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中醫是中國傳統文化的組成部分，在長期的臨證實踐中積累了豐富的診療經驗。中國古代經典作品《詩經》、《山海經》、《尚書》、《周易》等，已記載了當時有關疾病、病因、藥物及其他療法的知識。《周禮·天官》中已記載有「醫師」一職，負責「掌醫之政令」。
中醫以陰陽五行作為理論基礎，通過「望、聞、問、切」四診合參的方法，探求病因、病性、病位、分析病機及人體內五臟六腑、經絡關節、氣血津液的變化、判斷邪正消長，進而得出病名，歸納出證型，以「辨證論治」的原則，制定「汗、吐、下、和、溫、清、補、消」等治法，使用中藥、針灸、推拿、按摩、拔罐、刮痧、氣功、食療、音療等多種治療手段，使人體達到陰陽調和而康復。其獨特之處，在於「天人合一」的整體觀及「辨證論治」。
中國傳統醫學的最早文字資料可見於甲骨文。甲骨文是刻在龜甲獸骨上的文字。可以反映殷代武丁時期的許多醫學知識和醫學活動，巫彭、巫咸的名字最早見於甲骨文記載。《山海經》中記有十巫採藥的故事，《大荒西經》云：「有靈山，巫咸、巫即、巫彭、巫姑、巫真、吳禮、巫抵、巫謝、巫羅十巫，從此升降，百藥爰在。」。隨著社會的發展和醫療經驗的累積，人們對疾病有了較多的認識，巫醫的勢力逐漸消退。
遠古時代
春秋戰國
一般認為《黃帝內經》成書於戰國後期，《黃帝內經》共十八卷，分《黃帝內經素問》（簡稱素問）與《黃帝內經靈樞》（簡稱靈樞）兩部作品，《靈樞》詳細記載了針灸。針灸治療行之久遠，在文字尚未發明之前，砭石被最早用於醫療，一直延續到戰國時期才逐漸被金屬針取代。《三海經》中記載了38種疾病，其中以病名來命名有23種，以症狀命名的有12種。《五十二病方》所提的病名更高達103個。這時期著名醫生有醫和、醫緩、扁鵲等人。
秦代
秦越人著《難經》，全書共有八十一難。對脈法、經絡流注、營衛三焦、氣血盛衰、臟腑諸病、經穴等方面作了比較深入的解釋，豐富了《黃帝內經》的學術理論。因其闡述《黃帝內經》的有關疑難問題，故名《難經》。並對三焦、命門學說、奇經八脈理論等多有創見。
漢代
《漢書·藝文志》中，將醫家分為「醫經」、「經方」、「神仙」、「房中」四大流派。張仲景著有《傷寒雜病論》，後檢整理為《傷寒論》、《金匱要略》二書，確立了「六經」分證（太陽、陽明、少陽、太陰、厥陰、少陰）論治原則，中醫診斷病情的陰陽、表裡、虛實、寒熱「八綱」和辯證施治的原則，總結了漢以前的醫療經驗。《黃帝內經》、《難經》、《神農本草經》和《傷寒雜病論》等四部書被稱為中醫的四大經典著作，是中國秦漢以前的醫藥經驗總結。相傳華佗（145年－208年）還發明麻沸散，是最早記錄的醫用麻醉藥，可用於開刀清洗內臟，現已經失傳。
隋唐
隋太醫博士巢元方（605－615）著《諸病源候論》，為中醫學第一部病理學專著，全書專論病源、證候、但不載方藥。對內、外、婦、兒、五官各科疾病的病源和證候、診斷，都有詳細敘述。唐·孫思邈的《千金要方》、《千金翼方》以及王燾的《外台秘要》等，集唐以前醫學之大成，從理論到臨床均有新的發展。
金元四大家
金元四大家是指中國古代金元時期的四大醫學流派。即劉完素的火熱說、張從正的攻邪說、李東垣的脾胃說、朱震亨的養陰說。劉主寒涼，張主攻下（汗、吐、下三法），李主補土（補脾），朱主養陰，大大豐富了中醫理論。朱丹溪提出「陽常有餘，陰常不足」之論點，其論點後由張介賓所發揮。
明代
李時珍（1518？—1593）發現古代醫藥典籍中多有謬誤之處，畢生之力有系統地總結了明代以前的所有藥物特性，將所收集的一八九二種藥物劃歸十六部，六十類分述。其間歷時30年，著有《本草綱目》一書，全書近二百萬字，共五十二卷。書中附方達一萬餘首，插圖一千多幅。另有《奇經八脈考》、《瀕湖脈學》行世。
張介賓（1563？—1640）著有《景岳全書》，其醫學主張「陽非有餘」、「真陰不足」以及「人體虛多實少」等論點。
清代
王清任（1768－1831）曾親見瘟疫災區兒童屍體三十多例，又數次前往刑場，觀察死刑犯的屍體內臟位置，將其所見繪製成《親見改正臟腑圖》。著成《醫林改錯》二卷，其中「活血化瘀」的方劑有二十二例，如：血府逐瘀湯、膈下逐瘀湯（治療肝硬化）、少腹逐瘀湯、補陽還五湯，均成為調理氣血的名方，至今仍為臨床廣泛應用。儼然是化瘀派的一代宗師。
1879年，浙江人士俞樾在《俞樓雜纂》中發表《廢醫論》：「其藥之而愈者，乃其不藥而癒者也。其不藥不愈者，則藥之亦不愈。」是最早、最明確地提出了廢除中醫的主張。
民初
1913年，教育總長汪大燮公開提出廢除中醫中藥，所謂「余決意今後廢去中醫，不用中藥。所以立案一節，難以照準。」1929年，余雲岫提出《廢止舊醫案》，視中醫為巫祝，要求取締中醫，引起全國中醫藥界反抗。同年3月17日各省代表青年名醫陳存仁主持反對廢除中醫的大會，在陳果夫、陳立夫等人的接見並轉陳蔣介石，始收回成命。1935年，余雲岫發表論文「陰陽五行、三部九候之謬，足以廢中醫之（診斷）理論而有餘；治病必求本，用藥如用病二語，足以廢中醫之治療（思想）而有餘；研究國藥、試用成方，足以發揚國產藥物而有餘」（《中華醫學雜誌》1935年7月）。
1913年，毛澤東在《講堂錄》筆記中寫道：「醫道中西，各有所長。中言氣脈，西言實驗。然言氣脈者，理太微妙，常人難識，故常失之虛。言實驗者，求專質而氣則離矣，故常失其本，則二者又各有所偏矣。」
近代
1954年，毛澤東批示：「中藥應當很好地保護與發展。我國的中藥有幾千年歷史，是祖國極寶貴的財產，如果任其衰落下去，將是我們的罪過；中醫書籍應進行整理……如不整理，就會絕版。」又指示：「即時成立中醫研究院。」，1955年12月成立了中國中醫研究院，第一任院長魯之俊。
錢學森說：「西醫處於幼年時期，再有四五百年才能進入系統論，再發展四五百年才能發展到中醫的整體論」
隨著50年代海內外對針灸經絡機理研究的熱情拓展，氣的本質，經絡實質等都有新的進展，中西醫結合，新藥，新劑型，針灸麻醉，人機診治系統等創造發明。赤腳醫生上山下鄉，中醫藥海內外的推廣擴展，均有長足進步，學術交流，醫學投資日益增多。上個世紀末，本世紀初，1996年，學界對中醫氣本質，經絡實質，陰陽，五行，藏象，中醫哲學觀等都有了新的創造性的認識和解說。[可疑] 如，鄧宇等發現的：氣是『信息－能量－物質』的統一體[可疑] ；細胞社會學（細胞群）分形分維的經絡解剖結構[可疑] ；數理陰陽[可疑] ；中醫分形集：分形陰陽集－陰陽集的分形分維數，五行分形集－五行集的分維數[可疑] ；分形藏象五系統－暨心繫統、肝系統、脾系統、肺系統、腎系統[可疑] ；中醫三個哲學觀－新提出的第三哲學觀：相似觀－分形論等。[可疑] 還包括近代針灸經絡的發展史，近代中醫氣的進展史，中西醫結合史，中醫中藥史等。中醫存廢之爭隨著網際網路的發展更趨激烈。中醫科學化，現代化，原創的新知識，新概念，新思維多有創造性的增加。
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