，以「外衛邊陲，內資夾輔」；創建衛所制度，由中央牢牢控制軍事指揮權；廢中書省及丞相，自統六部，以加強皇權；普查戶口，建立黃冊制度，丈量土地，編制魚鱗圖冊，控制全國人力財賦；勸農桑，興修水利，減輕租賦，與民休息；整頓吏治，嚴懲貪官污吏；設錦衣衛，「更置都察院」，頒佈制定大明律，興黨獄，誅殺勛貴功臣，強化專制統治。朱元璋經十餘年戎馬征戰，建立起統一的明王朝後，推行一系列緩和矛盾，強化集權統治的政策，從而為明代社會經濟文化的發展創造了必要的條件。
洪武三十一年，朱元璋死。卒謚聖神文武欽明啟運俊德成功統天大孝高皇帝，廟號太祖。嘉靖間改謚開行道肇紀立極大聖至神仁文義武俊德成功高皇帝。葬南京孝陵。
建文皇帝
朱允炆即位後，崇尚儒家仁政之說，一改朱元璋嚴政苛刑，“專欲以仁政化民”。改定律例，力糾洪武年間冤案、錯案，使其統治期間的囚犯較之洪武年間減少2/3。免除各地拖欠租稅，賑災濟民。令官府為民間賣子為奴者贖身。限製僧道占田數量，餘田均與平民。建文帝采取的這些措施，緩和了社會矛盾，對社會的安定產生了積極作用，一時政通人和。
建文帝繼位時，明開國初期朱元璋分封各地的親王勢力逐漸擴大，一個個凱覦皇權，威脅中央朝廷的統治。一貫仁柔的建文帝迫於無奈，采納黃子澄、齊泰的建議，仿效西漢初年削藩之策，在不到一年時間裡，削奪了5個親王。諸王不甘心就範，特別是早有踐位野心的燕王朱棣(朱元璋第四子)，在作了充分准備後，以誅黃、齊“靖難”為名，用“恢復祖宗舊製”為旗號，起兵反叛，史稱“靖難之役”。建文帝部署兵力，奮力平叛，歷時4年。最終由於有太監作內應，把守京城(南京)金川門的統帥李景隆和谷王朱橞等開門迎敵，燕王兵得入京師。其時，宮中大火衝天，燕王清宮3日，未覓得建文帝屍骨。朱棣一朝，不斷地追尋建文帝下落，始終未得蹤影，終成歷史一謎。一說建文帝被宮中大火燒死；一說建文帝率臣下9人，從宮中地道逃遁後，削發易服為僧，皈依佛門，雲遊天下，不知所終。
其於明代初無謚號，南明弘光年間追崇為惠宗讓皇帝，清乾隆追謚“恭閔惠皇帝”。
永樂皇帝
朱棣，生于元朝至正二十年(1360年)四月十七日，生母為孝慈高皇後馬氏。明洪武三年(1370年)四月封為燕王。受教育于宮廷。洪武十三年(1380年)三月赴封國北平，時年21歲。史載，朱棣智勇有大略，屢次率諸將出征，皆建戰績，頗有威名。
洪武三十一年(1398年)閏五月，太祖病故，因太子朱標先死，由22歲的皇太孫繼位，年號建文。皇太孫朱允炆生長于宮中，喜讀書而統治經驗不足，在齊泰、黃子澄等同謀下，登位不久，即對擁有兵力、對帝位有威脅的諸叔王采取了「削藩」的政策。自即位後三個月開始，不到一年的時間內，竟以各種理由削除了周、湘、齊、代、岷5位藩王。接著又殺燕王護衛頭目2人，并切責燕王，逮燕王府官僚。燕王早有戒備，見大難將臨，乃起兵「靖難」。叔侄間經過3年的征戰，至建文四年(1402年)六月十三日，燕軍進入帝都南京。史載：「此時宮中起火，帝不知所終。燕王遣中使出帝後死于火中，越八日壬申葬之。」又載：「或雲由地道出亡。」此至今仍為疑案。
當月十七日朱棣在南京即皇帝位，殺朱允炆親近大臣齊泰、黃子澄、方孝儒及其族屬等，同時牽連被殺者甚眾。諭令改建文四年為洪武三十五年，次年改元為永樂元年；建文中所改的殿名、門名皆恢復原稱；所更改的成法一律復洪武舊制；所廢罪之官一律平反復職；所削廢諸王概復舊封；立燕王妃徐氏為皇後；改北平為北京；次年立燕王世子朱高熾為皇太子。
朱棣即位後，頗注意與周邊國家建立睦鄰友好關係，禮遇來訪的外國國王和來使，發展貿易，互通有無。并命中官鄭和六次率舟師出使各國，若加宣德年間的一次，共歷三十餘國，對開拓中國與亞非各國的友好貿易往來作出很大貢獻，明時亦稱頌為盛事。
在文化方面，朱棣也做了很多有益的事情。最突出的功績是永樂元年開始，陸續組織了三千多文人編纂了我國歷史上第一部類似現在的百科全書式的大型類書--《永樂大典》。
永樂年間另一偉大建設是肇建北京宮殿。永樂四年(1406年)，朱棣為了鞏固北部邊疆，決定營建北京宮殿，第二年即派員籌辦物料。永樂十五年(1417年)始大規模興建，永樂十八年(1420年)十二月底建成。次年正式把京師從南京遷到北京。
朱棣營建北京宮殿、遷都，不只是為了顯示個人威嚴和享樂，而在很大程度上是為了穩定北部邊疆。元滅後，元順帝及其後裔一直不甘心失敗，不斷侵犯北部邊民。遷都後的當年，朱棣即開始作親征的準備，次年三月出征。自遷都至朱棣死前的55個月的時間里，朱棣3次親征于大漠南北，有24個月都是在軍旅中度過的。雖然他已65歲，且久病風痹，但仍堅持親征于人煙稀少的荒漠中，直到永樂二十二年(1424年)七月死于征途之榆木川。于此亦可見朱棣修建北京宮殿和遷都的初衷。
帝死還京後，葬北京昌平長陵。謚体天弘道高明廣運聖武神功純仁至孝文皇帝。廟號太宗。嘉靖十七年(1538年)改謚曰：啟天弘道高明肇運聖武神功純仁至孝文皇帝。廟號成祖。
洪熙皇帝
朱高熾，明成祖永樂皇帝長子，生母徐皇後為開國元勛徐達之女。朱高熾幼年即讀儒家經書，沉靜好文，在祖父朱元璋時期就粗知儒家治國之道，深受朱元璋的寵愛。洪武二十八年(1395年)被冊封為燕世子。永樂二年(1404年)被立為皇太子。永樂七年（1409年）以後，成祖朱棣因北征和籌劃遷都，常留北京，命太子朱高熾監國，處理國家日常政務。直至永樂十九年（1421年），隨成祖到北京。監國時期的朱高熾，是在父皇多疑，漢王朱高熙、趙王朱高燧二王的陷害中度日的。高熾性格文靜，体弱多病，性格與永樂相左，日而漢王朱高煦因「靖難」有功得到永樂帝的寵愛，永樂帝有易立太子之心，以致父子矛盾日益尖銳。由于有楊士奇等大臣的大力協助，在保衛北平、處理日常政務、處理臣屬關係及皇家父子、兄弟關係諸方面都適宜無錯，加之漢、趙二王奪嫡野心暴露，被永樂貶斥，太子妃張氏和皇孫朱瞻基受到永樂帝的寵信，使朱高熾度過了監國時期的危難。十餘年的監國經歷，使朱高熾認識到社會存在的問題，提高了他的治國能力，為其登極後穩定統治秩序打下了較好的基礎。
永樂二十二年(1424年)七月，永樂帝死于北征歸途。皇太子朱高熾在大學士楊士奇、楊榮和尚書蹇義、夏原吉等支持下即位，次年改年號為洪熙。洪熙帝登極後，順應時代潮流，針對朝政的弊病，采取了減輕民困、調整統治階級內部關係等一系列措施。首先平反冤獄，釋放夏原吉等因諫阻北征而入獄的舊臣，釋放東宮舊臣并復官，而且寬赦建文時代諸臣家屬，有利于維係人心和穩定統治秩序。停罷下西洋寶船及在各地采辦金銀等物，以減輕人民負擔。調整統治機構，提高閣權，使內閣成為協助皇帝決策的重要機構。洪熙還一改永樂時的暴政，他褒獎直言，虛懷納諫，此舉雖然仍有相當的局限性，但與永樂時期相比，已有了很大的進步。
體弱多病的洪熙皇帝，登極後從政僅8個月，就一病不起，于洪熙元年（1425年）五月，死于欽安殿。卒謚敬天体道純誠至德弘文欽武章聖達孝昭皇帝。廟號仁宗。葬北京昌平獻陵。
宣德皇帝
朱瞻基於洪武三十一年（1398年）生於燕王府邸。幼年深得祖父永樂皇帝的寵愛，永樂九年（1441年），永樂皇帝立朱瞻基為皇長孫，巡幸北征皆令其相從，還選用翰林諸臣為其講經史、習政務、增廣見識。不受永樂皇帝信賴的朱高熾被冊立為皇太子，也因朱瞻基受永樂帝寵愛之故。洪熙元年（1425年）五月，朱高熾忽然病危，一夕而死於欽安殿。朱瞻基即位，改元宣德。
宣德帝當政10年，在洪熙帝奠定的基礎上，倚靠重臣楊士奇、楊榮、楊溥“三楊”及尚書蹇義、夏原吉，組成了志在守成的穩健的統治核心。在解決了前朝遺留的問題後，重點轉向治理內政方面。首先平定了漢王高煦之叛。早在永樂十五年（1417年），深得永樂帝寵信的漢王朱高煦奪嫡失敗後，受到永樂帝懲罰，徙封安樂州（今山東惠民）。但他不甘失敗，宣宗少主初立，漢王妄圖重襲“靖難”故事，於宣德元年（1426年）八月舉兵反叛，宣宗在“三楊”等人支持下親征安樂州，平息了反叛，將漢王父子廢為庶人，禁錮京師，鞏固了中央政權。
為休兵養民，宣德帝一改永樂時的討伐政策，主動從交阯撤兵，減輕了人民負擔，節省了大批人力財力，也利於交阯與中國各族人民的交往。
宣德帝清革前弊，整頓統治機構，對那些“貪津不律”、“不達政體”和“老疾”者，予以罷免，實行精簡和裁冗措施，以振朝風。派遣廷臣出任地方知府，而這些通過薦舉和賜敕委派的知府，多為當時最幹練的官員。另外，宣德帝在一些重要省份設置巡撫，主要目的是整理賦稅。
在用人方面，宣德帝限制入仕人數，實行保舉和欠任，目的在於任官得人和責成治效。宣德帝還實行了一些減輕民困的措施，蠲免稅糧、復業流民、賑災救荒等，在穩定明朝統治方面起到了一定的積極作用。
宣德皇帝既是一個有較高文化素質的皇帝，又是一個喜歡射獵、鬥促織和戲遊無度的皇帝。故宮博物院收藏著宣德皇帝的親筆繪畫和反映他射獵、戲遊活動的繪畫，如《武侯高臥圖》、《三陽開泰圖》、《瓜鼠圖》、《射獵圖》（後人定名為《明宣宗射獵圖》）、《行樂圖》（後人定名為《明宣宗行樂圖》）等。
宣德十年（1435年），朱瞻基死於乾清宮，謚號憲天崇道英明神聖欽文昭武寬仁純孝章皇帝。廟號宣宗。葬北京昌平景陵。
正統皇帝
明英宗皇帝朱祁鎮，年號正統，他只活了37歲，於朝政毫無建樹，卻兩度即皇帝位，一度當太上皇。
朱祁鎮即位時，還是個9歲的孩子，朝政實際上是由協助皇帝處理政務的內閣大學士楊士奇、楊溥、楊榮三人主理。“三楊”是永樂、洪熙、宣德三朝老臣，經驗豐富，多謀能斷。他們的輔政，使正統初年基本上繼承了仁、宣時期的各項政策，保持了社會的穩定。但是，隨著“三楊”的謝世和離任，朝政發生了根本的變化，部分大權落到了太監王振手裡。不過幾年，終於釀成了皇帝被俘的震驚朝野的大禍。
太監王振原在太子宮當差，他極善察言觀色，迎奉拍馬，把太子哄得難離他半步。朱祁鎮即帝位後，便把他提拔為宮中地位最高的司禮監太監，替皇帝管理和批閱\所有奏章。王振成了正統皇帝最為信賴之人。
明朝在洪武年間，本來定有嚴格的管束太監的製度，“三楊”主政時，王振還不敢過於囂張，“三楊”去任後，王振下令摘去太祖所立嚴禁太監幹政的鐵牌，開始明目張膽地幹預朝政。滿朝文武尊呼王振“翁父”。
明朝滅元後，蒙古族各部經過幾十年休養生息，逐漸強大起來。其中與明廷關係最為密切的，是一支稱作瓦剌的蒙古部落，已成為明廷最大的邊患。面對日益強大的瓦剌，朝臣多次上疏要求增加軍備，整頓兵製，但都被王振駁回。正統十四年（1449年），瓦剌的主政人太師也先，尋舋發兵，分四路向內地進攻。明廷由於多年軍備廢弛，軍隊不堪一擊，瓦剌軍很快就越過邊塞，引起明廷一片混亂。王振為邀功討寵，不顧軍力疲憊，糧草不足，竟慫恿皇帝率軍親征。結果號稱50多萬的明軍，出征僅一個月，便在北京西北土木堡地方全軍覆沒。王振為部下所殺，御駕親征的正統皇帝，被瓦剌軍生擒，史稱“土木之變”。
“土木之變”後，其弟朱祁鈺繼位，改元景泰，英宗被尊為太上皇。次年被釋歸京，居南宮。景泰八年（1456年）朱祁鈺生病，武清侯石亨、副都御史徐有貞及王振餘黨太監曹吉祥等乘機發動“奪門之變”，英宗再復帝位，改年號天順。後殺害抗擊瓦剌保衛北京有功的大臣於謙等多人，而重用宦官曹吉祥等。
天順八年（1464年）正月崩，遺詔罷宮妃殉葬。謚法天立道仁明誠敬昭文憲武至德廣孝睿皇帝。廟號英宗。葬北京昌平裕陵。
景泰皇帝
朱祁鈺是明朝第七代皇帝。「代宗」的廟號，表明他不過僅是代替他人當皇帝，因被廢為郕王，死後也不能進明帝陵，只葬在京西金山。
朱祁鈺是明宣宗次子，封郕王。正統十四年（1449年），當皇帝親征被瓦剌生俘的消息傳到北京後，朝內外一片驚恐。為安定人心，皇太后下詔，立朱祁鎮二歲的兒子見深為皇太子，又命郕王朱祁鈺為監國，總理國政。朱祁鈺上任後，果斷地懲處了土木之變罪魁王振的黨羽，起用了兵部左侍郎于謙，確立了在朝臣中的威望。京中的局面雖有了些起色，但塞北的瓦剌卻并末受到震攝，反以人質為要挾，不斷侵扰邊境，企圖迫使明廷割地賠款。
面對此情，大臣們紛紛上疏，提出眼下皇帝返國無望，皇太子又太小，只有另立一帝，才可使國家度過這危難之秋。皇太后雖不情願，但也再無良策，只好下旨由郕王即帝位，第二年改年號為景泰，遙尊被也先扣押的正統皇帝為太上皇。
朱祁鈺在國難當頭的危機時刻登極，為中衰的明朝帶來一線希望。當時朝中有人提出南遷議和的投降方案，遭到以于謙為首的主戰大臣的堅決反對。于謙則提出，為防瓦剌長驅深入，應采取積極措施，趕造兵器，趕運糧草，招募兵丁，集合民夫，列營操練，出城守護。對此，朱祁鈺全部采納。就在明朝軍民剛剛做好準備，嚴陣以待時，也先挾持著朱祁鎮，親率數十萬大軍，直逼北京城而來。景泰帝命于謙為統帥，軍民同仇敵愾，初戰告捷，大敗瓦剌軍，取得了北京保衛戰的勝利。
土木之變後，也先萬沒料到俘獲一個正統皇帝，結果又冒出一個景泰皇帝，議和遭到拒絕；此時數十萬大軍已兵臨北京城下，卻又被打得大敗而歸。議和不成，進攻又失敗，只好在將英宗扣壓了一年之後，送還京城。已即位稱帝的朱祁鈺當然不願再讓出帝位。當朱祁鎮返回北京，朱祁鈺與他在東安門執手相泣後，便將他送進南宮軟禁起來。
朱祁鈺在位期間，本來為抗擊瓦剌入侵還做了些好事，但出于確保自己皇位傳承的私心，又做了件大蠢事，即廢祁鎮之子朱見深的皇太子名位，立自己兒子見濟為皇太子，結果招致滿朝大臣甚至自己皇後的反對。景泰八年（1456年）「奪門之變」，英宗復辟，代宗下台。
二天之後，朱祁鈺病亡。原在北京昌平陵區所營壽陵被廢，以親王身份葬京西黑山扈之景泰陵。
成化皇帝
明憲宗成化皇帝朱見深是位糊塗皇帝，他的命運曾幾度起伏。他是明英宗朱祁鎮的長子，最初名朱見浚。正統十四年（1449年），土木之變，英宗被俘，皇太后命立他為皇太子，并立英宗弟朱祁鈺為帝，即明代宗。景泰三年（1452年），代宗廢朱見浚皇太子，改封沂王。天順元年（1457 年）正月，代宗病重，武清侯石亨等發動奪門政變，擁英宗复位，朱見浚重新立為皇太子，并改名見深。代宗廢為郕王，遷居西內，不久去世。8年後英宗去世，太子朱見深即皇帝位，次年改年號成化。
成化初年，憲宗經歷了兩場政治風波，一是河南人劉通、石龍聚眾在房縣(今湖北)造反，短時之內相從者達數萬之眾，憲宗派官軍鎮壓，很快平息，劉通被斬首，石龍逃竄四川；二是大藤峽之亂，憲宗派官軍鎮壓。
憲宗即位之初，恢復了郕王朱祁鈺的帝號，上謚號為景帝，平反了于謙冤案，讓大量被貶逐的正直大臣復職，朝政頗有振興的氣象。但是，好景不長，憲宗漸漸沉迷于神仙、佛道和長壽秘術，縱情聲色之娛和貨利之樂，政務陷入一片迷茫之中。西僧劄巴堅參以陰道秘術得寵，封為弘妙大悟法王。廣建齋醮，隨意內批授官，中官傳旨動輒百余人，稱為傳奉官。寵信術士和宦官，因而宦官汪直受寵，負責秘密偵伺的內廷機構西廠，搞得天下雞犬不寧。寵幸長自已17歲的侍女萬貴妃，大批賢能之士或貶逐或罷官或去世，到成化十年（1474年），朝中難有直臣容身。
成化二十一年（1485年）正月，吏科給事中李俊上書憲宗，直陳時政六弊，措辭十分激烈。憲宗被迫免術士李孜省之職，但對進諫大臣耿耿于懷，密書60余人姓名于牆壁，尋找時機貶逐。
政治昏暗，奸臣當道，西廠橫行不法，王室奢侈而官吏貪污盤剝，加上連年的水、旱災，人民處于飢寒交迫、水深火熱之中。
成化二十三年八月，憲宗在位24年後去世，時年41歲，謚繼天凝道誠明仁敬崇文肅武宏德聖孝純皇帝。廟號憲宗。葬北京昌平茂陵。
弘治皇帝
明孝宗朱祐樘是明代中期的一位仁君。他的童年生活卻非常不幸。他的母親紀氏是廣西紀姓土司的女兒，紀姓叛亂平息後，少女紀氏被帶到皇宮。紀氏端莊、聰慧，被選送內書堂學習，然後被派充內廷書室看護藏書。憲宗朱見深常到書室看書，對紀氏很滿意，一次臨幸，紀氏懷孕。當時宮中最受寵的是年長憲宗17歲的萬貴妃，她恃寵而驕，為所欲為。將所有妃嬪視為眼中釘。幸而有好心的宮女照應，紀氏在冷宮中生下皇子朱祐樘，一直偷偷地養到5歲。人到中年的憲宗一次為子嗣憂心時，才第一次見到自已那胎髮尚未剪、拖至地面的瘦弱的兒子。憲宗不禁淚\流滿面。第二年，朱祐樘被冊立為太子，接著紀氏暴亡。
朱祐樘18歲時即皇帝位，年號弘治。在位期間，推行了一套明智的政治措施。整頓吏治：凡是憲宗親信的佞幸之臣一律斥逐。於是吏部尚書萬安、禮部侍郎李孜省、僧人繼曉等，或殺、或貶，逐出京師；獲罪較輕的或貶官放逐、或流放邊地、或孝陵司香。大量起用正直賢能之士。同時，更定律製，復議鹽法，革廢一應弊政，政治清明，朝野稱頌，人稱弘治中興。
孝宗在內政治道上最主要的措施是大力興修水利，發展農業，繁榮經濟。弘治二年（1489年）五月，開封黃河決口，孝宗命戶部左侍郎白昂領5萬人修治。弘治五年（1492年），蘇松河道淤塞，泛濫成災。孝宗命工部侍郎徐貫主持治理，歷時近三年方告完成。從此，蘇松消除了水患，再度成為魚米之鄉。
孝宗在位18年間，吏治清明，任賢使能，抑製官宦，勤於務政，倡導節約，與民休息，是明代歷史上少有的經濟繁榮、人民安居樂業的和平時期。但孝宗疏於武備，在軍事上無所建樹，對於北部邊患沒有采取什么\強有力的措施。
明孝宗是中國歷史上一位罕見的對女色一生淡泊的皇帝，後宮中只有一位皇後張氏，恩愛和諧如民間夫婦，別無其他嬪妃。
由於先天體弱，孝宗36歲時死於乾清宮。尊謚建天明道誠純中正聖文神武至仁大德敬皇帝。廟號孝宗，葬北京昌平泰陵。
正德皇帝
明武宗朱厚照是位頑童皇帝。
他只活了31年，但給歷史卻留下了三大疑團：一是他的身世之謎，二是他只想做大將軍而不願做皇帝，三是縱情玩樂至死。
正德帝在位期間，寵信曾在太子宮侍奉過他的太監劉瑾等八人，日夜與之尋歡作樂，人稱劉瑾八人為「八虎」。大學士劉鍵等人力主誅殺「八虎」，以振朝綱。朱厚照卻偏袒「八虎」，委劉瑾執掌司禮監、錦衣衛、東廠，正直的大臣動輒遭到清洗，朝政一片黑暗。朱厚照先後任用劉瑾、錢寧、江彬等寵臣。他不想做皇帝，只願做大將軍，將政務盡委寵臣，自已帶近侍和親兵出宮巡游，自稱威武大將軍、太師、鎮國公朱壽，還令大臣以大將軍朱壽的名義發佈命令，在劉瑾的淫威下，大臣們對此怪事敢怒不敢言。
朱厚照的精力十分旺盛，終日醉心于聲色犬馬之樂。他不滿紫禁城的莊嚴肅穆，即位不久，下令在西苑太液池西岸營建一片宮區，稱為豹\房，又稱新宅。豹\房建築結構十分複雜，上下兩層，密室勾連。朱厚照在這里廣召美女、樂使、僧、道、術士，縱情玩樂，動輒數十天甚至幾個月不回紫禁城。朱厚照還將邊關四鎮守軍調入御苑，在豹\房操場演戰陣，人稱「外四家軍」。
明武宗是明代歷史上最為荒唐的皇帝之一。他最初信用「八虎」，終日醉心于淫樂，政治黑暗，奸黨橫行，忠良正直之士仵逐殆盡，以致王朝反叛四起。安化王、寧王相繼造反。
正德十五年，朱厚照在南巡游樂中翻船落水，回北京後于第二年三月死于豹\房。謚承天達道英肅睿哲昭德顯功弘文思孝毅皇帝。廟號武宗。葬北京昌平康陵。
嘉靖皇帝
嘉靖皇帝于明正德二年(1507年)出生于藩國安陸(今湖北鐘祥縣)。因正德皇帝無子，按其遺旨，由首輔楊廷和與張太后選定正德皇帝的堂弟朱厚熜入承大統，于正德十六年(1521年)四月二十二日即皇帝位，以次年為嘉靖元年，時年15歲。
朱厚熜是興王朱祐杬的獨子，母興王妃蔣氏。朱厚熜幼時聰敏，興王親授書史，通《孝經》、《大學》及修身齊家治國之道，重禮節，遇事有主見。其母子入宮前與禮部已有兩次爭議。即位後，在如何尊崇其父母的問題上與禮部及眾多朝臣又發生衝突，史稱「大禮議」，經過兩年多的爭辯，最後以君權的高壓結束，朱厚熜的意願終于得以實現。這些事充分顯露出了朱厚熜少年時即剛愎自用、專橫暴虐的性格。
朱厚熜初承大統時，對國事尚有所作為，除采取了歷代新君例行的大赦、蠲免、減貢、賑災等措施外，還扭轉了正統以來形成的內監擅權、敗壞朝政的局面，并曾下令清理莊田，「不問皇親勢要，凡系冒濫請乞及額外多占者悉還之于民」等。但這種善政并沒有保持多久，一年以後，即有「十漸」等奏疏出現。特別是經「壬寅宮變」幸得未死，他被嚇得失魂落魄，躲在西苑，設醺煉丹，迷信幾個道士的邪說，養生修道，二十餘年不敢回大內，置朝政于不顧，使貪贓枉法的首輔嚴嵩橫行亂政20年，形成北方蒙古侵扰不斷，有識的官員不能為國出力，甚至慘遭屠戮。另在宮內外興建大量宮殿廟宇，加重百姓的負擔，使得國家財政危機愈益深重。
嘉靖四十五年(1566年)卒，謚欽天履道英毅聖神宣文廣武洪仁大孝肅皇帝。廟號世宗。葬北京昌平永陵。
隆慶皇帝
朱載垕生于嘉靖十六年(1537年)，因生母杜康妃失寵，又非長子，很少得到父愛。嘉靖三十二年（1553年），剛滿16歲的朱載垕就出居裕王邸，開始了獨立生活。在裕王邸13年的生活，使朱載垕較多地接触到社會生活各方面，了解到明王朝的各種矛盾和危機，特別是嚴嵩專政，朝綱頹廢，官吏腐敗，「南倭北虜」之患，民不聊生之苦，內憂外患使他關心朝局，對他登極後處理政務有著較大的影響。
嘉靖四十五年（1566年），嘉靖帝朱厚熜死，朱載垕登極後，年號隆慶。隆慶帝首先倚靠高拱、陳以勤、張居正等大臣的鼎力相助，實行革弊施新的政策。
革弊即平反冤獄，宣佈「自正德十六年（1521年）以後，至嘉靖四十五年（1566年）十二月以前，諫言得罪諸臣」，「存者召用，沒者恤錄」。其中就有海瑞獲釋出獄，恢復官職。并罷除一切齋醮，撤西苑內大高玄殿、國明等閣、玉熙等宮及諸亭台齋醮所立匾額，停止因齋醮而開徵的加派及部分織造、采買。
施新，即「正士習、糾官邪、安民生、足國用。」所謂「正士習、糾官邪」，就是整治吏治。隆慶帝加強對官吏的考察，即使一般不予考察的王府官員也在考察之列。對于廉政官員給予獎賞和提拔，對于貪官罷免官職，對于「贓多跡著者部院列其罪狀，奏聞處治」。所謂「安民生、足國用」，即蠲免救濟，減少百姓災後的痛苦。抑止土地兼并，一方面限田，制定了勛戚宗室依世次遞減制度，另方面清田，清查詭寄、花分錢糧和皇室勛戚田莊。
隆慶帝還采取恤商與開關政策，減輕商人的負擔。明朝曾多次頒佈禁止百姓私自下海的命令，而隆慶帝頒佈大開關禁，使明朝對外政策發生重大變化，海外貿易也出現了新局面。同時，隆慶帝也加強軍隊的訓練，鞏固邊防。緩解與北方蒙古族的矛盾，開展互市貿易，使北方漢、蒙人民有了安定的生活環境。隆慶時期這些作為都是超過前朝的。
隆慶皇帝在位僅6年，死于乾清宮。卒謚契天隆道淵懿寬仁顯文光武純德弘孝莊皇帝。廟號穆宗。葬北京昌平昭陵。
萬曆皇帝
朱翊鈞生于嘉靖四十二年（1563年），生母李貴妃原為裕邸宮女，隆慶元年（1567年）封為貴妃。隆慶二年（1568年），朱翊鈞被冊立為皇太子，隆慶六年（1572年）即皇帝位，改元萬曆。
萬曆初年，得內閣首輔張居正的鼎力輔佐。張居正一方面指導萬曆帝讀書，為他安排周詳的課程，選拔有素養的大臣主持教學，培養其治國安邦的本領；另一方面就是輔政。在內政方面，提出了「尊主權，課吏職，行賞罰，一號令」，推行考成法，裁撤政府機構中的冗官冗員，整頓郵傳和銓政。經濟上，清丈全國土地，抑制豪強地主，改革賦役制度，推行一條鞭法，減輕農民負擔。軍事上，加強武備整飭，平定西南騷亂，重用抗倭名將戚繼光總理薊、昌、保三鎮練兵，使邊境晏然。萬曆初年呈現出明代中葉以來最好形勢。
張居正去官之後，萬曆帝獨掌政權，卻從此走上了衰敗之路。他怠于臨政，廢除經筵，朝夕宴飲，甚至郊廟祭祀都委人代行，終日沉湎酒色之中
萬曆帝是個貪婪的君主，他和皇室大肆侵佔土地，以采木、燒造、織造、采辦為名搜刮民財。萬曆十九年（1591年），僅景德鎮御窯廠燒造的瓷器就達23萬多件。他派遣宦官為礦監稅使，盤剝工商，引發了百姓的抗稅鬥爭。萬曆帝又廢除考成法，形成了皇帝黷貨、臣下貪污、黨爭激烈的狀況。
萬曆皇帝的腐敗招致國庫空虛，邊關危機。對明王朝形成最大威脅的是東北後金的崛起。滿洲建州左衛指揮努爾哈赤襲其祖父覺昌安、父塔克也之職，多次朝貢萬曆皇帝，取得其信任，官至龍虎將軍。努爾哈赤以30年時間統一了滿洲女真各部落，并于萬曆四十四年（1616年）建立了後金政權，形成了與明王朝相對立的地方政權。萬曆四十六年（1618年），努爾哈赤以「七大恨」告天，聲稱為祖、父報仇，率先向明王朝進攻。萬曆皇帝起用熊廷弼經略遼東，但熊廷弼在朝內受到昏庸官僚的排擠，加之內庫金銀屯積，又加派遼餉，民不聊生，階級矛盾激化，明王朝滅亡的危機已然形成，是以後人評論：「明之亡，實亡于神宗」。
萬曆四十八年（1620年），萬曆去世，葬在他生前耗銀八百萬兩修建的北京昌平定陵。謚范天合道哲肅敦簡光文章武安仁止孝顯皇帝。廟號神宗。
泰昌皇帝
朱常洛生于萬歷十年（1582年），生母恭妃王氏原為慈聖皇太后的宮女，因與萬歷皇帝有幸而生長子朱常洛，被冊封為恭妃。因母出身卑賤，朱常洛得不到父愛，直至萬歷二十九年（1601年），在朝臣的極力諫爭和慈聖皇太后的支持下，被冊立為皇太子。萬歷四十三年（1615年），又有梃擊事件發生，男子張差與內監勾結，闖入皇太子朱常洛居住的慈慶宮。梃擊案究竟是否為陷害太子，成為明宮疑案之一。
萬歷四十八年（1620年），萬歷皇帝死去，朱常洛登極，年號泰昌。朱常洛登極後，面臨著其父朱翊鈞遺留下的嚴峻形勢，朝綱腐敗，經濟凋落，宮內糾紛無休無止，軍力日衰，邊疆吃緊，後金崛起，封疆殘破，大明王朝的江山搖搖欲墜。而体弱、孤僻、壓抑而又好色的朱常洛又無力挽回即將崩潰的局面。
泰昌帝登極後，朝內黨爭和宮闈糾紛更為尖銳，先後發生了「移宮案」和「紅丸案」。萬歷帝死後，貴妃鄭氏仍居乾清宮，以獻美姬爭當皇太后，皇太子登極後卻不能在乾清宮居住。泰昌帝寵妃李選侍挾持皇太子于乾清宮，力爭皇後寶座。在以東林黨人為主力的朝臣的強大壓力下，才迫使鄭貴妃、李選侍移出乾清宮。新皇帝朱常洛進住乾清宮後，每日沉于酒色，登極無幾日，就一病不起。鴻臚寺丞李可灼呈進二丸仙丹，朱常洛服用後于次日晨死去，引起了「紅丸」之爭。
泰昌帝做皇帝僅一個月，史稱「一月天子」。此時萬歷皇帝尸棺尚未埋葬，泰昌帝地宮也不可能在短期內速成。無耐之下，就在原北京昌平景泰陵的廢址上重建新陵，天啟元年（1621年）三月重新修繕，八月完工，九月入葬，名為慶陵。慶陵中陪葬的有孝元、孝和、孝純三個皇後。卒謚崇天契道英睿恭純憲文景武淵仁懿孝貞皇帝。廟號光宗。
天啟皇帝
朱由校在位期間，由于以國家為兒戲，致使客氏與魏忠賢專權，任他們製造「乙丑詔獄」、「丙寅詔獄」等冤獄，殘酷迫害企圖改良明朝政治的東林黨人。魏忠賢閹黨對東林黨人的迫害不斷激起民變。
其時，國內各種社會矛盾激化。主要憂患來自遼東後金對明王朝的威脅。熹宗聽信讒言，不辨是非，即位後罷免「有膽知兵」的遼東經略熊廷弼，致使後金攻陷瀋陽、遼陽，遼東局勢日趨嚴峻。天啟元年(1621年)三月，為穩定遼東，不得不再次起用熊廷弼為遼東經略。熊廷弼根據遼東實際情況，制定了三方佈置策。而掌握遼東實際兵權的巡撫王化貞，卻不顧當時敵強我弱、容易被各個擊破的危險，力主分兵把守，全面進攻。熹宗優柔寡斷，沒有主見，不對經、撫之爭作出合理決斷，以致後金軍采取各個擊破的策略，攻陷廣寧及其周圍40 余城。在閹黨策劃下，熹宗殺了堅持正確方略的熊廷弼，忠臣良將孫承宗、袁崇煥亦遭猜忌，被革職，遼東戰局陷于重重危機。
朱由校的性格荒唐怪異，以「倡優聲伎，狗馬射獵」為樂。喜機巧水戲，創演水傀儡戲。與宦官同演《宋太祖雪夜訪趙普》。好油漆木工，房屋營造。選武閹三千，于紫禁城內開內操取樂。一生重用閹黨禍國殃民，耽于逸樂，無心朝政。天啟七年(1627年)五月，因划船嬉戲，溺水獲疾。後雖痊愈，仍沉緬于聲色犬馬之中，整日困倦無力，狂躁不安，飲「仙方靈露飲」，以求長生。結果全身浮腫，臥床不起，一命歸天。終其一生，在位七年，「婦寺竊權，濫賞淫刑，忠良慘禍，億兆离心，雖欲不亡，何可得哉？」
卒謚達天禪道敦孝篤友張文襄武靖穆莊勤悊皇帝。廟號熹宗。葬北京昌平德陵。
崇禎皇帝
朱由檢受遺命繼承皇位。面對危機四伏的政局，殷殷求治。每逢經筵，恭聽闡釋經典，毫無倦意，召對廷臣，探求治國方策。勤於政務，事必躬親。與前兩朝相較，朝政有了明顯改觀。清除閹黨，整頓吏治是其革新朝政的重要舉措。天啟七年十一月，在鏟除魏忠賢羽翼使其孤立後，復將其貶謫鳳陽，旋下令逮治。在其自縊而死後，下令磔屍於河間。此後，將閹黨二百六十餘人，或處死，或遣戍，或禁錮終身，使氣焰囂張的閹黨受到致命打擊。同時，平反冤獄，起復天啟年間被罷黜官員。全面考核官員，禁朋黨，力戒廷臣交結宦官。整飭邊政，以袁崇煥為兵部尚書，賜尚方劍，托付其收復全遼重任。
他求治心切，很想有所作為。但因矛盾叢集、積弊深重，無法在短期內使政局根本好轉。朱由檢性剛愎自用，急躁多疑，又急於求成，因此在朝政中屢鑄大錯。因對外廷大臣不滿，在清除魏忠賢為首的閹黨後，又重用另一批宦官。給予宦官行使監軍和提督京營大權。大批宦官被派往地方重鎮，凌駕於地方督撫之上。甚至派宦官總理戶、工二部，而將戶、工部尚書擱置一旁，致使宦官權力日益膨脹，統治集團矛盾日益加劇。在與後金戰爭的緊要關頭，中後金反間計，冤殺袁崇煥，使遼東防衛幾近崩潰。無奈中，他不斷反省，四下罪己詔，減膳撤樂，又在宮中設壇，祈求上天降福消災。在對天帝及各類神僊失望之餘，一度對天主教產生興趣，召外國傳教士入宮講解教義。崇禎十七年(1644年)，明王朝面臨沒頂之災。明軍在與農民起義軍和清軍的戰鬥中，屢戰屢敗，已完全喪失戰鬥力。三月十七日，農民起義軍圍攻京城。十八日晚，崇禎帝於絕望中殘酷地手刃妃嬪、公主，逃生不得後，於十九日凌晨，當北京內城被起義軍攻陷時，自縊於煤山(今景山)壽皇亭。明朝滅亡。
崇禎帝卒後，南明弘光年間謚思宗烈皇帝。廟號思宗，後改為毅宗。清改為莊烈愍皇帝。廟號懷宗。葬北京昌平思陵。
努爾哈赤
努爾哈赤出生在建州左衛之家。祖先有多人受明廷冊封，其本人歷任明朝建州左衛指揮使、都督僉事、都督等職，深得明廷信任。青年時，采松子、挖人參到撫順馬市售賣。後投明遼東守將李成梁，「每戰必先登，屢立戰功，成梁厚待之。」他對遼東漢區有較深了解，受漢文化一定影響。
明萬歷十一年(1583年)，被明廷任命為建州左衛(今遼寧新賓境)都指揮使。同年，以祖、父遺甲十三副起兵，對建州女真各部展開了兼并戰爭。他采取「恩威并行」、「順者以德服，逆者以兵臨」的方針，歷時10年，統一了建州各部。明萬歷十七年(1589年)，受封為都督僉事、龍虎將軍。其後，經過20余年征伐，統一了松花江流域和長白山以北的諸部女真。在統一戰爭中，將女真各部遷至渾河流域。為適應當時政治、經濟需要，建立了軍政合一的八旗制度。設議政王大臣，與八旗旗主共議朝政，形成政治、軍事的中樞決策機構。命人以蒙古文字與女真語音結合，創制滿文。隨著軍事力量的日益強大，另立國號的時機成熟。萬歷四十四年(1616年)，于赫圖阿拉(今遼寧新賓西南)建立「大金」國(後金)，自立為汗，建元天命，設官建署。天命三年(1618年)起兵反明。在薩爾滸之戰中，采取集中兵力、各個擊破的作戰原則，大敗明軍，勢力進入遼河流域。在相繼攻克瀋陽、遼陽和遼河以東七十餘城後，于天命六年(1621年)遷都遼陽。天命十年(1625年)遷都瀋陽，占領了遼東大部地區。次年，揮軍進攻寧遠(今遼寧興城)。時寧遠明守軍僅一萬余人。守將袁崇煥激勵將士，誓守孤城。努爾哈赤勸降不果，命奮力攻城。激戰中，努爾哈赤被明軍炮火擊傷。在撤圍敗退瀋陽途中，患痛疽病死。
卒後初謚承天廣運聖德神功肇紀立極仁孝武皇帝，後累次加謚為承天廣運聖德神功肇紀立極仁孝睿武端毅欽安弘文定業高皇帝。廟號太祖。葬瀋陽福陵。
皇太極
皇太極于天命元年（1616年）封和碩貝勒。繼位後，順應歷史發展趨勢，促進了後金政權的封建化進程。他派人丈量土地，將「各處余地」歸公，發給民戶耕種，不許\旗主、貴族再立莊田。又把原來每13名壯丁編為一莊改為每8名壯丁編為一莊，「其余漢人，分屯別居，編為民戶。」并下令編審壯丁，解放部分奴婢為編民。這些措施，使滿族貴族的特權受到一定制約，有利于發展農業生產。他極力學習漢族文化，命儒臣翻譯漢字書籍。
天聰六年（1362年）正月，廢除「與三大貝勒，俱南面坐」，共理朝政的舊制，改為自己「南面獨坐」，突出汗位獨尊地位。繼而尋機削除異已，鏟除了威脅汗位的三大貝勒勢力，使汗權得到鞏固。仿明制，設內三院，六部，「停王貝勒領部院事」，獨主政務。又設都察院和理藩院，建立起一套較為完備的國家機構。集中了汗權，加強了專制統治。
為了擴大兵源，創立了漢軍八旗和蒙古八旗。命人在老滿文的基礎上增加圈點，將老滿文改造成新滿文。為了聯絡蒙古和西藏，大力扶植和宣揚喇嘛教。
他決意承襲父志，入主中原取代明朝統治。在即位後「邦家未固」時，一方面對明廷采取議和策略，同時又屢次入關，擄掠漢地大批人畜、財物。
為解除後顧之憂，兩次出兵朝鮮，統一蒙古和黑龍江流域。在鞏固了內部統治，并基本上消除了來自朝鮮和內蒙的威脅後，于天聰十年（1636年）五月，稱帝，定國號「大清」，改元崇德，改女真為滿洲。其後將主要兵力用于對明戰爭。崇德五年（1640年），指揮清軍取得松錦大捷，殲滅明軍五萬余人。在降服松山、錦州後，清軍占領了除寧遠外的明朝關外全部城鎮。崇德七年（1642年），再次遣軍入關，連破遠至山東的八十餘城。
崇德八年（1643年）九月，猝死。卒謚應天興國弘德彰武寬溫仁聖睿孝文皇帝，後累加謚為應天興國弘德彰武寬溫仁聖睿孝敬敏昭定隆道顯功文皇帝，廟號太宗。葬瀋陽昭陵。
順治皇帝
崇德八年（1643年）八月，盛京皇宮中發生了一件大事：太宗皇帝在端坐中突然無疾而終！經過一番兵戎相持的較量，太宗皇太極第九子福臨，在叔父攝政睿親王多爾袞輔佐下即了帝位，改元順治，并于順治元年（1644年）九月由瀋陽進京，在太和門舉行了登極大典，成為清入關後的第一位皇帝。
6歲登上王位的福臨是在多智多勇又獨斷專行的叔父多爾袞與深明大義的寡母孝莊文皇後教導之下成長起來的皇帝。多爾袞攝政7年間，清廷在以武力統一全國的過程中，發兵追剿李自成、張獻忠的農民起義軍和南明抗清勢力，推行剃髮易服、圈地等民族高壓政策。多爾袞病逝後，順治開始擺\脫傀儡地位，對多爾袞實行了削除封號爵位、罷撤廟享謚號、籍沒家財等身後懲處。為加強皇權，他廢除了諸王貝勒管理各部事務的舊例，又采取了停止圈地，放寬逃人法等一系列緩和民族矛盾的措施。盡管順治很想有番作為，也頗為中原文化所吸引，但終因他周圍尚未形成一支以他為主導的強有力的政治勢力，致使他在與朝中反對漢化的勛舊大臣的較量中敗下陣來。
政治上的失意，使順治帝沉緬于與其弟媳董鄂氏的愛情之中。隨著與佛教高僧木陳忞等人的交往，他產生了遁入空門的思想。當他摯愛的皇貴妃董鄂氏死後，他的精神支柱完全崩潰，健康狀況每況愈下，24歲時又染上天花，很快便撒手人寰。
順治帝在位不足18年。卒謚体天隆運定統建極英睿欽文顯武大德弘功聖仁純孝章皇帝。廟號世祖。骨灰葬河北遵化清東陵「孝陵」。
康熙皇帝
清聖祖康熙皇帝玄燁，是18世紀前後中國出現的一位偉大的封建君主。就像他治理了61年的中國是個多民族國家一樣，他本人就是滿蒙漢三個民族的血緣與文化的傑作。
玄燁的生母孝康章皇後佟佳氏，自幼被收養宮中，其祖父佟養性，早年降清，後來成為清廷高級官員，佟佳氏實際上是帶著漢族人的習俗與觀念進入宮廷的；14歲時，她為順治帝生下了皇三子玄燁。當玄燁在清初滿蒙漢文化相雜糅的宮廷中長到8歲時，18年前曾出現過的那幕皇權突然虛位以待的戲劇，再度上演，皇父突然患天花死去。當時清朝還沒有確立傳位制度，何況順治死時才24歲，病前更不會考慮傳位之事。僅僅是由于玄燁曾患過天花，具備免疫能力這個偶然因素，在與清廷關係密切的德國傳教士湯若望的建議和孝莊皇太后的支持下，小小的玄燁登上了皇位，改年號為「康熙」。順治臨終前，遺命索尼、鰲拜、遏必隆、蘇克薩哈4位老臣為輔政大臣。
玄燁是個天份極高、堅韌頑強的少年，即位後每日讀書長達數個時辰，以至學習過苦而嘔血。16歲時，他以智慧和勇氣設計鏟除了專權跋扈的輔臣鰲拜，將皇權把握在自己手中。從此，他以超群的膽識和兼容并包的胸懷，開始治理被戰爭和鰲拜圈換土地的倒退政策破壞得傷痕累累的大地。
在康熙統治期間，解決了長達8年的吳三桂等三藩的分裂戰爭，收復了被鄭經割據多年的台灣，驅逐了佔據我國黑龍江地區的沙俄勢力，簽訂《中俄尼布楚條約》，確定中俄東段邊界；同時，又以出征蒙藏，平定准噶爾部蒙古貴族分裂勢力的動亂，建立會盟制度和避暑山莊外藩朝覲制等，加強了多民族國家的穩定。在經濟和文化建設上，康熙也創下對後世產生積極影響的重大業績，如治理黃淮河流，獎勵墾荒，蠲免賦稅，實行 「滋生人丁，永不加賦」等鼓勵經濟發展的政策；編纂《明史》、《全唐詩》等；在所有的文化活動中，最有特色的是他本人對西方科技的學習，他是中國古代唯一懂得天文、數學、地理等自然科學的皇帝。晚年因選擇繼承人失誤，兩度廢立皇太子，造成長達20余年的諸皇子為奪儲位的結黨爭鬥，致使吏治懈怠，朝中黨派林立，官場腐敗之風頗盛，直接影響到社會的安定。
康熙六十一年十一月十三日病死于暢春園。謚合天弘運文武睿哲恭儉寬裕孝敬誠信中和恭德大成仁皇帝。廟號聖祖。葬河北遵化清東陵「景陵」。
雍正皇帝
康熙六十一年(1722年)嚴冬，在一片流言四起，蕭殺恐怖的氣氛中，康熙皇帝第四子胤禛登上了皇位。
胤禛是孝恭仁皇後烏雅氏所生之子，他於康熙三十七年（1698年）被封為貝勒，四十八年（1709年）晉封雍親王。此間諸皇子為謀求儲位，各結私黨，勾心鬥角極為激烈。生性孤僻的胤禛，併未因其性格弱點而遠離朝政，反而采取表面竭盡孝心，暗地結交朝臣與江湖術士的隱蔽手法，搏取了父皇的好感。最後，他內倚理藩院尚書隆科多的特殊地位，外借四川總督年羹堯的兵力，在隆科多宣讀的康熙皇帝“傳位於皇四子”遺詔的安排下，繼承了皇位，次年改年號雍正。
胤禛雖然即了帝位，但以皇八子為首的當年爭奪儲位的勁敵，併不甘心自己的失敗，他們散布流言，製造事端，以發泄憤懣之情，動搖剛剛易主的皇權。雍正對他們分化瓦解，撤職監禁，予以嚴厲打擊。為表明繼位的合法性，雍正以極為隆重的喪禮，將聖祖葬入景陵，使其成為清代第一位土葬的皇帝。他又以不忍動用先皇遺物為由，將清帝處理政務之所，從乾清宮移至養心殿，養心殿從此而成為清廷的政務中心。在整肅皇族中反對派的同時，對當年的功臣、即位後的心腹之患--隆科多和年羹堯，雍正也毫不手軟，以“居功自傲，蔑視皇權”為由，施以削權、調任、抄家、遣戍，直至處決的嚴酷懲罰。
雍正在位13年，對清廷機構和吏治，做了一繫列改革。如為加強對西南少數民族的統治，實行改土歸流、耗羡銀歸公，建立養廉銀製度等。特別是雍正七年（1729年）在出兵青海，平定羅卜藏丹津叛亂後，為提高軍務效率，在離養心殿百步之遙的隆宗門內設立軍機處，更是鑄就了沿襲至清末的帝後獨攬軍政要務的集權模式。有鑒於康熙朝諸皇子爭儲位的慘痛教訓，雍正創立秘密建儲製，即將已選定的儲君姓名，寫好密藏匣內，再置於乾清宮“正大光明”匾後，以備不測。這一製度，有助於以後乾嘉道咸幾朝皇權的順利過渡。
雍正十三年（1735年）八月，胤禛因迷信道士，服用丹丸過度死於圓明園。卒謚敬天昌運建中表正文武英明寬仁信毅睿聖大孝至誠憲皇帝。廟號世宗。葬河北易縣清西陵“泰陵”。
乾隆皇帝
弘曆是雍正帝第四子，於康熙五十年（1711年）生於雍親王府。雍正十三年（1735年）即位，年號乾隆。
弘曆幼年天資聰穎，頗受皇祖康熙帝寵愛，曾為其慎擇良師，進行多方面教育。雍正元年（1723年）被密立為太子，十一年封為和碩寶親王，開始參預軍國要務。
雍正十三年（1735年），雍正帝去世，弘曆即位。由此，他站到了當時中國社會的至高點，開始施展其“文治武功”。乾隆帝的“文治”表現於他在政治、經濟上的作為和文化上的貢獻。
乾隆帝即位後，政治上矯其祖寬父嚴之弊，實行“寬嚴相濟”之策，整頓吏治，厘定各項典章製度，優待士人，安撫雍正朝受打擊之宗室。經濟上獎勵墾荒，興修水利，全國呈現出一派繁榮昌盛之勢。從乾隆初年至中期左右，是乾隆帝政治生命中最有活力，備受後人稱頌的時期。後期倚重於敏中、和珅，尤其寵信貪官和珅，加之乾隆帝本人年事已高，致使吏治敗壞，弊政叢出，貪污盛行，使乾隆帝輝煌的一生罩上了陰影。
乾隆帝儒雅風流，一生著文吟詩，其詩作竟達四萬二千餘首，幾與《全唐詩》相埒。又重視文物典籍的收藏與整理，令將內府珍藏編成《石渠寶笈》、《西清古鑒》等。乾隆帝最突出的文化成就是在全國範圍內徵集圖書，編纂巨帙《四庫全書》。然而與此相悖的是他大興文字獄，焚毀中國歷史上許\多重要文化典籍，使其“文治”黯然失色。
乾隆帝還曾六下江南，六蒞五臺，奠孔林等，數十次木蘭秋 ，多次於避暑山莊宴見西北邊疆少數民族首領，這些舉措對發展經濟、鞏固統治、安定邊疆產生了重要作用。但乾隆帝的視角還僅限於中國本土，對同時期已經蓬勃發展的歐洲各國的科學文化尚無足夠的認識。
乾隆帝的“武功”主要是對邊疆的戰事，雖有勝有負，有義與不義，然而他皆自詡為“十全武功”。
乾隆帝執政60年後，雖禪位與其子顒琰，但又以太上皇的身份進行了3年統治。他不僅是中國歷代帝王中壽命最長的皇帝，而且也是實際執政時間最久的皇帝。
嘉慶四年（1799年），乾隆帝去世。卒謚天隆運至誠先覺體元立極敷文奮武孝慈神聖純皇帝。廟號高宗。葬河北遵化清東陵之裕陵。
嘉慶皇帝
顒琰于乾隆三十八年(1773年)被密建為皇儲。乾隆五十四年(1789年)被封為嘉親王。乾隆六十年(1795年)九月，被正式宣佈立為皇太子。第二年正月初一日，受乾隆帝禪位即帝位。其後，朝政仍被太上皇乾隆帝控制，顒琰暫時居住在毓慶宮。嘉慶四年(1799年)正月，乾隆帝死後，開始親政。面對乾隆末年危機四伏的政局，嘉慶帝打出「咸與維新」的旗號，整飭內政，整肅綱紀。誅殺權臣和珅，罷黜、囚禁和坤親信死黨。詔求直言，廣開言路，祛邪扶正，褒獎起復乾隆朝以言獲罪的官員。詔罷貢獻，黜奢崇儉。要求地方官員對民隱民情「纖悉無隱」，據實陳報，力戒欺隱、粉飾、怠惰之風。但其對內政的有限整頓，未能從根本上扭轉清朝政局的頹敗。
國內階級矛盾尖銳，農民起義如火如荼。顒琰即位後，傾盡全力，大舉圍剿鎮壓川、楚、陝農民大起義。更易統兵大員，嚴懲鎮壓不力的將吏。嚴密軍事部署，實行剿撫兼施的兩手政策，分化瓦解起義軍。實行寨堡團練的堅壁清野政策，割斷了起義軍與人民的聯係。嘉慶十年(1805年)，川、楚、陝農民起義被鎮壓，清統治力量也受到嚴重削弱。嘉慶十五年(1810年)，鎮壓了爆發于東南海疆的蔡牽起義軍。嘉慶十八年(1813年)，北方爆發天理教起義，部分天理教徒，在太監接應下沖進皇宮，「釀成漢唐、宋明未有之事」。顒琰下詔罪已，同時嚴令對沖進皇宮的起義軍血腥屠戮，無一幸免，并捕殺在城外的頭目林清等。天理教起義被鎮壓。
在對外交涉中，嘉慶帝力主嚴禁鴉片，對英國侵略者在沿海的騷扰活動保持了高度警惕性，對英國提出的幫助清朝鎮壓起義軍，幫助澳門葡人抵御法國的居心叵測的要求，明智地嚴辭拒絕。嘉慶二十一年(1816年)，拒絕了英國提出的建立外交關係、開辟通商口岸、割讓浙江沿海島嶼的要求。而閉關鎖國的傳統觀念，也使其對外來事物采取盲目排斥態度。嘉慶帝在內亂頻仍、外患漸逼中，傾力企圖維護清王朝的穩定鞏固，然而不可逆轉的歷史發展趨勢，使清王朝的敗落于嘉慶末年已完全表面化，并從此日漸走向衰亡。
卒謚受天興運敷化綏猷崇文經武孝恭勤儉端敏英哲睿皇帝。廟號仁宗。咸豐帝即位，于「孝恭」前加上「光裕」二字。葬河北易縣清西陵昌陵。
道光皇帝
旻寧于嘉慶四年（1799年）被密建為皇儲。嘉慶二十五年（1820年）即帝位。即位後，頗思勵精圖治，振衰除弊。對漕運鹽政實行改革。以海運代替河運，既解決了漕運的困難，又節省了開支。行票鹽制，使兩淮鹽政「弊肅風清」。解除對部分礦藏開采的封禁，主張使天地自然之利還之天下。整頓吏治，扼制奢靡之風。開展了嚴禁毒品鴉片的鬥爭。從即位初，就不斷發佈上諭，對外嚴禁鴉片的輸入，對內禁止鴉片的販賣、吸食和罌粟的種植。但列強的肆意對抗和清朝的腐敗政治，使禁令形同具文，鴉片的泛濫，仍給中國造成嚴重危害。
道光十八年（1838年），他徹底摒棄了弛禁派的錯誤主張，采納嚴禁派的建議，在全國實力推行禁煙。下諭宣召湖廣總督林則徐進京商議禁煙事宜。十一月，頒林則徐欽差大臣關防，令其赴廣東禁煙。支持林則徐禁煙措施，指示林則徐于廣州當眾銷毀收繳的鴉片二百多萬斤。道光十九年(1839年)五月，批准五大臣會議提出的《查禁鴉片煙章程三十條》。該章程成為清代頒佈的最嚴厲、最周密的禁煙令。英國為維護罪惡的鴉片貿易，打開中國大門，發動了對中國的侵略戰爭。旻寧因昧于世界大勢，對反侵略戰爭缺乏必要的思想和物質準備，在整個戰爭期間，始終沒能確定總体戰略方針，也沒有制定切實可行的戰略部署。戰爭開始時，幻想憑藉「天朝聲威」一舉懾服侵略者。他調兵遣將，佈置了兩次大規模抵抗。當侵略者的堅船利炮使其幻想破滅時，他即不可避免地走上了始則動搖、繼而完全屈服的道路。道光二十二年（1842年）七月，清政府派遣的代表在英艦隊的炮口和英軍即將攻取南京的威脅下，簽訂了中國近代史上第一個不平等條約──中英《南京條約》。後來，又與美國簽訂了《望廈條約》，與法國簽訂了《黃埔條約》。
在道光統治時期，國內階級矛盾尖稅，清統治者殘酷鎮壓了各地反清起義軍。但農民起義的烈火已成燎原之勢，清王朝面臨著更嚴重的打擊。
道光三十年（1850年）正月十一日卒于圓明園慎德堂。謚效天符運立中体正至文聖武智勇仁慈儉勤孝敏寬定成皇帝。廟號宣宗。葬河北易縣清西陵之慕陵。
咸豐皇帝
奕詝即位後，面臨內憂外患的統治危機。其時，太平天國起義爆發于廣西，不久，進軍湖南、湖北，咸豐三年 (1853年)三月攻克南京建都，與清政府分庭抗禮。西方列強以「修約」為名，準備對中國發動新的侵略戰爭。沙皇俄國在中國東北興師動兵，強占中國黑龍江以北大片領土。
為了挽救統治危機，咸豐帝頗思除弊求治。他任賢去邪，企圖重振綱紀。重用漢族官僚曾國藩，依靠其訓練指揮的漢族地主武裝鎮壓太平天國和捻軍起義。提拔敢于任事的肅順，支持肅順等革除弊政。同時，他罷斥了道光朝任軍機大臣二十餘年、貪位保榮、妨賢病國的穆彰阿，處決了第一次鴉片戰爭中主持和局、臭名昭著的投降派官員耆英。
咸豐六年(1856年)，英法對中國發動第二次鴉片戰爭，攻佔廣州。咸豐八年(1858年)，英法艦隊攻陷大沽炮臺，進迫天津。咸豐派桂良、花沙納往天津議和，與英、美、法、俄分別簽訂《中英天津條約》、《中美天津條約》、《中法天津條約》和《中俄天津條約》。列強不滿足于《天津條約》規定的權利，蓄意重新挑起戰爭。咸豐帝命清軍加強大沽口防務。咸豐九年(1859年)，在英國蓄意挑起的大沽口衝突中，英法侵略軍被擊敗。咸豐十年(1860年)，英法兩國再次組成侵華聯軍，大舉入侵。英法聯軍進攻北塘，咸豐帝在清軍與英法聯軍激戰之時，竟令清軍統帥离營撤退，大沽再次淪陷。英法聯軍攻佔天津，隨即向北京進犯。咸豐帝派遣怡親王載垣、兵部尚書穆蔭為欽差大臣，往通州與英、法議和。英法聯軍以和談為掩護，繼續組織對北京的進攻，在通州八里橋擊敗清軍後，進攻北京，圓明園、清漪園等處被焚掠。咸豐帝自圓明園倉皇逃亡熱河(今承德市)，命恭親王奕訢留京議和。奕訢代表清政府與英、法、俄簽訂了《中英北京條約》、《中法北京條約 》、《中俄北京條約》，并批准了中英、中法《天津條約》。在《中俄北京條約》中，承認了咸豐八年(1858年)沙俄迫使清黑龍江將軍奕山簽訂的《璦琿條約》。
咸豐十一年(1861年)七月，咸豐皇帝病死于熱河。卒謚協天翊運執中垂謨懋德振武聖孝淵恭端仁寬敏莊儉顯皇帝。廟號文宗。葬河北遵化清東陵之定陵。
同治皇帝
載淳為咸豐皇帝獨子，母為懿嬪葉赫那拉氏，即著名的慈禧皇太后。于咸豐六年(1856年)生于儲秀宮，于咸豐十一年（1861年）即皇帝位，年號同治。
咸豐十一年，咸豐帝死，傳位于載淳。此時的載淳年僅6歲，便由一個不諳世事的幼兒突然被拋入複雜險惡的政治漩渦。因其年幼，咸豐帝臨終前命贊襄政務王八大臣輔政。同時又賜「同道堂」印予載淳，「御賞」印予皇後鈕祜祿氏，命用兩印代替硃筆簽發諭旨，以與八大臣互為牽制。然而正是由于載淳年幼，為其生母慈禧太后提供了「垂簾聽政」的契機。極具政治野心的慈禧太后聯合被排擠在八大臣之外的恭親王奕訢，發動宮廷政變，將輔政的八大臣革職幽禁、抄家斬首，于是大權落于慈禧太后與奕訢之手。
咸豐十一年(1861年)十月初九日，載淳登極後不久，慈禧與慈安兩太后便攜載淳在養心殿正式垂簾聽政。從此載淳開始了他的傀儡皇帝生活。
在清朝「攘外必先安內」的政策下，同治朝先後徹底鎮壓了太平天國起義、捻軍起義、雲南回民起義、貴州苗民起義，而外國侵略勢力由于二次鴉片戰爭所獲實惠甚多，清政府在外交上又奉行姑息政策，國內外局勢稍趨平和，這一時期被封建史家美化為「同治中興」。實際上同治帝在此期間只是讀書，并未參預任何軍政。
同治十一年（1872年），載淳已17歲，兩宮太后不得已交出權力，實行歸政。但載淳的親政仍難擺\脫慈禧太后的干預。慈禧太后為了享樂，命同治帝修繕圓明園以供其居住，同治帝也想利用修復圓明園，讓太后离宮居住這一辦法擺\脫太后干政。然而當時財政緊缺，圓明園又殘毀嚴重，此策對國計民生極為不利，修復耗資甚巨，引起王公大臣多人反對，但此項工程竟然開工！同治帝親政未及兩年，就因病結束了短暫的一生，修復圓明園工程亦因其去世作罷，然而唯有此事是載淳在其皇帝生涯中參與過的決斷。
同治十三年（1874年），載淳染上天花，于十二月初五死于養心殿東暖閣。謚繼天開運中居正寶大定功聖智誠孝信敏寬毅皇帝。廟號穆宗。葬河北遵化清東陵之惠陵。
光緒皇帝
載湉生於同治十年（1871年），同治十三年（1874年）即皇帝位，年號光緒。
同治十三年(1874 年)皇帝載淳病死，但無子嗣繼承皇位。按常規皇太子應從載淳下一輩近支宗室中擇立，然而慈禧太后卻一意孤行，選擇了載淳的叔伯兄弟醇親王奕 之子載湉，她也成為當然的養母，從而使她可以再次垂簾聽政。慈禧的安排注定了載湉悲劇的一生。
自光緒二年（1876年），載湉開始在毓慶宮入學讀書，師傅翁同龢力圖把他培養成一位有作為的青年皇帝。
光緒十三年(1887年)，載湉舉行了親政典禮，然而慈禧太后又玩弄政治伎倆訓政了兩年，才允許\載湉親政。為了繼續控製光緒帝，慈禧太后又立她弟弟桂祥的女兒為皇後，使光緒帝在親政與大婚後仍然形同傀儡。
載湉親政後最受震撼的莫過於甲午戰爭和戊戌變法。中日甲午之戰，光緒帝極力主戰，反對妥協，但終因朝廷腐敗，而以清朝戰敗告終。痛定思痛，他極力支持維新派變法以圖強，頒佈《明定國是詔》宣佈變法。由於變法直接触動了以慈禧太后為首的後黨利益，而以光緒帝為首的帝黨因無實力又未能控製政局，反被後黨發動戊戌政變，導致變法失敗。政變後大權再次落入慈禧太后手中，對外宣稱光緒帝罹病不能理事，實將他幽禁於西苑瀛臺，成為無枷之囚。
光緒二十六年（1900年），八國聯軍入侵，北京淪陷。慈禧太后攜光緒帝逃往西安。支持變法的光緒寵妃珍妃，力主皇帝應留京抗戰，慈禧太后對她早有切膚之恨，臨行前令人將她推入井中溺死。而此時的光緒帝竟只能下跪懇求而無力阻止慈禧太后的肆虐！第二年自西安回鑾後，光緒帝仍居瀛臺，形同廢帝，惟行光緒年號而已。
光緒帝本來體質孱弱，加之多年的抑鬱與憤懣，至光緒三十四年（1908年）十二月二十一日先慈禧太后一天去世。謚同天崇運大中至正經文緯武孝睿智端儉寬勤景皇帝。廟號德宗。葬河北易縣清西陵之崇陵。
慈禧太后
慈禧太后，葉赫那拉氏，滿洲鑲藍旗人。生于清道光十五年(1835年)十月，咸豐二年(1852年)五月入宮，封蘭貴人，居儲秀宮。咸豐四年(1854年)晉封為懿嬪。咸豐六年(1856年)生皇子載淳(即同治皇帝)，晉封懿妃。咸豐七年(1857年)又晉封為懿貴妃。咸豐十年（1860年），英法聯軍攻佔北京，咸豐皇帝攜皇後鈕祜祿氏、懿貴妃葉赫那拉氏及皇子載淳等逃往熱河行宮。咸豐十一年(1861年)咸豐皇帝病重。下詔立皇長子載淳為皇太子，命載垣、端華、肅順等八人贊襄政務，稱「贊襄政務王大臣」。分別賜與皇後鈕祜祿氏及皇太子載淳「同道堂」、「御賞」璽，作為即位後下達聖諭的符信。
咸豐皇帝病死熱河，載垣等八大臣輔政熱河行宮「煙波致爽」殿，載淳即位，改明年為祺祥元年。十月，又改明年為同治元年。皇後鈕祜祿氏晉封皇太后，稱母後皇太后，上徽號慈安；懿貴妃葉赫那拉氏以載淳生母身份晉封皇太后，稱聖母皇太后，上徽號慈禧。
慈禧太后為獨攬朝政大權，視載垣、端華、肅順等贊襄政務王大臣為敵，聯合恭親王奕訢發動北京政變，廢除了八大臣，授奕訢為議政王，慈安、慈禧開始垂簾聽政。因此年為農曆辛酉年，史稱「辛酉政變」。自此，慈禧大權在握，直至1908年死去，統治中國長達48年之久。
慈禧統治時期，朝內依靠親信，地方依靠曾國藩、李鴻章等；對內鎮壓人民革命運動，對外勾結外國侵略勢力，出賣中國主權，以維護搖搖欲墜的封建政權。同治十三年（1874年）底，同治帝載淳死于養心殿平安室，皇後阿魯特氏，因慈禧太后待之甚虐，亦吞金而死。同治帝無子，慈禧立醇親王奕 之子（即慈禧胞妹之子）載湉為皇帝，兩太后再次垂簾聽政。光緒七年（1881年），慈安皇太后暴死。慈禧獨攬大權。
光緒十年（1884年），中法戰爭爆發，慈禧以越事失機之由開去恭親王奕訢一切差使，撤去親王雙俸，僅保留世襲罔替親王。同時罷黜五軍機大臣，安排自己的親信進入軍機處及內閣。從此，清朝廷成了慈禧太后的獨家天下。光緒二十年（1894年）中日戰爭爆發，又正值慈禧太后六十歲生日，慈禧不惜挪用海軍軍費重修頤和園，致使戰敗，割地賠款。光緒皇帝親政，支持康梁變法。二十四年（1898年），慈禧太后發動政變，「复垂簾于便殿訓政」。囚光緒帝于瀛台，殺譚嗣同等六人于菜市口，取消一切新政。光緒二十六年(1900年)，俄、美、英、法、日、德、意、奧八國聯軍侵略中國，攻佔北京，慈禧太后攜光緒帝等逃往西安。《辛丑條約》簽訂後回到北京。
光緒三十四年(1908年)，孫中山領導的資產階級革命運動風起雲湧。為抵制革命，慈禧太后又進行了假立憲，為期九年。但此時已74歲的慈禧太后，于光緒三十四年（1908年）十月二十二日，在光緒帝含恨死于瀛台的次日，也死于西苑儀鸞殿。
謚孝欽慈禧端佑康頤昭豫莊誠壽恭欽獻崇熙配天興聖顯皇後。葬河北遵化定東陵。
宣統皇帝
溥儀一生幾經波折，他是醇親王載灃之子，卻被慈禧皇太后立為皇太子，在光緒帝逝後即了帝位。他在位3年間，由載灃任攝政王。載灃攝政期間，在政治上罷免袁世凱，成立皇族內閣，繼續加強滿族貴族的統治；經濟上，通過買辦盛宣懷大借外債，以挽救清王朝日益嚴重的財政危機。但終究挽救不了清王朝覆滅的命運。1911年，在辛亥革命的浪潮聲中，由隆裕皇太后主持召開了御前會議，最後于1912年2月12日宣佈宣統帝退位。此後，溥儀除1917年在張勛導演的復辟活動中當了13天的短命皇帝之外，大部分時間是以遜帝身份居住在紫禁城內，過著悠閑自在的生活。這時期，他學習「四書」、「五經」，還請了外籍教師莊士敦講授英文。1924年，馮玉祥利用直、奉軍閥混戰之機，發動「北京政變」，11月5日，將溥儀趕出了皇宮。
溥儀出宮後先居住醇親王府，後在天津張園度過了長達8年的寓公生活。這期間，隨著年齡的增長，更由于隨侍左右的清朝遺老、遺少的影響，溥儀逐漸滋生了對國民政府的刻骨仇恨，時刻夢想著復辟大清王朝，并為達到這一目的積極進行準備。1932年溥儀在日本侵略勢力扶持下逃往長春，成立了偽滿洲國。抗戰勝利後，溥儀被蘇聯紅軍俘虜，後移送中國撫順戰犯管理所。在管理所人員的教育幫助下，溥儀對自已過去所犯的罪行有了反省和認識。他通過學習和改造，完成了從皇帝到公民的轉變。1959年被中央人民政府首批特赦釋放。1964年，溥儀在痛悔自己半生罪惡之余，將自己的經歷寫成了長篇紀傳作品《我的前半生》，出版後得到了廣泛好評。同年，出席全國政協四屆一次會議，并當選為政協委員。
1967年，溥儀因病在北京去世，骨灰葬于八寶山革命公墓。1993年，根據其家屬請求，移葬清西陵華龍陵園。
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